genome.fa.s113.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167938.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_20, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19866354

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   

This is table  10  of  100  ( 11964 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2623106--2623189	41	2.0	41	88	4	125	53	11	17	16	1.72
2625053--2625118	32	2.1	32	88	5	98	33	31	0	34	1.58
2627465--2627511	22	2.1	22	88	0	67	21	0	27	51	1.48
2627502--2627613	30	3.9	27	73	15	100	17	3	31	47	1.65
2627502--2627627	29	4.4	28	69	14	78	19	3	30	46	1.66
2627537--2627655	59	2.0	58	80	4	132	22	3	26	47	1.67
2627551--2627655	14	7.1	15	68	16	67	23	3	27	44	1.70
2627551--2627655	29	3.6	29	76	12	97	23	3	27	44	1.70
2627571--2627662	16	6.4	14	70	19	64	25	3	26	45	1.68
2627711--2627793	15	5.7	15	67	21	52	19	1	27	51	1.54
2627748--2627813	28	2.4	28	75	14	73	18	0	25	56	1.42
2629994--2631507	37	40.8	37	72	12	372	46	16	21	15	1.84
2630081--2630157	38	2.1	36	90	4	118	50	14	19	15	1.78
2631188--2631482	117	2.6	111	78	8	256	48	16	19	15	1.81
2632232--2632381	66	2.3	65	83	5	187	33	14	20	32	1.92
2632164--2632566	32	12.5	33	71	6	191	30	15	20	33	1.94
2632292--2632566	64	4.3	64	80	5	272	29	17	20	33	1.95
2633955--2633989	13	2.8	13	86	4	54	5	8	0	85	0.73
2636289--2636335	4	11.8	4	80	8	51	48	4	23	23	1.68
2639731--2639777	22	2.1	22	92	0	76	21	0	25	53	1.46
2639768--2639898	29	4.6	29	70	11	90	21	4	25	48	1.69
2639883--2639920	14	2.6	15	83	4	51	23	2	23	50	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2639950--2639995	22	2.0	23	84	12	60	15	0	36	47	1.45
2640019--2640078	14	4.3	14	70	8	50	15	1	30	53	1.51
2640352--2640393	21	2.0	21	86	9	59	38	2	0	59	1.10
2642279--2642393	58	2.0	58	89	0	176	28	20	14	35	1.93
2642296--2642399	31	3.5	31	70	16	92	28	21	16	33	1.95
2647351--2647507	52	3.0	52	85	3	174	26	22	8	42	1.82
2647811--2647898	25	3.6	25	80	4	81	22	30	6	39	1.80
2647892--2647975	30	2.7	31	90	3	143	25	26	21	27	1.99
2648460--2648616	52	3.0	52	87	1	199	27	24	8	40	1.83
2650485--2650573	29	3.1	29	73	12	103	56	4	7	31	1.48
2650903--2650964	23	2.7	22	78	11	63	64	0	6	29	1.18
2658052--2659357	332	4.0	333	84	5	1533	27	18	19	34	1.95
2660768--2660792	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
2661617--2661669	10	5.4	10	77	2	54	13	3	13	69	1.31
2662081--2662115	13	2.5	15	86	13	56	17	0	0	82	0.66
2671122--2671167	23	2.0	23	95	0	83	26	19	13	41	1.88
2673520--2674071	118	4.7	117	80	6	512	19	20	14	45	1.85
2673519--2674173	118	5.6	116	78	5	491	19	20	14	45	1.85
2673520--2674057	232	2.3	232	81	5	604	19	20	14	45	1.84
2674506--2674546	3	13.7	3	94	0	73	29	0	2	68	1.03
2674880--2674922	21	2.1	20	82	4	50	23	6	37	32	1.82
2675000--2675036	19	1.9	19	94	0	65	29	2	21	45	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2677864--2677941	40	1.9	39	85	10	104	47	17	1	33	1.56
2681342--2681379	19	1.9	19	89	5	58	55	13	13	18	1.69
2681336--2681401	29	2.3	29	78	0	78	53	12	9	25	1.67
2682854--2682885	16	2.0	16	93	0	55	37	3	0	59	1.13
2696626--2696668	22	2.0	22	81	9	52	51	0	2	46	1.13
2696683--2696762	31	2.9	26	76	20	90	46	2	0	51	1.14
2704857--2704898	16	2.5	17	84	7	50	42	0	0	57	0.99
2709402--2709434	12	2.6	13	85	4	50	81	0	18	0	0.68
2717323--2717363	3	13.7	3	94	0	73	31	0	31	36	1.58
2720638--2720725	27	3.3	27	95	0	149	28	25	7	38	1.84
2723181--2723211	11	2.8	11	90	0	53	45	6	0	48	1.28
2723333--2723361	14	2.0	15	93	6	51	34	0	0	65	0.93
2730956--2731468	134	3.8	134	90	3	750	38	21	16	22	1.93
2732591--2732635	24	1.9	24	86	4	65	37	0	2	60	1.09
2734502--2734561	28	2.1	28	84	0	75	38	21	18	21	1.94
2735030--2735544	271	1.9	270	91	1	834	40	14	9	36	1.78
2738642--2738722	25	3.3	25	81	13	114	35	0	3	60	1.15
2738639--2738708	23	3.0	23	83	12	97	35	0	4	60	1.17
2738639--2738706	17	4.2	17	66	17	54	33	0	4	61	1.16
2738784--2738837	26	2.0	27	85	3	74	48	0	0	51	1.00
2738794--2738827	15	2.1	16	89	10	52	50	0	0	50	1.00
2739220--2739277	27	2.1	28	87	3	82	46	3	0	50	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2745296--2745320	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2745782--2745839	28	2.1	28	100	0	116	34	10	17	37	1.84
2748924--2748965	22	1.9	22	90	0	66	45	9	11	33	1.73
2749628--2749663	13	2.7	13	91	4	54	30	19	13	36	1.91
2750649--2751009	179	2.0	179	99	0	713	29	16	19	34	1.94
2753016--2753057	22	1.9	22	90	0	66	45	9	11	33	1.73
2754854--2754907	23	2.3	23	83	3	63	29	12	14	42	1.83
2757031--2757614	291	2.0	291	98	0	1123	35	17	22	23	1.95
2763930--2763972	2	22.0	2	80	4	52	41	2	4	51	1.35
2763979--2764008	8	3.8	8	90	0	51	26	13	0	60	1.34
2764060--2764097	14	2.5	15	83	8	51	7	13	0	78	0.94
2764060--2764097	15	2.5	16	83	12	53	7	13	0	78	0.94
2769213--2769238	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2775932--2775985	20	2.6	22	77	16	62	33	3	0	62	1.12
2775984--2776023	17	2.2	19	86	8	57	57	0	0	42	0.98
2783315--2783370	29	1.9	29	92	0	94	21	7	26	44	1.78
2788095--2788129	5	7.0	5	93	6	54	57	0	42	0	0.99
2788672--2788697	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
2788851--2788914	26	2.4	27	73	5	67	37	1	1	59	1.16
2794704--2794741	20	1.9	20	94	0	67	36	31	5	26	1.79
2802990--2803082	27	3.2	29	72	14	93	35	10	5	48	1.61
2802997--2803089	29	3.2	29	72	14	93	37	9	4	48	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2805086--2805111	4	6.5	4	100	0	52	26	50	23	0	1.50
2805383--2805444	19	3.2	18	80	11	61	46	1	0	51	1.10
2806628--2806694	33	2.0	33	85	5	91	25	11	14	47	1.79
2808423--2808455	12	2.8	12	86	4	50	30	9	0	60	1.27
2810415--2810589	87	2.0	87	100	0	350	32	24	21	22	1.98
2815561--2815605	23	2.0	23	82	8	56	46	2	0	51	1.13
2819414--2819461	23	2.1	23	100	0	96	16	29	4	50	1.64
2822893--2822927	17	1.9	19	88	11	56	40	0	0	60	0.97
2831839--2831873	18	1.9	18	88	11	54	74	2	2	20	1.08
2837499--2837537	18	2.1	19	86	13	55	35	5	5	53	1.45
2839345--2839374	15	1.9	16	93	6	53	30	0	0	70	0.88
2839504--2839563	28	2.0	31	90	9	99	46	5	0	48	1.24
2840698--2840777	41	1.9	41	94	2	142	38	10	8	42	1.69
2843170--2843230	28	2.2	26	78	16	61	34	4	0	60	1.18
2847984--2848014	16	1.9	16	93	0	53	48	9	0	41	1.36
2849599--2849646	15	3.3	15	82	5	62	85	6	8	0	0.74
2855809--2855851	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
2865929--2866036	51	2.1	51	84	3	137	55	0	1	41	1.17
2865961--2866018	29	2.0	28	86	3	80	55	1	0	43	1.10
2865986--2866036	22	2.4	21	74	6	50	58	1	0	39	1.09
2873774--2873828	27	2.0	27	96	0	101	30	14	9	45	1.76
2878069--2878112	22	2.0	22	90	0	70	31	11	11	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2878260--2878344	23	3.6	23	85	4	107	14	24	18	42	1.88
2881991--2882034	22	2.0	22	95	0	79	31	11	13	43	1.80
2889438--2889501	5	13.6	5	80	12	66	20	1	0	78	0.84
2889441--2889490	6	8.3	6	85	10	59	18	2	0	80	0.82
2889446--2889490	19	2.4	19	88	3	65	17	2	0	80	0.82
2889441--2889500	22	2.7	21	85	12	75	18	1	0	80	0.80
2889463--2889499	13	2.9	13	88	11	51	18	0	0	81	0.70
2889438--2889500	28	2.5	25	82	15	76	19	1	0	79	0.82
2890346--2890385	21	2.0	21	85	5	55	17	0	7	75	1.03
2890433--2890797	58	6.0	57	74	14	270	47	5	8	37	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100