genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  72  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22897938--22898105	90	1.9	90	81	9	209	26	27	18	26	1.98
22898024--22898156	42	3.2	42	81	2	142	30	29	15	25	1.95
22905455--22905537	42	2.0	42	88	4	123	27	30	15	26	1.96
22905571--22905710	48	2.9	48	84	7	167	27	30	15	27	1.95
22909520--22909567	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
22909516--22909567	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
22909515--22909571	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
22909722--22909786	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
22909807--22909940	25	5.6	25	71	11	93	58	2	3	35	1.28
22909796--22909854	14	4.3	13	73	23	50	64	0	3	32	1.10
22910436--22910504	30	2.3	30	94	0	120	24	4	47	23	1.69
22910482--22910747	37	7.2	37	99	0	523	34	2	38	24	1.70
22911217--22911371	76	2.1	75	88	2	231	30	20	15	33	1.93
22911217--22911392	76	2.3	76	84	2	221	34	18	14	31	1.92
22924077--22924117	21	1.9	22	90	5	66	41	17	4	36	1.71
22927939--22928253	3	106.3	3	72	9	218	28	7	0	62	1.28
22934469--22934657	86	2.2	86	85	1	245	28	21	23	26	1.99
22934535--22934692	86	1.8	86	95	0	289	27	22	22	27	1.99
22934555--22935756	130	9.2	130	88	0	1598	30	18	23	27	1.98
22934419--22934829	216	1.9	216	89	2	637	29	19	23	27	1.98
22935335--22935737	86	4.7	87	73	6	298	30	20	23	26	1.98
22935809--22936054	44	5.5	44	71	8	167	26	16	29	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22935712--22936176	178	2.6	178	85	2	580	27	17	26	28	1.98
22936293--22936406	44	2.6	44	83	2	140	31	21	18	28	1.97
22936471--22936554	44	1.9	43	85	2	114	34	20	20	25	1.96
22936337--22936695	183	2.0	182	79	4	393	32	21	19	26	1.97
22936954--22937017	26	2.4	25	78	14	67	40	37	9	12	1.75
22938080--22938384	3	103.7	3	74	11	229	32	6	0	60	1.30
22942711--22942757	24	2.0	24	91	0	76	34	12	17	36	1.87
22943014--22943041	5	5.6	5	100	0	56	21	0	17	60	1.36
22953917--22954094	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
22953938--22954093	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
22957432--22957474	10	4.1	10	77	11	50	55	2	2	39	1.25
22963081--22963226	38	3.9	38	80	4	143	17	23	25	32	1.97
22966932--22967090	43	3.7	42	79	12	182	33	25	17	23	1.96
22974555--22974677	43	2.9	43	82	12	130	34	26	16	23	1.95
22978255--22978321	35	1.9	35	84	0	89	38	0	1	59	1.06
22987652--22987704	24	2.3	25	81	15	69	43	3	0	52	1.19
22987960--22987985	11	2.4	11	100	0	52	92	0	7	0	0.39
22992448--22992501	29	1.9	27	85	7	72	29	27	14	27	1.95
22993470--22993549	27	2.9	27	84	5	106	32	21	23	22	1.98
22993665--22993729	28	2.3	28	94	0	112	32	7	26	33	1.85
23001059--23001123	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
23003868--23003953	42	2.1	40	82	8	102	40	27	10	20	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23006785--23006971	6	30.8	6	76	16	181	48	14	17	19	1.82
23006785--23006971	30	6.4	30	84	11	262	48	14	17	19	1.82
23006785--23006971	85	2.2	85	98	0	356	48	14	17	19	1.82
23007089--23007154	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
23007089--23007162	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
23007113--23007170	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
23007327--23007385	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
23007473--23007555	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
23007754--23007949	27	7.3	27	86	0	257	25	19	19	35	1.96
23007954--23008471	27	19.2	27	83	4	661	40	11	22	26	1.87
23018365--23018524	40	4.0	40	93	0	257	30	26	21	21	1.98
23018342--23018524	80	2.3	80	87	3	262	31	25	20	21	1.98
23024902--23024939	19	2.0	19	100	0	76	26	21	15	36	1.93
23038667--23039095	230	1.9	229	90	5	686	36	16	8	38	1.79
23040679--23040841	3	53.3	3	74	9	100	31	3	2	62	1.25
23040877--23040902	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
23040943--23041041	40	2.4	41	89	3	164	34	21	26	18	1.96
23041180--23041422	118	2.1	118	98	0	468	24	20	11	43	1.85
23041774--23041822	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
23042108--23042146	15	2.7	14	84	7	51	25	0	25	48	1.51
23042100--23042160	7	8.6	7	76	3	50	24	1	24	49	1.60
23042151--23042231	21	3.8	21	71	11	58	17	2	40	39	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23042374--23042440	14	4.7	14	83	3	89	40	4	16	38	1.69
23042959--23043003	22	2.1	21	83	4	54	46	2	0	51	1.13
23043175--23043202	9	3.1	9	100	0	56	78	0	10	10	0.96
23046013--23046043	15	2.0	16	93	6	55	51	3	6	38	1.44
23047338--23047380	22	1.9	23	85	4	61	58	4	0	37	1.19
23047407--23047591	43	4.3	43	86	0	219	25	14	27	32	1.94
23049271--23049315	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
23050835--23050872	6	6.2	6	96	3	67	31	18	34	15	1.92
23051184--23051240	27	2.1	27	100	0	114	22	14	21	42	1.88
23054619--23054679	19	3.2	19	72	23	65	47	6	4	40	1.51
23054623--23054700	38	2.1	38	100	0	156	44	7	5	42	1.55
23054630--23054690	19	3.2	19	73	17	72	44	6	4	44	1.51
23054645--23054705	19	3.2	19	68	22	56	42	8	6	42	1.60
23057339--23057450	56	2.0	57	85	5	156	27	18	7	46	1.75
23064592--23064625	16	2.1	16	89	10	52	70	8	5	14	1.31
23067681--23067751	25	3.0	25	74	13	69	29	21	39	9	1.85
23078449--23078511	33	1.9	33	90	0	99	12	23	26	36	1.91
23083307--23083571	28	9.5	28	97	0	480	25	14	28	31	1.95
23096699--23096851	80	1.9	80	98	0	297	37	5	25	31	1.80
23098375--23098472	28	3.5	28	92	1	162	27	12	27	32	1.92
23098375--23098485	28	4.0	27	88	3	107	29	11	25	33	1.91
23103279--23103305	7	3.9	7	100	0	54	74	0	11	14	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23105980--23106162	40	4.6	40	81	6	203	26	27	20	25	1.99
23105980--23106161	79	2.3	80	80	9	203	26	28	20	25	1.99
23107408--23107453	24	1.9	24	86	8	67	6	17	2	73	1.14
23112347--23112826	27	17.6	27	97	1	852	25	14	29	30	1.95
23112347--23112826	82	5.9	82	96	1	874	25	14	29	30	1.95
23118795--23118919	62	2.0	62	100	0	250	21	20	24	33	1.97
23122728--23122879	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
23122728--23122879	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
23126676--23126723	24	2.0	24	100	0	96	29	25	20	25	1.99
23133448--23133625	48	3.7	49	77	7	150	28	16	30	23	1.96
23135778--23135809	16	2.0	16	93	0	55	25	21	12	40	1.88
23137339--23137533	40	4.9	40	82	8	220	22	28	24	24	2.00
23137339--23137532	80	2.4	79	84	5	248	22	28	24	24	2.00
23139320--23139460	71	2.0	71	97	0	264	21	33	18	26	1.97
23139477--23139625	74	2.0	74	97	0	280	20	22	19	37	1.94
23145282--23145466	80	2.3	79	84	6	239	22	27	25	24	2.00
23145282--23145463	40	4.6	39	84	10	217	22	28	25	23	1.99
23161686--23161716	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
23161683--23161722	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
23161908--23162162	55	4.8	54	78	8	233	22	25	16	34	1.95
23166831--23166871	22	1.9	22	90	5	66	9	36	29	24	1.87
23175326--23175385	29	2.1	29	90	0	93	33	25	10	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23188412--23188491	40	2.0	40	100	0	160	27	15	27	30	1.96
23196412--23196599	40	4.7	40	90	1	279	24	20	28	27	1.99
23196412--23196638	80	2.8	80	84	4	289	25	19	27	27	1.99
23209920--23210017	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
23209948--23210032	27	3.0	27	87	5	98	30	11	24	32	1.91
23216126--23217236	47	23.6	47	97	0	2033	31	8	30	29	1.87
23217357--23217432	37	2.1	37	89	0	116	22	18	32	26	1.97
23228384--23228408	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
23229056--23229202	73	2.0	75	90	2	235	49	6	10	32	1.64
23239630--23239707	37	2.1	37	87	0	111	23	17	28	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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