genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   

This is table  47  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14585719--14585744	13	2.0	13	100	0	52	30	7	23	38	1.83
14592641--14592699	19	3.1	19	97	0	109	42	11	13	32	1.81
14600731--14600784	28	2.0	27	82	7	65	50	5	3	40	1.44
14606657--14606704	17	2.8	18	78	12	57	35	0	2	62	1.07
14610076--14610126	24	2.1	24	88	0	75	47	5	35	11	1.65
14610084--14610158	24	3.1	24	86	0	96	42	5	38	13	1.67
14610097--14610165	24	2.9	23	82	8	75	44	5	34	14	1.69
14611449--14611543	21	4.6	21	80	5	88	28	9	9	52	1.65
14611449--14611543	42	2.3	40	85	7	120	28	9	9	52	1.65
14611516--14611560	20	2.2	20	84	0	54	31	8	4	55	1.51
14620445--14620747	151	2.0	151	99	0	597	31	20	19	29	1.97
14623709--14623742	17	1.9	18	88	5	52	58	0	2	38	1.13
14626499--14626558	30	2.0	30	96	0	111	33	21	21	23	1.97
14627477--14627518	23	1.9	23	85	9	61	40	0	11	47	1.40
14627727--14627872	40	3.6	40	86	1	193	26	17	23	32	1.96
14627727--14627833	41	2.7	40	91	1	160	26	18	23	31	1.97
14629087--14629471	145	2.6	144	83	6	470	42	9	5	42	1.60
14629641--14629667	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
14638862--14638930	17	4.1	17	75	5	68	27	4	0	68	1.09
14638903--14638958	22	2.7	22	75	10	64	28	0	3	67	1.07
14638904--14638955	21	2.6	21	77	19	58	30	0	3	65	1.10
14648731--14648766	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14648934--14649014	21	3.8	20	77	6	72	33	25	24	16	1.96
14648920--14649025	42	2.5	43	81	6	135	36	24	21	16	1.94
14648946--14649015	21	3.2	21	91	4	113	32	27	25	14	1.94
14649384--14649424	15	2.8	14	89	10	64	48	12	0	39	1.41
14649580--14649609	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
14650406--14650438	9	3.7	9	92	8	50	6	12	3	78	1.04
14653972--14654260	44	6.5	44	79	6	287	30	16	27	25	1.97
14654477--14654515	8	4.9	8	90	0	51	79	0	2	17	0.84
14655843--14655942	7	13.6	7	69	18	53	32	1	2	65	1.11
14656001--14656067	24	2.9	24	71	4	57	32	4	0	62	1.15
14656039--14656099	11	5.8	11	73	21	51	31	1	3	63	1.20
14656043--14656099	21	2.8	19	80	15	69	31	1	3	63	1.22
14664027--14664117	17	5.5	17	72	16	50	56	2	2	39	1.24
14664409--14664439	7	4.4	7	91	0	53	45	0	9	45	1.36
14667914--14667952	20	2.0	20	89	0	60	46	17	10	25	1.80
14678323--14678452	47	2.8	47	84	4	156	21	15	28	34	1.94
14683542--14683589	25	1.9	25	95	0	87	35	14	16	33	1.89
14683870--14683962	24	3.8	24	77	5	80	31	18	23	26	1.97
14692923--14692947	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
14694064--14694124	25	2.4	27	75	8	65	59	0	11	29	1.33
14705857--14705921	32	2.0	32	96	0	121	24	26	18	30	1.98
14708583--14708641	26	2.3	26	90	0	91	35	23	6	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14710163--14710253	23	3.9	23	89	2	137	35	17	24	23	1.95
14712353--14712451	50	2.0	50	100	0	198	26	27	26	20	1.99
14718394--14718418	13	1.9	13	100	0	50	24	28	32	16	1.96
14724648--14724682	11	3.1	12	88	12	56	48	0	51	0	1.00
14725833--14726567	132	5.6	132	93	1	1199	30	26	15	27	1.96
14727384--14727420	1	37.0	1	94	0	65	0	2	0	97	0.18
14727931--14727964	15	2.3	15	100	0	68	17	29	0	52	1.45
14747214--14747238	13	1.9	13	100	0	50	8	40	36	16	1.77
14760755--14760813	26	2.3	26	90	0	91	35	23	6	33	1.82
14768162--14768211	20	2.5	21	72	21	52	34	16	12	38	1.85
14781351--14781387	15	2.5	15	90	0	56	54	13	8	24	1.66
14783141--14783206	23	2.9	22	80	8	71	34	15	21	28	1.93
14786273--14786380	27	4.0	27	82	8	121	38	20	24	16	1.92
14787797--14787867	24	3.0	24	89	0	106	25	38	2	33	1.71
14794123--14794235	27	4.2	26	79	11	120	38	22	23	15	1.92
14794123--14794235	54	2.1	54	86	6	158	38	22	23	15	1.92
14795651--14795721	24	3.0	24	91	0	115	23	38	2	35	1.70
14796162--14796194	14	2.3	15	89	5	50	24	30	0	45	1.53
14798252--14798283	13	2.5	13	94	0	55	15	31	34	18	1.93
14805141--14805181	22	1.9	21	90	5	64	34	2	2	60	1.23
14813649--14813687	21	1.9	20	89	5	60	20	25	38	15	1.92
14815436--14815492	30	1.9	30	92	0	96	28	28	12	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14817578--14817901	47	6.8	49	71	11	217	25	29	18	27	1.98
14820728--14820856	46	2.8	46	91	0	204	21	20	27	30	1.98
14823791--14823846	15	3.7	15	83	7	78	12	16	12	58	1.62
14833314--14833357	19	2.3	19	100	0	88	36	15	9	38	1.80
14833314--14833365	19	2.8	19	91	5	72	36	13	11	38	1.81
14833788--14834093	87	3.5	86	70	15	234	28	19	18	33	1.96
14833827--14834234	175	2.3	175	89	1	604	26	19	19	33	1.96
14833910--14834197	88	3.3	87	69	15	241	26	18	20	34	1.96
14834185--14834500	132	2.4	132	91	4	503	26	23	17	32	1.97
14834197--14834500	44	6.9	44	72	8	244	26	24	17	32	1.96
14834327--14834495	89	1.9	88	83	7	218	27	25	16	30	1.97
14835385--14835442	19	3.0	18	85	12	71	3	15	1	79	0.95
14835387--14835434	12	4.1	11	81	10	51	2	12	2	83	0.83
14835400--14835446	12	3.9	12	83	10	53	2	14	0	82	0.75
14838016--14838104	39	2.2	40	84	5	110	26	24	23	24	2.00
14845643--14845788	40	3.7	40	84	2	188	25	27	21	25	2.00
14851660--14851706	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
14851677--14851774	19	5.2	19	90	7	155	34	17	10	37	1.83
14851677--14851774	36	2.6	37	88	9	144	34	17	10	37	1.83
14854638--14854750	26	4.3	26	81	0	127	27	21	19	31	1.97
14854619--14854751	52	2.6	52	88	3	182	27	21	19	32	1.97
14854799--14854874	20	3.9	20	89	6	104	31	18	10	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14854799--14854855	11	5.5	11	68	16	50	29	19	12	38	1.88
14859334--14859381	7	6.9	7	97	0	78	41	14	4	39	1.65
14860657--14860770	57	2.0	57	96	0	210	40	15	17	26	1.90
14863727--14863756	15	2.0	15	100	0	60	40	26	6	26	1.81
14864496--14864529	17	2.0	17	88	0	50	29	0	0	70	0.87
14865807--14865856	17	2.8	17	80	17	57	66	0	0	34	0.92
14867533--14867571	18	2.2	18	85	0	51	48	5	38	7	1.54
14871393--14871438	18	2.6	18	85	0	65	34	4	47	13	1.62
14874579--14874631	15	3.3	15	75	14	61	49	0	5	45	1.26
14875593--14875621	11	2.6	11	100	0	58	34	6	0	58	1.25
14875966--14876010	17	2.7	16	83	10	54	48	2	2	46	1.26
14881080--14881120	10	4.5	10	88	11	54	80	0	12	7	0.90
14882285--14882322	19	2.0	19	94	0	67	31	28	10	28	1.90
14884423--14884476	24	2.2	24	83	6	65	20	24	16	38	1.92
14884443--14884486	19	2.3	19	96	0	79	20	20	18	40	1.91
14888234--14888358	61	2.0	64	86	7	177	33	16	12	38	1.85
14888454--14888655	88	2.3	88	92	0	332	28	16	23	30	1.97
14888639--14888959	44	7.4	44	90	2	497	27	17	33	22	1.96
14888625--14888959	172	1.9	172	92	0	553	28	17	32	22	1.96
14890466--14890503	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
14890579--14890604	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
14892627--14892675	19	2.6	19	86	0	71	24	18	14	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14896647--14896848	88	2.3	88	92	1	325	27	16	24	31	1.97
14896832--14897505	44	15.4	44	87	2	935	29	16	31	22	1.96
14897802--14897842	10	4.5	10	88	11	54	80	0	12	7	0.90
14898638--14898675	17	2.2	17	90	0	58	18	0	2	78	0.86
14899005--14899042	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
14899899--14900005	54	2.0	54	96	0	196	25	30	21	22	1.99
14907908--14908041	43	3.1	43	86	0	196	27	25	18	28	1.98
14908061--14908103	22	1.9	23	85	4	61	37	0	4	58	1.19
14911318--14911351	10	3.5	10	96	4	61	14	0	0	85	0.60
14911436--14911463	7	4.0	7	100	0	56	57	0	0	42	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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