genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   

This is table  66  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20794965--20795184	48	4.6	48	83	4	237	27	16	29	27	1.97
20794965--20795184	96	2.3	97	84	2	273	27	16	29	27	1.97
20794965--20795232	96	2.8	95	81	4	259	28	16	27	27	1.97
20795157--20795280	48	2.6	48	80	5	135	26	18	27	27	1.98
20797231--20797267	18	2.1	18	94	0	65	27	13	5	54	1.61
20806782--20806833	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
20806866--20806902	16	2.3	16	90	0	65	35	0	0	64	0.94
20806926--20806969	22	2.0	22	90	0	70	45	0	0	54	0.99
20806874--20806955	31	2.5	33	73	15	80	48	0	1	50	1.08
20812986--20813214	90	2.6	90	93	2	381	55	12	5	26	1.58
20815389--20815631	56	4.4	56	80	8	266	30	11	15	42	1.83
20815478--20815575	50	2.0	50	89	0	151	32	10	14	42	1.79
20815431--20815634	106	1.9	106	88	2	311	31	11	14	42	1.82
20815537--20815670	56	2.4	57	81	7	150	31	11	13	43	1.80
20817501--20817533	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
20817609--20817658	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
20824257--20824434	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
20824258--20824413	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
20824254--20824434	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
20832447--20832624	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
20832448--20832603	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
20832444--20832624	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20837719--20837775	16	3.6	16	95	0	87	29	0	36	33	1.58
20838021--20838055	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
20838155--20838196	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
20837908--20838220	154	2.0	155	95	2	567	44	3	5	46	1.41
20838164--20838205	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
20837969--20838276	154	2.0	153	82	5	357	47	4	3	44	1.39
20838289--20838327	17	2.5	15	80	15	51	51	0	5	43	1.24
20838294--20838327	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
20838325--20838551	91	2.5	91	85	6	264	48	3	3	44	1.37
20838376--20838519	47	3.1	46	64	25	106	50	4	2	43	1.33
20838325--20838511	44	4.1	43	69	17	112	48	3	2	45	1.32
20838394--20838532	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
20839578--20839605	12	2.3	12	100	0	56	35	25	25	14	1.93
20840604--20840654	24	2.1	24	100	0	102	33	7	23	35	1.84
20841193--20841234	18	2.4	18	84	11	52	66	7	2	23	1.28
20841203--20841239	18	2.1	17	90	5	56	64	5	2	27	1.28
20841345--20841423	28	2.8	29	83	9	92	63	8	2	25	1.36
20845790--20845820	12	2.7	11	90	9	53	61	9	0	29	1.28
20856598--20856649	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
20860535--20860586	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
20862847--20863272	220	1.9	220	99	0	843	32	17	13	36	1.89
20871328--20871389	14	4.1	15	75	24	51	64	0	20	14	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20871336--20871389	14	3.7	13	76	23	54	62	0	22	14	1.31
20871329--20871387	31	1.9	31	92	0	100	62	0	22	15	1.32
20882079--20882178	28	3.6	28	75	6	96	24	16	35	25	1.95
20882792--20882838	24	1.9	25	91	4	78	19	4	51	25	1.65
20889771--20889807	16	2.3	16	95	0	65	37	10	35	16	1.83
20893151--20893309	43	3.7	42	71	12	119	25	15	25	33	1.95
20901302--20901464	42	3.9	41	82	10	161	30	24	14	30	1.95
20901302--20901464	84	1.9	84	85	4	222	30	24	14	30	1.95
20902919--20903096	89	2.0	89	96	0	329	23	13	30	32	1.93
20912489--20912517	12	2.3	13	94	5	51	20	6	13	58	1.58
20914489--20914734	49	4.9	50	82	4	300	26	17	27	29	1.98
20921662--20921727	27	2.4	27	78	9	71	34	18	18	28	1.94
20921958--20922002	22	2.0	22	91	0	72	8	31	28	31	1.88
20928417--20928469	18	2.9	18	91	0	79	43	13	22	20	1.86
20928788--20929269	27	18.0	27	86	1	556	42	18	14	24	1.88
20942901--20942989	34	2.6	34	82	12	101	25	21	29	23	1.99
20949547--20949601	23	2.3	23	93	3	92	18	14	20	47	1.83
20950791--20950856	34	1.9	34	84	0	87	25	19	27	27	1.99
20953469--20953495	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
20960876--20961034	43	3.7	43	77	11	175	28	29	18	23	1.98
20971765--20971793	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
20977083--20977440	48	7.7	48	69	11	185	28	20	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20977193--20977440	96	2.7	89	78	11	250	28	19	26	25	1.99
20988025--20988155	47	2.8	48	87	2	176	33	28	15	22	1.94
20992765--20992947	40	4.6	40	93	1	287	25	28	23	22	1.99
20992765--20992947	79	2.3	80	91	0	287	25	28	23	22	1.99
20992765--20992985	40	5.6	38	82	8	203	25	28	22	23	1.99
21002510--21002805	39	7.5	39	93	1	448	23	30	25	21	1.99
21009438--21009471	17	1.9	18	88	5	52	50	5	2	41	1.42
21010716--21010831	43	2.7	43	77	4	128	31	27	16	24	1.96
21016714--21016775	26	2.4	26	100	0	124	54	0	16	29	1.42
21017495--21017523	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
21018922--21019001	40	2.0	40	95	0	142	33	11	20	35	1.88
21033101--21033329	48	4.9	48	68	11	150	30	25	18	25	1.98
21039554--21039747	107	1.8	106	81	5	239	32	18	25	23	1.97
21055819--21055977	43	3.7	43	80	9	173	31	24	18	25	1.97
21055819--21055978	86	1.9	85	84	6	216	31	24	18	25	1.97
21059946--21060080	23	5.8	23	73	14	98	19	1	31	47	1.58
21067785--21067815	7	4.4	7	100	0	62	29	0	0	70	0.87
21070351--21070403	22	2.4	21	77	22	56	39	5	7	47	1.56
21070353--21070400	20	2.3	21	85	7	62	39	6	8	45	1.59
21072263--21072295	17	1.9	17	93	0	57	69	0	9	21	1.15
21073951--21074130	48	3.8	48	71	15	140	29	23	21	26	1.99
21077723--21078470	373	2.0	373	98	0	1451	38	11	19	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21079418--21079462	21	2.2	21	84	4	56	24	11	2	62	1.40
21091193--21091263	20	3.5	20	77	7	81	47	12	11	28	1.76
21092474--21092553	28	2.9	28	83	9	101	30	31	16	22	1.96
21104520--21104558	17	2.3	17	86	0	51	46	15	17	20	1.84
21118723--21118830	27	4.0	26	89	7	144	35	22	23	19	1.96
21122164--21122193	15	2.0	15	93	0	51	40	13	16	30	1.87
21124553--21124605	26	2.0	26	100	0	106	33	7	35	22	1.83
21127583--21127628	18	2.5	18	89	3	65	43	0	34	21	1.53
21139370--21139544	46	3.8	46	76	10	176	29	29	20	21	1.98
21139377--21139548	93	1.8	93	89	0	272	29	29	20	21	1.98
21141520--21141694	46	3.8	46	76	13	196	29	31	20	18	1.97
21141527--21141699	93	1.9	93	93	0	301	28	31	20	19	1.97
21144021--21144151	19	6.9	19	68	6	77	28	12	14	44	1.82
21144375--21144510	72	1.9	71	82	7	168	22	15	10	52	1.72
21144874--21144918	20	2.3	20	84	3	65	44	0	6	48	1.29
21145011--21145041	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
21147902--21147953	21	2.5	21	75	6	52	46	34	7	11	1.69
21148029--21148068	20	2.0	20	90	0	62	27	5	25	42	1.75
21148078--21148116	20	2.0	20	89	0	60	17	12	33	35	1.88
21151352--21151956	302	2.0	302	99	0	1192	28	16	19	36	1.93
21158889--21158931	20	2.2	20	95	0	77	25	30	25	18	1.98
21174256--21174289	18	1.9	17	88	5	50	50	2	32	14	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21176383--21176412	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
21181876--21182004	57	2.3	57	90	0	204	31	17	12	39	1.86
21201807--21201855	24	2.0	24	100	0	98	48	0	20	30	1.50
21208811--21209017	53	3.8	53	75	8	204	35	15	25	23	1.94
21216526--21216675	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
21216550--21216733	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
21219558--21219808	55	4.7	54	80	7	239	36	16	25	21	1.94
21220000--21220030	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
21224108--21224163	28	2.0	29	85	3	78	21	41	19	17	1.91
21227771--21227812	18	2.3	19	80	12	52	23	4	9	61	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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