genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   

This is table  84  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27564250--27564421	23	7.3	24	70	13	90	35	17	22	25	1.95
27570508--27570574	27	2.5	27	78	9	75	31	22	11	34	1.90
27578541--27578576	16	2.4	14	90	9	54	72	2	0	25	0.98
27578601--27578665	24	2.7	24	100	0	130	33	18	15	32	1.92
27582562--27582599	3	12.7	3	94	0	67	68	2	0	28	1.03
27586325--27586382	18	3.4	17	84	11	75	34	5	0	60	1.19
27586326--27586450	15	7.9	15	72	22	71	32	4	0	64	1.12
27586358--27586440	30	2.7	30	92	1	139	31	2	0	66	1.05
27586376--27586432	17	3.6	16	73	22	57	31	3	0	64	1.10
27586400--27586486	23	3.5	24	77	13	79	29	2	2	65	1.17
27591725--27591770	20	2.3	20	92	0	74	39	0	2	58	1.10
27592187--27592237	19	2.6	19	81	3	57	66	3	1	27	1.20
27594857--27594903	20	2.3	21	85	3	60	55	0	2	42	1.12
27595154--27595240	42	2.1	42	93	0	147	26	12	28	32	1.93
27606184--27606285	40	2.5	42	78	13	124	26	26	21	25	2.00
27608620--27608880	47	5.6	47	92	0	387	24	28	13	34	1.93
27608620--27608911	94	3.1	94	87	0	395	25	28	12	33	1.92
27608668--27608744	22	3.4	22	64	22	59	24	28	14	32	1.94
27608622--27608911	141	2.1	141	86	1	393	25	28	12	33	1.92
27623913--27623997	40	2.2	40	84	2	109	17	20	31	30	1.95
27647113--27647163	25	2.0	25	88	0	75	35	7	17	39	1.79
27647242--27647563	48	6.7	48	83	3	380	26	16	28	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27650217--27650262	24	1.9	24	82	8	58	41	4	30	23	1.74
27654348--27654372	13	1.9	13	100	0	50	8	36	40	16	1.77
27654428--27654484	30	1.9	30	85	0	78	17	28	35	19	1.94
27658907--27658931	13	1.9	13	100	0	50	8	36	40	16	1.77
27658987--27659043	30	1.9	30	85	0	78	17	28	35	19	1.94
27661037--27661082	18	2.6	19	80	13	53	80	0	10	8	0.91
27670370--27670509	70	2.0	70	98	0	271	28	16	18	36	1.93
27670777--27670824	23	2.1	22	85	11	62	72	8	0	18	1.08
27680877--27680916	20	2.0	20	85	0	53	52	2	12	32	1.52
27692931--27692997	24	2.8	24	83	2	89	17	23	19	38	1.93
27693948--27694048	47	2.1	48	85	8	136	26	16	29	26	1.97
27704031--27704166	46	2.9	46	75	14	129	25	28	19	26	1.98
27708070--27708131	15	4.1	15	85	0	79	12	14	16	56	1.68
27708071--27708129	30	2.0	30	93	0	100	13	15	16	54	1.72
27710777--27711092	48	6.6	48	89	1	438	25	17	30	26	1.97
27714311--27714343	17	1.9	17	100	0	66	42	0	24	33	1.55
27720612--27720672	17	3.5	17	67	10	52	47	22	3	26	1.67
27720566--27720666	34	3.0	34	95	0	175	47	22	6	22	1.75
27735731--27735874	42	3.4	42	76	11	123	33	20	15	29	1.94
27735710--27735874	43	3.8	44	75	10	128	33	23	16	27	1.95
27737357--27737540	27	6.9	27	81	6	144	39	20	10	29	1.86
27737365--27737540	54	3.3	53	82	5	219	40	20	10	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27737550--27737721	27	6.4	27	84	0	218	31	19	6	42	1.77
27737511--27737697	81	2.3	81	83	3	234	32	19	8	40	1.81
27737550--27737720	81	2.1	81	91	0	270	31	19	7	42	1.78
27737673--27737839	27	6.2	26	77	5	97	40	21	5	31	1.77
27737682--27737812	54	2.4	54	82	2	147	41	19	5	32	1.74
27737741--27737841	27	3.7	27	85	2	114	43	23	5	26	1.77
27737824--27738153	27	12.3	27	83	3	353	35	17	20	26	1.95
27737824--27738153	54	6.1	54	84	4	389	35	17	20	26	1.95
27737832--27738125	134	2.2	135	88	3	441	35	17	20	27	1.94
27738580--27738644	22	3.0	22	77	8	69	20	21	23	35	1.96
27738803--27738904	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
27739052--27739109	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
27739041--27739185	6	23.3	6	68	21	77	20	17	14	48	1.81
27739041--27739143	31	3.3	31	95	1	179	20	16	14	48	1.81
27739070--27739170	25	3.8	25	80	7	103	18	18	14	47	1.83
27741208--27741273	34	2.0	32	82	8	80	36	0	4	59	1.18
27751030--27751564	49	11.1	49	96	1	924	29	29	8	32	1.88
27754682--27754761	33	2.5	32	79	16	85	46	13	21	18	1.84
27754738--27754841	33	3.2	32	80	15	124	37	13	22	26	1.91
27754843--27755047	31	6.5	31	85	2	250	27	14	29	28	1.95
27755448--27755527	33	2.5	32	79	16	85	46	13	21	18	1.84
27755504--27755607	33	3.2	32	80	15	124	37	13	22	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27755609--27755813	31	6.5	31	85	2	250	27	14	29	28	1.95
27754360--27755890	766	2.0	766	99	0	3053	35	12	22	29	1.91
27755877--27755941	27	2.4	27	92	0	103	38	13	26	21	1.91
27755996--27756069	34	2.2	34	90	0	112	27	12	27	33	1.92
27774367--27774393	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
27779223--27779370	40	3.7	40	93	0	251	21	27	20	31	1.98
27787932--27788079	40	3.7	40	96	0	269	21	27	20	31	1.98
27797300--27798201	86	10.5	86	100	0	1804	25	18	13	41	1.88
27799271--27799307	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
27810240--27810391	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
27810240--27810391	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
27813912--27814127	46	4.7	45	76	12	181	24	30	18	26	1.98
27820357--27821358	150	6.7	150	99	0	1961	29	26	17	25	1.97
27834303--27834370	26	2.8	23	81	12	82	38	25	19	17	1.93
27836554--27836581	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
27836698--27836753	28	2.0	28	86	3	78	42	5	0	51	1.24
27836768--27836807	19	2.1	19	95	0	71	40	5	25	30	1.77
27838126--27838168	21	2.0	21	100	0	86	37	34	0	27	1.57
27850349--27850591	122	2.0	122	90	1	380	29	28	27	13	1.95
27852517--27852543	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
27855022--27855093	32	2.2	32	95	0	126	33	26	12	27	1.92
27858233--27858309	40	1.9	40	91	0	127	41	15	12	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27859404--27859450	20	2.3	20	88	0	67	42	19	31	6	1.76
27859419--27859504	40	2.2	40	84	0	109	41	19	27	10	1.84
27864175--27864246	24	3.0	24	89	2	108	25	23	20	30	1.99
27864179--27864257	25	3.2	24	87	5	104	25	24	21	29	1.99
27866698--27867031	52	6.6	50	78	6	334	33	26	16	24	1.96
27866689--27867027	50	6.7	50	77	6	281	33	25	16	24	1.96
27867178--27867211	14	2.5	14	90	4	52	70	5	2	20	1.21
27870266--27870423	43	3.7	42	76	13	137	25	15	26	32	1.95
27884109--27884163	27	2.0	27	92	0	92	21	18	12	47	1.82
27888654--27888739	43	2.0	43	82	13	106	27	30	17	24	1.97
27900048--27900140	41	2.3	41	90	0	141	26	26	23	22	2.00
27900048--27900166	41	2.9	41	84	2	132	28	25	22	23	1.99
27900404--27900718	27	11.7	27	82	3	258	29	7	20	41	1.80
27900607--27900718	26	4.2	27	82	4	111	30	8	20	40	1.83
27912882--27912987	37	2.9	37	95	0	185	27	30	18	23	1.98
27913108--27913226	47	2.5	47	86	0	157	28	29	7	34	1.85
27923065--27923166	40	2.6	40	90	4	154	27	23	27	21	1.99
27935950--27936111	43	3.8	42	77	8	157	25	16	24	33	1.96
27941068--27941222	43	3.7	43	72	10	122	27	26	18	28	1.98
27941150--27941235	43	2.0	43	81	4	102	27	27	19	24	1.99
27945996--27946036	16	2.5	17	80	11	50	63	4	7	24	1.40
27946900--27947017	42	2.8	44	73	8	118	27	16	21	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27948594--27948701	54	2.0	54	100	0	216	22	14	25	37	1.93
27949850--27949984	43	3.2	43	73	10	116	28	27	18	25	1.98
27950261--27950289	8	3.6	8	100	0	58	37	34	0	27	1.57
27952719--27952804	37	2.3	37	90	4	129	27	31	17	23	1.97
27971874--27972042	84	2.0	84	100	0	338	42	27	16	14	1.87
27974332--27974594	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
27974371--27974629	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
27982285--27982547	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
27982324--27982582	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
28014012--28014920	46	19.7	46	96	1	1673	23	19	25	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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