genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   

This is table  63  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19770628--19771149	178	2.9	178	87	3	703	26	27	17	28	1.98
19770850--19771122	89	3.1	88	67	8	237	24	27	18	29	1.98
19773586--19773610	5	5.0	5	100	0	50	80	20	0	0	0.72
19775840--19775888	25	2.1	24	85	11	66	6	22	18	53	1.66
19780488--19780540	26	2.0	26	85	7	72	37	18	15	28	1.91
19781951--19781989	20	2.0	20	89	0	60	30	10	5	53	1.56
19793923--19794012	43	2.1	44	87	2	128	37	18	17	25	1.93
19794150--19794255	43	2.5	42	84	1	122	38	23	17	19	1.93
19794436--19794599	86	1.9	87	84	1	222	36	21	21	19	1.95
19796734--19796772	20	2.0	20	89	0	60	30	10	5	53	1.56
19796787--19796852	25	2.6	26	76	11	66	30	7	4	57	1.47
19798053--19798085	17	1.9	17	93	0	57	24	6	33	36	1.80
19804482--19804520	19	2.0	20	90	5	62	25	0	28	46	1.53
19807552--19807585	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
19814154--19814188	17	2.1	16	89	5	52	65	0	0	34	0.93
19814641--19814682	18	2.3	19	91	4	68	57	0	4	38	1.20
19815006--19815051	18	2.7	18	78	18	53	56	0	0	43	0.99
19815015--19815074	25	2.4	24	84	13	77	58	1	0	40	1.08
19815007--19815065	31	1.9	30	83	10	75	55	0	0	44	0.99
19817221--19817276	29	1.9	29	92	0	94	28	3	14	53	1.57
19818068--19818106	21	1.9	20	85	15	53	38	0	10	51	1.36
19820319--19820468	77	1.9	77	87	1	219	48	5	16	30	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19820320--19820468	39	3.9	38	88	2	190	48	5	15	30	1.67
19824947--19824977	15	2.1	15	100	0	62	54	0	38	6	1.26
19834255--19834675	47	9.0	47	89	0	608	32	11	29	26	1.92
19834489--19834568	25	3.3	25	66	22	71	32	10	27	30	1.89
19834564--19834639	25	3.2	25	65	24	72	30	13	32	23	1.93
19834838--19834952	37	3.1	37	89	0	167	20	20	33	26	1.97
19837076--19838598	210	7.3	210	91	2	2429	29	18	22	30	1.97
19837076--19838597	632	2.4	630	91	2	2445	29	18	22	30	1.97
19839180--19839279	50	2.0	50	100	0	200	28	10	32	30	1.89
19841377--19841452	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
19841231--19841668	145	3.0	146	93	1	736	31	12	29	26	1.92
19841209--19841661	47	9.4	47	87	4	645	31	12	30	26	1.92
19841665--19841755	46	2.0	46	86	0	128	34	7	30	27	1.85
19841901--19842007	37	2.9	37	92	0	169	24	18	29	27	1.98
19843909--19843956	24	2.0	24	95	0	87	27	20	22	29	1.99
19854797--19855058	39	6.7	40	87	7	328	25	22	27	24	2.00
19861319--19861471	28	5.5	28	91	1	238	27	15	26	30	1.96
19861319--19861471	83	1.8	83	88	2	236	27	15	26	30	1.96
19862905--19863008	42	2.5	42	93	0	172	29	16	25	28	1.97
19862905--19863030	42	3.0	42	88	5	159	30	15	24	29	1.96
19863917--19863973	24	2.5	21	76	17	60	24	3	26	45	1.69
19870227--19870304	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19870257--19870584	174	1.9	174	95	0	593	30	14	24	31	1.94
19884086--19884164	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
19884283--19884693	47	8.7	47	97	0	750	29	30	8	32	1.86
19901039--19901071	17	1.9	17	100	0	66	54	12	0	33	1.37
19901898--19901949	26	2.0	26	92	0	86	36	15	7	40	1.76
19909631--19909662	12	2.7	12	95	0	55	56	0	3	40	1.15
19910821--19910857	18	2.1	18	89	0	56	32	18	18	29	1.96
19913936--19914085	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
19913908--19914085	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
19913909--19914064	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
19922795--19923015	48	4.5	48	76	8	205	31	22	18	28	1.97
19922837--19923015	48	3.6	50	81	8	213	29	22	18	29	1.98
19922995--19923079	37	2.3	37	79	4	91	25	23	20	30	1.98
19927834--19927862	14	2.0	15	93	6	51	58	13	6	20	1.58
19933731--19933761	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
19933728--19933767	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
19956865--19956906	20	2.1	20	95	0	75	21	35	26	16	1.94
19956870--19956915	20	2.3	20	88	0	65	21	30	28	19	1.98
19957164--19957368	55	3.8	54	80	6	229	22	25	18	33	1.96
19964621--19964651	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
19964618--19964657	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
19964844--19965049	53	3.9	55	79	8	207	21	24	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19966735--19966888	42	3.6	42	82	3	184	29	24	16	29	1.96
19973408--19973485	38	2.1	38	95	0	138	38	15	12	33	1.85
19977845--19977873	13	2.1	14	93	6	51	65	6	0	27	1.18
19983024--19983230	53	3.8	54	74	5	177	20	24	18	36	1.94
19992867--19993080	49	4.5	49	72	12	178	25	28	18	27	1.98
19992861--19993034	98	1.8	93	85	6	240	25	29	18	26	1.98
19993025--19993132	46	2.3	47	79	7	121	25	25	15	33	1.95
20004600--20004862	39	6.7	40	89	5	342	24	27	22	24	2.00
20008508--20008551	22	2.0	22	95	0	79	38	9	11	40	1.73
20009003--20009054	26	2.0	26	84	3	68	23	11	5	59	1.53
20017808--20017852	23	2.0	22	86	4	63	62	2	0	35	1.08
20018215--20018242	13	2.2	13	100	0	56	35	7	7	50	1.57
20018218--20018270	13	4.1	13	80	9	54	33	5	13	47	1.66
20018819--20018855	14	2.5	15	83	16	51	62	0	27	10	1.28
20028380--20028551	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
20028372--20028547	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
20028970--20029029	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
20032033--20032208	56	3.1	56	97	0	334	44	9	22	23	1.81
20033377--20033520	40	3.6	40	79	12	145	25	23	27	24	2.00
20033429--20033527	39	2.5	39	86	4	110	25	22	28	24	1.99
20033376--20033526	79	1.9	80	81	6	182	25	23	27	23	2.00
20040602--20040863	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20047855--20047974	27	4.5	26	79	6	123	37	18	19	25	1.94
20047855--20047974	54	2.2	54	86	2	161	37	18	19	25	1.94
20048340--20048395	24	2.3	24	87	6	78	30	32	32	5	1.80
20048337--20048395	8	7.4	8	80	0	64	32	32	30	5	1.79
20048648--20048699	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
20055451--20055554	54	1.9	53	88	1	154	35	17	22	25	1.95
20055444--20055558	27	4.3	27	79	6	117	35	18	20	26	1.95
20062017--20062103	45	2.0	44	95	2	156	37	25	10	26	1.88
20064170--20064256	45	2.0	44	95	2	156	37	25	10	26	1.88
20067066--20067156	46	2.0	45	88	0	128	20	20	18	38	1.93
20069605--20069634	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
20069990--20070036	24	2.0	24	100	0	94	34	0	4	61	1.15
20072786--20072903	46	2.5	46	84	2	137	27	19	27	25	1.99
20077913--20077978	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
20077930--20078032	36	2.6	39	83	16	140	35	16	9	37	1.82
20077986--20078032	24	2.0	24	100	0	94	36	17	8	38	1.80
20077930--20078013	19	4.4	19	91	8	136	35	16	9	38	1.81
20078446--20078772	87	3.7	86	70	14	247	29	21	18	31	1.96
20078589--20078860	88	3.1	85	66	16	205	26	20	19	33	1.97
20078491--20079073	175	3.3	175	91	0	927	27	20	19	32	1.97
20079025--20079206	44	4.1	44	73	7	170	26	23	18	32	1.97
20085685--20087273	530	3.0	530	97	0	2922	35	11	20	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20093026--20093121	48	2.0	48	97	0	183	22	34	18	23	1.96
20095536--20095721	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
20095538--20095721	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
20097407--20097582	46	3.8	46	74	16	166	21	18	28	31	1.97
20097404--20097573	93	1.8	93	91	2	279	21	18	28	31	1.97
20104071--20104257	62	3.0	62	88	1	259	31	8	19	41	1.81
20108296--20108728	216	2.0	216	99	0	848	27	19	27	25	1.99
20113919--20113956	18	2.1	19	90	5	60	52	5	21	21	1.66
20117323--20117374	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
20119293--20119344	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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