genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2088472--2088507	17	2.1	17	94	0	63	27	19	13	38	1.90
2089252--2089297	22	2.1	22	95	0	83	41	17	19	21	1.90
2089487--2089707	26	8.6	26	77	8	211	61	5	4	28	1.38
2089487--2089853	50	7.2	50	72	13	250	60	4	4	29	1.39
2089732--2089853	25	4.7	26	77	6	104	58	2	4	34	1.33
2089699--2089783	43	1.9	44	83	4	109	57	4	5	31	1.43
2089812--2089852	15	2.8	16	82	10	52	68	0	0	31	0.90
2096124--2096153	14	2.1	14	100	0	60	33	46	13	6	1.69
2096773--2096811	20	2.0	21	85	10	55	10	0	35	53	1.35
2106773--2106802	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2107360--2107397	17	2.2	17	90	0	58	34	2	7	55	1.43
2116060--2116102	16	2.7	16	88	0	59	53	4	2	39	1.34
2119548--2119652	41	2.6	41	96	3	194	29	25	20	24	1.99
2138147--2138215	29	2.2	32	87	10	99	37	2	13	46	1.58
2139963--2140007	21	2.1	22	87	4	65	15	8	0	75	1.03
2140701--2140736	15	2.4	14	86	13	54	38	2	2	55	1.29
2141146--2141192	23	2.0	24	83	8	60	21	8	4	65	1.37
2141338--2141387	23	2.1	23	82	14	57	24	12	2	62	1.40
2141452--2141503	3	17.3	3	82	7	52	32	7	0	59	1.26
2141451--2141506	21	2.7	21	86	10	71	32	8	0	58	1.29
2141419--2141512	18	5.1	18	68	24	63	32	8	0	58	1.28
2141717--2141767	3	17.3	3	77	18	54	33	3	0	62	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2141717--2141763	16	3.1	15	85	11	60	34	4	0	61	1.15
2157970--2158237	133	2.0	133	94	0	473	24	13	22	40	1.89
2159579--2159678	50	2.0	49	92	1	164	23	29	16	31	1.95
2162717--2162790	37	2.0	36	94	2	130	27	22	29	18	1.97
2164401--2164433	6	5.5	6	92	0	57	33	3	48	15	1.60
2172810--2172850	19	2.3	18	84	12	50	48	0	2	48	1.14
2173014--2173074	13	4.1	15	68	16	54	49	3	4	42	1.40
2173029--2173091	32	2.0	32	84	6	85	49	3	4	42	1.39
2174126--2174168	22	2.0	22	81	9	52	37	2	4	55	1.33
2182444--2182518	35	2.1	35	95	0	132	64	2	6	26	1.32
2184889--2184921	16	2.0	17	94	5	59	51	0	0	48	1.00
2185946--2186013	34	2.0	34	97	0	127	72	4	2	20	1.16
2186987--2187043	28	2.0	28	96	0	105	49	3	19	28	1.65
2187801--2187867	30	2.2	30	76	5	73	40	13	8	37	1.76
2188173--2188290	58	2.0	58	96	0	218	53	1	13	31	1.50
2188879--2189058	90	2.0	90	93	0	306	28	14	18	38	1.90
2191054--2191174	23	5.2	23	69	16	88	23	12	16	47	1.81
2191039--2191176	47	3.0	46	86	4	188	23	11	17	47	1.80
2192536--2192570	9	3.9	9	84	0	52	51	2	2	42	1.31
2192536--2192570	18	1.9	18	94	0	61	51	2	2	42	1.31
2193528--2193563	17	2.1	17	100	0	72	36	11	5	47	1.63
2204782--2204808	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2205316--2205391	40	1.9	40	83	5	100	34	32	14	18	1.91
2206910--2207097	6	31.7	6	74	2	110	1	59	0	39	1.07
2206910--2207097	8	23.8	8	75	2	110	1	59	0	39	1.07
2206909--2207101	38	4.9	40	77	12	177	1	59	0	39	1.07
2206913--2207101	10	19.3	10	73	10	140	1	59	0	38	1.07
2208040--2208166	38	3.1	38	64	23	96	51	18	4	24	1.65
2208104--2208237	46	3.1	46	62	27	119	52	17	5	23	1.66
2208013--2208237	84	2.7	84	100	0	450	52	18	5	24	1.66
2208855--2208916	31	2.0	31	87	6	90	64	0	0	35	0.94
2208881--2208909	11	2.5	12	88	11	51	58	0	0	41	0.98
2214056--2214159	56	1.9	54	86	7	149	20	18	21	40	1.92
2214883--2214908	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2223415--2223486	35	2.1	35	97	0	135	22	18	19	40	1.92
2232005--2232040	18	2.0	18	100	0	72	44	0	5	50	1.25
2247444--2247558	58	2.0	58	91	0	185	33	17	21	26	1.96
2257956--2257989	10	3.3	10	91	4	50	70	0	8	20	1.13
2260091--2260123	16	2.1	16	100	0	66	51	18	24	6	1.68
2260960--2261025	19	3.2	21	82	6	64	36	19	9	34	1.84
2260977--2261128	19	8.2	19	86	8	215	36	15	9	38	1.80
2260966--2261128	36	4.4	37	82	10	181	37	15	9	37	1.80
2260977--2261128	54	2.7	55	90	4	243	36	15	9	38	1.80
2260977--2261124	73	2.0	74	87	7	212	36	15	9	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2262193--2262349	79	2.0	79	88	0	233	43	16	10	29	1.81
2265612--2265643	16	2.1	15	94	5	55	46	0	3	50	1.17
2272266--2272309	22	2.0	23	95	4	81	38	25	18	18	1.92
2272500--2272574	28	2.6	29	82	2	98	48	30	5	16	1.68
2273358--2273486	65	2.0	65	98	0	249	39	20	5	34	1.75
2283382--2283553	75	2.4	73	80	8	199	34	22	11	32	1.89
2283387--2283553	35	4.6	38	78	11	163	34	22	10	32	1.89
2286509--2286643	46	2.9	46	83	2	164	21	24	13	40	1.89
2286678--2286976	54	5.5	54	100	0	598	30	23	19	27	1.98
2304568--2305496	465	2.0	467	96	0	1718	31	13	19	35	1.90
2312232--2312290	31	1.9	31	89	3	84	52	13	10	23	1.71
2315358--2315450	43	2.2	43	94	0	159	30	32	16	21	1.95
2317333--2317357	13	1.9	13	100	0	50	32	12	32	24	1.91
2321896--2322082	94	2.0	94	94	0	329	26	14	21	36	1.93
2330740--2330857	60	2.0	59	88	1	173	36	16	11	35	1.85
2336805--2336833	12	2.3	13	94	5	51	44	0	3	51	1.18
2336745--2336840	48	2.0	49	80	10	108	33	1	6	59	1.29
2336843--2336890	15	3.3	15	74	11	55	52	0	2	45	1.12
2338262--2338318	18	3.0	19	82	12	73	56	0	1	42	1.10
2352236--2352265	6	5.0	6	100	0	60	0	66	0	33	0.92
2352237--2352277	18	2.3	18	86	0	55	7	60	0	31	1.24
2356820--2357163	170	2.0	171	97	0	654	39	10	25	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2365606--2365638	5	6.6	5	92	0	57	3	39	0	57	1.14
2372614--2372658	22	2.0	22	100	0	90	26	4	35	33	1.77
2372866--2372899	18	1.9	17	88	5	50	52	5	2	38	1.41
2378253--2378280	11	2.5	11	100	0	56	89	0	10	0	0.49
2382874--2383044	75	2.4	74	83	7	208	33	23	11	30	1.90
2382879--2383044	35	4.6	35	80	8	172	33	24	10	30	1.90
2390261--2390370	6	17.8	6	79	9	60	44	2	39	13	1.58
2390328--2390359	9	3.6	9	91	0	55	59	6	34	0	1.23
2390325--2390370	18	2.6	18	92	0	74	56	6	34	2	1.37
2392585--2392664	31	2.6	31	88	4	117	18	26	8	46	1.78
2394168--2394196	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
2399564--2399602	14	2.8	13	85	11	51	12	0	7	79	0.93
2399679--2399740	21	3.0	19	84	11	70	38	1	1	58	1.18
2399692--2399753	21	3.0	20	88	7	70	43	0	0	56	0.99
2399692--2399740	21	2.4	20	93	3	80	38	0	0	61	0.96
2399849--2399939	46	2.0	46	100	0	182	28	10	13	47	1.76
2401204--2401237	17	1.9	18	88	5	52	47	0	5	47	1.26
2401229--2401288	20	2.9	20	85	5	84	65	0	3	31	1.09
2401730--2401794	20	3.2	20	69	16	62	38	7	3	50	1.47
2401721--2401805	40	2.1	41	93	2	145	36	7	3	52	1.46
2401729--2401816	40	2.2	40	85	4	115	37	6	3	52	1.45
2406668--2407024	184	1.9	184	84	2	466	20	24	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2410154--2410205	22	2.2	26	77	19	60	25	5	7	61	1.45
2410912--2411032	44	2.8	44	84	5	147	45	9	15	28	1.78
2413173--2413230	30	1.9	30	85	0	80	39	1	20	37	1.63
2420156--2420185	5	6.2	5	92	7	53	0	63	0	36	0.95
2437674--2437717	23	1.9	23	100	0	88	27	11	13	47	1.77
2445167--2445230	24	2.7	24	97	0	119	10	29	21	37	1.88
2447812--2447858	21	2.2	22	85	11	71	57	8	0	34	1.29
2447848--2447889	17	2.5	17	81	11	50	52	4	0	42	1.22
2451074--2451113	19	2.2	18	86	4	53	50	0	10	40	1.36
2451212--2451240	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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