genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18498120--18498258	48	2.9	48	78	0	152	20	28	20	29	1.98
18500232--18500344	41	2.8	41	86	0	145	32	30	19	16	1.94
18501537--18501635	42	2.4	42	87	0	135	28	26	9	36	1.87
18507700--18507752	27	2.0	27	96	0	97	39	16	15	28	1.89
18514229--18514280	27	2.0	26	84	3	68	28	21	17	32	1.96
18514878--18514928	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
18514970--18515029	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
18515846--18515897	22	2.4	22	90	0	77	11	30	26	30	1.92
18520795--18521061	144	1.9	144	88	4	405	26	29	16	26	1.97
18520795--18521064	48	5.6	48	88	1	364	27	30	17	25	1.97
18529122--18529259	39	3.5	39	83	7	138	26	26	21	24	1.99
18529132--18529275	40	3.6	39	86	4	164	25	25	22	25	2.00
18537807--18537879	37	2.0	37	86	5	103	20	19	31	28	1.97
18540896--18541261	184	2.0	185	97	1	691	29	12	19	38	1.88
18548766--18548817	25	2.1	25	85	0	68	40	17	7	34	1.78
18555890--18555920	16	1.9	16	93	0	53	16	0	0	83	0.64
18556334--18556431	48	2.0	48	90	0	151	40	18	23	17	1.91
18563817--18564072	90	2.8	90	81	1	271	31	15	25	28	1.95
18564639--18564800	86	1.9	86	83	5	211	19	12	37	30	1.89
18570457--18570548	44	2.1	44	87	0	130	32	23	21	21	1.98
18571330--18571362	16	2.0	17	88	5	50	36	21	0	42	1.53
18571730--18571764	12	3.0	11	91	8	52	0	22	0	77	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18572164--18572205	21	2.0	21	85	0	57	59	4	0	35	1.19
18573963--18573992	15	2.0	15	100	0	60	33	13	26	26	1.93
18576909--18576972	22	2.9	22	76	0	74	28	23	17	31	1.97
18578239--18578416	88	2.0	88	95	0	320	37	21	15	25	1.93
18582618--18582759	56	2.5	56	79	5	160	28	16	19	35	1.93
18582617--18582793	28	6.2	28	73	12	130	27	16	20	35	1.94
18588984--18589080	26	3.7	26	94	0	167	36	22	8	32	1.84
18594594--18594764	29	6.4	28	75	15	130	33	29	11	25	1.91
18594595--18594713	27	4.3	28	85	4	161	33	29	11	25	1.91
18594694--18594732	19	2.1	19	100	0	78	41	30	5	23	1.76
18598750--18598832	43	1.9	43	100	0	166	33	19	25	21	1.97
18613928--18613987	30	2.0	30	93	0	102	45	13	13	28	1.81
18615366--18615408	18	2.3	19	80	4	52	44	11	11	32	1.77
18645949--18646070	43	2.8	44	83	2	156	40	11	16	31	1.84
18650771--18650839	30	2.3	30	94	0	120	27	47	4	20	1.68
18659847--18660189	72	4.5	75	85	7	417	32	15	19	32	1.93
18660343--18660484	72	2.0	73	91	1	232	21	15	23	38	1.92
18660476--18660675	73	2.8	71	83	2	247	31	14	21	33	1.93
18660476--18660704	73	3.1	73	78	8	225	30	15	20	33	1.94
18660695--18660729	14	2.5	14	95	0	61	17	14	8	60	1.58
18660548--18661045	162	3.0	162	85	4	617	27	16	21	34	1.95
18660335--18661080	235	3.2	232	79	11	661	28	16	21	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18660710--18660871	73	2.2	74	89	2	245	24	17	22	35	1.95
18660859--18660886	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
18660874--18661080	76	2.7	77	88	3	287	33	15	19	31	1.93
18662505--18662985	61	7.9	61	98	0	912	24	47	4	22	1.70
18663623--18664262	320	2.0	320	99	0	1271	33	20	15	30	1.94
18666396--18666435	20	2.0	20	100	0	80	15	0	40	45	1.46
18666397--18666443	20	2.3	20	92	0	76	14	0	40	44	1.46
18666835--18666878	22	2.0	22	81	4	52	54	0	6	38	1.27
18671104--18671136	6	5.5	6	100	0	66	84	0	15	0	0.61
18673209--18673260	25	2.1	25	85	7	70	7	15	7	69	1.35
18686758--18687202	44	10.3	44	71	13	279	32	20	20	27	1.97
18686801--18687202	214	1.9	214	98	0	777	32	20	20	27	1.97
18696152--18696191	18	2.2	18	86	8	55	15	7	0	77	0.98
18696958--18696996	20	2.0	19	90	5	60	56	2	0	41	1.13
18697028--18697070	21	2.0	21	86	9	59	62	2	0	34	1.08
18698877--18699060	40	4.6	40	81	6	221	25	23	26	25	2.00
18698877--18699060	80	2.3	80	86	3	246	25	23	26	25	2.00
18704197--18704293	40	2.5	38	73	6	104	34	36	12	17	1.87
18709924--18710101	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
18709925--18710080	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
18709921--18710101	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
18712362--18712418	24	2.4	24	77	11	71	19	21	15	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18712376--18712428	24	2.2	24	86	3	70	20	18	16	43	1.88
18714319--18714360	14	3.2	13	86	10	50	78	7	0	14	0.95
18716764--18716821	29	2.0	29	100	0	116	55	13	0	31	1.39
18724144--18724230	44	2.0	44	84	8	115	31	13	28	26	1.94
18724019--18724461	148	3.0	148	93	0	735	32	16	26	25	1.96
18728256--18728323	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
18728145--18728472	174	1.9	174	98	0	629	30	25	14	29	1.95
18728425--18728503	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
18736228--18736405	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
18736249--18736404	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
18750269--18750446	92	1.9	93	91	1	295	19	11	12	57	1.64
18751924--18751961	19	2.0	19	100	0	76	47	15	10	26	1.78
18753177--18753229	28	2.0	28	85	7	74	58	5	13	22	1.56
18756072--18756242	40	4.3	40	96	1	308	27	28	19	24	1.99
18766009--18766038	14	2.1	14	100	0	60	13	13	43	30	1.82
18770407--18770436	15	1.9	16	93	6	53	73	0	6	20	1.05
18774066--18774415	175	2.0	175	100	0	700	34	20	12	33	1.90
18778053--18778271	46	4.7	46	78	7	185	28	15	30	25	1.95
18778197--18778291	46	2.1	46	97	0	181	27	5	33	33	1.79
18778222--18779295	535	2.0	535	100	0	2148	27	13	22	37	1.91
18782556--18782594	18	2.2	18	85	0	51	79	12	0	7	0.93
18782888--18783098	117	1.8	117	88	0	323	22	9	25	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18783927--18784078	51	3.0	51	89	0	232	29	11	25	33	1.91
18787803--18787882	32	2.5	33	76	13	85	27	10	18	43	1.82
18806618--18806881	40	6.6	40	87	6	349	25	22	27	24	2.00
18806618--18806914	159	1.9	159	82	6	379	26	22	26	24	2.00
18821515--18821738	48	4.7	48	88	3	301	28	30	16	24	1.97
18824068--18824119	13	4.1	13	78	11	63	28	7	25	38	1.83
18825167--18825235	15	4.6	15	83	3	86	59	15	13	11	1.61
18831726--18832008	96	2.9	96	99	0	557	38	11	19	31	1.87
18848925--18848976	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
18848906--18849059	67	2.3	67	94	2	265	18	28	22	29	1.98
18854126--18854232	43	2.5	42	89	6	153	25	14	26	34	1.93
18857458--18857497	15	2.6	15	85	14	55	60	12	0	27	1.33
18859932--18860277	84	4.1	85	78	3	295	28	19	17	34	1.95
18868155--18868180	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
18873192--18873230	17	2.2	18	90	9	62	25	23	30	20	1.98
18876909--18877080	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
18876902--18877077	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
18884494--18884664	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
18884489--18884661	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
18885084--18885143	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
18887922--18887972	24	2.1	24	92	0	84	35	1	39	23	1.66
18893836--18893910	24	3.1	24	96	0	132	34	1	38	25	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18893836--18893933	48	2.0	48	82	9	119	34	4	37	23	1.74
18897718--18897869	43	3.6	43	77	7	159	24	17	28	29	1.97
18909433--18909462	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
18913455--18913487	14	2.4	14	90	5	50	30	6	15	48	1.69
18918864--18918935	22	3.3	22	86	7	110	30	30	29	9	1.89
18918881--18918948	22	3.1	21	80	4	73	33	27	26	11	1.91
18921214--18921331	48	2.4	50	77	5	116	16	27	21	33	1.95
18921214--18921331	24	4.8	24	79	5	85	16	27	21	33	1.95
18922813--18922855	22	2.0	22	95	0	77	44	16	6	32	1.74
18922815--18922868	12	4.7	12	79	9	67	38	16	9	35	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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