genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  71  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22546068--22546341	144	1.9	145	86	4	396	41	5	9	42	1.61
22547253--22547314	27	2.3	27	88	0	88	35	8	6	50	1.58
22554134--22554195	30	2.1	30	93	0	106	35	22	14	27	1.93
22562430--22562487	24	2.4	24	85	5	73	36	13	24	25	1.92
22563816--22563870	16	3.4	16	75	9	58	23	12	27	36	1.91
22564873--22564912	17	2.3	18	82	8	55	15	22	40	22	1.91
22571134--22571176	21	2.0	22	86	4	61	51	13	2	32	1.54
22573210--22573285	28	2.7	28	85	0	116	26	27	10	35	1.89
22573322--22573400	40	2.0	40	82	9	99	34	22	16	26	1.95
22576941--22576967	8	3.4	8	100	0	54	29	0	11	59	1.32
22579526--22579598	36	2.0	36	82	10	87	42	2	30	24	1.69
22581192--22581272	41	2.0	40	92	0	126	32	16	22	28	1.95
22582628--22582687	27	2.2	27	79	5	68	28	18	23	30	1.98
22585306--22585472	46	3.6	46	77	13	189	28	29	19	22	1.98
22585314--22585484	93	1.8	93	91	0	279	27	28	21	22	1.99
22585311--22585500	46	4.1	45	73	20	117	27	28	20	23	1.99
22587963--22588013	23	2.4	20	75	21	50	25	9	21	43	1.83
22588307--22588358	27	2.0	27	81	7	63	19	23	21	36	1.95
22590319--22590380	31	2.0	31	100	0	124	38	12	19	29	1.89
22591008--22591036	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
22591106--22591136	14	2.2	14	100	0	62	58	0	41	0	0.98
22592980--22593009	11	2.7	11	94	0	51	40	16	0	43	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22592948--22593009	32	1.9	32	83	6	81	38	16	3	41	1.64
22593145--22593243	48	2.1	48	86	7	139	34	7	6	52	1.53
22594866--22594908	18	2.4	18	92	0	68	18	25	11	44	1.84
22598011--22598518	126	4.0	126	87	0	712	28	18	17	36	1.93
22599039--22599108	20	3.6	20	73	19	76	42	27	0	30	1.56
22599053--22599132	38	2.2	36	85	12	103	42	26	0	31	1.56
22610030--22610101	30	2.5	28	80	8	81	43	4	4	48	1.41
22612897--22613014	51	2.3	51	89	0	173	30	16	24	28	1.96
22634918--22635387	234	2.0	234	100	0	940	35	10	13	40	1.79
22637696--22637739	22	2.0	22	90	0	70	59	0	2	38	1.10
22637750--22637786	19	2.1	19	85	14	53	54	2	5	37	1.38
22638659--22638703	6	7.5	6	100	0	90	35	0	0	64	0.94
22639768--22639803	1	36.0	1	100	0	72	100	0	0	0	0.00
22643274--22643442	46	3.6	46	77	13	159	28	18	28	23	1.98
22643274--22643490	46	4.7	43	76	14	141	29	19	28	23	1.98
22645452--22645571	59	2.0	59	88	6	181	28	17	29	25	1.97
22648496--22648662	46	3.6	45	78	9	176	26	17	30	24	1.97
22648538--22648689	46	3.3	46	77	10	143	27	17	30	23	1.97
22650767--22650830	31	2.1	31	97	2	121	32	3	17	46	1.63
22652173--22652214	21	2.0	21	100	0	84	33	14	9	42	1.78
22655155--22655576	77	5.5	77	94	2	699	42	9	13	35	1.75
22655521--22655867	173	2.0	172	96	0	631	42	11	11	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22659064--22659105	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
22659073--22659114	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
22659099--22659286	61	3.1	61	70	14	199	48	6	1	42	1.39
22659067--22659359	120	2.4	121	95	1	518	50	5	2	42	1.37
22659183--22659234	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
22659400--22659460	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
22663127--22663228	40	2.6	40	89	3	145	10	17	26	45	1.81
22666473--22666519	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
22666868--22667150	101	2.8	101	88	1	397	26	18	24	31	1.97
22666868--22667200	50	6.6	50	75	8	316	26	18	24	30	1.98
22667411--22667442	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
22675109--22675343	48	4.9	47	81	7	224	27	18	28	25	1.98
22675122--22675346	96	2.3	95	82	5	256	28	19	28	24	1.98
22681533--22681630	49	2.0	49	97	0	187	35	28	3	32	1.73
22681547--22681632	27	3.4	28	66	27	82	38	26	2	32	1.69
22684788--22684859	36	2.0	36	94	0	126	43	23	20	12	1.86
22699388--22699490	45	2.3	45	93	0	170	26	21	11	40	1.87
22701353--22701480	28	4.5	28	84	2	157	28	13	25	33	1.93
22701353--22701480	57	2.2	57	86	2	168	28	13	25	33	1.93
22716843--22716903	27	2.3	27	86	11	81	19	21	11	47	1.81
22719567--22719733	47	3.6	45	78	7	163	28	19	28	23	1.98
22719565--22719877	49	6.6	47	74	9	217	28	18	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22720642--22720776	55	2.5	55	84	4	166	20	18	30	30	1.97
22723231--22723504	145	1.9	145	96	0	512	31	23	15	29	1.95
22723489--22723560	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
22728905--22728957	18	2.9	18	91	5	81	20	20	13	45	1.84
22729419--22729455	18	2.1	18	89	0	56	43	0	8	48	1.32
22735270--22735302	15	2.2	15	100	0	66	30	18	12	39	1.87
22750141--22751371	86	14.9	86	76	12	976	27	17	19	35	1.95
22750318--22751286	161	6.0	161	97	0	1742	28	17	19	33	1.95
22753213--22753259	18	2.7	18	87	6	62	36	4	0	59	1.17
22758851--22759216	46	8.0	46	91	1	502	39	14	24	21	1.90
22759502--22759534	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
22760345--22760452	53	2.0	54	92	1	182	16	22	7	53	1.67
22765270--22765313	20	2.3	19	92	4	70	50	0	27	22	1.50
22770054--22770119	34	1.9	34	100	0	132	48	4	9	37	1.55
22770658--22770705	24	2.0	24	91	0	78	37	16	8	37	1.79
22782708--22782976	40	6.7	40	87	1	306	24	28	20	26	1.99
22786361--22786538	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
22786382--22786537	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
22790443--22790613	93	1.8	93	94	0	306	27	29	22	21	1.99
22790435--22790610	46	3.8	46	79	12	216	28	28	21	21	1.98
22801181--22801234	21	2.5	22	82	5	67	18	9	1	70	1.23
22801264--22801338	3	25.0	3	77	10	73	28	2	5	64	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22801268--22801341	18	4.1	18	81	11	89	25	2	6	64	1.31
22811901--22812648	44	16.5	45	69	13	232	30	18	22	28	1.97
22811863--22812210	184	1.9	183	88	1	527	31	16	22	29	1.96
22811894--22812344	45	9.9	44	68	16	165	31	16	22	29	1.96
22811863--22812353	184	2.7	181	80	8	471	31	16	22	29	1.96
22812134--22812757	95	6.8	93	71	14	235	30	17	22	28	1.97
22812318--22812528	94	2.3	89	81	7	228	31	19	22	26	1.98
22812264--22812788	44	11.6	44	69	14	187	30	18	21	28	1.97
22812082--22812788	227	3.1	225	73	13	667	30	18	22	28	1.97
22817790--22817865	21	3.6	21	76	16	68	27	15	34	22	1.95
22826593--22826683	23	4.0	23	85	8	73	26	20	18	34	1.96
22826606--22826686	23	3.6	22	91	6	119	23	20	19	35	1.96
22826852--22826896	20	2.2	20	92	0	72	37	4	22	35	1.74
22832300--22832324	11	2.3	11	100	0	50	44	0	28	28	1.55
22835714--22835807	40	2.4	39	84	8	120	21	27	24	26	1.99
22845367--22845511	40	3.8	40	83	7	160	23	31	23	21	1.98
22845341--22845475	74	1.9	71	83	7	173	24	30	21	23	1.99
22850181--22850216	18	1.9	19	94	5	65	75	0	25	0	0.81
22852463--22852579	58	2.0	58	100	0	234	42	13	15	28	1.85
22857625--22857710	45	1.9	45	82	0	109	46	3	6	43	1.47
22858178--22858211	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
22858214--22858252	18	2.2	18	86	9	53	66	15	0	17	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22858433--22858472	11	3.6	11	82	0	53	60	7	12	20	1.56
22859223--22859247	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
22861585--22861664	26	3.0	26	80	3	88	57	7	5	30	1.48
22863436--22863503	31	2.2	31	89	0	100	33	5	19	41	1.75
22863667--22863697	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
22872787--22872905	41	2.9	41	86	6	145	29	22	19	28	1.98
22876111--22876135	13	1.9	13	100	0	50	32	4	8	56	1.47
22879623--22879697	37	2.0	37	94	0	132	30	25	13	30	1.94
22881841--22881985	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
22897975--22898072	48	2.0	48	80	7	110	24	28	20	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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