genome.fa.s113.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167938.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_20, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19866354

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14815814--14815866	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
14817215--14817267	26	2.0	26	88	0	79	30	22	18	28	1.98
14817104--14817414	172	1.8	171	83	4	412	20	27	28	23	1.99
14818438--14818490	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
14821911--14821960	25	2.0	24	92	3	82	28	26	18	28	1.98
14821873--14822205	174	1.9	173	83	3	427	24	29	24	21	1.99
14831131--14831217	45	1.9	45	90	0	138	14	26	39	19	1.91
14831138--14831231	45	2.1	45	85	0	125	18	30	36	14	1.91
14831245--14831518	45	6.1	45	75	5	205	20	31	29	18	1.96
14831251--14831479	90	2.5	89	73	8	230	20	30	30	17	1.96
14831245--14831490	135	1.8	135	83	0	330	21	31	29	17	1.96
14831267--14831553	135	2.1	135	79	1	297	19	29	30	20	1.97
14832386--14832772	197	2.0	197	84	3	510	20	26	28	23	1.99
14832917--14832966	26	1.9	26	88	8	75	24	20	22	34	1.97
14834789--14834874	45	1.9	45	87	0	127	17	30	37	15	1.90
14834790--14834889	45	2.2	45	81	0	119	19	32	34	15	1.92
14834908--14835000	45	2.1	45	85	0	123	20	31	27	20	1.97
14834923--14835523	45	13.4	45	75	2	375	20	29	30	18	1.97
14834925--14835438	223	2.3	224	83	2	557	21	30	30	18	1.97
14836776--14836828	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
14839768--14839820	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
14840710--14841182	170	2.8	169	80	4	518	20	28	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14841165--14841217	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
14842944--14842996	26	2.0	26	100	0	106	26	22	20	30	1.98
14846502--14846554	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
14846647--14846676	12	2.5	12	94	0	51	6	46	26	20	1.75
14852542--14852594	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
14855326--14855378	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
14857415--14857467	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
14858837--14858894	26	2.2	27	90	3	91	29	18	24	27	1.98
14861659--14861711	26	2.0	26	96	0	97	28	18	26	26	1.98
14868867--14868920	26	2.1	26	92	0	90	20	27	22	29	1.98
14869436--14869760	171	1.9	171	81	6	399	21	26	29	21	1.99
14869618--14870032	171	2.4	170	79	4	433	20	27	28	23	1.99
14871635--14871739	26	4.0	26	92	0	183	27	24	20	27	1.99
14877407--14877459	26	2.0	26	88	0	79	24	24	20	30	1.99
14882611--14882663	26	2.0	26	92	0	88	26	22	16	33	1.96
14884968--14885008	20	2.0	22	85	9	59	26	17	31	24	1.97
14885042--14885092	24	2.2	24	82	3	59	23	17	35	23	1.95
14885054--14885109	24	2.3	24	84	0	76	19	16	35	28	1.93
14890922--14892110	529	2.3	522	83	4	1437	21	27	27	23	1.99
14892801--14893185	195	2.0	197	81	3	454	21	26	27	24	1.99
14893329--14893381	26	2.0	26	88	0	79	30	22	18	28	1.98
14894215--14894599	196	2.0	197	81	3	454	23	27	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14896861--14897225	197	1.9	197	85	2	509	20	27	29	23	1.99
14897391--14897443	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
14898509--14898603	47	2.0	47	95	0	172	30	20	40	9	1.84
14898849--14898901	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
14907111--14907185	26	2.9	26	95	0	141	28	30	17	24	1.97
14908870--14908920	26	2.0	26	96	0	93	29	19	19	31	1.97
14908778--14909414	174	3.7	170	74	7	516	19	26	29	23	1.98
14913672--14913951	148	1.9	145	82	6	350	20	27	26	25	1.99
14914941--14916708	846	2.1	849	86	5	2419	27	25	22	25	2.00
14917218--14917270	26	2.0	26	88	0	79	24	28	20	26	1.99
14917344--14918753	704	2.0	703	88	1	2094	28	24	21	26	1.99
14919332--14919384	26	2.0	26	92	0	88	28	26	16	28	1.97
14921967--14922022	25	2.2	25	93	6	96	25	26	21	26	1.99
14923376--14923428	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
14927402--14927454	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
14928536--14928561	12	2.2	12	100	0	52	42	23	26	7	1.81
14928813--14928865	26	2.0	26	88	0	79	28	20	16	33	1.95
14929703--14930090	197	2.0	198	81	4	462	22	26	27	23	2.00
14931646--14931698	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
14937059--14937443	196	2.0	197	83	3	490	20	27	28	24	1.99
14937575--14937627	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
14938995--14939047	26	2.0	26	92	0	88	30	22	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14939882--14940241	196	1.8	194	83	4	481	21	25	27	25	1.99
14940408--14940460	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
14941834--14941883	26	1.9	26	95	0	91	24	22	20	34	1.97
14950810--14950859	26	1.9	26	95	0	91	24	26	20	30	1.98
14958598--14959139	45	12.1	45	76	4	353	21	28	30	18	1.97
14958598--14959099	90	5.6	90	76	4	417	21	29	30	18	1.97
14958614--14959054	180	2.5	180	86	2	602	21	28	30	19	1.97
14959142--14959166	13	1.9	13	100	0	50	24	36	16	24	1.94
14960221--14960544	45	7.0	45	71	8	184	20	29	30	18	1.97
14961971--14962023	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
14963382--14963460	26	3.0	26	92	0	131	26	22	20	30	1.98
14964832--14964884	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
14967012--14967371	197	1.8	197	80	3	429	21	25	28	24	1.99
14971186--14971238	26	2.0	26	92	7	90	28	22	20	28	1.99
14972605--14972657	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
14979672--14979804	45	2.9	46	82	2	153	18	24	38	18	1.93
14979835--14980412	45	12.8	44	76	5	417	20	30	30	18	1.97
14979867--14980412	90	6.1	90	77	3	501	20	30	30	17	1.96
14979945--14980368	135	3.1	135	81	4	489	21	30	30	17	1.96
14986076--14986125	26	1.9	26	91	0	82	26	24	20	30	1.98
14990390--14990442	26	2.0	26	92	0	88	24	26	20	28	1.99
14995487--14995539	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14995638--14995820	91	2.0	91	91	2	296	22	26	28	22	1.99
15002099--15002445	45	7.7	45	74	3	178	20	30	29	19	1.97
15002099--15002269	90	1.9	90	82	2	218	19	29	31	19	1.97
15002192--15002445	90	2.8	91	80	3	237	21	31	29	18	1.97
15002189--15002526	135	2.5	135	77	3	331	21	30	28	19	1.97
15003096--15003152	26	2.2	26	83	0	69	61	8	7	22	1.50
15003880--15003929	26	1.9	26	91	0	82	26	30	18	26	1.98
15004420--15004471	26	2.0	26	96	0	95	28	26	17	26	1.97
15003431--15004607	541	2.2	528	82	4	1387	20	28	28	22	1.98
15008857--15010070	550	2.2	550	82	3	1405	20	27	27	23	1.99
15011450--15011502	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
15012860--15012912	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
15013743--15014163	197	2.1	196	79	7	467	23	25	27	23	2.00
15014109--15014160	25	2.0	26	85	3	70	32	21	15	30	1.94
15014821--15015681	367	2.3	366	85	2	1115	22	27	27	23	1.99
15015656--15015708	26	2.0	26	96	0	97	28	24	20	26	1.99
15017073--15017364	159	1.8	158	80	0	350	20	27	29	22	1.98
15017358--15017409	26	2.0	26	96	3	97	30	26	17	25	1.97
15020829--15020923	45	2.1	45	80	0	100	21	33	32	12	1.91
15020937--15021386	45	10.0	45	81	2	420	20	30	31	17	1.95
15021009--15021416	135	3.0	135	81	2	469	20	30	32	17	1.95
15024102--15024154	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15026856--15026908	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
15028859--15028887	10	2.9	10	100	0	58	72	0	0	27	0.85
15029703--15029753	26	2.0	26	100	0	102	27	25	19	27	1.99
15029586--15030076	174	2.8	171	83	2	581	21	26	27	24	1.99
15038812--15039206	171	2.3	171	81	4	431	22	26	28	23	1.99
15040413--15040465	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
15041341--15041642	158	1.9	158	83	4	394	19	28	28	23	1.98
15041615--15041666	26	2.0	26	96	0	95	26	26	21	25	1.99
15043042--15043091	26	1.9	26	88	8	75	28	22	18	32	1.97
15043175--15043556	158	2.4	158	84	1	453	19	29	27	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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