genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   

This is table  82  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26789474--26789650	79	2.2	80	88	5	254	24	23	27	24	2.00
26797648--26797912	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
26797615--26797912	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
26797844--26797921	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
26805596--26805857	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
26811998--26812037	21	2.0	21	95	5	73	20	30	40	10	1.85
26813174--26813397	47	4.8	46	75	11	186	23	30	17	28	1.97
26813226--26813446	94	2.3	92	83	6	237	23	29	17	28	1.97
26815534--26815574	20	2.0	20	100	0	82	43	19	12	24	1.85
26815617--26815785	49	3.4	49	85	1	196	22	26	20	30	1.98
26815756--26816208	46	9.7	46	75	10	321	24	27	19	28	1.98
26815756--26816208	94	4.8	95	74	10	339	24	27	19	28	1.98
26815760--26816205	232	1.9	232	89	0	687	24	27	19	28	1.98
26818085--26818119	18	2.0	18	94	5	63	22	31	34	11	1.90
26820083--26820134	11	4.4	11	73	17	50	44	1	1	51	1.23
26822616--26822661	20	2.5	18	80	19	51	47	8	6	36	1.60
26824686--26824773	44	2.0	42	84	4	113	32	26	19	21	1.97
26825877--26825901	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
26826605--26826638	12	2.8	13	91	8	54	64	29	0	5	1.17
26842723--26842760	17	2.3	16	90	4	58	55	5	2	36	1.37
26854830--26854909	39	2.1	39	97	0	151	35	6	25	33	1.81
26856623--26856667	21	2.1	21	95	0	81	53	26	11	8	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26859111--26859140	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
26860793--26860817	13	1.9	13	100	0	50	32	32	28	8	1.86
26868576--26868608	15	2.1	17	88	11	52	69	15	9	6	1.34
26885963--26886019	18	3.1	18	73	12	53	33	0	43	22	1.54
26894500--26894533	18	1.9	18	88	5	52	50	5	8	35	1.58
26895339--26895398	29	2.0	30	90	3	95	55	13	13	18	1.70
26897578--26897615	19	2.0	19	100	0	76	47	21	21	10	1.80
26898270--26898391	47	2.6	47	96	0	217	24	24	13	36	1.92
26903799--26903841	20	2.2	20	82	0	50	34	2	13	48	1.56
26906449--26906520	26	2.8	26	85	2	101	27	20	11	40	1.87
26906670--26906703	6	5.7	6	96	0	59	17	26	0	55	1.42
26908773--26908898	28	4.5	28	88	2	173	26	13	28	31	1.94
26908773--26908898	55	2.2	57	88	2	184	26	13	28	31	1.94
26908801--26908911	28	4.0	27	89	3	125	28	12	26	32	1.93
26923657--26923708	25	2.1	25	92	0	86	21	13	38	26	1.90
26930638--26930821	67	2.8	64	75	8	176	29	16	29	23	1.97
26934849--26935004	42	3.7	42	84	5	199	28	25	16	30	1.96
26941321--26941470	42	3.5	42	83	3	185	28	24	16	32	1.96
26943771--26943840	26	2.7	26	73	8	70	34	15	8	41	1.78
26944717--26944749	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
26945813--26945877	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
26945983--26946072	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26945993--26946083	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
26945983--26946097	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
26951670--26951911	69	3.5	68	75	6	211	38	22	16	21	1.93
26953448--26953811	69	5.3	69	85	0	467	35	21	21	21	1.96
26956739--26956878	46	3.2	46	60	12	112	43	7	15	33	1.74
26956669--26956927	86	3.0	86	95	1	466	45	8	14	31	1.74
26967203--26968089	209	4.2	209	99	0	1756	33	18	18	30	1.94
26968797--26968851	22	2.5	21	82	8	74	43	0	12	43	1.42
26969807--26969856	23	2.2	23	82	7	57	46	2	20	32	1.62
26970232--26970256	12	2.1	12	100	0	50	16	8	36	40	1.77
26970389--26970429	20	2.0	20	85	9	55	34	4	7	53	1.50
26972402--26972432	16	1.9	16	93	0	53	58	3	3	35	1.31
26975945--26976050	28	3.8	28	82	1	113	29	15	32	23	1.95
26976350--26976609	27	9.7	27	80	1	263	38	21	10	30	1.86
26976350--26976609	54	4.8	54	81	1	308	38	21	10	30	1.86
26976350--26976609	81	3.2	81	80	1	290	38	21	10	30	1.86
26976564--26976641	27	2.9	27	86	3	95	39	20	14	25	1.90
26976574--26976652	27	2.9	27	86	3	106	37	20	17	24	1.93
26980839--26980907	34	2.0	34	91	0	111	39	8	15	36	1.79
26991047--26991109	26	2.4	26	86	0	81	14	22	26	36	1.92
26991091--26991156	25	2.6	25	100	0	132	19	15	31	33	1.93
26999488--26999567	33	2.5	31	79	16	83	45	12	22	20	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26999544--26999656	33	3.5	32	75	9	104	38	13	24	23	1.91
26999649--26999924	31	8.8	31	82	9	310	28	17	27	26	1.98
26999649--26999924	62	4.4	62	85	6	344	28	17	27	26	1.98
26999981--27000045	27	2.4	27	89	0	94	38	13	24	23	1.91
27000100--27000181	34	2.4	34	85	2	112	24	12	29	34	1.91
27001320--27001350	15	2.1	15	100	0	62	61	19	6	12	1.53
27004427--27004466	13	3.1	13	96	0	71	15	30	37	17	1.90
27007220--27007376	43	3.7	42	79	9	142	29	25	19	25	1.99
27009619--27009659	19	2.2	19	100	0	82	48	21	4	24	1.69
27016635--27016804	46	3.7	46	77	10	193	30	29	18	21	1.97
27016643--27016814	93	1.8	93	92	0	290	29	29	19	21	1.98
27016686--27016829	46	3.1	46	67	21	111	30	27	18	22	1.98
27019688--27019712	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
27034834--27035265	178	2.5	172	84	6	555	26	23	20	30	1.98
27044310--27044473	75	2.3	71	84	8	219	30	20	29	20	1.97
27057368--27057396	8	3.6	8	100	0	58	37	0	24	37	1.56
27057724--27057776	26	2.1	26	86	10	74	50	0	11	37	1.38
27069906--27070123	40	5.5	40	88	2	289	22	22	29	25	1.99
27083415--27083549	28	4.9	28	94	2	220	32	28	13	25	1.93
27083415--27083549	55	2.5	55	95	0	234	32	28	13	25	1.93
27090410--27090889	27	17.6	27	97	1	474	30	29	14	25	1.95
27090410--27090889	54	8.8	54	96	1	852	30	29	14	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27090410--27090889	82	5.9	82	97	1	874	30	29	14	25	1.95
27093166--27093195	13	2.3	13	94	0	51	46	23	0	30	1.52
27094489--27094617	46	2.8	46	96	0	231	20	21	28	29	1.98
27098966--27099172	53	3.8	54	78	1	209	19	22	18	39	1.92
27103793--27103852	29	2.1	29	96	0	111	25	21	23	30	1.99
27111099--27111284	95	2.0	95	98	0	363	47	13	11	26	1.78
27115168--27115390	39	5.6	39	84	7	233	25	27	21	25	1.99
27115168--27115390	79	2.8	80	82	12	248	25	27	21	25	1.99
27121714--27121801	46	1.9	46	97	0	167	35	20	3	40	1.69
27121715--27121787	22	3.2	22	65	14	58	36	19	4	39	1.71
27122025--27122289	40	6.7	40	87	4	349	26	27	20	24	1.99
27122025--27122287	119	2.2	120	85	4	354	26	27	20	25	1.99
27122779--27123626	56	15.1	56	99	0	1687	23	23	8	44	1.81
27127761--27127877	45	2.6	45	86	5	159	26	27	23	23	2.00
27127980--27128372	45	8.7	45	98	0	759	28	26	20	24	1.99
27129155--27129335	25	7.2	25	92	0	299	48	11	12	28	1.75
27135714--27135851	45	3.2	44	81	12	153	26	30	18	24	1.98
27136674--27136819	25	5.8	25	86	0	193	45	10	15	28	1.80
27136673--27136819	75	2.0	75	90	0	231	44	10	15	28	1.80
27140039--27140139	28	3.6	28	73	5	87	25	26	14	32	1.95
27145018--27145128	43	2.6	43	76	8	118	33	25	13	27	1.93
27148951--27149226	48	5.8	48	80	5	238	27	21	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27148938--27149220	96	2.9	96	83	4	313	26	20	28	24	1.99
27182939--27183028	39	2.3	39	88	0	126	25	24	17	32	1.97
27186833--27186874	21	2.0	21	100	0	84	38	4	19	38	1.73
27207251--27207426	46	3.8	46	76	15	191	21	19	28	30	1.98
27207248--27207417	93	1.8	93	92	0	286	21	20	28	29	1.98
27210353--27210432	15	5.4	15	75	7	74	12	17	12	57	1.65
27212822--27213731	46	19.8	46	96	1	1646	21	17	28	31	1.96
27215633--27215662	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
27216949--27217164	43	5.0	43	79	6	208	30	25	15	29	1.96
27216945--27217157	86	2.5	87	82	4	254	31	24	15	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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