genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   

This is table  61  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19254370--19254602	48	4.8	48	88	4	342	36	7	26	30	1.83
19254371--19254598	98	2.4	96	86	5	332	36	7	26	29	1.84
19254749--19254857	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
19256932--19257017	33	2.5	34	79	5	102	12	6	38	41	1.70
19259240--19259411	43	4.0	44	77	11	160	25	18	25	31	1.97
19264106--19264414	24	12.9	24	74	10	231	35	26	12	25	1.91
19264135--19264414	96	2.9	96	96	1	508	35	26	12	25	1.91
19264134--19264389	48	5.3	48	78	7	304	35	26	12	25	1.91
19272060--19272268	48	4.4	48	80	4	233	35	26	11	25	1.91
19272061--19272267	96	2.2	96	94	0	360	35	26	12	25	1.91
19272032--19272268	24	9.9	24	74	8	198	35	27	12	25	1.91
19272695--19272726	16	2.0	16	93	0	55	56	15	0	28	1.40
19283841--19283967	37	3.5	36	75	10	109	38	32	13	15	1.87
19288226--19288281	26	2.2	25	83	3	67	42	16	10	30	1.82
19288269--19288300	15	2.1	15	100	0	64	40	25	6	28	1.79
19289903--19290304	201	2.0	201	87	6	575	27	22	14	35	1.93
19291073--19291335	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
19291073--19291335	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
19291267--19291344	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
19299022--19299193	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
19299024--19299246	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
19299022--19299246	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19299178--19299255	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
19301850--19301957	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
19303183--19303219	19	1.9	19	100	0	74	32	16	18	32	1.93
19305332--19305367	18	2.0	18	100	0	72	33	16	0	50	1.46
19305575--19305599	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
19306849--19306938	45	2.0	45	97	0	171	40	23	4	32	1.74
19308498--19308549	18	2.8	19	85	8	72	42	11	7	38	1.70
19308560--19308618	18	3.3	19	81	11	70	35	15	18	30	1.92
19309862--19309886	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
19309960--19310004	3	15.0	3	86	9	65	33	0	0	66	0.92
19310288--19310348	3	20.3	3	100	0	122	67	0	0	32	0.91
19311814--19312080	46	5.7	45	78	18	262	26	21	30	21	1.98
19311816--19312075	94	2.8	94	94	2	436	26	21	31	21	1.98
19324216--19324361	43	3.4	41	77	12	134	24	17	25	32	1.96
19324224--19324362	42	3.2	42	79	9	131	25	17	25	31	1.97
19325981--19326473	101	5.0	101	82	5	544	31	15	23	29	1.95
19326302--19326486	90	2.1	88	90	2	289	31	16	24	27	1.96
19330048--19330159	51	2.2	51	80	0	125	33	26	15	25	1.95
19330127--19330232	43	2.5	43	80	4	108	31	31	15	22	1.95
19332900--19332942	6	6.9	7	87	12	51	16	23	0	60	1.35
19332901--19332942	18	2.3	19	83	4	59	16	23	0	59	1.37
19335579--19335724	51	2.9	50	80	7	188	29	23	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19339967--19340096	50	2.6	49	87	1	170	30	26	17	25	1.97
19339967--19340150	101	1.8	99	82	2	233	28	26	19	25	1.99
19345196--19345224	12	2.3	13	94	5	51	17	0	13	68	1.20
19351198--19351272	29	2.6	30	78	4	82	40	0	2	57	1.13
19351521--19351567	21	2.3	21	77	3	60	53	0	2	44	1.12
19361629--19361668	20	2.0	21	85	14	57	47	15	5	32	1.66
19363189--19363281	48	1.9	48	93	0	159	31	6	11	50	1.64
19363774--19363844	6	11.8	6	84	0	70	8	29	42	19	1.81
19363776--19363844	18	3.8	18	80	0	84	8	30	40	20	1.82
19364498--19364531	14	2.4	14	100	0	68	44	5	14	35	1.70
19366292--19366366	20	3.5	20	66	25	53	17	24	30	28	1.97
19366292--19366420	46	2.8	46	88	2	188	18	21	31	28	1.97
19368424--19368455	16	2.0	16	100	0	64	56	18	0	25	1.42
19370080--19370128	23	2.1	23	85	7	64	22	0	4	73	1.00
19370147--19370206	23	2.5	26	79	17	76	36	0	0	63	0.95
19370147--19370228	33	2.4	36	88	11	120	39	0	0	60	0.96
19370231--19370274	22	2.0	22	95	0	79	38	11	9	40	1.73
19370317--19370346	13	2.4	13	94	5	53	56	0	0	43	0.99
19370331--19370386	10	5.5	10	78	4	58	58	3	0	37	1.15
19370442--19370479	13	3.0	13	80	3	51	44	2	0	52	1.14
19370489--19370551	20	3.0	21	83	6	74	58	0	1	39	1.07
19370489--19370551	21	3.0	22	84	11	78	58	0	1	39	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19370513--19370558	23	2.1	21	84	8	56	60	2	2	34	1.21
19370518--19370617	36	2.8	36	82	7	132	58	2	2	38	1.21
19370599--19370638	20	2.0	20	95	0	71	62	0	0	37	0.95
19370709--19370755	19	2.4	20	82	7	60	78	2	6	12	1.02
19370729--19370783	19	2.9	18	77	17	58	80	1	9	9	0.99
19374543--19374585	20	2.2	20	100	0	86	25	13	23	37	1.92
19376121--19376184	32	2.0	32	100	0	128	31	15	18	34	1.93
19384624--19384648	6	4.2	6	100	0	50	84	16	0	0	0.63
19391717--19391776	29	2.1	29	100	0	120	35	26	13	25	1.93
19392723--19392782	29	2.1	29	100	0	120	23	21	23	31	1.98
19404215--19404377	46	3.5	46	77	9	174	25	30	16	26	1.97
19404163--19404431	94	2.9	94	77	10	291	25	28	18	27	1.98
19407265--19407414	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
19407289--19407472	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
19408559--19408611	27	2.0	27	100	0	106	39	11	7	41	1.69
19412494--19412612	39	3.0	39	90	2	175	42	21	5	30	1.74
19412542--19412608	22	3.3	22	67	26	65	46	22	2	28	1.66
19414783--19414828	16	2.7	18	86	6	60	2	21	0	76	0.90
19417887--19417939	24	2.2	25	86	3	72	60	0	26	13	1.33
19420130--19420209	32	2.4	33	81	10	92	30	2	20	47	1.63
19420140--19420220	31	2.5	33	84	9	98	34	2	14	48	1.58
19420138--19420221	32	2.5	34	77	16	86	35	2	14	47	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19420346--19420393	20	2.5	19	86	6	62	25	6	16	52	1.67
19420742--19420819	36	2.2	35	81	2	84	29	7	19	43	1.78
19421455--19421563	51	2.1	51	86	0	146	31	10	14	44	1.79
19421476--19421554	17	4.6	17	70	6	61	29	10	15	45	1.78
19423020--19423227	97	2.1	99	91	3	339	32	13	14	38	1.86
19423437--19423728	90	3.2	90	75	11	260	21	21	16	40	1.92
19423694--19423779	30	3.0	29	75	14	79	18	18	16	46	1.84
19423838--19423926	30	3.0	30	84	0	115	17	20	22	39	1.92
19424209--19424502	152	1.9	155	81	6	364	24	14	17	42	1.88
19424188--19424540	79	4.6	79	76	6	305	26	15	17	40	1.89
19424167--19424908	75	9.8	77	72	9	436	26	14	16	42	1.87
19424436--19424783	155	2.2	156	80	5	386	27	14	18	39	1.89
19425824--19425852	14	2.0	15	93	6	51	48	6	31	13	1.69
19425839--19426130	73	4.0	74	84	5	342	32	20	16	30	1.95
19425839--19426215	146	2.5	147	79	10	404	33	21	16	29	1.95
19426543--19426641	3	32.0	3	73	11	76	58	3	6	32	1.38
19426666--19426698	16	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92
19426937--19426987	20	2.5	20	80	3	57	58	0	41	0	0.98
19426957--19426986	11	2.7	11	94	0	51	50	0	50	0	1.00
19434695--19435151	72	6.2	72	84	5	558	34	17	15	31	1.92
19434695--19435151	150	3.1	144	86	5	621	34	17	15	31	1.92
19434690--19435114	222	1.9	222	89	1	663	34	18	15	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19451381--19451422	19	2.4	19	80	11	54	59	2	0	38	1.10
19451708--19452009	3	98.7	3	67	19	130	58	3	4	33	1.34
19451943--19452001	22	2.7	22	86	5	75	61	3	5	30	1.34
19452034--19452066	16	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92
19456498--19456612	25	4.6	25	82	2	124	22	26	17	33	1.96
19456498--19456627	50	2.6	50	80	2	127	21	26	18	33	1.96
19456555--19456626	25	2.9	25	82	0	90	22	26	20	30	1.98
19457033--19457173	47	3.0	47	100	0	282	25	4	25	44	1.72
19458598--19458647	22	2.3	23	79	10	59	48	4	6	42	1.46
19460215--19460273	31	1.9	31	100	0	118	38	16	11	32	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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