genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  30  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8855638--8855745	26	4.2	26	91	4	182	34	7	23	35	1.83
8857359--8857499	27	5.2	26	84	6	183	17	24	23	34	1.96
8857359--8857499	54	2.6	53	93	2	228	17	24	23	34	1.96
8857359--8857516	27	5.9	26	83	7	147	18	24	21	34	1.96
8862660--8862767	26	4.2	26	91	0	171	34	7	22	36	1.82
8864666--8864806	27	5.2	27	84	8	171	17	22	24	35	1.95
8864666--8864824	54	3.0	53	88	2	221	18	23	22	35	1.96
8864666--8864824	27	5.9	27	79	16	145	18	23	22	35	1.96
8866793--8866823	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
8872607--8872711	37	2.9	37	91	2	169	24	21	17	36	1.95
8872675--8872891	52	4.2	52	84	8	284	27	22	14	35	1.93
8872725--8872897	46	3.7	46	84	9	231	28	22	14	34	1.93
8872674--8872897	98	2.3	98	92	0	367	28	22	14	34	1.93
8877505--8877708	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
8877589--8877707	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
8877598--8877688	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
8878964--8879068	37	2.9	37	91	2	169	24	21	17	36	1.95
8879032--8879248	52	4.2	52	84	8	284	27	22	14	35	1.93
8879082--8879254	46	3.7	46	84	9	231	28	22	14	34	1.93
8879031--8879254	98	2.3	98	92	0	367	28	22	14	34	1.93
8888585--8888668	5	15.4	5	72	15	60	15	5	4	73	1.19
8888780--8888833	27	2.0	27	89	7	83	18	25	20	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8897253--8897300	20	2.4	20	85	0	60	22	25	14	37	1.92
8897216--8897339	60	2.1	60	81	3	142	21	22	16	38	1.93
8903355--8903457	44	2.3	45	84	3	127	30	21	13	34	1.92
8903377--8903462	46	1.9	44	90	4	136	29	24	13	32	1.94
8910753--8910841	46	2.0	45	91	4	144	28	25	13	32	1.94
8918971--8919023	25	2.1	25	96	0	97	58	11	13	16	1.63
8923833--8924017	46	3.7	51	74	13	170	34	21	14	29	1.93
8924517--8924555	21	1.9	20	89	5	60	46	23	2	28	1.65
8925502--8925592	46	2.0	46	95	0	164	12	25	10	51	1.71
8925548--8927315	565	3.1	565	97	0	3313	23	20	13	42	1.88
8928349--8928382	18	1.9	18	94	5	61	20	44	23	11	1.84
8936841--8936883	8	5.0	9	83	11	63	32	9	0	58	1.30
8936806--8936883	17	4.7	16	79	16	88	34	8	1	55	1.40
8941259--8941296	16	2.3	17	82	17	53	10	5	5	78	1.06
8944581--8944726	48	3.0	47	90	4	220	26	25	18	29	1.98
8960301--8960337	12	3.2	12	96	3	67	54	16	13	16	1.72
8963582--8963902	160	2.0	160	99	0	633	24	9	31	34	1.87
8965114--8965244	64	2.0	65	92	1	219	41	12	12	32	1.82
8967319--8967343	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
8967603--8967640	18	2.2	18	90	9	62	21	5	2	71	1.19
8971775--8971801	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
8978057--8978137	42	1.9	42	87	5	119	28	1	2	67	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8981022--8981071	22	2.2	23	89	3	75	36	6	16	42	1.72
8985624--8985668	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
8988310--8988357	25	1.9	25	95	0	87	43	18	18	18	1.88
8991879--8991943	30	2.2	29	88	2	94	38	1	0	60	1.07
8992102--8992160	30	1.9	31	86	10	86	66	1	0	32	1.02
8992109--8992161	23	2.3	23	83	0	70	67	1	0	30	1.01
8992859--8992916	29	2.1	29	83	6	75	25	1	5	67	1.21
8998950--8999002	22	2.5	20	79	11	61	32	1	1	64	1.15
8998962--8999007	20	2.3	19	82	17	58	26	0	0	73	0.83
9010623--9010696	38	2.0	36	86	5	103	58	9	8	24	1.57
9020481--9020515	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
9024793--9024826	17	2.0	17	88	0	50	32	11	8	47	1.71
9025820--9025844	13	1.9	13	100	0	50	84	8	0	8	0.79
9032059--9032167	55	2.0	55	81	0	128	28	29	27	14	1.95
9048422--9048475	27	2.0	27	82	10	65	48	1	3	46	1.30
9053475--9053499	7	3.6	7	100	0	50	12	16	0	72	1.13
9056638--9056867	50	4.8	48	77	7	180	24	28	18	28	1.98
9059745--9059855	35	3.1	35	77	1	96	41	26	10	21	1.86
9066210--9066295	9	9.6	9	68	22	56	65	2	1	31	1.13
9066616--9066662	19	2.5	19	89	0	67	31	6	2	59	1.34
9066678--9066731	19	2.8	20	83	8	67	35	0	1	62	1.06
9070690--9070731	21	2.0	20	82	13	50	59	0	2	38	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9076912--9077104	84	2.3	84	84	3	255	43	15	22	18	1.87
9076861--9077161	84	3.6	84	77	8	222	40	16	21	20	1.91
9077203--9077568	81	4.5	81	96	0	651	35	22	21	21	1.96
9091342--9091394	14	3.7	15	76	16	51	64	0	11	24	1.26
9091496--9091554	28	2.1	28	90	0	91	27	38	6	27	1.81
9091632--9091684	27	2.0	25	85	7	70	54	9	15	20	1.68
9100006--9100066	30	2.0	30	83	0	77	26	36	22	14	1.93
9104038--9104397	199	1.8	199	90	1	578	24	25	32	18	1.97
9104418--9104469	22	2.5	20	79	11	68	21	0	1	76	0.87
9104640--9104669	3	10.3	3	92	7	53	30	0	0	70	0.88
9108618--9108642	12	2.1	12	100	0	50	28	32	24	16	1.96
9115982--9116025	22	2.0	22	90	0	70	31	18	27	22	1.97
9121109--9121140	15	2.1	15	94	0	55	37	0	34	28	1.57
9124690--9124733	21	2.0	22	82	4	54	29	45	0	25	1.54
9129632--9129716	42	2.0	42	93	0	143	22	30	18	28	1.97
9137784--9137852	20	3.1	20	65	31	50	18	17	33	30	1.94
9147528--9147607	30	2.7	29	90	7	124	38	37	3	20	1.70
9148567--9148602	18	2.0	18	100	0	72	44	16	5	33	1.71
9150489--9150626	69	2.0	69	94	0	240	35	28	13	23	1.92
9150561--9150705	43	3.4	42	71	11	116	31	33	14	20	1.93
9155118--9155181	21	3.0	22	78	13	64	4	39	1	54	1.31
9155693--9155738	14	3.3	14	81	0	56	50	23	2	23	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9156505--9156770	41	6.5	41	87	0	334	22	21	22	33	1.97
9156749--9156786	19	2.0	20	94	5	69	18	13	21	47	1.82
9157065--9157117	25	2.1	25	100	0	106	64	3	3	28	1.28
9157071--9157118	14	3.6	15	71	28	54	60	4	4	31	1.35
9160791--9161124	143	2.3	143	87	0	461	26	20	19	33	1.97
9163895--9163999	40	2.6	41	80	8	126	23	23	27	24	2.00
9173346--9173770	104	4.1	104	91	0	663	31	11	16	40	1.83
9175678--9175885	91	2.3	91	92	0	335	45	3	4	46	1.39
9175800--9175860	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
9175718--9175860	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
9176022--9176056	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
9176218--9176308	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
9176289--9176341	16	3.2	16	94	5	97	37	37	0	24	1.56
9179070--9179109	20	2.0	21	85	5	55	40	32	0	27	1.57
9190704--9190799	43	2.3	42	85	3	129	22	15	26	35	1.94
9194412--9194465	28	2.0	28	85	3	74	40	5	3	50	1.44
9206506--9206569	15	4.3	15	80	7	76	57	17	12	12	1.64
9210530--9210618	45	2.0	45	86	0	124	32	26	14	25	1.95
9215918--9216229	78	4.0	78	99	0	606	41	12	20	25	1.87
9223056--9223173	59	2.0	59	88	0	173	28	27	9	33	1.88
9224316--9224340	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
9234953--9235105	43	3.6	43	79	4	175	30	24	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9255011--9255402	40	9.8	41	78	4	415	24	19	28	27	1.98
9255011--9255402	120	3.3	120	87	2	484	24	19	28	27	1.98
9256810--9256914	48	2.2	48	85	1	138	29	26	14	29	1.95
9257029--9257820	6	132.0	6	100	0	1584	50	16	0	33	1.46
9258776--9258800	13	1.9	13	100	0	50	56	8	4	32	1.47
9263993--9264164	48	3.6	49	80	7	201	26	26	19	26	1.99
9263934--9264164	96	2.5	92	81	6	261	26	27	20	25	1.99
9264285--9265058	6	129.0	6	100	0	1548	50	16	0	33	1.46
9266779--9266835	29	2.0	29	96	0	105	31	15	10	42	1.81
9267322--9267370	23	2.1	23	84	0	62	61	12	4	22	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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