genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   

This is table  86  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28410783--28411008	56	4.0	56	88	1	292	17	23	23	34	1.96
28413687--28413726	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
28413788--28413902	27	4.3	26	83	5	131	37	23	21	17	1.94
28413788--28413902	54	2.1	54	88	3	169	37	23	21	17	1.94
28415510--28415619	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
28417221--28418260	148	7.0	148	97	0	1994	38	2	19	39	1.66
28420531--28420632	37	2.8	37	92	0	159	27	29	17	25	1.98
28420851--28421092	47	5.1	47	89	5	342	26	28	11	34	1.90
28420851--28421092	98	2.5	94	88	4	351	26	28	11	34	1.90
28434225--28434509	40	7.1	41	90	4	372	27	27	21	24	1.99
28434379--28434445	23	3.2	23	60	24	56	29	26	20	22	1.99
28448408--28448469	21	3.0	21	90	0	88	35	14	12	37	1.85
28448407--28448481	11	7.1	11	76	7	66	32	16	13	38	1.87
28448523--28448562	20	2.0	20	95	0	71	42	32	15	10	1.79
28448601--28448707	54	2.0	54	81	3	126	25	21	19	33	1.97
28448743--28448783	21	2.0	21	90	0	64	31	24	2	41	1.68
28448612--28448829	27	8.3	27	75	7	162	25	18	18	37	1.93
28448787--28449236	81	5.6	80	84	2	551	30	8	21	39	1.83
28448785--28449236	27	16.7	27	84	2	496	30	8	21	39	1.83
28451899--28451932	14	2.4	14	100	0	68	29	26	11	32	1.92
28454342--28454393	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
28461560--28461861	41	7.3	41	84	5	396	20	18	23	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28461560--28461861	84	3.6	84	88	4	436	20	18	23	37	1.94
28464161--28464215	26	2.1	26	100	0	110	21	3	32	41	1.71
28475746--28475888	27	5.3	27	83	4	164	32	13	15	38	1.87
28475760--28475923	27	6.1	27	80	7	138	32	10	17	39	1.84
28480138--28480196	19	3.2	19	82	4	75	30	20	25	23	1.98
28480531--28480730	27	7.4	27	89	1	258	38	20	13	28	1.90
28480845--28480878	17	1.9	17	88	5	50	14	44	29	11	1.81
28485009--28485168	26	6.2	26	99	0	311	31	7	26	35	1.84
28486471--28486575	27	3.9	27	85	9	126	18	24	22	34	1.96
28488058--28488133	24	3.2	24	90	0	116	32	1	43	22	1.62
28488171--28488323	79	1.9	79	98	0	297	24	15	32	28	1.95
28489639--28489743	27	3.9	27	80	9	115	18	23	20	37	1.94
28489639--28489750	54	2.1	54	83	3	136	17	23	21	37	1.94
28490805--28490839	10	3.4	10	84	7	52	28	8	8	54	1.60
28491764--28491798	18	1.9	19	88	11	56	31	11	40	17	1.85
28495549--28495619	24	3.0	24	93	0	115	36	1	36	25	1.65
28497038--28497146	27	4.0	27	83	8	132	15	23	22	37	1.93
28497038--28497146	54	2.0	54	87	3	157	15	23	22	37	1.93
28519414--28519797	41	9.3	41	88	2	529	37	23	18	19	1.94
28523829--28523866	20	1.9	20	88	0	58	31	18	5	44	1.72
28526316--28526658	41	8.3	41	91	2	519	37	25	18	18	1.93
28527953--28528030	26	3.0	26	90	0	129	17	11	30	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28528416--28528469	26	2.1	26	100	0	108	38	3	20	37	1.70
28531510--28531540	12	2.5	13	94	5	55	77	0	22	0	0.77
28531753--28531777	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
28532674--28532730	28	2.0	28	100	0	114	43	7	14	35	1.72
28532888--28533005	44	2.8	41	76	13	121	27	15	22	34	1.94
28532887--28533059	43	4.0	43	72	8	154	26	15	24	33	1.95
28536004--28536062	25	2.4	24	88	5	91	33	3	40	22	1.70
28536923--28536953	16	2.0	15	93	6	53	51	19	19	9	1.74
28537372--28537477	27	3.9	26	84	7	131	16	23	22	36	1.94
28537372--28537481	54	2.0	54	91	3	177	16	23	21	38	1.93
28537709--28538964	628	2.0	628	100	0	2512	28	17	17	36	1.93
28544021--28544080	25	2.5	24	89	5	93	35	3	40	21	1.70
28545021--28545159	27	5.2	26	83	6	152	16	23	22	37	1.94
28545021--28545159	54	2.6	55	84	6	169	16	23	22	37	1.94
28545062--28545181	54	2.2	54	79	8	136	17	22	20	40	1.92
28547248--28547280	11	3.3	10	88	12	50	33	9	0	57	1.30
28549851--28549918	34	2.0	34	100	0	136	47	17	5	29	1.71
28551236--28551334	49	2.0	49	80	9	112	44	15	19	21	1.86
28555310--28555446	41	3.3	41	86	0	193	33	13	29	23	1.92
28561085--28561339	39	6.5	40	88	4	351	24	28	21	25	1.99
28561118--28561343	39	5.7	40	89	5	361	24	28	21	25	1.99
28574151--28574302	27	5.6	27	92	3	241	27	13	28	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28574151--28574302	55	2.8	55	95	0	268	27	13	28	30	1.94
28579200--28579261	31	2.0	31	100	0	124	22	3	22	51	1.62
28580953--28580984	15	2.1	15	94	0	55	40	18	9	31	1.83
28593974--28594007	16	2.1	16	100	0	68	50	0	17	32	1.47
28597208--28597245	19	2.0	19	94	0	67	23	21	34	21	1.97
28607032--28607263	56	4.1	56	89	6	371	23	21	8	46	1.79
28614771--28614868	40	2.5	40	88	5	137	25	24	27	22	2.00
28616861--28616925	32	2.0	32	93	0	112	30	32	13	23	1.93
28617385--28617426	15	2.8	15	96	0	75	26	42	21	9	1.83
28621854--28622092	48	5.0	48	89	0	325	19	15	29	35	1.93
28629443--28629518	34	2.2	34	97	0	143	30	22	19	27	1.98
28636637--28636864	40	5.7	40	94	3	406	25	22	27	25	2.00
28636637--28636897	119	2.2	119	90	4	402	26	22	27	24	2.00
28640821--28641085	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
28640788--28641085	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
28641017--28641094	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
28648771--28649035	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
28648738--28649035	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
28648967--28649044	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
28653289--28653336	23	2.1	23	100	0	96	29	4	35	31	1.76
28658424--28658582	43	3.7	43	84	5	207	22	17	27	32	1.96
28661293--28661420	63	2.0	63	98	0	247	29	21	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28664122--28664207	40	2.2	40	89	6	131	25	27	23	23	2.00
28665587--28665612	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
28666018--28666141	27	4.6	27	75	12	103	41	24	8	26	1.82
28666069--28666167	27	3.7	27	79	5	101	41	22	8	28	1.82
28666174--28666520	27	12.9	27	86	1	435	30	20	8	40	1.81
28666755--28666806	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
28671148--28671203	29	1.9	29	96	0	103	39	14	21	25	1.91
28671300--28671435	43	3.2	43	70	11	109	24	19	22	33	1.97
28676773--28676953	43	4.2	43	86	4	233	27	17	24	30	1.97
28685486--28685515	15	1.9	16	93	6	53	40	20	0	40	1.52
28686245--28686362	44	2.7	43	80	8	123	33	27	12	25	1.92
28699766--28699804	21	1.9	21	89	5	62	10	23	41	25	1.86
28701276--28701608	48	6.9	47	76	8	292	28	18	27	25	1.98
28701276--28701608	146	2.3	147	90	2	519	28	18	27	25	1.98
28701276--28701606	98	3.4	97	76	9	296	29	17	27	25	1.98
28703812--28703875	22	3.2	21	66	25	57	42	32	1	23	1.64
28703812--28703892	38	2.1	38	97	0	153	41	34	1	22	1.62
28704870--28704925	18	3.1	18	86	0	85	26	19	16	37	1.92
28710177--28710202	13	2.0	13	100	0	52	23	0	23	53	1.46
28710190--28710411	43	5.2	43	87	4	315	24	14	28	31	1.95
28725006--28725039	16	2.1	16	100	0	68	23	29	11	35	1.90
28733862--28733894	16	2.1	16	88	5	50	36	3	0	60	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28736484--28736550	33	2.0	33	100	0	134	56	5	8	28	1.53
28737084--28737123	21	1.9	21	85	10	55	25	7	10	57	1.57
28737826--28737869	20	2.2	20	100	0	88	47	9	9	34	1.67
28738393--28738443	16	3.0	17	80	13	52	47	3	1	47	1.32
28740345--28740461	62	1.9	59	82	5	144	48	4	5	41	1.45
28741670--28741701	11	2.9	11	95	0	55	34	6	18	40	1.76
28744095--28744408	46	6.7	48	73	15	221	23	28	19	28	1.98
28744091--28744407	93	3.4	94	75	13	282	23	29	19	28	1.98
28744729--28744787	30	2.0	30	93	0	100	25	23	13	37	1.92
28745805--28745839	18	1.9	18	88	0	52	37	2	5	54	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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