genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  60  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18923845--18923896	25	1.9	27	81	14	63	42	13	9	34	1.77
18926359--18926495	6	22.3	6	70	15	75	48	13	18	18	1.81
18926385--18926516	19	6.7	19	67	19	74	47	13	19	18	1.82
18926368--18926453	37	2.3	37	87	0	118	51	12	17	18	1.76
18926429--18926513	31	2.7	32	73	21	81	47	11	22	18	1.81
18926488--18926545	25	2.3	25	80	11	73	50	10	15	24	1.75
18926380--18926544	62	2.7	62	79	1	188	48	12	18	20	1.80
18926753--18926805	27	2.0	27	100	0	106	32	11	18	37	1.87
18932869--18932929	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
18942931--18942966	16	2.2	17	90	5	56	44	33	2	19	1.65
18942945--18942989	23	2.0	23	87	12	67	46	35	0	17	1.49
18943925--18943972	21	2.3	21	96	3	89	37	8	8	45	1.64
18944247--18944324	40	2.0	39	82	7	95	38	5	5	51	1.46
18945427--18945465	18	2.2	18	90	9	62	41	2	0	56	1.13
18952438--18952475	17	2.2	18	85	4	51	7	42	7	42	1.63
18953833--18953950	45	2.7	44	80	3	121	27	16	19	36	1.94
18954815--18954841	11	2.5	11	100	0	54	66	14	7	11	1.43
18957760--18957788	12	2.5	12	94	5	51	37	0	10	51	1.36
18957860--18957892	15	2.2	15	94	0	57	39	9	15	36	1.79
18958279--18958345	34	2.0	34	100	0	134	58	5	20	14	1.58
18971368--18971397	15	2.0	15	93	0	51	56	6	3	33	1.42
18976765--18976846	39	2.1	39	86	2	110	34	31	19	14	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18976832--18976889	30	1.9	30	100	0	116	32	27	22	17	1.96
18976862--18977019	39	4.3	39	78	16	201	32	29	18	18	1.95
18976924--18976980	30	1.9	30	89	7	89	36	29	15	17	1.91
18976888--18977019	69	1.9	69	92	3	221	32	29	19	18	1.96
18977092--18977168	28	2.8	28	78	7	93	29	23	9	37	1.86
18978538--18978580	21	2.0	21	100	0	86	32	9	18	39	1.83
18978977--18979006	10	3.0	10	95	0	51	13	0	0	86	0.57
18980897--18980940	6	6.8	6	80	14	52	79	2	4	13	0.98
18987255--18987304	10	5.0	10	85	0	73	64	2	10	24	1.35
18988262--18988307	9	5.1	9	94	0	83	45	13	10	30	1.77
18990749--18990800	26	2.0	26	100	0	104	46	11	11	30	1.76
18992500--18992552	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
18993097--18993194	24	4.0	24	86	1	124	20	37	4	37	1.72
18993649--18993673	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
18993914--18993969	22	2.6	21	80	11	60	60	0	8	30	1.27
18993865--18993995	19	6.9	19	67	22	71	61	0	4	32	1.21
18995640--18995893	119	2.1	119	100	0	508	24	22	20	33	1.97
18995732--18996180	205	2.2	205	82	5	609	28	21	17	32	1.96
18997230--18997254	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
19005388--19005425	16	2.4	16	100	0	76	15	34	10	39	1.82
19008534--19008595	22	2.8	24	78	11	69	61	1	6	30	1.31
19008634--19008678	20	2.5	17	86	13	63	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19011772--19011805	16	2.1	16	88	0	50	55	2	2	38	1.30
19020136--19020278	43	3.3	43	76	11	143	27	17	24	30	1.97
19029078--19029311	130	1.8	128	80	4	283	32	15	17	34	1.91
19029078--19029327	129	1.9	128	79	4	279	32	16	17	34	1.92
19029542--19029627	3	28.7	3	86	9	113	67	1	3	27	1.14
19031419--19031462	22	2.0	21	87	12	63	34	4	13	47	1.63
19039153--19039222	16	4.4	16	94	0	113	20	41	25	12	1.88
19041741--19041791	3	17.0	3	91	0	75	66	5	0	27	1.14
19041840--19041884	21	2.3	18	85	11	54	68	0	8	22	1.16
19043582--19044454	44	19.7	44	70	11	444	30	19	15	33	1.94
19043616--19044454	89	9.4	87	69	13	363	31	19	15	33	1.93
19043616--19044450	133	6.3	134	79	7	666	31	20	15	33	1.93
19043785--19044291	135	3.8	127	79	15	528	31	18	14	35	1.91
19043898--19044454	140	4.1	136	81	7	558	31	18	15	34	1.92
19049263--19049301	17	2.2	18	86	4	53	5	30	0	64	1.15
19056312--19056356	21	2.3	18	85	11	54	68	0	8	22	1.16
19058585--19058812	98	2.3	98	80	4	237	22	27	20	29	1.98
19058560--19058812	49	5.2	49	74	11	155	22	27	19	29	1.98
19059375--19059417	21	2.0	21	95	0	77	32	20	4	41	1.73
19063375--19063415	19	2.2	19	100	0	82	36	17	29	17	1.92
19071102--19071223	45	2.6	46	86	8	151	24	18	31	25	1.97
19071192--19071316	47	2.7	47	80	6	148	28	15	29	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19078723--19078761	18	2.2	18	90	0	60	30	10	33	25	1.89
19078759--19078930	93	1.8	94	83	6	233	27	16	29	26	1.97
19078756--19078907	46	3.3	44	80	12	171	28	15	28	26	1.96
19083296--19083347	25	2.1	25	92	0	86	55	3	5	34	1.42
19085928--19086054	40	3.2	40	88	2	184	31	16	29	22	1.96
19091323--19091466	33	4.3	33	71	10	94	27	23	14	34	1.94
19091308--19091534	101	2.2	101	87	1	321	27	23	15	33	1.95
19094338--19094363	13	2.0	13	100	0	52	30	23	0	46	1.53
19095181--19095229	24	2.0	24	92	0	80	44	14	2	38	1.56
19095192--19095243	23	2.2	24	82	3	61	42	17	1	38	1.60
19096185--19096209	13	1.9	13	100	0	50	24	32	0	44	1.54
19096701--19096917	45	4.8	45	74	15	162	26	16	12	44	1.83
19109178--19109242	31	2.1	31	100	0	130	40	12	18	29	1.87
19120699--19120945	49	5.0	49	86	2	341	25	18	26	28	1.98
19120803--19120886	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
19123391--19123491	50	2.0	50	96	0	184	31	22	22	22	1.98
19133776--19133812	14	2.6	14	91	0	56	2	32	0	64	1.07
19134140--19134207	31	2.2	30	82	12	77	19	1	4	75	1.06
19134157--19134207	15	3.2	17	74	23	56	17	0	3	78	0.90
19135852--19135904	6	8.7	6	75	4	52	16	3	3	75	1.10
19148221--19148274	26	2.2	25	83	12	67	18	0	24	57	1.40
19152066--19152141	30	2.5	30	82	0	89	28	23	9	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19152126--19152319	30	6.5	30	71	12	112	24	23	11	40	1.87
19152261--19152316	29	1.9	29	88	0	85	16	25	14	44	1.84
19153898--19154005	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
19158139--19158171	14	2.4	14	100	0	66	27	0	12	60	1.32
19159895--19159987	48	2.0	46	83	6	116	45	11	12	30	1.78
19160528--19160569	21	2.0	21	85	0	57	69	2	14	14	1.30
19162157--19162412	80	3.2	80	92	3	403	23	22	27	26	2.00
19162157--19162386	40	5.8	40	95	1	392	23	22	27	26	1.99
19168984--19169021	20	1.9	20	88	0	58	89	0	10	0	0.49
19170278--19170575	40	7.5	40	91	1	422	22	22	27	26	1.99
19180917--19180941	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
19185375--19185407	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
19197407--19197478	32	2.3	31	90	4	110	11	27	2	58	1.46
19198256--19198352	29	3.4	28	72	12	90	29	14	30	24	1.95
19218847--19218877	15	2.0	16	93	6	55	58	0	0	41	0.98
19229720--19229765	18	2.7	16	81	15	56	32	2	8	56	1.42
19230758--19230793	16	2.2	16	90	0	54	2	19	0	77	0.88
19231935--19232128	38	4.9	40	69	18	138	54	3	4	37	1.37
19231935--19232008	19	3.9	18	77	8	76	56	4	1	37	1.27
19231878--19232147	122	2.2	122	98	0	524	55	2	5	36	1.37
19231878--19232068	63	3.1	63	68	14	198	53	2	6	36	1.41
19232057--19232130	19	3.9	18	77	8	76	56	4	1	37	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19232105--19232165	9	6.7	9	74	9	52	62	0	1	36	1.05
19232100--19232160	29	2.1	28	87	9	86	62	0	0	37	0.96
19237262--19237319	30	1.9	31	89	3	91	31	22	5	41	1.76
19243284--19243341	30	1.9	30	92	0	98	31	24	6	37	1.82
19245895--19246083	95	2.0	95	97	0	360	33	11	20	34	1.88
19246434--19246559	47	2.7	47	94	0	225	34	12	26	26	1.92
19246529--19246761	48	4.8	48	88	4	342	36	7	26	30	1.83
19246530--19246757	98	2.4	96	86	5	332	36	7	26	29	1.84
19246908--19247016	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
19254275--19254400	47	2.7	47	94	0	225	34	12	26	26	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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