genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  83  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27223448--27223517	21	3.2	21	66	18	61	21	12	25	40	1.89
27223440--27223526	45	1.9	45	95	0	156	24	12	24	39	1.90
27224643--27224742	51	2.0	51	89	0	155	15	25	32	28	1.95
27232460--27232642	79	2.3	81	82	7	214	25	22	27	24	2.00
27232460--27232644	40	4.7	40	82	6	216	24	22	27	24	2.00
27232513--27232677	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
27236088--27236298	43	5.0	43	81	6	225	33	24	13	27	1.93
27240108--27240187	15	5.4	15	77	7	83	11	16	13	58	1.62
27240099--27240177	30	2.6	30	80	7	88	12	15	15	56	1.67
27245240--27245272	14	2.3	15	90	10	52	63	0	0	36	0.95
27247753--27247830	40	1.9	41	82	7	97	65	1	0	33	1.01
27250374--27250506	29	4.6	28	87	3	176	28	12	26	33	1.92
27250374--27250506	57	2.3	57	88	3	187	28	12	26	33	1.92
27255482--27255539	28	2.0	30	86	6	84	58	5	10	25	1.52
27256324--27256455	35	3.8	34	73	6	95	30	9	16	43	1.79
27266175--27266218	22	2.0	22	100	0	88	18	22	27	31	1.97
27266447--27266629	76	2.4	77	89	1	287	19	20	26	33	1.97
27272757--27272916	77	2.1	77	89	4	243	19	20	26	34	1.96
27275450--27275544	47	2.0	47	97	0	181	37	12	18	30	1.88
27283642--27283826	55	3.4	53	82	5	201	21	24	17	35	1.95
27283631--27283844	54	4.0	54	81	4	207	22	24	16	35	1.94
27283817--27283939	47	2.6	47	90	0	192	26	23	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27306280--27306348	34	2.0	34	97	0	129	24	23	15	36	1.94
27310012--27310098	40	2.2	40	91	4	140	20	16	28	34	1.94
27310129--27310207	28	2.8	28	90	0	131	32	7	27	31	1.85
27312252--27312284	7	4.7	7	100	0	66	45	39	0	15	1.46
27321536--27321587	6	8.7	6	84	0	68	11	5	1	80	0.96
27321527--27321587	18	3.6	16	78	12	59	13	4	1	80	0.95
27324518--27324550	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
27329198--27329222	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
27329886--27330149	47	5.7	46	73	11	184	28	17	29	24	1.97
27331368--27331426	29	2.0	29	100	0	118	23	10	23	42	1.85
27337518--27337642	47	2.7	46	84	9	155	28	18	28	24	1.98
27337569--27337788	93	2.4	94	80	9	252	28	18	28	25	1.98
27337567--27337784	47	4.7	47	79	8	207	28	17	28	25	1.98
27340763--27340841	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
27354448--27354495	15	3.3	14	83	16	62	6	14	2	77	1.06
27357184--27357249	34	1.9	34	87	0	96	28	7	33	30	1.85
27359563--27359597	18	1.9	18	88	0	52	31	11	8	48	1.69
27372931--27372973	21	2.0	21	100	0	86	30	4	23	41	1.74
27374808--27375024	40	5.5	40	90	3	307	25	23	27	24	2.00
27374804--27375024	119	1.9	119	87	5	331	26	22	26	24	2.00
27382506--27382591	27	3.2	27	85	9	113	45	19	6	27	1.76
27382594--27382684	27	3.4	27	87	0	128	35	21	19	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27382594--27382700	27	4.0	27	85	3	119	34	20	20	24	1.96
27383308--27383461	67	2.3	67	98	0	299	18	31	20	30	1.96
27383564--27383694	6	21.3	6	70	16	81	20	19	12	48	1.80
27383586--27383670	37	2.3	37	91	0	134	22	20	11	45	1.83
27383564--27383670	31	3.3	31	76	14	115	21	18	12	47	1.81
27383607--27383686	37	2.2	37	93	0	133	21	21	10	47	1.79
27386575--27386634	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
27386753--27386862	31	3.4	31	76	16	105	20	17	12	50	1.78
27386753--27386838	6	14.0	6	70	18	61	19	16	13	50	1.79
27386809--27386874	12	5.4	12	73	10	53	16	16	12	54	1.71
27386775--27386874	37	2.7	37	88	0	146	19	18	12	51	1.76
27386868--27386904	18	2.1	18	85	14	51	21	10	13	54	1.69
27387990--27388024	18	1.9	18	100	0	70	48	17	5	28	1.69
27399326--27399475	75	2.0	75	98	0	291	31	20	16	32	1.95
27399611--27399807	39	5.1	39	93	0	322	27	25	21	25	2.00
27408088--27408173	31	2.8	31	89	1	138	24	24	17	33	1.96
27408391--27408461	26	2.8	25	85	4	97	29	21	22	26	1.99
27412530--27413003	48	9.6	48	82	7	529	25	17	31	25	1.97
27412806--27412833	14	2.0	14	100	0	56	21	14	28	35	1.92
27412758--27412879	62	2.0	62	93	0	208	22	16	33	27	1.95
27412710--27412929	110	2.0	110	93	0	377	23	16	32	28	1.96
27412662--27412970	158	2.0	158	90	0	492	24	16	31	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27412614--27413003	206	1.9	206	89	3	606	25	16	31	26	1.97
27415460--27415517	29	2.0	29	100	0	116	41	17	10	31	1.83
27419402--27419448	23	2.0	23	100	0	94	27	17	34	21	1.95
27423779--27423816	18	2.1	19	90	5	60	81	0	13	5	0.85
27423789--27423818	9	3.3	9	90	0	51	80	0	20	0	0.72
27424085--27424152	34	2.0	34	100	0	136	47	8	14	29	1.75
27430737--27430861	49	2.6	49	81	2	153	24	29	18	27	1.98
27437502--27437725	48	4.6	48	83	0	259	27	28	18	25	1.98
27443903--27444951	49	21.6	49	98	0	1961	30	28	8	32	1.86
27447385--27447576	48	4.1	48	87	4	261	26	30	18	24	1.98
27451612--27451768	49	3.2	49	79	6	185	21	26	22	29	1.99
27451612--27451835	98	2.3	95	82	6	256	21	27	21	29	1.99
27459102--27460091	48	20.6	48	99	0	1944	27	27	18	26	1.98
27463407--27463563	49	3.2	49	79	6	185	21	26	22	29	1.99
27463407--27463630	98	2.3	95	82	6	256	21	27	21	29	1.99
27470632--27470717	46	1.9	45	85	4	120	31	29	18	20	1.97
27476066--27476236	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	22	1.99
27476058--27476233	46	3.8	46	79	10	187	28	28	20	22	1.98
27476109--27476252	46	3.1	45	73	21	120	28	28	20	22	1.98
27479736--27479778	23	1.9	23	90	4	70	37	4	16	41	1.69
27479744--27479788	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
27486271--27486473	53	3.8	54	76	4	194	37	18	23	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27490607--27490672	6	10.8	6	77	7	62	78	10	6	4	1.06
27490607--27490673	19	3.6	18	73	16	57	79	10	5	4	1.05
27493634--27493669	19	1.9	18	88	5	54	75	2	0	22	0.94
27503759--27504030	40	6.8	40	92	1	436	26	22	28	23	1.99
27503751--27504030	122	2.3	122	93	1	467	26	21	28	23	1.99
27505653--27506517	46	18.8	46	99	0	1694	21	19	28	30	1.98
27507822--27508002	90	2.0	89	88	1	263	33	14	23	27	1.94
27507833--27508028	90	2.2	90	84	3	234	34	15	21	27	1.94
27508294--27508323	15	2.0	15	100	0	60	46	20	13	20	1.83
27510860--27510916	30	1.9	30	82	13	73	40	12	7	40	1.70
27513003--27513056	26	2.1	26	89	0	81	29	0	1	68	1.00
27513009--27513060	26	2.0	26	100	0	104	26	0	0	73	0.84
27519136--27519240	53	2.0	53	94	0	183	32	15	20	32	1.93
27526563--27526665	51	2.0	51	100	0	206	45	11	23	19	1.83
27526970--27527640	46	14.6	46	100	0	1342	23	15	26	34	1.94
27531768--27531815	17	2.6	17	83	9	60	14	20	45	18	1.85
27533263--27533295	17	1.9	17	93	0	57	60	6	18	15	1.54
27533461--27533500	10	4.0	10	81	12	55	22	7	2	67	1.28
27535374--27535405	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
27536957--27537000	2	22.0	2	95	0	79	0	47	0	52	1.00
27538780--27538811	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
27538915--27538949	17	2.1	17	88	0	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27544126--27544249	59	2.1	60	81	4	153	47	15	12	24	1.80
27544217--27544393	85	2.1	85	82	4	216	41	11	13	33	1.80
27544745--27544791	14	3.4	14	78	18	53	68	2	0	29	1.02
27547658--27547843	40	4.7	40	87	4	225	21	20	25	32	1.97
27549201--27549240	18	2.2	18	100	0	80	27	0	17	55	1.43
27552078--27552209	45	2.9	45	84	4	167	40	14	21	22	1.90
27552363--27552514	27	5.6	27	72	0	97	37	18	28	15	1.92
27555597--27555719	43	2.9	43	82	4	115	26	17	24	31	1.97
27556399--27556448	25	2.0	25	96	0	91	40	4	18	38	1.69
27564367--27564414	26	1.9	26	83	8	64	39	18	14	27	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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