genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  20  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5998789--5998831	21	2.0	21	100	0	86	53	27	4	13	1.60
6002305--6002353	21	2.4	20	82	3	53	32	2	6	59	1.34
6010723--6010766	19	2.2	20	92	4	72	25	9	13	52	1.70
6010840--6010911	36	2.0	36	86	10	103	40	4	1	54	1.28
6013040--6013253	37	5.8	37	97	0	392	39	13	20	27	1.89
6013215--6013338	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	28	1.95
6020774--6020949	37	4.8	37	94	0	289	38	13	21	26	1.91
6020912--6021035	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
6035795--6035854	28	2.1	30	81	12	72	50	0	3	46	1.18
6036259--6036289	14	2.2	14	100	0	62	12	0	6	80	0.89
6036946--6036976	15	2.1	15	93	0	53	29	22	6	41	1.78
6040728--6040752	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
6042466--6042500	14	2.6	13	82	8	52	68	11	5	14	1.37
6052619--6052656	4	9.5	4	94	0	67	23	26	0	50	1.50
6055373--6055406	18	1.9	18	88	5	52	35	2	5	55	1.39
6055989--6056027	6	6.3	6	85	5	51	35	0	2	61	1.10
6055989--6056049	12	5.0	12	76	15	63	37	0	1	60	1.07
6055988--6056049	24	2.5	24	82	15	74	37	0	1	61	1.06
6065881--6066228	149	2.3	145	76	15	350	43	8	3	43	1.53
6066018--6066073	23	2.4	23	80	11	62	57	8	0	33	1.30
6066018--6066073	24	2.4	23	79	5	60	57	8	0	33	1.30
6066116--6066166	20	2.5	20	80	0	57	52	7	0	39	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6065912--6066201	146	2.0	147	86	6	410	47	7	4	41	1.51
6072153--6072311	74	2.1	74	86	7	216	26	32	0	40	1.56
6072746--6072804	20	3.1	19	78	9	66	47	5	0	47	1.24
6072750--6072816	20	3.4	19	72	14	55	49	7	0	43	1.31
6075300--6075498	50	4.1	49	68	18	130	45	9	4	40	1.57
6075251--6075536	143	2.0	145	89	3	443	42	10	4	42	1.59
6076058--6076089	12	2.6	12	95	5	55	90	0	9	0	0.45
6076058--6076089	17	1.9	16	93	6	55	90	0	9	0	0.45
6075949--6076161	114	1.9	116	90	2	349	54	12	19	13	1.69
6076914--6077079	75	2.2	73	81	9	183	27	31	0	40	1.57
6076989--6077033	19	2.4	19	81	3	56	35	33	0	31	1.58
6077050--6077086	18	2.0	20	89	10	60	35	27	0	37	1.57
6080873--6080996	64	1.9	64	95	0	221	39	8	3	49	1.49
6083661--6083712	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
6084995--6085086	44	2.1	44	83	4	114	22	22	23	30	1.99
6085352--6085459	21	5.1	21	80	5	92	18	23	23	35	1.96
6085365--6085442	21	3.6	21	87	3	111	15	25	25	33	1.95
6086265--6086321	24	2.4	24	88	8	82	26	0	22	50	1.49
6089139--6089185	18	2.7	17	80	9	51	44	0	2	53	1.12
6091841--6091897	29	2.0	29	100	0	114	24	21	33	21	1.97
6093894--6093953	17	3.4	19	78	17	67	53	6	0	40	1.27
6094037--6094092	19	3.1	19	74	7	62	35	0	1	62	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6094090--6094129	21	1.9	21	94	0	71	45	10	2	42	1.51
6104432--6104490	24	2.4	23	76	23	59	49	0	6	44	1.29
6106676--6106710	3	11.7	3	93	0	61	68	2	0	28	1.04
6108080--6108115	12	3.1	12	92	4	56	25	2	2	69	1.15
6108069--6108131	23	2.7	24	73	11	76	28	4	4	61	1.36
6112357--6112413	16	3.5	17	83	9	66	42	3	31	22	1.71
6112635--6112676	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
6112644--6112685	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
6112670--6112938	59	4.5	60	69	17	193	50	5	1	42	1.35
6112638--6112938	120	2.5	120	98	0	584	51	4	1	42	1.33
6112754--6112805	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
6112874--6112925	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
6116343--6116403	13	4.7	13	85	0	86	37	29	8	24	1.84
6116338--6116405	13	5.2	13	77	7	75	35	26	7	30	1.84
6122847--6122903	26	2.4	24	82	11	64	19	14	14	52	1.74
6123528--6123596	35	2.0	35	100	0	138	17	50	11	20	1.76
6123545--6123624	34	2.3	35	84	2	99	22	51	10	16	1.74
6127782--6127849	3	22.3	3	71	14	50	61	2	7	27	1.37
6137122--6137172	25	2.0	25	100	0	102	56	7	7	27	1.55
6149129--6149155	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
6161984--6162009	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
6174775--6174827	26	2.0	27	85	10	74	15	7	0	77	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6177320--6177346	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
6184539--6184580	14	3.0	14	82	0	57	38	33	9	19	1.84
6190761--6190800	16	2.5	16	87	0	62	47	5	2	45	1.38
6203883--6204020	53	2.6	54	80	8	151	26	26	18	28	1.98
6210467--6210494	13	2.2	13	100	0	56	17	39	35	7	1.78
6217447--6217821	186	2.0	186	98	0	732	42	16	5	35	1.72
6222178--6222233	15	3.7	15	73	17	53	44	7	0	48	1.30
6222563--6222663	43	2.3	43	83	3	123	29	22	17	29	1.97
6229506--6229553	21	2.2	22	82	14	64	47	0	16	35	1.47
6230282--6230368	33	2.6	33	98	0	165	39	10	18	32	1.84
6236603--6236628	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
6237832--6237923	33	2.8	33	80	8	116	32	9	23	33	1.88
6247330--6247638	46	6.5	49	72	10	173	27	19	28	24	1.98
6251212--6251275	10	6.5	10	77	16	55	60	1	1	35	1.15
6251219--6251252	18	1.9	18	94	5	61	73	0	0	26	0.83
6251214--6251276	11	6.3	10	77	14	51	58	1	1	38	1.17
6259753--6259801	22	2.4	21	80	12	57	32	8	6	53	1.55
6271943--6272034	43	2.1	44	85	2	123	27	22	26	23	2.00
6272520--6272633	42	2.7	41	89	2	174	31	21	20	27	1.98
6274625--6274673	22	2.4	21	80	12	57	32	8	6	53	1.55
6281495--6281555	31	2.0	31	87	3	88	31	16	4	47	1.68
6283777--6283809	16	2.1	16	94	0	57	51	3	0	45	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6283788--6283831	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
6283924--6283980	15	3.5	15	71	17	51	50	0	1	47	1.11
6285062--6285115	24	2.3	22	81	12	63	40	0	24	35	1.55
6287421--6287594	62	2.8	62	91	2	260	43	14	10	31	1.81
6292621--6292669	3	16.0	3	95	4	89	65	0	0	34	0.93
6293007--6293126	30	4.0	30	95	0	195	25	47	6	20	1.74
6293047--6293100	18	3.3	18	66	28	57	22	50	7	20	1.73
6293572--6293617	25	1.9	23	91	8	74	34	2	0	63	1.07
6293637--6293786	25	6.0	25	74	12	112	33	6	5	54	1.49
6293640--6293753	27	4.4	26	71	20	78	33	5	5	56	1.44
6293935--6293982	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
6293935--6293986	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
6300195--6300447	126	2.0	125	95	0	452	32	16	25	25	1.96
6303872--6304444	77	7.5	77	98	0	1071	34	15	19	30	1.93
6303872--6305282	154	8.9	154	81	11	1235	31	16	19	32	1.94
6303872--6305282	231	5.9	230	77	14	1217	31	16	19	32	1.94
6304511--6304728	88	2.5	88	96	0	400	30	16	18	35	1.92
6304685--6304822	71	1.9	71	88	2	206	35	15	17	31	1.92
6304843--6305259	151	2.8	151	96	0	744	28	18	22	30	1.98
6304827--6305262	77	5.8	76	83	5	571	27	18	22	31	1.97
6305199--6305520	87	3.7	88	77	7	273	29	14	18	37	1.91
6306173--6306271	30	3.3	30	91	0	162	27	48	6	18	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6306213--6306266	18	3.3	18	66	28	57	22	48	7	22	1.75
6306388--6306495	22	4.9	22	72	13	71	30	6	6	56	1.50
6306437--6306495	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
6306610--6306644	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
6307373--6307405	6	5.7	6	85	7	50	84	0	3	12	0.72
6307374--6307406	17	1.9	17	100	0	66	84	0	3	12	0.72
6307374--6307415	18	2.4	18	88	11	61	80	2	4	11	0.95
6309259--6309709	86	5.2	85	67	17	307	26	19	20	33	1.96
6309201--6309837	175	3.6	175	93	0	1017	27	19	20	33	1.96
6309352--6309799	89	5.1	88	69	17	356	26	19	20	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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