genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25671886--25671990	31	3.6	29	82	16	119	18	17	14	50	1.78
25673961--25674082	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
25673954--25674711	47	16.1	47	96	0	1234	25	29	11	33	1.91
25676168--25676287	56	2.1	56	96	0	222	22	22	9	45	1.80
25677555--25678631	40	26.9	40	94	0	1841	26	27	21	24	1.99
25677572--25678749	40	29.5	40	93	1	339	26	27	21	24	1.99
25682434--25682556	55	2.2	56	88	2	176	26	12	28	33	1.92
25682434--25682556	28	4.4	28	90	2	176	26	12	28	33	1.92
25682459--25682569	28	4.0	27	90	3	116	28	11	26	33	1.91
25687864--25688006	65	2.2	65	84	2	180	34	23	17	24	1.96
25689593--25689673	40	2.0	40	100	0	162	27	22	27	23	1.99
25694011--25694074	32	2.0	32	96	0	119	43	7	12	35	1.71
25697749--25697916	46	3.6	46	82	10	182	27	18	29	24	1.98
25697746--25698014	47	5.8	48	79	9	229	27	17	29	25	1.98
25697746--25698014	140	1.9	141	83	5	348	27	17	29	25	1.98
25702721--25702748	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
25704659--25704706	25	1.9	25	87	8	71	31	20	18	29	1.97
25704817--25704886	25	2.8	25	91	0	104	27	24	22	25	2.00
25704816--25704899	25	3.4	25	81	12	86	29	22	22	25	1.99
25706191--25706360	91	1.9	90	88	3	261	50	12	18	18	1.78
25716991--25717191	50	4.0	50	84	1	233	24	18	29	27	1.98
25722160--25722217	30	1.9	30	85	0	80	18	29	36	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25722450--25722620	15	11.3	14	69	21	80	25	1	1	71	1.05
25722448--25722500	27	2.0	26	85	7	70	24	0	1	73	0.93
25722450--25722501	22	2.5	20	85	11	77	23	0	1	75	0.91
25722518--25722571	23	2.3	23	80	0	63	24	1	1	72	1.05
25722534--25722621	17	5.6	16	76	12	94	20	2	1	76	0.97
25722534--25722620	7	11.2	8	71	21	62	20	2	1	75	0.97
25722588--25722636	22	2.2	22	85	7	64	12	6	4	77	1.09
25722547--25722620	32	2.4	30	82	12	89	18	2	1	77	0.97
25722534--25722621	8	10.1	8	71	19	61	20	2	1	76	0.97
25722684--25722721	17	2.2	17	90	0	58	23	0	2	73	0.95
25722801--25722846	21	2.2	21	96	0	83	21	8	19	50	1.75
25732747--25732806	32	1.9	30	86	6	84	46	0	3	50	1.18
25735410--25735453	19	2.3	19	88	4	61	68	0	0	31	0.90
25735393--25735452	30	2.0	30	81	12	70	65	0	1	33	1.03
25738328--25738392	27	2.4	27	92	2	105	32	12	16	38	1.86
25740071--25740095	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
25740198--25740243	18	2.6	18	86	3	58	56	0	6	36	1.25
25740249--25740284	19	1.9	18	94	5	63	63	11	2	22	1.39
25740254--25740304	24	2.1	25	89	10	79	60	7	3	27	1.42
25740800--25740846	23	2.0	23	88	8	69	25	0	4	70	1.05
25740803--25740861	25	2.4	23	78	15	57	27	0	3	69	1.04
25740804--25740870	31	2.0	32	83	16	84	29	0	4	65	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25742105--25742136	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
25742106--25742136	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
25746561--25746592	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
25752094--25752271	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
25752095--25752250	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
25752091--25752271	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
25758219--25758279	31	2.0	31	96	0	113	32	6	29	31	1.83
25776864--25776957	45	2.1	45	93	0	161	32	24	9	32	1.88
25789058--25789126	29	2.3	30	78	14	79	68	2	8	20	1.30
25792439--25792475	19	1.9	19	94	0	65	62	0	5	32	1.18
25800263--25800422	27	5.9	27	77	12	141	35	21	22	21	1.96
25800281--25800422	54	2.6	54	87	3	196	35	22	22	19	1.96
25808279--25808420	27	5.2	27	81	12	166	35	21	23	19	1.96
25808279--25808420	54	2.6	54	92	3	232	35	21	23	19	1.96
25810961--25811102	66	2.2	66	86	0	203	18	27	26	27	1.98
25810961--25811126	66	2.5	66	80	8	167	17	27	24	30	1.97
25816566--25816596	9	3.4	9	95	0	53	51	19	0	29	1.47
25819207--25819383	40	4.5	40	85	5	218	24	27	22	25	2.00
25819207--25819383	79	2.2	80	85	5	227	24	27	22	25	2.00
25831254--25831298	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
25834431--25834825	200	2.0	201	91	1	641	29	13	19	37	1.90
25835719--25836112	200	2.0	200	89	1	601	28	13	19	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25836294--25836407	57	2.0	56	98	1	219	32	10	19	36	1.86
25837747--25837838	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
25837728--25837891	40	4.1	40	80	10	176	24	27	23	25	2.00
25844754--25844901	75	2.0	75	97	0	278	29	16	10	42	1.83
25866923--25867106	40	4.6	40	81	8	214	25	23	26	24	2.00
25866923--25867106	80	2.3	80	85	3	237	25	23	26	24	2.00
25867290--25867436	74	2.0	74	97	0	276	29	6	27	36	1.81
25870152--25870240	27	3.3	27	85	0	124	38	17	17	25	1.92
25870152--25870255	54	1.9	54	88	0	154	35	18	17	28	1.93
25870618--25870679	32	1.9	32	83	6	81	25	27	22	24	2.00
25876076--25876253	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
25876097--25876252	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
25884140--25884317	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
25884161--25884316	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
25889528--25889867	27	12.6	27	78	3	224	37	18	13	30	1.89
25889723--25889869	55	2.7	53	80	5	141	41	18	11	28	1.85
25889929--25890006	27	2.9	27	88	3	95	33	21	24	20	1.97
25889927--25890017	27	3.4	27	83	3	94	36	18	23	21	1.95
25890186--25890238	27	2.0	27	84	0	70	22	24	18	33	1.97
25892209--25892263	29	1.9	29	82	10	69	23	40	18	18	1.91
25893259--25893436	48	3.7	49	82	8	229	23	26	20	29	1.98
25902951--25903084	48	2.8	48	82	5	155	26	29	17	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25911524--25911881	46	7.7	45	72	12	237	31	18	27	23	1.97
25911528--25911884	138	2.6	138	93	2	583	31	18	26	23	1.97
25911577--25911883	92	3.3	92	79	9	272	31	18	26	23	1.97
25911715--25911883	91	1.8	92	85	8	238	32	18	25	23	1.97
25924405--25924562	40	3.8	40	75	12	124	28	29	15	26	1.96
25934237--25934276	20	2.0	20	95	0	71	37	25	7	30	1.83
25962712--25962768	20	2.9	19	78	19	64	40	10	8	40	1.71
25965098--25965326	27	8.5	27	83	4	275	41	13	15	29	1.85
25968917--25969091	27	6.5	27	88	1	253	40	16	14	28	1.88
25973799--25973833	8	4.4	8	92	0	52	11	28	11	48	1.74
25981215--25981246	14	2.3	14	100	0	64	53	18	0	28	1.45
25981975--25982149	46	3.8	46	79	15	207	29	29	19	21	1.97
25981983--25982154	93	1.8	93	93	0	299	29	30	19	20	1.97
25985742--25985859	43	2.8	42	78	7	130	29	23	14	32	1.94
25989207--25989318	43	2.6	43	84	2	136	27	13	26	32	1.94
25991583--25991631	25	2.0	25	88	8	73	40	10	0	48	1.37
25998261--25998362	34	3.1	32	78	10	98	25	23	23	27	2.00
25999390--25999434	21	2.1	22	83	4	56	57	17	0	24	1.40
26005120--26005168	25	2.0	25	88	8	73	40	10	0	48	1.37
26010217--26010266	25	2.0	25	96	0	91	34	0	20	46	1.51
26014102--26014147	19	2.4	19	85	3	56	43	13	2	41	1.55
26026658--26026686	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26032525--26032702	27	6.6	27	81	5	153	28	30	15	26	1.96
26032547--26032701	55	2.8	55	81	3	179	27	30	16	25	1.96
26032546--26032701	82	1.9	81	85	3	215	27	30	16	26	1.96
26041397--26041537	43	3.2	45	89	4	209	37	24	12	24	1.91
26041445--26041513	22	3.2	21	68	12	59	40	26	11	21	1.87
26041461--26041534	21	3.5	21	69	10	69	39	25	13	21	1.90
26046826--26047009	68	2.7	67	87	8	248	33	14	28	23	1.94
26049045--26049080	16	2.2	16	90	9	56	19	0	8	72	1.10
26051460--26051637	40	4.5	39	88	4	225	23	24	28	24	2.00
26053467--26053587	55	2.2	55	79	5	129	23	34	23	19	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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