genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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This is table  85  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28021755--28021972	40	5.5	40	93	1	350	23	23	28	24	2.00
28030012--28030233	40	5.6	40	96	1	385	26	24	27	22	2.00
28033476--28033665	39	5.0	40	83	10	168	30	31	21	17	1.96
28033503--28033643	72	2.0	72	88	2	212	29	31	21	17	1.96
28039948--28040165	39	5.5	39	90	1	321	30	28	22	18	1.97
28039948--28040165	117	1.8	119	91	3	361	30	28	22	18	1.97
28045484--28045510	9	3.0	9	100	0	54	11	0	22	66	1.22
28046194--28046317	35	3.5	35	82	6	153	26	8	21	42	1.82
28046514--28046587	37	2.0	37	97	0	139	17	5	17	59	1.56
28066022--28066046	13	1.9	13	100	0	50	16	36	40	8	1.77
28068610--28068800	40	4.8	40	86	2	233	23	23	29	24	1.99
28079180--28079222	21	2.0	21	100	0	86	41	0	9	48	1.35
28086802--28086888	44	2.0	43	88	0	120	24	22	28	22	1.99
28089469--28089538	35	2.0	35	97	0	131	42	8	30	18	1.80
28094103--28094325	39	5.7	40	83	8	248	25	22	26	25	2.00
28094103--28094325	79	2.8	81	82	9	264	25	22	26	25	2.00
28094103--28094358	79	3.3	79	80	10	208	26	21	26	24	2.00
28102068--28102329	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
28109579--28109684	53	2.0	53	88	0	158	39	12	21	26	1.89
28109921--28110028	54	2.0	54	98	0	207	36	17	11	35	1.85
28111532--28111988	39	11.6	39	93	3	719	25	22	27	23	2.00
28115708--28115936	115	2.0	115	98	1	442	52	6	7	33	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28117162--28117205	22	2.0	22	82	13	54	63	9	15	11	1.51
28126183--28126221	18	2.2	18	90	0	60	61	2	5	30	1.31
28131106--28131509	46	8.5	48	71	13	209	28	18	29	23	1.98
28134499--28134666	85	2.0	85	97	0	318	22	18	18	40	1.91
28143753--28143940	49	3.8	49	79	5	209	29	25	19	26	1.98
28143753--28143945	100	1.9	100	90	4	309	29	24	19	25	1.99
28145156--28145293	46	2.9	47	80	10	140	29	18	29	21	1.97
28145181--28145293	46	2.4	48	83	7	142	30	16	30	21	1.95
28147779--28147820	16	2.5	17	76	7	50	54	7	9	28	1.59
28154562--28154631	17	4.2	17	71	10	54	72	1	4	21	1.09
28154560--28154605	22	2.1	22	84	8	58	73	0	2	23	0.94
28178513--28178567	23	2.3	24	84	12	69	38	5	10	45	1.63
28178988--28179183	57	3.4	57	87	2	250	31	19	17	32	1.95
28180508--28180771	46	5.6	45	72	16	173	26	19	29	24	1.99
28190596--28190818	39	5.6	39	83	7	215	26	21	27	25	1.99
28190596--28190818	79	2.8	81	82	9	248	26	21	27	25	1.99
28190596--28190851	79	3.3	79	78	9	188	26	20	27	24	1.99
28192523--28192566	18	2.4	18	96	0	79	40	27	15	15	1.88
28195346--28195411	19	3.3	20	73	23	68	1	34	0	63	1.04
28195345--28195425	19	4.3	19	73	16	62	1	38	0	60	1.05
28195345--28195415	30	2.4	30	79	6	83	1	38	0	60	1.06
28197192--28197225	6	5.7	6	100	0	68	17	0	0	82	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28200294--28200574	48	5.9	48	78	4	262	25	29	18	27	1.98
28200298--28200574	144	1.9	144	91	1	457	25	29	18	27	1.98
28205440--28205534	40	2.4	40	92	0	154	34	15	20	29	1.93
28207614--28207663	25	1.9	27	84	8	68	22	16	26	36	1.94
28208299--28208373	27	2.8	27	87	2	116	26	9	24	40	1.85
28208302--28208386	27	3.2	27	86	1	109	29	8	23	38	1.84
28208364--28208517	27	5.7	27	84	9	188	38	8	23	29	1.84
28208362--28208532	54	3.2	54	84	1	218	36	8	22	32	1.84
28208361--28208532	81	2.1	81	79	6	197	36	8	22	32	1.84
28211146--28211263	43	2.7	44	84	3	168	36	24	16	22	1.94
28218231--28218350	43	2.8	43	88	2	170	35	22	17	24	1.95
28223873--28223907	16	2.2	16	94	0	61	54	14	17	14	1.72
28223864--28223909	23	2.0	22	87	8	65	50	17	19	13	1.78
28224119--28224279	58	2.8	57	82	3	200	27	13	33	25	1.93
28224119--28224270	29	5.3	29	83	3	175	27	13	32	26	1.93
28229559--28229601	16	2.7	16	85	0	59	51	16	20	11	1.75
28229821--28229966	58	2.5	57	80	2	184	26	14	32	26	1.94
28229807--28229965	29	5.6	29	78	5	135	25	13	33	27	1.94
28232455--28232632	27	6.6	27	83	5	180	28	28	16	26	1.97
28232476--28232631	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
28243628--28243778	42	3.7	42	79	5	182	29	17	25	27	1.97
28243628--28243778	81	1.8	82	82	2	196	29	17	25	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28245206--28245282	29	2.6	30	87	4	120	42	11	25	19	1.85
28245270--28245342	30	2.4	30	86	0	92	35	10	27	26	1.90
28247750--28247927	27	6.6	27	83	5	180	28	28	16	26	1.97
28247771--28247926	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
28260378--28260454	29	2.6	30	87	4	120	42	11	25	19	1.85
28260442--28260514	30	2.4	30	86	0	92	35	10	27	26	1.90
28271514--28271587	37	2.0	37	100	0	148	37	21	5	35	1.77
28272487--28272520	17	2.0	17	88	0	50	44	14	14	26	1.84
28273121--28273167	15	3.1	15	78	9	60	55	2	10	31	1.46
28273118--28273167	16	3.2	16	77	11	59	52	2	12	34	1.50
28275222--28275302	39	2.2	36	80	6	90	34	16	24	24	1.95
28275368--28275909	228	2.4	227	84	1	674	40	16	21	21	1.91
28275261--28275909	76	8.6	76	82	1	604	40	16	21	22	1.91
28276266--28276315	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
28280105--28280137	15	2.1	16	88	5	50	51	0	6	42	1.26
28280443--28280553	53	2.1	52	85	6	143	46	1	14	36	1.55
28287481--28287527	23	2.0	23	95	0	85	51	12	17	19	1.77
28289426--28289473	15	3.3	15	76	5	53	33	0	4	62	1.14
28289602--28289635	14	2.3	15	90	10	52	47	0	0	52	1.00
28291056--28291121	36	1.9	34	87	9	98	63	0	0	36	0.95
28293379--28293477	40	2.5	38	80	6	92	36	37	13	13	1.83
28296261--28296379	51	2.3	54	81	7	147	18	19	20	42	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28296500--28296586	18	4.8	18	80	5	104	33	13	16	36	1.88
28296500--28296586	36	2.4	36	86	0	120	33	13	16	36	1.88
28296504--28296648	18	8.1	18	70	9	62	33	11	18	35	1.87
28297746--28297830	45	1.9	43	84	13	111	24	27	21	27	1.99
28297729--28297933	103	2.0	103	100	0	410	23	28	20	27	1.99
28297831--28297960	45	3.0	45	83	9	155	24	27	21	26	1.99
28297754--28297958	103	2.0	100	85	7	270	24	27	21	26	1.99
28300568--28300609	17	2.5	17	84	0	57	35	0	0	64	0.94
28300610--28300662	23	2.3	23	90	0	79	28	20	26	24	1.99
28309198--28309354	43	3.7	43	74	6	165	30	25	15	28	1.96
28314368--28314423	28	2.0	28	96	0	103	55	17	8	17	1.67
28322344--28323429	48	22.6	48	96	0	1816	26	20	30	21	1.98
28330891--28331080	48	4.0	48	80	5	222	25	22	30	22	1.99
28330891--28331067	96	1.8	96	87	0	264	24	23	29	22	1.99
28331102--28331282	48	3.8	46	85	4	211	25	22	29	21	1.99
28331101--28331282	96	1.9	96	86	0	256	25	22	29	21	1.99
28337605--28337633	10	2.9	10	100	0	58	62	0	37	0	0.96
28338147--28338176	12	2.5	12	94	0	51	20	40	0	40	1.52
28341314--28341675	90	4.0	90	99	0	715	45	11	8	34	1.71
28347073--28347112	21	1.9	21	89	0	62	32	20	10	37	1.85
28347095--28347130	10	3.6	10	92	7	56	33	16	11	38	1.84
28354330--28354411	41	2.0	41	97	0	155	18	17	35	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28372508--28372553	23	2.0	23	95	0	83	34	19	21	23	1.96
28378404--28378827	210	2.0	211	90	0	661	34	15	19	31	1.92
28380813--28380845	6	5.5	6	96	0	57	48	3	30	18	1.63
28382166--28382321	53	2.9	53	80	3	143	32	7	14	46	1.72
28390353--28390469	58	2.0	58	98	0	225	25	23	17	34	1.96
28397751--28397779	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
28401277--28401313	14	2.6	14	91	4	56	27	2	8	62	1.37
28405644--28405676	17	2.0	17	88	5	50	57	9	0	33	1.30
28409165--28409225	26	2.3	27	78	18	65	68	3	24	3	1.19
28410732--28410801	22	3.2	21	81	4	68	21	18	21	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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