genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   

This is table  67  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21230247--21230401	47	3.3	47	100	0	310	55	4	12	27	1.56
21234430--21234468	18	2.1	18	85	4	51	58	0	28	12	1.34
21237745--21237894	42	3.6	42	75	0	131	32	15	25	27	1.95
21240027--21240067	20	2.0	20	100	0	82	36	14	24	24	1.93
21248541--21248715	85	2.1	85	93	2	298	33	6	25	33	1.83
21248727--21248925	42	4.6	42	80	3	182	29	14	25	30	1.95
21252037--21252082	22	2.1	22	84	8	58	50	23	0	26	1.50
21254203--21254231	12	2.3	13	94	5	51	48	27	3	20	1.66
21264366--21264683	46	6.8	47	71	13	162	31	18	27	22	1.97
21266998--21267223	68	3.3	67	98	0	407	31	14	30	23	1.94
21267064--21267175	38	3.2	38	60	27	91	29	15	29	25	1.96
21267032--21267297	68	3.9	67	89	5	183	33	15	29	21	1.94
21278055--21278233	93	1.9	93	91	0	295	26	18	31	23	1.97
21278061--21278277	49	4.6	48	77	7	219	27	17	30	23	1.97
21282941--21283067	28	4.5	28	76	9	123	24	28	18	28	1.98
21282940--21283073	57	2.4	56	85	6	164	23	27	17	30	1.97
21290450--21290567	28	4.2	28	76	12	107	24	25	21	28	1.99
21290445--21290573	57	2.3	58	81	10	151	24	25	20	29	1.99
21301225--21302050	3	275.3	3	99	0	1643	0	33	0	66	0.92
21302068--21302133	28	2.3	28	89	5	96	18	7	19	54	1.67
21304028--21304085	30	1.9	30	92	0	98	31	12	27	29	1.92
21304071--21304174	52	2.0	52	98	0	199	30	5	20	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21304476--21304600	48	2.7	46	81	4	160	29	19	29	21	1.97
21304476--21304791	47	6.7	47	72	12	204	27	19	29	23	1.98
21305081--21305115	11	3.2	11	87	0	52	2	31	0	65	1.07
21305550--21305656	55	1.9	55	86	0	151	20	24	33	21	1.97
21305678--21305721	19	2.3	19	76	0	52	22	34	34	9	1.86
21307804--21307887	32	2.6	32	81	5	107	27	2	19	51	1.59
21315986--21316085	40	2.5	39	75	16	96	40	12	10	38	1.76
21319941--21320028	45	2.0	43	93	2	140	26	13	37	21	1.91
21320441--21320485	19	2.3	20	88	3	65	37	6	17	37	1.76
21323704--21323767	28	2.3	28	76	12	69	50	3	1	45	1.27
21324076--21324140	31	2.1	31	85	0	85	26	27	15	30	1.96
21324424--21324462	17	2.2	18	90	4	62	41	0	0	58	0.98
21324976--21325014	19	2.0	21	85	10	55	30	0	5	64	1.15
21325892--21325920	13	2.2	13	100	0	58	6	34	41	17	1.76
21327715--21327749	10	3.3	10	85	14	52	0	22	0	77	0.78
21327715--21327792	12	6.8	11	69	22	54	1	25	3	69	1.13
21327805--21327842	8	4.8	8	83	9	51	39	2	0	57	1.12
21330122--21330401	92	3.0	92	100	0	560	27	27	27	17	1.98
21331530--21331555	12	2.2	12	100	0	52	26	42	15	15	1.87
21333880--21333928	26	2.0	26	88	8	75	61	10	0	28	1.29
21334040--21334088	22	2.3	20	83	13	62	0	34	0	65	0.93
21334316--21334357	19	2.2	19	86	4	57	64	0	2	33	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21338965--21339028	32	2.0	32	96	0	119	29	6	17	46	1.72
21339269--21339299	13	2.3	14	94	5	55	12	16	19	51	1.76
21342861--21342910	22	2.3	22	82	6	57	38	2	10	50	1.48
21347863--21347895	7	4.7	7	100	0	66	15	0	69	15	1.19
21352200--21352236	2	18.5	2	100	0	74	51	48	0	0	1.00
21352566--21352598	17	1.9	17	100	0	66	45	6	6	42	1.53
21367792--21368039	122	2.0	123	95	0	444	31	12	22	33	1.91
21373816--21373931	42	2.8	41	79	10	128	31	21	14	32	1.93
21375961--21376002	20	2.1	20	90	0	66	30	14	14	40	1.85
21375901--21376080	96	1.9	96	95	0	324	28	13	22	35	1.92
21385682--21385764	43	1.9	43	97	0	157	24	24	20	31	1.98
21387105--21387156	21	2.5	21	87	0	77	21	38	25	15	1.92
21394952--21395125	47	3.7	48	78	9	182	23	29	20	26	1.98
21394952--21395130	94	1.9	94	88	2	270	24	29	20	26	1.99
21403544--21403583	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
21413542--21413759	46	4.7	46	98	0	382	28	28	22	20	1.98
21415240--21415274	17	2.0	18	88	5	54	60	0	8	31	1.27
21415743--21415773	10	3.1	10	90	0	53	48	0	0	51	1.00
21422109--21422226	45	2.5	45	81	10	114	33	17	22	25	1.96
21422102--21422201	23	4.3	23	81	10	98	34	17	25	24	1.96
21422102--21422226	23	5.3	23	80	8	94	33	17	24	24	1.96
21425403--21425523	48	2.5	48	89	0	197	28	23	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21425996--21426025	8	3.6	8	91	8	51	36	0	10	53	1.35
21428709--21428941	49	4.7	50	82	2	281	26	18	27	28	1.98
21428712--21428941	100	2.3	98	84	2	289	26	18	26	28	1.98
21436640--21436681	20	2.0	21	86	13	61	23	0	19	57	1.41
21449255--21449339	44	1.9	44	87	0	125	31	29	17	21	1.96
21456240--21456309	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
21456240--21456337	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
21466947--21467413	153	3.0	156	88	5	638	29	17	24	28	1.98
21469196--21469320	40	3.1	40	83	4	146	25	28	23	23	2.00
21472548--21472626	40	2.0	40	97	0	149	31	21	16	30	1.95
21476223--21476407	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
21476204--21476407	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
21484175--21484472	40	7.5	40	86	5	356	25	27	21	25	1.99
21484208--21484472	119	2.2	120	87	3	374	26	27	21	24	1.99
21485597--21485716	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
21486287--21486355	7	9.9	7	76	9	61	17	1	37	43	1.58
21486323--21486354	8	4.1	8	96	4	57	12	0	37	50	1.41
21486384--21486413	15	2.0	15	93	0	51	63	0	6	30	1.20
21487223--21487315	44	2.1	43	86	4	123	25	41	2	30	1.67
21487247--21487342	45	2.2	44	88	1	138	21	40	2	35	1.65
21490304--21490866	106	5.4	106	90	2	861	35	6	4	54	1.45
21491136--21491429	18	16.5	18	67	17	105	44	15	3	36	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21491136--21491429	9	33.0	9	67	16	87	44	15	3	36	1.62
21491141--21491412	74	3.6	73	87	5	368	44	15	3	36	1.62
21495429--21495726	47	6.4	46	82	9	349	31	9	30	28	1.88
21495476--21495553	25	3.2	25	64	10	72	34	3	29	32	1.76
21495460--21495726	135	2.0	137	90	3	423	31	9	30	28	1.88
21495478--21495726	88	2.7	90	84	10	306	31	8	31	28	1.87
21495844--21495922	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
21500562--21500669	21	5.1	21	77	6	94	30	18	48	2	1.62
21500889--21500963	31	2.4	31	81	2	87	14	6	20	58	1.58
21501043--21501124	43	1.9	43	84	0	110	28	23	19	29	1.98
21501556--21501598	21	2.0	21	100	0	86	39	4	27	27	1.76
21511008--21511238	50	4.6	50	80	5	259	31	25	17	26	1.97
21511384--21511410	13	2.1	13	100	0	54	70	7	0	22	1.12
21529029--21529145	58	2.0	58	98	0	225	24	15	22	37	1.93
21530781--21531020	59	4.1	59	99	0	471	30	11	17	41	1.85
21532082--21532131	20	2.5	20	100	0	100	26	24	20	30	1.98
21539882--21539926	6	7.5	6	92	0	72	80	0	4	15	0.87
21539867--21539926	12	5.2	11	84	6	66	78	0	6	15	0.95
21539867--21539926	18	3.4	18	88	4	79	78	0	6	15	0.95
21541699--21541762	15	4.4	14	77	18	60	67	1	29	1	1.09
21541699--21541740	19	2.2	19	91	8	68	66	2	30	0	1.04
21541715--21541762	25	1.9	25	87	8	71	68	2	27	2	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21542089--21542390	165	1.8	165	87	5	450	18	26	24	29	1.98
21542632--21542697	33	2.0	32	94	2	114	27	18	12	42	1.85
21544085--21544132	24	2.0	24	95	0	87	14	14	33	37	1.87
21546470--21546530	30	2.0	30	83	0	77	37	6	24	31	1.81
21553766--21553851	42	2.0	43	81	2	102	16	31	23	29	1.96
21557784--21557830	4	11.8	4	100	0	94	51	23	0	25	1.49
21562431--21562489	31	1.9	31	92	0	100	20	28	25	25	1.99
21568198--21568261	32	2.0	32	96	0	119	29	31	12	26	1.93
21571041--21571155	41	2.8	41	85	4	151	31	26	18	24	1.97
21571097--21571259	45	3.8	45	80	11	171	33	26	14	24	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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