genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1661018--1661068	22	2.3	22	93	0	84	50	0	9	39	1.35
1661020--1661078	22	2.8	21	85	10	68	52	1	8	37	1.42
1670030--1670096	34	2.0	34	90	0	107	31	4	19	44	1.70
1690991--1691037	22	2.0	24	84	8	62	34	2	10	53	1.48
1691023--1691075	27	2.0	27	82	7	65	45	9	5	39	1.60
1715701--1715780	42	1.9	41	85	7	108	30	11	8	50	1.68
1722153--1722209	28	2.0	28	86	0	78	36	29	7	26	1.83
1722163--1722206	21	2.1	21	82	0	52	38	31	6	22	1.81
1724598--1724696	50	2.0	49	95	0	171	21	15	19	43	1.87
1726848--1726930	39	2.1	39	93	0	139	22	20	26	30	1.98
1732106--1732142	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
1733966--1734058	45	2.1	45	95	0	168	20	19	22	37	1.94
1738380--1738527	3	48.7	3	94	2	260	31	1	0	66	1.05
1738558--1738639	41	2.0	41	81	13	98	31	4	2	60	1.30
1738626--1738694	25	3.2	20	78	17	61	34	2	5	56	1.38
1738740--1738808	11	6.0	11	70	21	52	36	2	5	55	1.39
1739062--1739087	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
1742597--1742631	9	3.9	9	88	0	52	42	8	37	11	1.72
1746801--1746870	31	2.3	31	87	0	95	42	7	12	37	1.71
1747661--1747722	30	2.0	30	84	6	79	64	12	4	17	1.44
1762711--1762750	15	2.4	16	84	16	55	62	2	0	35	1.09
1762724--1762793	23	3.0	23	73	10	63	55	7	1	35	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1762694--1762794	43	2.4	41	74	12	105	58	5	1	33	1.34
1762817--1762873	27	2.1	28	83	3	71	49	7	8	35	1.61
1762940--1762973	9	3.6	10	88	11	54	52	5	0	41	1.25
1763019--1763071	24	2.3	23	87	9	74	56	5	1	35	1.34
1764095--1764155	24	2.3	27	75	21	74	11	6	34	47	1.66
1764106--1764156	24	2.1	24	96	0	93	13	3	35	47	1.62
1765979--1766022	17	2.5	17	74	3	52	70	6	9	13	1.33
1769828--1769871	23	2.0	23	91	8	74	43	4	2	50	1.35
1769835--1769885	23	2.2	23	82	0	57	49	9	1	39	1.47
1773534--1773588	15	3.7	15	90	2	76	38	3	21	36	1.71
1773700--1774379	232	2.9	229	82	4	803	30	7	16	45	1.76
1775783--1775928	78	1.9	77	85	4	206	51	8	10	29	1.66
1777551--1777609	30	1.9	31	83	10	77	22	11	22	44	1.85
1782084--1782142	30	1.9	31	83	10	77	22	11	22	44	1.85
1799808--1799943	69	2.0	69	97	0	254	21	15	13	50	1.78
1800931--1801152	109	2.0	112	87	3	324	30	15	9	44	1.79
1805487--1805532	22	2.1	22	83	0	56	43	13	4	39	1.63
1806706--1806772	33	2.0	33	100	0	134	49	5	23	20	1.71
1810644--1810676	14	2.3	15	94	5	59	36	6	24	33	1.80
1811914--1812002	45	2.0	45	91	4	144	23	17	30	28	1.97
1811914--1812002	46	2.0	45	90	2	142	23	17	30	28	1.97
1815079--1815122	20	2.2	20	100	0	88	38	4	6	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1819222--1819396	46	3.8	46	77	13	196	29	29	20	21	1.98
1819230--1819400	93	1.8	93	92	0	288	28	29	20	21	1.98
1822997--1823029	15	2.1	17	88	11	52	69	3	0	27	1.03
1827441--1827642	45	4.6	44	87	7	268	22	22	30	24	1.99
1827422--1827642	90	2.5	88	84	7	295	23	21	30	24	1.99
1828345--1828405	30	2.0	30	96	0	113	34	4	16	44	1.69
1830750--1830777	14	2.0	14	100	0	56	21	14	21	42	1.88
1838641--1838679	20	1.9	19	85	10	51	48	5	7	38	1.54
1838933--1838962	13	2.4	12	89	10	51	66	0	0	33	0.92
1843461--1843791	96	3.4	96	99	0	644	22	11	16	50	1.76
1846281--1846326	16	2.9	16	87	6	67	28	6	19	45	1.75
1846281--1846327	15	3.1	15	76	14	51	29	6	19	44	1.75
1854199--1854246	19	2.6	17	79	20	53	45	0	4	50	1.21
1871247--1871307	30	2.0	30	81	9	70	59	6	34	0	1.24
1871761--1871895	39	3.4	39	76	8	123	23	20	27	28	1.99
1873271--1873600	131	2.6	129	88	3	477	28	17	19	34	1.95
1888401--1888449	24	2.1	24	85	7	66	10	18	20	51	1.75
1908673--1908716	22	2.0	23	86	4	63	38	6	9	45	1.63
1909911--1909958	15	3.1	15	74	11	51	45	0	0	54	0.99
1912695--1912756	30	2.1	30	100	0	124	38	6	12	41	1.69
1916486--1916520	14	2.5	14	90	0	52	25	2	5	65	1.28
1916495--1916522	14	2.0	14	100	0	56	21	0	7	71	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1916550--1916610	31	2.0	31	93	0	104	27	6	11	54	1.61
1917087--1917127	19	2.2	19	100	0	82	31	21	4	41	1.74
1918806--1919023	121	1.8	121	84	4	305	37	16	17	28	1.92
1921947--1922137	98	1.9	98	87	6	280	30	21	13	34	1.92
1922046--1922601	46	12.7	45	72	12	240	26	20	20	31	1.98
1922181--1922604	174	2.5	170	87	4	595	26	21	21	30	1.98
1922050--1922558	44	11.7	42	71	12	169	27	20	20	31	1.98
1926464--1926543	39	2.1	38	95	2	142	27	25	16	31	1.96
1934384--1934523	70	2.0	70	98	0	271	30	17	21	30	1.96
1936159--1936194	18	1.9	19	94	5	65	77	8	0	13	0.98
1938431--1938473	21	2.1	20	91	4	68	53	4	34	4	1.42
1941101--1941146	25	1.9	25	86	8	69	26	4	8	60	1.44
1941267--1941341	27	2.8	27	80	6	73	60	4	2	33	1.30
1941174--1941361	16	10.7	18	67	21	62	63	3	2	31	1.22
1941320--1941361	20	2.1	20	90	0	66	66	0	0	33	0.92
1941255--1941371	47	2.6	44	85	6	148	63	3	1	31	1.21
1941696--1941742	17	2.8	16	81	9	58	70	2	0	27	0.99
1941693--1941739	18	2.7	18	87	9	62	65	2	0	31	1.04
1950689--1950773	9	8.7	10	81	8	79	67	2	4	25	1.23
1950720--1950757	3	12.7	3	94	0	67	65	0	2	31	1.06
1951954--1951989	16	2.1	19	85	15	51	58	11	2	27	1.46
1952099--1952131	14	2.4	14	90	10	50	72	9	9	9	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1952590--1952635	24	1.9	24	90	0	74	21	4	50	23	1.67
1954301--1954690	177	2.2	176	91	0	627	19	23	18	38	1.93
1954301--1954740	177	2.5	175	85	4	612	20	23	17	38	1.93
1957163--1957206	22	2.1	22	83	8	56	54	2	0	43	1.12
1986800--1987026	105	2.1	106	94	3	402	31	11	10	46	1.74
1995256--1995307	24	2.1	25	86	10	72	38	0	1	59	1.08
1995565--1995601	19	1.9	19	94	0	65	51	0	8	40	1.32
1999840--1999873	9	3.7	9	88	7	50	73	0	2	23	0.97
2001173--2001298	66	1.9	68	85	3	175	40	15	16	27	1.88
2003961--2004013	26	2.0	26	100	0	106	33	7	22	35	1.83
2004175--2004206	15	2.1	15	100	0	64	18	21	6	53	1.67
2006529--2006625	28	3.2	28	71	19	88	46	2	10	41	1.49
2006529--2006707	61	2.9	61	83	4	191	41	3	13	40	1.61
2016469--2016625	79	2.0	79	87	0	224	33	29	21	15	1.94
2022601--2022635	18	2.0	18	88	5	54	28	5	14	51	1.65
2023449--2023492	14	3.4	14	76	23	60	27	0	31	40	1.56
2032632--2032693	31	2.0	31	87	0	88	40	11	11	37	1.77
2034482--2034579	49	2.0	49	92	4	162	31	11	21	35	1.89
2044143--2044210	32	2.2	32	97	2	129	51	16	8	23	1.72
2044303--2044378	30	2.5	30	79	10	84	42	5	9	43	1.59
2045182--2045216	5	7.4	5	87	12	56	80	0	0	20	0.72
2045182--2045216	13	2.5	13	90	9	52	80	0	0	20	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2045179--2045220	11	3.7	11	82	17	50	76	0	0	23	0.79
2046725--2046798	31	2.4	30	80	6	85	37	6	16	39	1.75
2054184--2054354	85	2.0	85	93	0	288	29	18	11	41	1.84
2062361--2062408	24	2.0	23	84	11	62	37	4	4	54	1.39
2071928--2072251	109	3.0	109	98	0	623	33	25	10	30	1.89
2073213--2073256	22	2.0	22	95	0	79	36	11	25	27	1.90
2073772--2073803	5	6.6	5	92	7	57	81	0	18	0	0.70
2078446--2078505	16	3.8	16	77	2	59	38	23	10	28	1.87
2078450--2078484	12	2.9	12	82	0	52	37	25	8	28	1.85
2082121--2082165	18	2.5	17	86	10	63	64	0	0	35	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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