genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25174139--25174174	18	2.0	18	100	0	72	44	5	16	33	1.71
25174142--25174183	18	2.3	18	91	0	66	45	7	9	38	1.64
25177148--25177319	50	3.7	44	77	12	166	27	18	29	23	1.98
25177149--25177387	43	5.2	45	75	14	149	27	17	29	25	1.98
25184542--25184895	181	2.0	180	88	2	523	31	20	9	37	1.86
25185455--25185893	151	2.9	151	87	1	610	29	26	18	26	1.98
25185455--25185893	101	4.3	100	78	2	376	29	26	18	26	1.98
25185455--25185893	50	8.7	50	77	3	398	29	26	18	26	1.98
25191736--25191921	40	4.7	40	99	0	363	22	23	27	26	1.99
25192180--25192223	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
25195446--25195795	181	1.9	179	86	1	493	34	20	8	37	1.82
25199499--25199764	133	2.0	133	99	0	523	27	18	24	29	1.98
25208773--25208927	48	3.3	47	71	12	129	20	30	21	27	1.98
25208800--25208928	47	2.8	46	77	16	149	20	30	21	27	1.98
25208756--25208928	94	1.8	94	86	2	249	20	31	20	27	1.98
25226750--25227098	96	3.7	95	81	7	392	24	29	18	27	1.98
25226750--25227101	47	7.5	47	71	12	202	24	29	18	27	1.98
25227452--25227495	17	2.6	17	92	0	70	29	15	15	38	1.89
25228618--25228948	50	6.6	50	81	2	295	32	26	14	25	1.94
25228610--25228897	101	2.9	100	84	1	380	30	26	16	26	1.96
25228617--25228948	151	2.2	150	81	3	387	33	26	14	25	1.94
25232268--25232314	21	2.2	21	84	0	58	25	25	29	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25239693--25239832	49	2.9	47	77	13	142	17	17	31	33	1.93
25243855--25244039	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
25243856--25244039	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
25243856--25244072	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
25251831--25252053	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
25251831--25252053	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
25251831--25252086	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
25264049--25264412	40	9.1	40	95	0	602	30	19	27	22	1.98
25276456--25276501	23	2.0	23	91	8	76	19	21	21	36	1.95
25276827--25276923	30	3.2	30	85	0	140	35	10	18	36	1.85
25285432--25285464	17	1.9	17	100	0	66	45	6	6	42	1.53
25291124--25291301	27	6.6	27	81	3	160	27	29	16	26	1.97
25299155--25299332	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
25299176--25299331	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
25300808--25301118	156	2.0	156	100	0	622	16	25	25	33	1.96
25308295--25308322	14	2.0	14	100	0	56	28	7	14	50	1.69
25323061--25323148	41	2.1	41	95	2	158	40	13	9	36	1.76
25324673--25324806	47	2.8	49	80	7	157	22	29	19	28	1.98
25328270--25328388	27	4.4	27	86	4	134	26	22	15	34	1.95
25335294--25335370	37	2.1	37	92	0	127	31	7	9	51	1.62
25342506--25342548	5	8.6	5	94	0	77	60	2	0	37	1.10
25347846--25347939	44	2.1	45	98	2	181	42	19	6	31	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25350062--25350110	3	16.7	3	80	16	50	30	0	2	67	1.02
25350271--25350304	15	2.3	15	89	0	50	29	8	0	61	1.26
25350535--25350590	23	2.6	22	81	15	64	33	3	8	53	1.49
25351069--25351095	9	3.0	9	100	0	54	33	11	0	55	1.35
25351407--25353106	850	2.0	850	100	0	3400	31	21	12	34	1.90
25359035--25359162	49	2.6	49	75	1	121	22	27	19	30	1.98
25365221--25365299	38	2.1	38	83	11	99	70	3	6	18	1.24
25366725--25367086	44	8.2	44	73	4	228	29	20	18	31	1.96
25366747--25367082	133	2.5	131	82	1	393	28	20	19	31	1.97
25366822--25367082	132	2.0	133	86	0	362	29	20	17	32	1.95
25372009--25372047	16	2.4	16	100	0	78	12	43	5	38	1.65
25374312--25374350	16	2.4	16	100	0	78	12	43	5	38	1.65
25383778--25383907	55	2.4	55	80	5	145	14	27	30	26	1.95
25387600--25387629	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
25392873--25392910	18	2.1	19	90	9	62	28	5	26	39	1.78
25396739--25396768	14	2.1	14	100	0	60	30	13	20	36	1.90
25397261--25397421	77	2.1	77	90	0	250	27	11	22	37	1.89
25407509--25407978	94	5.0	94	98	0	904	30	10	19	39	1.85
25408007--25408070	24	2.7	24	87	4	85	20	15	31	32	1.94
25415013--25415147	39	3.3	39	78	13	126	22	25	20	32	1.97
25415061--25415150	46	2.0	46	100	0	180	23	24	17	34	1.96
25422278--25422326	15	3.3	15	82	0	62	57	14	14	14	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25435282--25435320	19	2.1	19	85	0	51	17	35	23	23	1.95
25436735--25436839	43	2.4	43	91	0	174	33	28	15	22	1.95
25453391--25453432	21	2.0	21	90	0	66	42	16	11	28	1.84
25474660--25474770	29	3.9	29	79	10	102	27	30	16	25	1.96
25481630--25481811	28	6.5	28	90	1	267	28	12	26	32	1.92
25501304--25501479	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
25501301--25501472	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
25513477--25513502	5	5.2	5	100	0	52	0	19	0	80	0.71
25513477--25513511	15	2.3	15	90	0	52	0	25	0	74	0.82
25528175--25528228	26	2.1	26	100	0	108	42	14	16	25	1.87
25543386--25543726	170	2.0	170	100	0	682	34	19	12	34	1.89
25547987--25548077	28	3.3	27	85	7	112	39	20	21	17	1.92
25549028--25549084	18	3.2	18	75	7	62	64	0	31	3	1.10
25550368--25550504	49	2.8	49	82	2	166	29	20	22	27	1.98
25565004--25565153	49	2.9	53	84	6	175	36	17	24	21	1.94
25566980--25567129	49	2.9	53	84	6	175	36	17	24	21	1.94
25574942--25575104	81	2.0	81	96	0	299	20	29	20	30	1.97
25577191--25577263	29	2.6	29	84	6	96	27	30	16	26	1.97
25580445--25580475	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
25580442--25580481	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
25580667--25580921	55	4.8	54	79	8	249	22	24	17	35	1.95
25580712--25580914	108	1.9	110	87	4	304	24	24	18	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25587306--25587336	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
25590808--25590980	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
25590805--25590975	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
25602865--25602905	22	1.9	22	90	5	66	9	41	29	19	1.83
25604275--25604433	43	3.7	43	80	7	189	23	18	27	30	1.98
25605462--25605583	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
25608683--25608725	23	2.0	22	86	13	63	41	9	0	48	1.35
25611372--25611592	47	4.7	47	78	14	183	24	29	18	27	1.98
25611376--25611592	94	2.3	94	80	12	241	25	29	17	27	1.98
25619815--25619869	28	2.0	28	100	0	110	27	14	10	47	1.78
25621230--25621294	21	3.1	21	72	12	62	43	18	23	15	1.88
25621202--25621352	42	3.6	42	79	9	148	44	17	21	15	1.87
25623193--25623297	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
25623153--25623316	40	4.1	40	80	12	169	25	23	27	24	2.00
25623153--25623303	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
25631065--25631328	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
25631065--25631361	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
25636688--25636730	22	2.0	22	86	9	61	20	11	9	58	1.61
25643364--25643759	44	8.8	44	71	9	219	31	17	21	29	1.96
25655266--25655421	78	2.0	78	97	0	294	28	15	26	28	1.96
25670506--25670684	27	6.6	27	85	3	218	39	20	8	31	1.83
25670506--25670738	54	4.3	54	78	7	222	39	21	9	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25670506--25670738	81	2.9	81	81	8	242	39	21	9	30	1.84
25670506--25670739	27	8.7	27	79	7	183	39	20	8	30	1.84
25670668--25670793	27	4.7	27	71	7	76	38	22	7	31	1.83
25670777--25670980	27	7.6	27	84	4	225	34	21	20	24	1.97
25670777--25670980	81	2.5	81	80	4	250	34	21	20	24	1.97
25671426--25671489	22	2.9	22	79	9	76	20	21	23	34	1.97
25671648--25671749	27	3.8	27	81	5	116	19	21	22	36	1.95
25671886--25671999	6	18.3	6	73	20	92	18	16	14	50	1.79
25671886--25671957	31	2.3	31	95	2	126	18	15	15	51	1.77
25671915--25671985	25	2.8	25	95	0	124	16	18	15	49	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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