genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24646821--24646934	44	2.6	44	83	6	126	25	18	24	31	1.97
24646828--24646966	42	3.2	43	81	10	135	27	17	23	30	1.97
24646902--24646984	43	1.9	43	81	13	100	26	18	24	31	1.97
24672400--24672466	32	2.1	32	97	0	125	52	22	0	25	1.47
24683227--24683260	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
24698524--24698603	41	2.0	40	85	9	108	16	43	22	17	1.87
24699580--24699711	47	2.7	48	81	9	135	24	29	18	27	1.98
24702640--24702674	18	1.9	18	88	0	52	28	20	5	45	1.73
24722431--24722469	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
24724802--24724849	21	2.5	19	78	15	53	60	4	0	35	1.16
24732775--24732805	6	5.0	6	92	7	53	51	32	16	0	1.44
24740970--24741016	24	1.9	24	82	4	58	61	21	0	17	1.34
24741411--24741448	18	2.1	19	90	5	60	81	7	0	10	0.87
24742550--24742720	45	3.8	45	79	4	175	46	12	18	22	1.83
24746998--24747039	6	6.7	6	89	10	66	71	0	0	28	0.86
24746992--24747064	6	11.7	6	79	13	58	76	1	1	20	0.93
24746998--24747064	19	3.6	18	76	8	62	76	1	0	22	0.87
24746998--24747064	25	2.7	25	80	11	75	76	1	0	22	0.87
24754340--24754398	25	2.3	24	76	18	57	32	10	13	44	1.77
24757398--24757486	31	2.9	31	77	6	85	41	12	8	37	1.74
24757951--24757984	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
24766640--24766862	40	5.6	40	96	1	387	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24773652--24773749	40	2.5	40	90	5	146	21	29	24	24	1.99
24777011--24777062	27	1.9	27	92	7	88	30	21	17	30	1.96
24778550--24778580	14	2.2	14	100	0	62	35	19	12	32	1.90
24793103--24793411	169	1.8	169	92	0	519	40	15	8	35	1.77
24797274--24797332	27	2.2	27	93	0	100	38	13	5	42	1.66
24797281--24797340	27	2.2	27	87	0	84	46	13	3	36	1.60
24811491--24811515	13	1.9	13	100	0	50	92	0	8	0	0.40
24824788--24824819	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
24841535--24841584	25	2.0	25	96	0	91	28	12	6	54	1.60
24841768--24841799	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
24842696--24842734	13	3.1	13	88	3	62	41	7	12	38	1.72
24843771--24843899	61	2.1	61	91	1	206	24	9	16	49	1.75
24844731--24845030	149	2.0	149	98	0	582	40	10	22	27	1.87
24847119--24847188	35	2.0	35	97	0	131	47	12	8	31	1.72
24849687--24849744	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
24851901--24851968	31	2.2	32	83	2	84	52	8	10	27	1.65
24852240--24852272	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
24852396--24852458	30	2.1	30	96	0	117	57	12	3	26	1.51
24857001--24857098	43	2.3	43	85	5	137	28	23	16	31	1.96
24864578--24864664	42	2.0	43	82	6	106	31	26	13	28	1.94
24866126--24866158	17	1.9	17	88	11	50	48	18	0	33	1.48
24879314--24879359	20	2.3	21	77	11	60	34	6	15	43	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24885618--24885700	5	15.4	5	76	10	67	57	2	1	38	1.19
24885618--24885700	18	4.7	18	75	13	73	57	2	1	38	1.19
24897813--24898037	94	2.4	94	83	7	260	22	29	19	28	1.98
24898373--24898455	30	2.8	30	94	0	139	30	27	9	32	1.89
24906431--24906481	22	2.3	22	77	12	52	41	0	3	54	1.19
24911804--24911847	14	2.8	16	86	10	56	63	4	0	31	1.14
24914880--24914918	21	1.9	20	84	5	51	17	28	41	12	1.87
24915182--24915343	81	2.0	81	98	0	315	18	26	24	30	1.98
24916219--24916395	48	3.7	47	82	6	194	24	28	19	27	1.98
24920664--24920888	48	4.7	48	75	6	188	21	28	20	28	1.98
24920658--24920898	96	2.5	95	78	2	250	22	28	20	29	1.98
24923125--24923344	41	5.3	42	83	7	272	38	24	18	19	1.93
24930726--24931006	48	5.9	48	77	5	237	25	29	19	25	1.98
24930732--24930997	96	2.8	97	81	4	326	24	29	19	26	1.98
24932353--24932393	22	1.9	22	90	5	66	17	26	43	12	1.84
24932513--24932568	27	2.0	28	82	3	69	19	41	17	21	1.91
24953326--24953501	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
24953323--24953494	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
24962492--24962701	50	4.2	51	77	4	196	39	16	11	32	1.84
24962486--24962701	100	2.2	100	83	4	265	38	17	12	31	1.86
24966801--24966827	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
24967315--24967492	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24967316--24967471	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24967312--24967492	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
24975505--24975682	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24975506--24975661	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24975502--24975682	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
24993755--24993932	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24993756--24993911	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24993752--24993932	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
25006729--25006907	89	2.0	89	100	0	358	27	11	33	27	1.91
25010955--25011018	29	2.3	30	81	13	82	20	18	23	37	1.94
25011290--25011386	49	2.0	49	97	0	185	23	32	11	31	1.90
25013560--25013628	34	2.1	33	97	2	129	43	8	24	23	1.82
25014036--25014158	47	2.6	47	83	6	142	30	17	28	23	1.97
25030835--25030930	48	2.0	48	97	0	183	34	16	15	33	1.91
25033590--25033622	17	1.9	17	100	0	66	21	30	6	42	1.77
25044294--25044417	43	2.9	43	81	4	153	28	15	26	29	1.96
25045280--25045419	34	4.3	33	68	24	93	27	24	20	27	1.99
25045421--25045458	20	1.9	20	88	0	58	28	28	15	26	1.96
25045499--25045540	22	1.9	22	85	0	57	19	47	4	28	1.69
25050550--25050582	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
25050633--25050675	20	2.0	22	86	8	63	62	6	0	30	1.21
25053299--25053337	21	1.9	20	84	5	51	46	7	7	38	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25068632--25068963	48	6.9	48	73	6	233	24	29	18	27	1.98
25068638--25068961	96	3.4	94	78	6	294	25	29	18	27	1.98
25076308--25076626	96	3.3	96	80	5	326	23	28	19	28	1.98
25076308--25076639	144	2.3	144	85	2	425	24	28	19	28	1.99
25076308--25076638	48	6.9	48	77	7	269	23	28	19	28	1.98
25085768--25085891	44	2.7	47	80	9	150	22	18	30	28	1.97
25092844--25093010	47	3.6	45	75	16	153	25	20	28	24	1.99
25095749--25095811	32	2.0	32	81	3	74	33	11	22	33	1.89
25096315--25096753	50	8.9	50	83	5	511	27	18	30	23	1.98
25098971--25099014	21	2.1	21	83	8	54	27	9	9	54	1.62
25102461--25102598	52	2.7	51	84	6	176	22	15	26	35	1.94
25115926--25116112	41	4.6	41	87	1	277	26	18	25	29	1.98
25115926--25116114	81	2.3	83	88	6	280	25	19	25	29	1.98
25116129--25116197	7	9.9	7	76	4	50	11	2	42	43	1.56
25116164--25116197	14	2.4	14	90	0	59	5	0	50	44	1.26
25120423--25120475	27	2.0	27	92	0	88	35	22	13	28	1.92
25121390--25121460	36	2.0	36	97	0	133	15	16	26	40	1.89
25121839--25121897	31	1.9	30	90	10	93	27	3	1	67	1.16
25125694--25125856	43	3.8	43	85	0	227	25	16	29	28	1.97
25127856--25127891	5	7.2	5	100	0	72	19	0	0	80	0.71
25131287--25131318	16	2.0	16	93	0	55	46	0	0	53	1.00
25133858--25133903	20	2.2	20	88	3	65	26	43	13	17	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25133966--25133992	14	1.9	14	100	0	54	29	14	14	40	1.86
25134250--25134337	34	2.6	34	85	1	104	27	13	15	43	1.85
25134439--25134650	45	4.7	45	82	1	239	28	19	15	36	1.92
25137116--25137160	21	2.1	22	87	4	65	42	17	8	31	1.80
25159623--25159774	77	2.0	77	100	0	304	46	17	7	27	1.76
25160606--25160644	17	2.3	17	86	8	53	38	0	0	61	0.96
25167501--25167962	99	4.4	98	72	18	297	36	8	9	45	1.66
25167559--25168038	112	4.4	110	75	12	461	35	6	8	48	1.60
25167968--25168017	17	2.7	19	76	17	52	28	0	6	66	1.15
25169604--25169663	30	2.0	29	84	9	77	26	41	1	30	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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