genome.fa.s113.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167938.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_20, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19866354

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8721238--8721273	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
8722306--8722349	21	2.1	21	86	0	61	50	0	2	47	1.13
8733823--8734053	115	2.0	115	91	0	372	21	22	18	37	1.94
8735113--8735137	12	2.1	12	100	0	50	24	20	24	32	1.98
8738971--8739032	27	2.3	27	91	0	97	35	12	27	24	1.92
8744354--8744397	22	2.0	22	91	8	72	45	13	6	34	1.70
8744659--8744689	13	2.4	13	94	0	53	22	12	16	48	1.80
8754323--8754370	26	2.0	26	84	12	66	43	2	6	47	1.40
8757063--8757107	20	2.3	20	88	3	65	2	8	11	77	1.07
8757652--8757695	16	2.6	17	85	7	54	45	0	0	54	0.99
8757998--8758062	31	2.1	31	100	0	130	55	0	3	41	1.15
8758903--8758980	39	2.0	39	100	0	156	33	5	12	48	1.63
8764549--8764679	58	2.2	60	86	8	180	25	11	26	36	1.90
8770403--8770432	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
8775383--8775431	12	4.3	11	77	10	53	55	4	2	38	1.31
8775383--8775426	13	3.7	12	82	8	54	59	2	2	36	1.23
8777495--8777532	16	2.4	16	95	0	67	42	0	34	23	1.55
8785626--8785681	2	28.5	2	85	10	80	48	0	3	48	1.19
8785629--8785682	11	5.0	11	84	10	76	48	0	5	46	1.25
8790440--8790475	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
8792752--8792808	29	2.0	29	86	6	80	47	0	0	52	1.00
8794943--8794984	14	2.9	14	82	3	57	47	0	9	42	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8795057--8795088	16	1.9	17	93	6	57	31	3	6	59	1.38
8795103--8795173	26	2.7	26	79	12	92	50	1	2	45	1.25
8795188--8795239	19	2.9	19	91	8	83	42	0	3	53	1.19
8795325--8795357	17	1.9	17	100	0	66	42	0	3	54	1.15
8795386--8795429	23	2.0	22	86	13	63	38	11	0	50	1.39
8795465--8795508	14	3.1	14	90	3	70	45	0	0	54	0.99
8796039--8796112	29	2.5	30	86	4	105	35	1	2	60	1.19
8796081--8796130	23	2.1	24	88	3	75	42	2	2	54	1.23
8798104--8798134	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
8806005--8806034	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
8810940--8811137	54	3.6	55	70	14	169	35	4	2	57	1.31
8811005--8811042	20	1.9	20	88	0	58	28	7	0	63	1.23
8810906--8811112	107	1.9	107	96	0	378	33	6	1	58	1.34
8813928--8813974	23	2.0	23	100	0	94	40	25	17	17	1.90
8816704--8816753	16	3.1	15	80	13	55	20	0	6	74	1.03
8816698--8816769	11	6.2	12	79	9	62	20	1	5	72	1.13
8816704--8816751	18	2.9	17	81	12	64	18	0	6	75	1.01
8816858--8816923	31	2.2	30	81	13	73	27	3	1	68	1.13
8816858--8816918	24	2.7	22	78	16	63	27	3	1	67	1.16
8816862--8816952	21	4.8	20	76	12	75	27	4	3	64	1.28
8817838--8817932	5	18.2	5	73	14	68	14	6	3	75	1.12
8817838--8817932	21	4.5	21	77	16	81	14	6	3	75	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8817852--8817924	6	12.5	6	74	8	53	13	6	1	78	1.02
8817975--8818306	118	2.8	119	90	4	524	45	8	12	33	1.71
8817968--8818309	59	5.7	59	78	11	372	45	8	12	33	1.72
8818265--8818350	44	2.0	44	90	4	138	41	6	12	38	1.70
8818147--8818459	162	1.9	162	88	5	472	45	7	11	35	1.69
8818301--8818458	60	2.7	60	88	3	223	48	6	10	34	1.65
8818305--8818400	27	3.3	27	66	16	75	47	6	11	34	1.65
8818207--8818400	103	1.9	103	87	7	286	44	7	12	35	1.70
8823669--8823716	17	2.6	19	83	9	64	16	0	6	77	0.97
8824173--8824540	185	2.0	185	92	0	610	41	12	23	23	1.88
8824831--8824878	25	1.9	25	83	8	62	50	2	8	39	1.44
8833622--8833675	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
8835952--8836000	25	2.0	25	88	8	73	59	2	0	38	1.09
8835988--8836050	24	2.6	24	85	7	74	49	0	1	49	1.10
8836658--8836692	18	1.9	18	94	0	61	42	0	0	57	0.99
8836705--8836759	27	2.0	27	82	6	67	36	1	1	60	1.18
8837382--8837520	67	2.1	67	87	2	199	56	7	9	27	1.57
8838737--8838793	21	2.7	21	81	7	62	64	8	1	24	1.31
8838718--8838804	21	4.2	21	66	12	56	64	6	1	27	1.26
8838810--8838842	12	2.8	12	90	4	50	39	6	0	54	1.25
8838807--8838926	30	4.0	29	73	11	89	50	7	2	39	1.44
8838863--8838906	22	2.1	21	87	8	63	56	9	2	31	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8838830--8838921	31	3.1	31	72	20	88	52	7	2	38	1.42
8839785--8840050	20	13.7	19	71	10	105	40	2	5	51	1.39
8839825--8839928	10	10.3	10	74	17	81	37	1	5	54	1.35
8839833--8839927	30	3.2	29	78	12	95	37	2	5	54	1.35
8839949--8839990	19	2.2	19	83	8	50	23	4	7	64	1.38
8839987--8840049	20	3.2	20	97	2	119	42	3	4	49	1.39
8840054--8840091	19	2.0	19	89	0	58	23	15	15	44	1.85
8840265--8840313	11	4.5	11	78	17	50	38	0	8	53	1.31
8840262--8840327	10	6.2	10	72	10	51	40	0	6	53	1.26
8840297--8840341	22	2.0	22	91	0	72	40	0	2	57	1.11
8840320--8840360	18	2.2	19	91	4	66	51	0	0	48	1.00
8840950--8840982	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
8841560--8841610	18	3.0	16	81	13	57	45	1	1	50	1.24
8842983--8843034	21	2.5	21	85	11	72	48	0	0	51	1.00
8842981--8843033	22	2.4	22	90	6	81	49	0	0	50	1.00
8843289--8843330	15	2.7	15	85	3	57	45	0	2	52	1.13
8843705--8843766	18	3.4	18	70	12	54	58	1	4	35	1.29
8846946--8846978	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
8851647--8851697	24	2.1	25	81	3	59	27	3	0	68	1.07
8852107--8852158	21	2.5	21	90	6	79	50	0	0	50	1.00
8852107--8852158	22	2.5	22	93	6	90	50	0	0	50	1.00
8852125--8852195	30	2.3	30	78	2	79	57	1	0	40	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8852589--8852648	20	3.0	20	77	0	66	81	3	11	3	0.93
8853599--8853661	10	6.0	10	74	9	54	77	0	17	4	0.93
8855837--8855879	17	2.6	17	89	7	63	81	0	11	6	0.87
8856196--8856242	12	3.9	12	82	0	58	61	0	0	38	0.96
8856716--8856748	10	3.4	10	83	8	50	60	0	0	39	0.97
8857448--8857504	23	2.5	24	72	11	57	36	10	0	52	1.36
8860457--8860489	14	2.3	15	89	5	50	27	3	3	66	1.21
8861639--8861753	61	1.9	61	94	0	203	33	22	11	33	1.90
8861639--8861771	61	2.2	61	89	2	196	32	24	10	33	1.89
8864215--8864256	20	2.0	20	86	13	57	85	7	4	2	0.80
8864602--8864663	19	3.3	19	77	6	63	77	0	12	9	0.99
8865031--8865106	39	1.9	39	94	0	134	44	13	11	30	1.79
8866300--8866369	23	3.1	23	81	6	63	32	10	15	41	1.81
8866140--8866389	22	11.3	22	69	5	74	34	15	15	34	1.90
8866362--8866456	22	4.3	21	71	17	59	30	17	18	32	1.95
8869652--8869689	15	2.6	15	87	4	51	18	7	0	73	1.06
8890617--8890656	2	21.0	2	90	10	66	50	0	0	50	1.00
8900916--8900982	34	2.0	34	82	5	82	40	7	11	40	1.70
8901008--8901125	33	3.6	33	73	12	91	28	11	18	40	1.86
8902409--8902866	161	2.8	160	81	5	496	41	14	10	33	1.80
8902856--8903348	247	2.0	247	94	0	869	38	15	7	38	1.75
8909347--8909711	186	1.9	189	84	3	486	34	11	11	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8911003--8911064	28	2.2	28	82	0	79	30	3	19	46	1.65
8911059--8911110	25	2.1	25	82	7	61	23	3	23	50	1.66
8914279--8914355	35	2.2	35	86	4	111	36	20	9	33	1.85
8914466--8914661	64	3.1	62	73	10	173	36	14	12	36	1.84
8914437--8914665	126	1.8	126	84	0	305	35	13	13	36	1.85
8914787--8914822	14	2.6	14	91	8	56	44	22	0	33	1.53
8918970--8919019	5	10.2	5	79	16	52	80	0	16	4	0.87
8918974--8919011	18	2.1	19	90	9	62	81	0	13	5	0.85
8923660--8923690	14	2.1	15	94	5	55	58	0	0	41	0.98
8928187--8928871	340	2.0	340	98	0	1325	45	9	12	32	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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