genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  3  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
634057--634090	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
647872--647905	17	2.0	17	94	0	59	55	0	0	44	0.99
649564--649693	66	2.0	66	95	0	233	22	10	18	49	1.77
650786--650826	16	2.4	18	84	8	59	29	2	4	63	1.28
651888--651926	16	2.5	15	84	12	51	43	0	2	53	1.14
668944--669002	20	2.8	22	77	12	70	35	3	1	59	1.24
670434--670640	103	2.0	103	91	0	333	29	17	9	42	1.81
672476--672522	20	2.2	20	85	7	58	44	0	2	53	1.12
678328--678367	19	2.0	20	95	4	73	50	0	5	45	1.23
678339--678380	19	2.3	19	83	4	50	61	0	2	35	1.09
678382--678423	18	2.2	20	87	8	61	38	0	4	57	1.20
678378--678424	19	2.4	21	79	17	64	40	0	4	55	1.19
678831--678872	21	2.0	21	100	0	84	42	23	0	33	1.55
679188--679252	31	2.1	31	83	13	82	55	4	0	40	1.21
681108--681161	21	2.7	20	78	18	51	51	0	3	44	1.19
684486--684538	25	2.1	26	85	3	72	62	7	0	30	1.23
685447--685507	31	2.0	31	90	6	97	42	3	11	42	1.57
685453--685519	31	2.2	31	86	7	93	44	4	8	41	1.56
689782--689924	48	3.0	48	100	0	286	39	27	14	18	1.90
692836--693030	93	2.1	92	88	4	286	44	4	4	47	1.41
693063--693096	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
693063--693101	17	2.4	16	87	8	53	43	5	0	51	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
693067--693106	17	2.3	18	83	12	57	47	5	0	47	1.24
693186--693237	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
693062--693353	120	2.4	120	91	5	459	41	2	5	50	1.40
693135--693318	59	3.1	59	65	21	148	41	2	7	49	1.42
693315--693356	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
693306--693347	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
693290--693603	154	2.0	156	95	1	560	46	5	3	44	1.42
693456--693490	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
693291--693526	75	3.1	75	64	16	194	45	2	3	47	1.36
693723--693761	16	2.4	16	86	0	51	30	33	0	35	1.58
693735--693771	16	2.3	16	95	0	65	27	37	0	35	1.57
695104--695169	31	2.2	31	86	2	89	43	12	12	31	1.78
705258--705290	17	1.9	17	93	0	57	51	9	15	24	1.72
706322--706437	31	3.9	30	74	9	94	44	5	10	39	1.61
706325--706471	61	2.4	61	80	4	163	43	5	10	40	1.61
708486--708520	17	1.9	19	88	11	56	37	0	22	40	1.55
708953--710954	989	2.0	989	99	0	3977	30	23	17	29	1.97
717792--717834	18	2.4	18	88	7	61	53	0	0	46	1.00
720443--720477	18	1.9	18	88	0	52	34	0	5	60	1.21
723511--723577	27	2.4	29	82	9	77	31	1	1	65	1.10
723536--723569	17	2.0	17	88	11	52	26	0	2	70	1.01
723514--723578	28	2.3	29	79	15	73	29	1	1	67	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
723691--723760	9	7.6	10	77	15	55	32	5	1	60	1.29
727804--727833	14	2.1	15	93	6	53	56	0	0	43	0.99
731720--731767	19	2.6	18	83	9	53	2	27	2	68	1.11
731945--731988	7	6.1	7	89	10	63	68	0	0	31	0.90
733886--733951	32	2.1	31	85	2	87	40	6	15	37	1.72
734185--734240	28	2.0	28	100	0	112	28	3	21	46	1.68
734738--734766	10	2.9	10	100	0	58	48	31	10	10	1.71
740758--740853	28	3.4	27	81	9	88	33	5	1	60	1.26
740783--740853	27	2.5	28	86	4	90	35	4	0	60	1.16
740816--740916	41	2.5	40	78	15	107	28	3	3	63	1.30
744863--744905	21	2.0	22	90	4	70	62	0	0	37	0.95
745454--745490	19	1.9	19	94	0	65	56	5	0	37	1.22
746733--747029	149	2.0	149	99	0	585	31	16	23	29	1.96
749531--749626	28	3.4	27	81	9	88	33	5	1	60	1.26
749556--749626	27	2.5	28	86	4	90	35	4	0	60	1.16
749589--749689	41	2.5	40	78	15	107	28	3	3	63	1.30
759190--759243	22	2.3	24	84	12	69	61	1	5	31	1.30
759739--759772	16	2.1	16	88	0	50	20	8	17	52	1.71
760611--760863	133	1.9	133	90	0	398	34	19	17	28	1.94
761905--761961	29	1.9	30	82	10	73	54	1	5	38	1.33
779170--779215	24	2.0	22	83	8	56	36	8	2	52	1.45
798892--798937	23	2.0	23	86	4	65	34	2	4	58	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798893--798943	23	2.2	23	82	6	59	29	3	3	62	1.31
805269--805319	25	2.0	25	100	0	102	50	7	25	15	1.71
805391--805452	29	2.2	28	83	11	74	35	12	19	32	1.90
805403--805463	29	2.1	29	100	0	122	39	9	18	32	1.83
806899--806923	8	3.1	8	100	0	50	88	0	12	0	0.53
809318--809342	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
810291--810383	31	3.0	31	78	6	98	36	16	18	29	1.92
811769--811812	20	2.3	19	88	4	61	65	2	0	31	1.05
811772--811864	9	10.1	9	70	16	57	59	2	3	35	1.26
811914--811977	20	3.0	21	81	4	76	65	0	4	29	1.13
811922--812016	10	9.6	10	74	13	63	64	2	3	30	1.21
811973--812015	19	2.3	19	84	8	52	58	4	2	34	1.32
812379--812625	9	25.8	9	69	19	76	30	4	4	60	1.36
812610--812669	10	5.7	10	75	11	57	20	3	0	76	0.92
812610--812665	21	2.6	22	85	2	69	19	3	0	76	0.93
813541--813594	21	2.5	20	78	18	56	70	0	1	27	0.98
819007--819040	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
818990--819049	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
820392--820423	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
824943--824989	24	1.9	25	86	4	69	44	4	21	29	1.71
840382--840407	6	4.3	6	100	0	52	46	19	34	0	1.50
841888--841937	19	2.6	20	76	17	52	26	10	2	62	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843462--843584	53	2.3	54	92	2	205	52	11	6	29	1.62
843985--844026	12	3.2	13	83	16	52	23	4	0	71	1.05
846314--846353	18	2.2	19	90	4	64	37	0	2	60	1.11
852275--852300	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
860833--860898	33	2.0	33	96	0	123	43	15	10	30	1.80
867281--867332	19	2.7	20	80	11	63	55	1	3	38	1.29
868155--868219	27	2.4	27	82	9	80	67	1	1	29	1.09
868127--868199	35	2.1	34	82	7	85	63	2	0	34	1.09
868758--868927	9	17.8	9	68	16	67	33	1	4	61	1.23
868817--868878	21	3.0	21	84	13	67	35	0	4	59	1.19
868843--868926	19	4.3	19	74	16	66	38	0	1	60	1.04
868833--868925	31	3.1	30	78	18	79	36	0	2	61	1.08
868832--868892	22	2.9	20	83	11	61	37	0	1	60	1.07
868844--868927	10	8.6	10	74	17	70	38	0	1	60	1.04
870060--870138	39	2.0	39	100	0	158	36	25	10	27	1.88
883613--883753	69	2.0	70	93	1	239	15	10	16	57	1.65
888917--889044	62	2.1	62	86	2	177	43	16	14	25	1.86
891891--891935	23	2.0	23	86	8	65	33	24	0	42	1.55
893156--893189	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
895991--896031	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
897937--897970	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
899011--899075	24	2.6	25	82	2	78	24	1	4	69	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
901262--901323	32	1.9	34	84	15	87	59	6	0	33	1.23
901508--901584	23	3.3	23	77	19	63	58	1	5	35	1.29
923681--924376	347	2.0	347	100	0	1392	43	18	11	25	1.85
932964--932991	14	2.0	14	100	0	56	42	21	21	14	1.88
939675--939791	30	3.9	29	77	11	103	44	2	22	30	1.66
939689--939791	30	3.4	31	81	9	124	43	2	22	31	1.68
939675--939791	60	2.0	59	84	5	155	44	2	22	30	1.66
939787--939821	14	2.4	15	90	4	54	25	0	2	71	1.00
940600--940821	23	9.3	24	66	12	64	35	22	25	17	1.95
940689--940802	23	4.9	23	70	12	88	33	21	27	17	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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