genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  41  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12508456--12508607	43	3.5	42	79	7	137	26	17	22	34	1.96
12511274--12511428	46	3.3	46	93	2	258	20	25	15	38	1.92
12521037--12521250	46	4.8	46	89	9	363	30	26	19	23	1.98
12521037--12521245	84	2.4	86	92	6	341	31	26	18	23	1.98
12525698--12525731	17	2.0	17	94	0	59	50	23	14	11	1.76
12526047--12526088	22	1.9	22	100	0	84	45	11	23	19	1.83
12527282--12527362	30	2.7	30	96	0	144	38	6	22	33	1.79
12527665--12527718	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
12527967--12528210	49	4.9	49	83	2	281	25	18	26	29	1.98
12531946--12532065	46	2.6	48	85	6	158	29	21	25	24	1.99
12532177--12532302	49	2.6	50	78	6	141	30	20	26	22	1.98
12539064--12539097	16	2.1	16	89	10	52	29	5	32	32	1.81
12547814--12547850	12	2.9	13	88	11	51	81	5	2	10	0.96
12553602--12553676	30	2.5	30	89	6	118	44	2	25	28	1.68
12555127--12555167	12	3.4	12	96	0	73	19	26	31	21	1.97
12559554--12559591	13	2.9	13	85	11	51	55	21	0	23	1.44
12561374--12561504	51	2.6	49	85	4	174	26	27	20	25	1.99
12563383--12563483	42	2.4	43	85	5	125	30	24	18	25	1.98
12570688--12570742	27	2.1	27	82	3	67	32	16	23	27	1.96
12572856--12572934	39	2.0	39	97	0	149	22	24	29	24	1.99
12576156--12576217	27	2.3	27	94	0	115	20	20	19	38	1.93
12576171--12576230	27	2.2	27	84	0	75	21	23	16	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12577765--12577807	19	2.2	20	88	8	63	53	4	6	34	1.49
12577887--12577932	22	2.1	22	100	0	92	69	4	8	17	1.31
12577947--12577978	17	1.9	16	93	6	55	78	0	21	0	0.76
12585825--12585858	16	2.1	16	100	0	68	17	11	26	44	1.83
12589176--12589304	55	2.4	53	79	7	134	26	32	24	16	1.96
12596356--12596391	16	2.2	16	95	0	63	50	0	19	30	1.48
12596859--12596916	25	2.3	26	82	14	77	62	1	12	24	1.39
12607571--12607752	46	4.0	46	90	1	240	21	24	14	39	1.90
12609681--12609720	20	2.0	20	90	9	64	0	25	0	75	0.81
12609742--12609803	29	2.1	30	87	3	90	1	17	4	75	1.05
12612228--12612396	46	3.7	44	80	15	173	27	18	29	24	1.98
12612412--12612541	49	2.6	49	83	6	147	27	19	30	23	1.98
12621199--12621240	9	4.8	9	79	5	50	73	7	16	2	1.15
12625429--12625489	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
12628509--12628554	20	2.3	20	92	0	74	41	8	8	41	1.67
12628511--12628559	20	2.6	19	83	6	55	36	8	10	44	1.68
12628798--12628949	56	2.7	55	89	4	232	35	25	13	25	1.93
12630546--12630619	19	3.9	19	75	10	71	37	6	14	40	1.73
12630545--12630619	38	1.9	39	83	2	98	37	6	16	40	1.74
12633048--12633121	23	3.2	25	78	16	79	60	0	6	32	1.23
12633083--12633115	16	2.0	17	88	5	50	60	0	6	33	1.21
12635517--12635541	12	2.1	12	100	0	50	24	16	32	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12637714--12637740	11	2.5	11	100	0	54	48	7	14	29	1.71
12638185--12638227	18	2.4	18	84	0	50	65	2	0	32	1.06
12638221--12638260	17	2.4	17	86	0	62	65	2	5	27	1.27
12638350--12638459	18	5.7	19	67	20	52	61	2	2	32	1.24
12638349--12638468	20	6.3	19	70	18	79	62	2	3	31	1.25
12638672--12638731	22	2.8	21	85	7	75	43	1	1	53	1.20
12638751--12638838	9	9.4	9	71	11	61	36	2	1	60	1.17
12638885--12638930	19	2.4	19	85	7	58	30	6	2	60	1.34
12639770--12639865	37	2.6	37	81	5	104	36	10	23	29	1.88
12639798--12639873	38	2.0	37	84	2	98	36	10	22	30	1.88
12641330--12641364	17	2.1	17	100	0	70	62	0	11	25	1.28
12642275--12642333	20	2.9	19	78	12	57	40	10	10	38	1.73
12644568--12644613	22	2.1	22	100	0	92	36	15	17	30	1.91
12655636--12655898	94	2.8	91	78	7	235	27	20	27	25	1.99
12662719--12662762	15	2.9	15	89	0	70	56	13	13	15	1.67
12668170--12668327	79	2.0	79	96	0	289	36	15	18	28	1.92
12683339--12683368	13	2.3	13	94	0	51	10	30	43	16	1.81
12690409--12690482	38	1.9	38	91	0	121	24	18	17	39	1.92
12694574--12694724	28	5.4	28	91	1	214	25	12	28	33	1.92
12699859--12700031	94	1.8	94	87	2	258	30	19	27	23	1.98
12699859--12700029	46	3.7	46	82	7	202	30	18	27	23	1.98
12699856--12700062	94	2.2	94	82	1	254	29	19	26	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12699856--12700062	46	4.4	48	80	3	197	29	19	26	23	1.98
12700089--12700198	49	2.2	49	90	3	168	30	23	25	20	1.98
12702344--12702461	34	3.5	34	84	2	148	34	31	12	21	1.91
12709785--12709810	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
12716680--12716836	65	2.4	65	98	0	305	24	23	15	35	1.94
12717938--12717966	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
12719704--12719736	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
12723131--12723320	26	7.2	26	83	9	201	43	20	16	20	1.88
12723335--12723435	25	4.0	25	78	10	114	24	14	17	42	1.88
12723313--12723424	52	2.2	52	91	0	179	28	13	15	42	1.84
12724900--12725005	53	2.0	53	100	0	212	26	18	16	37	1.93
12725971--12726054	26	3.2	25	85	6	105	38	13	19	29	1.89
12725971--12726070	26	3.8	25	80	7	101	38	11	19	32	1.86
12736831--12736886	28	2.0	28	83	13	71	41	0	25	33	1.56
12743463--12743495	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
12746405--12746488	6	14.7	6	80	7	86	77	1	4	16	1.00
12746390--12746490	22	4.5	23	77	15	88	75	0	5	17	1.06
12746430--12746490	16	3.7	16	85	12	79	77	0	4	18	0.95
12746413--12746488	28	2.7	28	80	15	93	76	1	5	17	1.04
12748878--12748919	21	2.0	21	95	0	75	11	38	11	38	1.79
12751396--12751423	9	3.1	9	100	0	56	78	0	0	21	0.75
12751895--12751945	27	1.9	26	84	4	66	35	21	25	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12752270--12752326	28	2.0	28	96	0	105	33	35	5	26	1.79
12754011--12754035	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
12754318--12754350	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
12759977--12760088	27	4.2	26	87	7	152	36	23	24	16	1.94
12759977--12760088	54	2.1	54	89	3	172	36	23	24	16	1.94
12765152--12765305	56	2.7	57	90	1	229	27	12	24	35	1.92
12769357--12769438	26	3.2	26	96	0	155	36	26	6	30	1.81
12774116--12774376	41	6.4	41	81	4	278	36	22	22	18	1.95
12774520--12774559	14	2.9	14	88	0	53	30	0	22	47	1.52
12775436--12775494	13	5.0	11	78	17	57	57	0	1	40	1.09
12777053--12777095	18	2.4	17	84	7	59	23	6	27	41	1.80
12778147--12778190	23	1.9	23	95	0	79	18	18	13	50	1.79
12781424--12781476	9	5.6	9	76	12	52	49	18	1	30	1.59
12787024--12787071	21	2.3	21	96	0	87	22	18	56	2	1.52
12787370--12787572	43	4.7	43	81	6	241	28	19	22	29	1.98
12787368--12787572	87	2.4	85	90	2	320	28	19	22	29	1.98
12787615--12787694	33	2.4	33	97	0	151	17	23	30	28	1.97
12787615--12787707	33	2.9	31	92	4	116	21	24	27	25	1.99
12809458--12809484	8	3.4	8	100	0	54	25	0	0	74	0.83
12810642--12810750	23	4.7	23	77	16	84	25	24	17	32	1.97
12818040--12818089	25	2.1	25	85	7	68	56	2	4	38	1.30
12819051--12819141	10	9.0	10	69	17	55	38	4	3	53	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12819081--12819142	32	2.0	30	84	6	79	40	4	3	51	1.39
12820579--12820634	30	1.9	28	82	13	69	46	1	0	51	1.11
12824836--12824945	15	7.4	15	72	6	89	29	23	19	28	1.98
12829284--12829323	21	2.0	20	85	5	53	47	2	17	32	1.61
12829633--12829691	24	2.4	25	80	2	66	20	28	18	32	1.96
12842119--12842179	19	3.3	19	83	2	70	16	27	27	27	1.97
12851523--12851553	13	2.4	13	94	0	53	16	9	9	64	1.48
12852535--12853180	47	13.6	47	91	1	925	29	31	15	23	1.95
12859069--12859192	48	2.7	45	73	9	110	25	26	19	29	1.98
12859263--12859484	48	4.7	48	82	2	268	30	28	15	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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