genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  70  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22246379--22246439	30	2.0	31	100	0	108	21	32	6	39	1.79
22256455--22256533	35	2.3	34	76	10	79	34	21	20	24	1.97
22257120--22257153	16	2.0	18	88	11	54	17	38	20	23	1.93
22271411--22271561	40	3.8	40	84	3	171	22	23	29	23	1.99
22276083--22276238	64	2.4	64	96	1	285	47	17	23	11	1.80
22277156--22277621	206	2.3	206	98	0	887	29	17	22	30	1.97
22277362--22278062	289	2.4	289	94	0	1188	30	17	21	30	1.96
22279053--22279228	22	8.1	20	68	21	74	33	3	1	61	1.20
22279047--22279213	15	10.6	16	68	25	58	33	3	1	61	1.24
22279053--22279222	32	5.2	34	72	14	108	33	3	1	61	1.20
22279304--22279369	23	2.9	22	80	8	71	31	4	0	63	1.14
22279341--22279367	14	1.9	14	100	0	54	37	3	0	59	1.15
22279348--22279399	17	3.1	17	77	22	65	32	3	1	61	1.25
22279332--22279399	34	2.0	33	88	2	100	33	2	1	61	1.20
22279330--22279385	14	4.1	13	75	24	53	35	1	1	60	1.17
22279518--22279561	22	2.0	23	82	13	56	40	9	2	47	1.48
22287660--22287719	27	2.2	27	81	0	75	36	23	20	20	1.95
22287882--22287994	27	4.2	27	86	0	127	27	19	17	35	1.94
22287948--22288036	27	3.3	27	76	7	76	29	14	22	33	1.94
22288241--22288276	17	2.1	18	94	5	65	22	41	22	13	1.89
22288243--22288284	17	2.4	17	88	8	57	21	45	21	11	1.84
22294506--22294535	15	2.0	15	100	0	60	6	6	40	46	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22297382--22297606	76	3.0	77	86	2	285	24	20	22	32	1.97
22297368--22297580	36	5.7	36	65	12	115	23	19	23	34	1.97
22300200--22300290	5	18.8	5	71	18	68	58	1	2	38	1.18
22300217--22300296	34	2.2	36	85	14	112	61	0	2	36	1.10
22300341--22300370	10	2.9	10	95	5	51	70	0	0	30	0.88
22300341--22300370	15	2.1	14	93	6	51	70	0	0	30	0.88
22300210--22300432	97	2.3	93	74	20	208	59	2	4	34	1.30
22302036--22302061	12	2.2	12	100	0	52	15	7	0	76	0.99
22303452--22303717	56	4.8	56	84	0	334	33	22	15	28	1.94
22303421--22303717	112	2.6	110	85	4	378	34	23	15	27	1.94
22305476--22305522	20	2.3	21	75	10	53	31	4	19	44	1.70
22306041--22306096	26	2.2	26	96	0	103	30	8	26	33	1.87
22313045--22313100	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
22322184--22322473	142	2.0	142	98	0	562	37	19	6	35	1.79
22327168--22327238	33	2.2	33	97	0	133	21	32	22	23	1.98
22327168--22327247	33	2.4	33	91	4	117	21	32	23	22	1.98
22329940--22329987	24	2.0	24	95	0	87	12	6	27	54	1.61
22343036--22343096	30	2.0	30	93	0	104	9	27	37	24	1.87
22343941--22343972	12	2.7	12	90	0	55	0	9	0	90	0.45
22344826--22344916	41	2.2	41	96	0	164	51	5	15	27	1.65
22345002--22345041	8	5.5	8	88	11	52	72	0	0	27	0.85
22345002--22345044	17	2.6	17	89	10	63	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22345002--22345044	3	15.3	3	86	13	65	72	0	0	27	0.85
22344953--22345044	20	4.7	20	76	11	82	72	4	2	20	1.12
22345092--22345132	22	1.9	22	90	5	66	80	2	9	7	0.99
22345113--22345164	16	3.2	16	76	7	52	75	1	5	17	1.10
22345137--22345170	17	2.0	17	94	0	59	73	0	0	26	0.83
22345203--22345254	22	2.5	20	85	11	77	75	1	0	23	0.91
22350274--22350325	27	1.9	27	96	0	95	17	26	11	44	1.83
22352098--22352150	25	2.1	25	100	0	106	37	11	16	33	1.85
22352358--22352394	5	7.4	5	100	0	74	21	0	0	78	0.75
22358321--22358377	22	2.6	22	100	0	114	26	24	28	21	1.99
22358591--22358629	20	2.1	19	86	13	55	15	15	0	69	1.20
22361538--22361575	15	2.4	16	82	8	51	68	0	5	26	1.11
22365618--22365651	5	6.6	5	93	6	59	38	0	0	61	0.96
22366873--22366922	24	2.1	24	96	0	91	34	4	20	42	1.70
22373380--22373438	30	2.0	30	100	0	118	30	20	37	11	1.89
22377598--22377769	40	4.3	40	87	2	213	26	27	20	25	1.99
22377600--22377822	40	5.6	39	82	5	207	26	27	21	25	1.99
22377754--22377831	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
22395067--22395751	44	15.2	45	73	12	408	34	17	18	29	1.94
22395095--22395460	133	2.7	131	81	7	385	34	16	19	29	1.94
22395281--22395514	95	2.4	96	87	0	335	35	19	18	26	1.95
22396824--22396903	36	2.2	36	97	0	151	26	21	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22398251--22398298	17	2.7	19	81	9	57	62	4	8	25	1.41
22398251--22398286	19	1.9	18	88	5	54	61	5	8	25	1.46
22398517--22398541	13	1.9	13	100	0	50	12	0	32	56	1.36
22398592--22398666	23	3.3	23	92	0	114	52	1	1	45	1.17
22398657--22398700	18	2.4	19	81	11	56	59	2	0	38	1.10
22399169--22399206	19	2.0	19	85	10	51	50	0	2	47	1.15
22403715--22403759	22	2.0	22	100	0	90	33	8	4	53	1.52
22408499--22408556	8	7.2	8	75	13	57	70	5	0	24	1.07
22408499--22408554	17	3.5	16	79	18	55	71	5	0	23	1.06
22409138--22409187	3	17.0	3	81	4	57	62	0	36	2	1.07
22409135--22409193	26	2.4	23	80	20	75	64	0	33	1	1.04
22410130--22410205	31	2.5	31	80	6	93	22	15	17	44	1.86
22418862--22418903	21	2.0	21	86	9	59	45	0	11	42	1.41
22420700--22420737	15	2.5	15	84	12	51	21	2	31	44	1.66
22421964--22422042	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
22422163--22422336	47	3.7	47	89	1	215	27	31	9	32	1.88
22422161--22422336	94	1.9	94	84	2	237	27	31	9	32	1.88
22429151--22429246	47	2.0	47	89	0	147	33	20	15	30	1.94
22438202--22438372	93	1.8	93	93	2	299	28	29	21	21	1.98
22438199--22438369	46	3.7	46	80	14	201	28	28	21	21	1.98
22438795--22438854	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
22442824--22442875	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22444212--22444271	29	2.1	29	96	0	111	43	20	15	21	1.88
22452101--22452288	40	4.7	40	82	5	227	31	19	28	20	1.97
22460724--22461710	40	24.7	40	98	0	1875	28	20	29	22	1.98
22463717--22463774	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
22466698--22466962	40	6.7	40	89	2	356	23	19	29	28	1.98
22468630--22469030	200	2.0	201	97	0	759	34	26	15	22	1.94
22474429--22474601	40	4.3	39	88	4	229	24	20	28	26	1.99
22474376--22474601	120	1.9	120	81	5	278	24	20	27	26	1.99
22474376--22474634	40	6.5	40	79	8	228	25	20	27	25	1.99
22474376--22474634	120	2.2	120	80	6	276	25	20	27	25	1.99
22482158--22482255	27	3.5	28	87	2	126	27	13	27	31	1.94
22482186--22482268	27	3.0	27	85	5	87	31	12	24	32	1.91
22482158--22482269	28	4.0	27	81	6	89	29	12	25	33	1.92
22487246--22487428	40	4.6	39	81	6	179	25	21	27	25	1.99
22487282--22487463	79	2.3	80	79	3	181	26	20	27	25	1.99
22496446--22496669	40	5.6	40	85	3	288	24	22	26	26	2.00
22496450--22496669	83	2.7	80	87	5	284	23	23	27	25	2.00
22516398--22516436	14	2.8	14	76	0	51	30	12	2	53	1.52
22516183--22516831	126	5.2	126	84	2	795	29	16	16	38	1.90
22517495--22517527	16	2.1	16	94	0	57	54	6	3	36	1.41
22519421--22519462	21	2.0	21	100	0	84	47	14	0	38	1.44
22520735--22520948	47	4.6	49	76	7	196	23	28	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22533140--22533221	38	2.2	38	97	2	157	25	17	23	34	1.96
22533373--22533452	28	2.8	28	77	7	90	26	30	20	23	1.98
22533631--22533766	43	3.2	43	91	0	218	30	32	24	13	1.93
22535627--22535732	48	2.2	48	91	0	167	33	26	5	33	1.80
22538783--22538830	17	2.8	18	75	6	55	64	0	0	35	0.94
22541419--22541458	18	2.2	19	90	4	64	55	0	17	27	1.43
22545066--22545103	14	2.8	14	88	11	53	65	2	0	31	1.06
22544977--22545583	240	2.5	233	78	12	699	46	6	9	37	1.62
22546204--22546254	21	2.3	23	76	6	61	37	1	7	52	1.42
22546203--22546254	23	2.3	24	70	12	56	36	1	7	53	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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