genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  24  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7127232--7127261	10	3.0	10	90	0	51	16	10	10	63	1.51
7133253--7133665	3	134.0	3	70	13	178	61	3	7	27	1.40
7133381--7133560	68	2.6	68	96	1	324	61	3	6	28	1.39
7133518--7133654	25	5.8	24	69	17	79	59	3	7	29	1.41
7133623--7133693	25	2.7	27	85	10	85	66	0	4	29	1.11
7133623--7133693	13	5.5	13	77	15	76	66	0	4	29	1.11
7150786--7150812	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
7156428--7156460	16	2.0	17	88	5	50	36	0	12	51	1.39
7156883--7156921	15	2.5	16	84	16	55	66	5	5	23	1.32
7156909--7157199	3	97.0	3	72	14	120	59	2	8	30	1.39
7157035--7157082	20	2.5	20	86	6	64	60	2	2	35	1.20
7157480--7157508	14	2.1	14	100	0	58	41	24	6	27	1.80
7158503--7158567	20	3.1	20	80	13	69	41	0	4	53	1.21
7168240--7168413	3	57.7	3	69	10	95	59	2	8	30	1.39
7168574--7168615	20	2.1	20	86	0	57	61	2	4	30	1.29
7168573--7168612	14	3.2	13	83	16	57	62	2	5	30	1.29
7168577--7168708	3	44.3	3	70	8	65	59	1	9	29	1.39
7171926--7172054	58	2.2	60	86	8	174	36	5	7	50	1.54
7173548--7173767	50	4.6	47	79	13	220	26	19	29	24	1.98
7173548--7173767	96	2.3	95	83	9	263	26	19	29	24	1.98
7177032--7177090	10	5.9	10	80	7	75	66	1	10	22	1.31
7178221--7178274	25	2.3	23	78	12	56	44	3	14	37	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7178333--7178400	22	2.9	24	80	8	77	57	5	7	29	1.50
7178415--7178546	25	5.6	25	73	12	91	56	3	5	34	1.40
7178829--7178867	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
7179015--7179202	30	6.3	30	93	0	286	23	6	46	23	1.75
7179849--7180406	91	6.2	88	78	10	431	37	17	16	28	1.91
7180230--7180262	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
7180484--7180516	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
7180440--7180681	91	2.7	87	81	6	288	37	18	16	27	1.92
7180156--7180735	254	2.3	254	96	0	1079	36	18	17	27	1.93
7180587--7181633	75	14.3	75	85	4	1370	33	19	16	30	1.94
7180587--7181633	148	7.1	147	87	5	1365	33	19	16	30	1.94
7180587--7181613	436	2.3	438	92	2	1720	32	20	16	30	1.95
7181803--7181847	13	3.4	13	84	6	63	71	4	11	13	1.29
7181639--7181991	100	3.6	101	82	11	395	37	19	18	25	1.94
7181816--7181991	90	2.0	87	87	5	255	36	20	18	24	1.95
7197994--7198168	71	2.5	69	86	3	226	28	14	23	34	1.94
7198168--7198333	72	2.3	71	86	6	228	22	15	21	41	1.89
7198266--7198613	140	2.5	140	96	2	626	24	17	20	37	1.94
7198618--7198830	72	3.0	72	98	0	408	33	15	19	31	1.93
7198784--7198879	49	2.0	49	97	0	183	30	16	20	32	1.95
7198712--7198951	121	2.0	121	93	0	408	30	16	20	32	1.95
7198833--7199026	75	2.7	72	88	2	298	31	17	20	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7198640--7199227	196	3.0	196	93	1	984	32	16	19	31	1.94
7198980--7199075	49	2.0	49	97	0	183	30	16	20	32	1.95
7198912--7199142	121	1.9	122	91	2	383	31	17	19	31	1.95
7199032--7199545	73	6.7	73	78	12	485	29	16	19	34	1.94
7199553--7199783	74	3.1	74	83	5	322	31	16	19	32	1.94
7199794--7200015	75	2.9	76	83	4	281	33	17	18	30	1.94
7199398--7200126	240	3.1	239	94	1	1257	32	16	18	32	1.93
7199453--7200225	240	3.2	235	89	5	976	31	16	18	34	1.93
7203494--7203613	60	2.0	60	98	0	159	31	10	1	55	1.44
7207814--7207844	13	2.4	13	94	0	53	6	58	0	35	1.24
7207795--7207853	31	1.9	31	89	6	93	3	59	0	37	1.14
7207796--7207849	12	4.4	12	77	13	56	3	57	0	38	1.17
7207796--7207853	18	3.2	18	83	9	73	3	58	0	37	1.15
7210353--7210392	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
7210341--7210407	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
7210376--7210415	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
7213644--7213712	31	2.2	31	97	0	129	46	1	2	49	1.25
7214673--7214706	16	2.1	17	88	5	52	64	0	2	32	1.08
7214884--7214938	26	2.0	26	82	6	65	36	3	1	58	1.26
7214895--7214952	26	2.2	25	79	8	62	37	5	0	56	1.21
7215151--7215183	9	3.7	9	95	0	57	24	0	6	69	1.10
7215461--7215514	21	2.5	22	81	6	65	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7215452--7215539	37	2.4	38	84	7	110	39	1	1	57	1.13
7215809--7215850	13	3.0	15	80	16	54	64	2	4	28	1.26
7221455--7221560	52	2.0	53	98	1	205	24	9	11	54	1.65
7222246--7222302	26	2.2	26	100	0	114	33	3	14	49	1.60
7225202--7225348	43	3.4	43	79	5	154	32	25	14	27	1.95
7225941--7226002	29	2.1	30	93	3	108	24	3	14	58	1.51
7228217--7228263	6	7.5	6	90	9	76	80	2	0	17	0.80
7228285--7228352	9	7.6	9	88	0	100	26	8	20	44	1.81
7228732--7228844	20	5.6	20	72	9	86	55	10	9	23	1.63
7228723--7228848	41	3.1	40	80	15	143	53	10	11	23	1.68
7228741--7228845	40	2.6	41	83	10	135	55	10	9	24	1.64
7231085--7231122	18	2.2	18	85	4	51	44	13	15	26	1.83
7240395--7240502	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
7241440--7241473	9	3.9	9	84	7	52	2	17	0	79	0.86
7241440--7241473	17	2.0	17	94	0	59	2	17	0	79	0.86
7241482--7241554	5	14.6	5	76	20	64	54	4	1	39	1.28
7241483--7241525	19	2.3	19	92	8	70	55	0	2	41	1.12
7241489--7241553	24	2.7	24	80	9	69	56	4	1	36	1.29
7248443--7248505	31	2.0	31	93	0	108	25	22	17	34	1.95
7254489--7254596	54	2.0	54	96	0	198	37	21	13	27	1.91
7258161--7258199	16	2.4	16	87	8	53	58	2	30	7	1.39
7263755--7263797	21	2.0	21	86	0	59	39	9	4	46	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7265768--7265798	15	2.1	14	94	5	53	32	12	12	41	1.81
7266182--7266222	20	2.0	21	85	4	57	26	9	12	51	1.70
7270781--7270821	21	1.9	22	90	5	66	9	7	12	70	1.33
7270986--7271028	8	5.0	8	81	13	50	39	0	0	60	0.97
7270989--7271037	17	2.9	18	85	8	59	42	0	0	57	0.99
7287554--7287626	31	2.3	32	81	11	98	67	0	4	28	1.09
7287604--7287693	18	4.8	18	75	13	83	60	1	6	32	1.30
7287604--7287696	19	4.9	19	72	16	77	59	1	6	33	1.30
7287905--7288018	19	5.9	18	69	15	68	34	4	1	59	1.27
7287950--7287984	17	2.0	18	88	5	54	28	5	2	62	1.32
7287894--7288048	9	16.4	9	66	22	61	30	3	1	63	1.21
7288677--7288716	12	3.3	12	96	0	71	22	7	5	65	1.38
7289326--7289403	29	2.7	29	81	0	93	42	5	21	30	1.75
7289317--7289408	29	3.1	29	75	12	89	39	4	21	34	1.73
7289969--7290050	26	3.4	26	73	20	88	41	14	19	24	1.89
7300912--7300960	22	2.2	22	88	0	71	14	4	2	79	0.97
7300928--7300992	17	3.8	17	84	8	78	15	6	1	76	1.05
7300925--7300982	6	10.0	6	81	7	66	13	5	1	79	0.98
7317021--7317060	18	2.2	18	100	0	80	42	15	15	27	1.86
7320893--7321066	86	2.0	86	95	0	312	47	4	8	40	1.54
7321381--7321430	26	1.9	26	83	0	64	48	0	30	22	1.51
7321355--7321539	95	2.0	92	83	5	230	38	0	38	22	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7329302--7329339	17	2.1	19	90	9	62	44	0	7	47	1.32
7329346--7329461	34	3.3	34	67	21	103	37	6	6	50	1.52
7329348--7329486	72	1.9	72	100	0	278	35	5	7	51	1.54
7332671--7333483	58	14.0	58	100	0	1626	34	22	12	30	1.90
7335634--7335664	14	2.3	14	94	5	55	83	0	0	16	0.64
7342886--7342941	21	2.6	21	85	2	67	41	3	1	53	1.29
7343704--7343731	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
7345098--7345150	23	2.3	23	83	9	63	26	11	7	54	1.62
7348758--7348791	17	2.0	17	100	0	68	52	41	0	5	1.25
7362402--7363557	127	9.1	127	98	0	2176	28	15	20	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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