genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  26  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7552624--7552665	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
7563958--7564204	49	5.0	50	81	2	282	25	18	27	28	1.98
7567720--7567770	26	2.0	26	100	0	102	31	15	15	37	1.89
7568038--7568080	22	2.0	22	82	13	54	37	2	4	55	1.33
7569407--7569455	21	2.4	21	83	10	57	32	2	8	57	1.40
7575838--7575910	36	2.0	36	84	12	96	56	13	4	26	1.55
7576344--7576388	20	2.1	22	84	8	58	68	2	0	28	1.01
7583086--7583123	19	2.0	20	84	5	51	60	7	2	28	1.38
7583166--7583301	44	3.1	44	98	0	263	57	4	5	32	1.43
7588374--7588407	5	7.0	5	86	6	52	41	2	0	55	1.15
7588374--7588407	14	2.3	15	90	5	52	41	2	0	55	1.15
7590828--7591084	127	2.0	127	84	4	340	17	14	15	52	1.75
7597655--7597705	6	8.5	6	100	0	102	33	33	17	15	1.92
7621906--7621947	19	2.2	19	86	0	57	16	19	14	50	1.79
7630122--7630208	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
7630580--7630628	14	3.4	14	86	13	73	53	12	0	34	1.39
7630579--7630635	15	3.8	15	86	6	80	50	14	0	35	1.42
7630582--7630639	29	2.1	27	90	6	89	53	13	0	32	1.40
7631876--7631918	20	2.1	21	82	4	52	9	16	2	72	1.21
7632907--7632937	15	2.1	15	94	5	55	32	12	16	38	1.86
7633050--7633091	22	1.9	22	95	0	75	52	0	0	47	1.00
7633354--7633413	29	2.1	29	100	0	120	38	21	10	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7634430--7634458	7	4.1	7	100	0	58	41	0	13	44	1.44
7642802--7642839	6	6.3	6	87	0	58	18	18	13	50	1.78
7645028--7645077	22	2.3	22	82	3	66	50	2	2	46	1.24
7647437--7648265	3	276.3	3	100	0	1658	66	0	33	0	0.92
7648280--7648316	17	2.2	17	90	0	56	51	16	13	18	1.76
7650690--7650728	20	2.0	20	94	0	69	25	20	23	30	1.98
7650691--7650738	20	2.4	20	82	0	60	29	20	20	29	1.98
7653966--7654028	33	1.9	33	86	0	90	20	36	15	26	1.93
7655881--7655934	24	2.2	24	86	0	81	35	16	24	24	1.95
7656979--7657762	140	5.6	140	77	5	562	26	18	23	32	1.97
7657003--7657762	70	10.8	71	74	7	409	26	19	22	31	1.97
7662999--7663109	27	4.2	26	85	10	127	35	22	25	17	1.95
7663002--7663107	53	2.0	53	85	7	144	34	21	25	17	1.96
7668278--7668321	22	2.0	22	90	0	70	54	4	0	40	1.21
7670431--7670525	38	2.5	38	94	0	163	26	25	9	38	1.86
7674429--7674468	19	2.1	19	100	0	80	27	25	5	42	1.75
7675452--7675491	21	1.9	21	100	0	80	10	80	2	7	1.00
7681285--7681340	27	2.1	27	82	0	67	32	26	14	26	1.95
7681306--7681373	26	2.6	26	83	6	84	25	25	19	30	1.98
7683687--7683749	23	2.8	23	82	2	83	31	14	31	22	1.93
7683950--7683995	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
7683957--7684001	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7690121--7690166	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
7690128--7690172	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
7704601--7704664	28	2.3	28	86	5	85	21	15	31	31	1.95
7704614--7704671	28	2.1	28	93	0	98	24	15	31	29	1.95
7706604--7706643	22	1.9	20	90	10	62	62	0	2	35	1.09
7706602--7706649	20	2.4	18	81	18	60	66	0	2	31	1.03
7707198--7707319	2	61.0	2	100	0	244	0	0	50	50	1.00
7708194--7708288	49	1.9	49	89	0	145	30	14	23	31	1.94
7716185--7716220	9	4.1	9	92	7	65	77	0	0	22	0.76
7716185--7716220	13	2.8	13	84	16	56	77	0	0	22	0.76
7725668--7725702	18	1.9	18	94	0	61	45	17	17	20	1.85
7729563--7729712	44	3.6	42	77	14	132	30	24	18	26	1.97
7730291--7730346	27	2.1	27	96	0	103	44	19	3	32	1.68
7734436--7734710	46	6.0	46	87	1	336	21	22	14	41	1.89
7737668--7738196	104	5.1	104	92	0	826	31	11	15	40	1.84
7740104--7740311	91	2.3	91	93	0	344	46	3	4	46	1.39
7740226--7740286	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
7740144--7740286	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
7740548--7740591	18	2.5	18	86	13	65	0	25	0	75	0.81
7740794--7740839	17	2.8	17	71	15	51	54	0	0	45	0.99
7749815--7749851	18	2.1	18	94	0	65	24	5	5	64	1.36
7760138--7760277	43	3.3	42	79	7	140	27	25	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7764395--7764466	20	3.4	20	70	20	65	41	4	0	54	1.20
7764427--7764504	24	3.1	25	73	12	79	46	2	1	50	1.23
7766326--7766456	41	3.2	41	76	6	131	35	18	19	27	1.95
7773402--7773568	9	17.6	9	74	10	127	31	1	21	46	1.59
7773417--7773556	39	3.4	44	83	10	156	30	1	22	45	1.62
7773404--7773512	57	1.9	57	88	0	164	29	1	23	44	1.64
7773435--7773551	39	3.0	39	93	0	198	31	0	22	45	1.58
7773402--7773557	48	3.2	48	75	10	156	31	1	22	44	1.61
7773749--7774235	241	2.0	241	96	0	902	34	14	17	33	1.90
7774368--7774417	23	2.2	23	96	0	91	36	16	14	34	1.88
7778663--7778688	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
7779034--7779077	22	2.1	21	83	8	54	29	0	25	45	1.54
7779964--7780047	40	2.1	40	84	4	107	23	28	16	30	1.96
7785963--7786049	3	28.3	3	77	9	86	60	1	6	31	1.30
7787592--7787882	137	2.1	137	98	1	557	28	18	17	34	1.94
7787851--7788118	45	5.9	45	74	8	202	27	22	19	30	1.98
7787816--7788129	140	2.2	140	85	1	405	27	20	19	32	1.97
7787887--7788172	140	2.0	141	83	3	362	26	21	20	31	1.98
7788128--7788485	88	4.1	88	87	0	484	27	20	24	27	1.99
7793415--7793456	22	1.9	22	85	9	59	0	28	4	66	1.12
7801418--7801499	26	3.2	26	96	0	155	36	26	6	30	1.81
7803657--7803748	3	31.0	3	72	6	53	56	2	10	30	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7803635--7803678	17	2.6	16	82	10	52	52	2	11	34	1.50
7803694--7803751	15	3.9	15	81	0	71	63	1	6	27	1.29
7803630--7803702	6	12.7	6	72	13	55	49	1	16	32	1.54
7803683--7803745	27	2.3	27	86	0	81	57	1	11	30	1.43
7805655--7805811	38	4.0	39	85	5	185	31	26	21	21	1.98
7805655--7805811	78	2.0	78	84	7	203	31	26	21	21	1.98
7811035--7811067	15	2.1	16	94	5	59	0	12	24	63	1.28
7815105--7815149	22	2.0	22	100	0	90	37	4	22	35	1.74
7816282--7816307	13	2.0	13	100	0	52	46	15	23	15	1.83
7817368--7817398	9	3.6	9	95	4	55	32	0	0	67	0.91
7817546--7817575	15	2.0	15	93	0	51	43	26	3	26	1.70
7819594--7819624	14	2.1	15	94	5	55	35	6	6	51	1.53
7820768--7820819	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
7822591--7822636	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
7822554--7822710	44	3.7	43	75	18	125	64	0	7	27	1.23
7822583--7822683	15	6.8	14	75	15	62	65	0	7	26	1.20
7822557--7822714	23	7.4	20	66	29	62	64	0	6	27	1.24
7823661--7823883	44	5.1	43	70	17	154	23	24	20	31	1.98
7823624--7824199	88	6.5	88	82	4	611	21	23	22	33	1.97
7823661--7824199	179	3.0	178	85	3	660	21	23	22	32	1.98
7824161--7824465	132	2.3	131	80	4	344	24	21	20	34	1.97
7824364--7824459	44	2.2	43	80	9	97	28	22	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7838442--7838475	17	1.9	17	88	5	50	47	2	0	50	1.16
7857144--7857191	25	1.9	25	91	0	78	35	20	14	29	1.93
7857219--7857293	20	3.9	19	83	10	82	40	10	16	33	1.82
7857343--7857446	51	2.1	50	89	5	156	29	22	21	26	1.99
7857343--7857439	25	3.8	26	84	1	135	27	23	21	26	1.99
7857343--7857446	26	4.1	25	82	2	120	29	22	21	26	1.99
7858055--7858089	18	1.9	18	88	0	52	34	25	8	31	1.86
7864943--7864990	25	1.9	25	82	0	60	33	18	16	31	1.94
7865018--7865092	20	3.9	19	83	10	82	37	9	18	34	1.83
7865142--7865271	52	2.6	51	90	3	201	29	21	20	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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