genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  76  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24196481--24196797	47	6.7	47	92	0	483	33	8	29	28	1.87
24203657--24203698	21	2.0	21	95	0	75	47	0	16	35	1.47
24204132--24204173	14	2.9	15	79	13	52	40	2	19	38	1.64
24211627--24211940	157	2.0	157	99	0	619	36	20	12	30	1.89
24214594--24214641	25	1.9	25	83	8	62	66	0	4	29	1.10
24220195--24220236	22	1.9	21	81	18	50	47	26	0	26	1.52
24221257--24221282	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
24221049--24221344	149	2.0	149	91	0	475	30	32	14	22	1.94
24221960--24222044	29	3.0	28	87	3	109	27	34	15	23	1.95
24234376--24234452	24	3.3	24	76	10	79	36	14	19	29	1.91
24234411--24234509	23	4.3	23	76	1	83	33	19	20	27	1.96
24234410--24234509	46	2.2	46	85	1	130	33	19	21	27	1.97
24234449--24234519	23	3.1	23	77	4	72	33	18	22	25	1.96
24263138--24263659	49	10.9	49	94	2	866	28	30	9	31	1.88
24263138--24263656	192	2.7	192	92	1	898	28	30	9	31	1.89
24270210--24270366	68	2.3	68	84	3	201	25	14	18	41	1.89
24275696--24275757	27	2.3	27	100	0	124	30	19	20	29	1.97
24283358--24283843	249	2.0	247	85	2	670	36	11	18	32	1.87
24285191--24285245	25	2.2	25	83	3	65	34	10	7	47	1.66
24285200--24285249	25	2.0	25	100	0	100	32	16	4	48	1.64
24287028--24287139	56	2.0	56	94	0	197	31	12	22	33	1.91
24293869--24293905	19	2.0	19	85	15	51	45	0	0	54	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24293929--24293967	19	1.9	19	85	10	51	38	5	5	51	1.46
24294070--24294160	45	2.0	45	82	2	112	36	29	6	27	1.82
24294143--24294189	17	2.9	16	93	6	85	36	40	0	23	1.55
24313053--24313448	197	2.0	197	99	0	783	27	13	20	38	1.90
24316415--24316444	15	2.1	15	93	6	53	0	13	0	86	0.57
24319654--24319722	24	2.9	24	82	2	86	36	20	21	21	1.95
24319669--24319746	24	3.2	24	80	5	77	33	21	23	21	1.97
24320624--24320662	21	1.9	20	84	5	51	43	7	0	48	1.31
24324761--24324970	105	2.0	105	95	1	377	33	8	21	36	1.84
24326362--24326392	13	2.4	13	100	0	62	45	12	0	41	1.42
24332368--24332419	26	2.0	27	84	3	70	50	0	5	44	1.26
24332859--24332895	16	2.2	18	90	9	60	35	0	5	59	1.20
24332854--24332902	16	2.5	20	69	30	52	40	0	6	53	1.26
24334385--24334446	11	5.8	10	78	12	61	27	27	0	45	1.54
24335589--24335614	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
24336111--24336172	30	2.1	30	84	6	81	30	41	17	9	1.82
24339838--24340407	126	4.5	126	90	0	863	27	17	17	36	1.93
24340474--24340514	22	1.9	21	90	5	64	43	17	0	39	1.49
24340506--24340581	15	4.5	15	72	23	62	50	28	0	21	1.49
24340420--24340680	140	1.9	139	91	4	436	45	18	1	33	1.59
24340775--24340821	23	2.1	22	85	14	62	44	23	0	31	1.54
24343148--24343194	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24347394--24347466	36	2.0	36	97	0	137	15	9	27	47	1.76
24349713--24349894	35	5.1	35	78	2	157	41	17	11	30	1.84
24349742--24349893	70	2.1	72	81	2	173	43	17	9	29	1.81
24355711--24355772	24	2.5	24	81	2	70	50	16	12	20	1.78
24362917--24363009	47	2.0	46	93	2	159	37	10	17	34	1.84
24363375--24363581	53	3.8	54	78	1	218	36	19	25	18	1.94
24364208--24364266	30	2.0	30	100	0	118	38	3	10	47	1.54
24370376--24370582	53	3.8	54	79	3	238	37	17	24	20	1.94
24374066--24374746	140	5.0	140	81	6	673	26	20	22	29	1.99
24374066--24374746	280	2.5	274	81	6	742	26	20	22	29	1.99
24381505--24381791	35	8.0	35	76	8	155	25	20	16	37	1.93
24381536--24381798	37	7.3	36	78	7	264	25	21	17	36	1.95
24381543--24381798	72	3.5	72	82	3	325	25	21	16	36	1.94
24383149--24383326	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24383170--24383325	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24391626--24391803	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24391647--24391802	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24396957--24397004	25	1.9	25	86	0	69	18	25	20	35	1.95
24398514--24398689	70	2.3	75	82	11	193	41	1	19	37	1.59
24399016--24399079	21	3.0	22	75	9	78	20	18	23	37	1.94
24401047--24401176	64	2.0	64	93	0	224	26	13	22	37	1.91
24407893--24408019	63	2.0	63	100	0	254	36	12	18	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24413515--24413539	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
24419077--24419127	25	2.0	25	100	0	102	23	21	11	43	1.85
24424471--24424509	20	2.0	20	94	0	69	46	0	0	53	1.00
24427183--24427356	47	3.7	45	78	15	176	28	18	29	23	1.98
24427183--24427364	94	1.9	93	89	5	278	28	18	29	23	1.97
24427223--24427404	47	3.9	46	84	7	217	30	18	29	22	1.97
24427232--24427403	94	1.8	95	87	6	260	29	18	29	22	1.98
24444514--24444606	45	2.1	45	100	0	186	31	22	10	35	1.89
24444723--24444891	46	3.7	44	80	7	153	23	31	18	26	1.97
24458583--24458844	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
24463989--24464163	46	3.8	46	96	0	314	29	29	21	20	1.98
24471900--24471972	36	2.0	36	100	0	146	50	8	5	35	1.55
24472411--24472545	71	1.9	71	80	8	159	47	2	0	48	1.22
24472454--24472497	21	2.1	21	87	4	63	54	0	0	45	0.99
24472590--24472643	15	3.3	15	74	18	54	53	0	0	46	1.00
24473918--24473986	25	2.8	25	88	0	102	26	24	24	24	2.00
24481429--24481461	15	2.2	15	100	0	66	57	6	6	30	1.47
24483114--24483155	6	6.8	6	97	2	75	69	14	16	0	1.20
24484570--24484651	41	2.0	41	100	0	164	7	19	19	53	1.68
24494480--24494586	43	2.5	42	80	3	124	31	14	24	28	1.95
24506299--24506366	26	2.8	25	82	10	70	32	19	20	27	1.97
24517077--24517120	21	2.2	20	88	12	63	56	34	0	9	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24541006--24541048	15	2.9	15	80	19	54	39	6	9	44	1.64
24543547--24543623	37	2.1	37	100	0	154	41	10	23	24	1.85
24550058--24550710	126	5.2	126	87	1	868	28	18	14	38	1.90
24550058--24550710	249	2.6	251	86	1	918	28	18	14	38	1.90
24551706--24551751	24	1.9	24	100	0	92	67	4	0	28	1.10
24551708--24551754	14	3.6	14	72	21	57	68	2	0	29	1.02
24552079--24552110	13	2.4	14	90	10	50	46	3	0	50	1.17
24552403--24552472	25	2.7	25	75	4	68	50	0	2	47	1.16
24600334--24600584	45	5.6	45	89	2	366	27	26	22	23	1.99
24601273--24601376	38	2.7	37	86	2	127	23	22	25	28	1.99
24601376--24601472	43	2.3	43	94	0	167	12	26	31	28	1.93
24601474--24601634	25	6.4	25	94	0	277	49	10	10	29	1.70
24609786--24609862	3	25.7	3	93	0	91	70	0	6	23	1.11
24611102--24611135	11	3.2	10	88	12	50	82	0	17	0	0.67
24618460--24618637	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24618481--24618636	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24620371--24620410	19	2.1	19	90	0	62	37	27	15	20	1.92
24622310--24622507	27	7.3	27	89	2	281	27	25	8	37	1.85
24622310--24622507	81	2.4	81	92	1	317	27	25	8	37	1.85
24622506--24622661	54	2.9	54	84	3	181	39	20	10	28	1.86
24622539--24622688	81	1.9	81	85	5	214	42	21	8	28	1.81
24622539--24622746	54	3.8	54	80	6	179	41	20	8	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24622539--24622664	27	4.7	27	90	3	191	40	23	7	28	1.82
24622655--24622748	27	3.4	27	80	13	111	41	18	8	31	1.80
24622805--24622869	27	2.4	27	85	10	80	40	15	21	23	1.91
24623691--24623748	25	2.3	25	88	5	82	24	27	22	25	2.00
24623704--24623775	25	3.0	23	82	10	72	29	20	23	26	1.99
24623896--24624029	42	3.2	42	98	0	259	31	14	20	33	1.93
24624053--24624229	31	5.7	31	98	0	338	28	16	26	28	1.97
24628367--24628530	46	3.6	45	86	6	192	23	29	18	28	1.98
24631736--24631808	35	2.1	35	94	0	128	42	10	28	17	1.83
24637232--24637281	26	1.9	26	84	8	66	54	8	4	34	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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