genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  87  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28746828--28746889	31	2.0	31	90	0	97	25	17	11	45	1.82
28747025--28747099	22	3.4	22	73	14	82	60	10	14	14	1.60
28756052--28756227	40	4.4	40	92	3	259	25	27	22	24	2.00
28765977--28766200	47	4.8	48	77	10	214	29	19	28	22	1.98
28765932--28766199	46	5.7	46	77	10	163	29	19	27	23	1.98
28765937--28766199	140	1.9	141	84	4	352	29	19	27	23	1.98
28770993--28771052	30	2.0	30	83	0	75	30	26	6	36	1.82
28778802--28778879	38	2.1	37	92	7	131	44	15	8	30	1.77
28781264--28781439	40	4.5	40	85	6	218	24	27	23	24	2.00
28782862--28782981	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
28789481--28789705	40	5.6	40	85	2	290	23	27	24	25	2.00
28789445--28789705	80	3.3	80	83	3	303	23	26	24	25	2.00
28793276--28793314	20	1.9	21	89	5	62	41	12	15	30	1.85
28804977--28805102	28	4.5	28	88	2	173	31	28	13	26	1.94
28804976--28805102	55	2.3	57	87	2	186	31	29	13	25	1.94
28828511--28828642	54	2.4	54	97	0	246	27	18	25	28	1.98
28830965--28831012	25	1.9	25	87	8	71	29	6	0	64	1.18
28839238--28839297	25	2.6	21	70	25	50	26	8	0	65	1.21
28839240--28839287	25	1.9	25	87	8	71	29	6	0	64	1.18
28842221--28842512	145	2.0	145	100	0	584	31	19	29	19	1.96
28850267--28850297	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
28850264--28850303	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28850541--28850685	53	2.7	53	81	6	166	23	24	17	33	1.96
28850541--28850713	53	3.2	52	77	11	154	24	25	16	34	1.95
28857127--28857157	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
28857124--28857163	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
28861591--28861754	74	2.2	73	90	4	256	23	14	33	29	1.93
28867196--28868031	418	2.0	418	100	0	1672	25	15	29	28	1.96
28867739--28868912	587	2.0	587	100	0	2348	28	16	29	26	1.97
28872374--28872469	27	3.7	26	86	5	133	28	21	23	26	1.99
28876635--28876809	52	3.5	50	86	4	235	27	13	30	28	1.94
28876635--28876809	51	3.5	51	87	4	239	27	13	30	28	1.94
28882678--28882702	13	1.9	13	100	0	50	24	32	32	12	1.91
28894133--28894233	29	3.5	29	90	1	150	29	28	14	26	1.95
28905090--28905154	28	2.3	28	89	0	94	29	9	29	32	1.88
28905438--28905469	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
28908571--28908840	135	2.0	135	99	0	531	36	12	20	31	1.89
28909604--28909860	47	5.4	47	85	6	331	34	9	29	26	1.88
28912288--28912361	38	1.9	38	86	5	105	31	18	25	24	1.98
28912420--28912816	40	9.9	40	92	0	632	26	21	26	25	2.00
28916324--28916468	40	3.6	40	85	4	184	25	24	26	24	2.00
28918387--28918416	14	2.1	14	93	0	51	20	6	10	63	1.47
28919120--28919155	16	2.2	16	90	0	54	27	5	2	63	1.30
28925156--28925202	18	2.6	18	76	6	51	19	8	0	72	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28927341--28927378	18	2.2	17	90	4	58	23	7	31	36	1.84
28928161--28928222	14	4.7	14	69	15	60	33	4	0	61	1.17
28928150--28928230	38	2.1	38	97	0	153	37	3	1	58	1.24
28932746--28932920	46	3.8	45	76	7	181	29	28	20	22	1.98
28932754--28932925	93	1.8	93	91	0	281	28	28	20	22	1.99
28938408--28938473	33	2.0	33	93	0	114	36	12	30	21	1.90
28942809--28943305	87	5.7	87	66	14	297	33	19	19	27	1.96
28942711--28943256	175	3.1	175	93	0	923	34	20	19	25	1.96
28944870--28944931	14	4.7	14	69	15	60	33	4	0	61	1.17
28944859--28944939	38	2.1	38	97	0	153	37	3	1	58	1.24
28945143--28945167	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
28948640--28948795	40	3.9	40	79	5	163	30	20	21	28	1.98
28948743--28948997	101	2.5	101	87	5	363	30	18	22	28	1.98
28948842--28949102	140	1.8	139	83	6	337	29	18	22	29	1.97
28949874--28949942	35	2.0	35	82	5	86	36	1	5	56	1.32
28950075--28950197	42	2.9	43	83	2	167	25	15	30	29	1.96
28951286--28951433	40	3.7	39	83	1	161	33	21	20	23	1.97
28951286--28951433	80	1.9	80	82	2	190	33	21	20	23	1.97
28951440--28951824	141	2.7	141	85	5	481	31	20	21	27	1.98
28951618--28951725	40	2.8	40	80	8	116	26	23	24	25	2.00
28952497--28952643	77	1.9	76	94	4	262	29	4	7	58	1.44
28952669--28952737	35	2.0	35	82	5	86	36	2	4	56	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28952870--28953030	43	3.7	42	79	6	189	24	16	30	27	1.97
28953017--28953055	18	2.2	18	95	0	69	12	12	51	23	1.74
28954539--28954614	38	2.0	38	97	0	143	35	23	14	26	1.93
28956843--28957015	46	3.7	46	78	13	201	28	29	20	21	1.98
28956850--28957021	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
28957756--28959826	518	4.0	518	98	0	4034	36	18	12	33	1.88
28961017--28961311	54	5.5	54	85	0	347	39	18	9	32	1.83
28961017--28961310	81	3.6	81	86	0	345	39	18	9	32	1.83
28961017--28961311	27	10.9	27	86	0	311	39	18	9	32	1.83
28961342--28961938	27	21.6	27	87	5	771	34	19	21	24	1.97
28961388--28961417	15	2.0	15	100	0	60	33	13	26	26	1.93
28961361--28961444	42	2.0	42	97	0	159	34	19	22	23	1.96
28962606--28962707	27	3.8	27	85	7	127	18	22	21	37	1.94
28962844--28962913	6	11.3	6	77	17	72	18	15	15	50	1.79
28965119--28965155	18	2.0	19	89	5	58	35	16	0	48	1.46
28969179--28969388	46	4.7	46	74	15	147	25	28	18	28	1.98
28969180--28969344	85	1.9	88	81	10	207	25	29	17	27	1.97
28973297--28973448	67	2.2	69	81	10	188	34	17	28	20	1.95
28976416--28976729	158	2.0	158	94	0	556	38	26	12	22	1.90
28977510--28977634	43	2.9	42	79	9	119	31	24	18	26	1.98
28977559--28977678	44	2.8	42	79	8	116	31	26	16	25	1.96
28980763--28980889	49	2.6	49	88	3	177	28	22	28	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28987955--28988072	46	2.5	46	83	5	130	31	14	27	27	1.95
28988049--28988163	44	2.5	44	78	7	122	26	20	26	26	1.99
29014422--29014484	27	2.3	27	80	0	63	17	30	17	34	1.93
29016203--29016426	46	4.8	46	83	7	215	26	19	30	24	1.98
29017254--29017310	25	2.3	25	81	0	69	19	33	31	15	1.93
29022353--29022462	58	1.9	55	89	5	166	27	34	20	18	1.95
29024366--29024407	20	2.0	21	82	13	52	54	11	9	23	1.66
29026107--29026193	27	3.3	26	82	4	93	60	6	1	31	1.30
29026119--29026195	26	2.9	26	86	1	100	59	7	2	29	1.39
29026202--29026258	26	2.2	26	87	0	78	61	3	3	31	1.30
29026370--29026432	27	2.3	28	83	5	76	61	4	3	30	1.32
29026346--29026440	27	3.6	26	76	12	68	61	5	4	29	1.37
29027572--29027633	21	2.9	21	69	11	54	50	24	1	24	1.59
29027674--29027767	21	4.4	22	72	7	68	50	22	1	26	1.56
29027683--29027758	14	5.3	15	75	12	70	52	18	1	27	1.53
29027727--29027779	21	2.5	21	84	0	70	54	24	0	20	1.44
29028123--29028154	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
29028256--29028623	188	2.0	187	82	6	449	35	19	16	28	1.94
29031449--29031495	24	2.0	24	91	0	76	27	21	10	40	1.86
29031714--29031816	14	7.8	13	72	17	52	40	0	6	52	1.28
29031710--29031813	39	2.7	39	96	0	190	39	0	6	53	1.27
29031770--29031891	29	4.1	28	72	15	102	45	0	4	50	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29031745--29031865	61	2.0	62	93	1	208	42	0	5	51	1.26
29032156--29032276	9	13.7	9	84	5	122	46	20	1	31	1.61
29032113--29032175	32	2.0	31	81	12	74	46	17	4	31	1.69
29036776--29037134	47	7.6	47	89	3	540	30	29	7	32	1.86
29036776--29037134	96	3.8	96	91	2	555	30	29	7	32	1.86
29040511--29040580	29	2.4	29	85	7	97	32	50	1	15	1.53
29040556--29040591	18	2.0	18	94	0	63	25	58	0	16	1.38
29041273--29041516	126	1.9	126	96	0	452	28	17	16	37	1.91
29047351--29047495	39	3.7	40	86	4	143	27	21	24	26	1.99
29047420--29047505	39	2.2	39	87	8	122	25	22	27	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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