genome.fa.s113.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167938.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_20, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19866354

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7845172--7845293	47	2.7	44	81	12	124	16	7	1	74	1.12
7845172--7845247	5	15.8	5	76	10	61	13	6	1	78	0.99
7845260--7845312	19	2.8	19	73	18	56	22	11	0	66	1.24
7856211--7856252	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
7862310--7862338	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
7865213--7865379	63	2.6	61	74	12	149	32	17	8	41	1.79
7865728--7865943	62	3.4	60	68	14	150	34	17	8	40	1.79
7864908--7866058	565	2.0	563	82	6	1388	37	12	10	39	1.78
7865953--7866182	116	2.0	116	93	0	390	34	14	8	42	1.76
7866099--7866280	61	2.9	61	82	8	199	34	10	8	47	1.68
7866780--7866842	28	2.2	29	85	5	83	28	4	19	47	1.69
7866864--7866943	25	3.2	25	82	1	99	20	8	28	42	1.81
7866849--7866943	12	7.8	12	76	4	91	21	9	27	42	1.83
7866948--7867011	31	2.1	31	96	0	119	23	3	17	56	1.55
7866952--7867020	31	2.2	31	89	0	102	27	4	15	52	1.62
7870573--7870597	12	2.1	12	100	0	50	56	8	0	36	1.29
7873589--7874075	245	2.0	245	99	0	965	44	7	5	42	1.54
7885798--7885830	1	33.0	1	100	0	66	100	0	0	0	0.00
7893076--7893117	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
7893117--7893143	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
7906622--7906662	21	2.0	21	85	4	57	29	26	12	31	1.92
7907649--7907680	6	5.5	6	96	3	57	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7908003--7908052	12	3.9	12	77	12	55	66	0	2	32	1.03
7908206--7908274	34	2.0	34	97	0	129	26	7	0	66	1.17
7908197--7908270	34	2.2	33	88	4	112	28	6	0	64	1.18
7915101--7915158	20	3.2	19	78	14	59	29	0	0	70	0.87
7915107--7915178	26	2.8	25	84	12	85	31	0	1	66	1.00
7915088--7915175	42	2.1	41	85	10	117	31	0	1	67	0.99
7915100--7915197	43	2.2	42	82	7	106	34	0	1	64	1.01
7915165--7915215	21	2.4	21	87	6	68	45	0	0	54	0.99
7917994--7918333	164	2.1	164	96	1	628	44	9	7	38	1.66
7928834--7928876	21	2.0	21	82	8	52	37	2	4	55	1.33
7931681--7931713	14	2.3	15	89	5	50	33	0	3	63	1.10
7931633--7931772	72	1.9	72	85	2	192	35	10	3	50	1.55
7931705--7931933	59	3.9	56	78	10	246	34	12	4	48	1.62
7931525--7931889	185	1.9	189	82	10	455	33	10	5	49	1.61
7932940--7933296	44	8.2	44	79	7	297	45	20	9	24	1.81
7932940--7933296	88	4.1	89	77	9	337	45	20	9	24	1.81
7938507--7938538	4	8.0	4	92	0	55	71	3	0	25	1.00
7939587--7939811	59	3.9	56	77	13	208	33	8	4	53	1.51
7939564--7939852	111	2.5	116	84	6	358	34	9	4	51	1.55
7939566--7939856	56	5.1	56	75	12	207	35	9	4	50	1.56
7939857--7940032	60	2.9	62	78	11	159	35	12	2	48	1.56
7940058--7940089	6	5.7	6	92	7	50	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7940131--7940160	4	7.5	4	92	0	51	73	0	3	23	0.98
7941846--7941883	14	2.6	15	87	4	51	39	0	2	57	1.12
7942699--7942753	24	2.2	24	74	3	56	47	1	3	47	1.30
7942816--7942840	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
7942902--7942926	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7944197--7944597	206	2.0	205	81	2	473	33	13	15	37	1.87
7958762--7958816	11	5.1	11	84	4	67	56	1	0	41	1.10
7960457--7960498	21	2.0	21	90	9	68	47	0	0	52	1.00
7963992--7964034	20	2.1	21	91	4	70	53	0	0	46	1.00
7985139--7985179	2	20.5	2	85	9	57	0	2	43	53	1.13
7986142--7986292	50	3.1	47	71	16	128	56	4	1	37	1.32
7986093--7986255	50	3.3	51	72	14	160	53	3	4	39	1.36
7986093--7986292	99	2.0	101	88	3	300	55	4	3	37	1.38
7986093--7986316	99	2.3	99	85	5	283	54	4	4	37	1.40
7986332--7986402	26	2.7	25	72	12	63	39	2	0	57	1.13
7990316--7990359	15	2.7	15	83	13	52	61	2	2	34	1.21
7992958--7993041	18	4.4	19	72	18	59	57	2	0	40	1.12
7992982--7993029	17	2.8	17	78	9	53	58	2	0	39	1.10
7993004--7993049	22	2.0	22	83	4	56	58	4	0	36	1.18
7996938--7997008	19	3.7	19	68	17	56	15	1	4	78	0.97
7997560--7997616	27	2.2	27	84	12	75	47	1	1	49	1.22
7998687--7998732	8	5.8	8	78	19	51	23	2	2	71	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8000061--8000094	17	2.0	17	88	11	52	58	2	5	32	1.37
8000980--8001033	18	3.1	16	77	15	54	48	0	0	51	1.00
8005365--8005389	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8007939--8007977	2	18.5	2	84	10	51	43	0	7	48	1.31
8013003--8013045	22	2.0	22	85	0	59	37	11	11	39	1.78
8017377--8017401	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
8018386--8018416	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
8018383--8018418	10	3.4	10	85	14	54	58	0	0	41	0.98
8023549--8023577	11	2.5	12	94	5	51	10	17	0	72	1.11
8028098--8028127	11	2.7	11	89	0	51	53	0	0	46	1.00
8028146--8028179	16	2.1	17	89	10	54	50	5	0	44	1.26
8028619--8028692	19	4.1	18	76	15	64	54	1	0	44	1.08
8028696--8028728	17	1.9	17	88	11	50	42	0	3	54	1.15
8028744--8028776	12	3.0	11	87	12	50	66	0	0	33	0.92
8029253--8029316	32	1.9	34	87	9	96	79	3	10	6	1.02
8029252--8029307	16	3.4	16	71	11	51	80	3	8	7	1.01
8035592--8035720	48	2.7	47	92	5	215	44	4	45	5	1.47
8035637--8035712	23	3.2	23	68	14	73	43	2	50	3	1.34
8036072--8036132	24	2.5	24	91	0	95	24	21	40	13	1.88
8043187--8043262	38	2.0	37	94	2	134	43	6	21	28	1.77
8047034--8047066	2	16.5	2	100	0	66	51	48	0	0	1.00
8054073--8054097	3	8.3	3	100	0	50	0	0	32	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8055589--8055620	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
8066872--8066909	19	2.0	19	100	0	76	21	15	10	52	1.72
8069965--8069989	12	2.1	12	100	0	50	20	8	16	56	1.65
8076618--8076652	16	2.2	16	89	0	52	48	11	20	20	1.79
8078510--8078585	17	4.8	16	69	16	59	35	7	3	52	1.49
8078495--8078582	47	1.9	45	90	9	142	35	5	7	51	1.55
8080767--8080849	43	1.9	43	90	0	130	37	0	16	45	1.48
8080864--8080899	18	1.9	18	88	5	54	25	0	0	75	0.81
8082028--8082119	45	2.0	47	89	4	143	33	1	19	45	1.58
8085640--8085686	19	2.4	20	78	7	51	12	25	2	59	1.45
8085959--8086032	30	2.5	30	80	4	78	33	5	18	41	1.74
8086187--8086233	16	2.7	17	83	12	60	48	0	0	51	1.00
8087466--8087504	17	2.2	19	86	9	55	56	5	0	38	1.22
8091754--8091818	33	2.0	33	100	0	130	47	12	18	21	1.81
8097677--8097718	22	1.9	22	90	0	66	33	11	9	45	1.73
8098107--8098152	22	2.2	20	84	7	56	43	15	13	28	1.83
8116197--8116241	21	2.0	23	87	8	67	60	6	0	33	1.23
8117425--8117450	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
8130487--8130538	26	2.0	26	92	0	86	21	5	32	40	1.77
8130942--8131068	63	2.0	61	93	3	218	32	19	11	36	1.88
8133567--8133606	10	4.0	10	84	9	55	30	0	2	67	1.04
8138386--8138453	29	2.3	30	77	7	77	33	10	4	51	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8142036--8142080	21	2.1	21	84	8	56	28	8	4	57	1.48
8149000--8149128	63	2.0	63	95	0	231	31	20	12	35	1.90
8151566--8151590	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
8156916--8157052	52	2.7	52	86	3	188	27	20	8	43	1.80
8157091--8157129	11	3.6	11	89	6	62	53	25	2	17	1.56
8157326--8157390	25	2.6	24	78	9	69	20	40	7	32	1.80
8157446--8157534	31	2.9	31	79	3	90	35	22	13	28	1.92
8158059--8158167	52	2.1	52	94	0	191	27	18	8	45	1.77
8159251--8159305	21	2.5	21	83	13	67	23	1	1	72	1.04
8159253--8159305	22	2.4	23	81	12	67	22	1	1	73	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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