genome.fa.s113.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167938.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_20, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19866354

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16272875--16273539	368	1.8	355	81	7	820	24	29	26	19	1.99
16273460--16273706	135	1.8	135	81	1	307	23	29	28	18	1.98
16273902--16273953	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
16274620--16275056	159	2.8	157	77	6	434	24	28	28	19	1.98
16275095--16275146	26	2.0	26	96	0	95	23	17	34	25	1.96
16275816--16275868	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
16276136--16276628	159	3.1	159	81	4	446	22	29	26	20	1.99
16276666--16276718	26	2.0	26	89	7	81	26	15	26	32	1.95
16277731--16277783	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
16278459--16278510	26	2.0	26	85	7	70	30	15	23	30	1.95
16278801--16278853	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
16280118--16280250	68	2.0	68	95	0	239	17	39	15	27	1.90
16280255--16280307	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
16280431--16280945	158	3.2	156	75	7	446	23	29	26	20	1.99
16281133--16281185	26	2.0	26	89	7	81	30	16	22	30	1.96
16281158--16281588	159	2.7	158	78	5	456	22	30	29	17	1.97
16282605--16282657	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16282762--16282820	28	2.1	28	90	0	91	10	33	33	22	1.87
16282907--16282959	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
16283932--16283984	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
16284641--16284693	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
16284738--16286278	159	9.7	158	73	7	1020	19	27	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16284674--16286277	317	5.1	317	77	5	1205	20	27	29	23	1.99
16284738--16286278	476	3.2	473	81	5	1702	19	27	29	23	1.98
16286251--16286303	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
16287036--16288761	159	10.9	159	73	6	915	19	25	29	24	1.99
16287000--16287659	316	2.1	316	83	2	806	20	26	29	24	1.99
16287007--16287659	317	2.1	316	82	3	758	20	26	29	24	1.99
16287037--16288508	476	3.1	470	81	5	1598	19	26	30	24	1.98
16287448--16288135	317	2.2	318	76	4	690	19	25	29	25	1.99
16289101--16289153	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
16288662--16289344	367	1.9	355	81	5	814	21	26	28	23	1.99
16289127--16289630	158	3.2	159	77	6	468	20	26	29	23	1.99
16289602--16289680	26	3.0	26	94	3	133	26	25	20	27	1.99
16290361--16290413	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
16290482--16290888	159	2.6	158	79	3	440	17	27	30	24	1.97
16291345--16291397	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16297675--16297727	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
16297701--16298367	159	4.1	156	74	7	465	19	26	31	22	1.98
16298521--16298871	158	2.2	158	79	6	372	18	28	30	23	1.97
16299561--16299613	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16300062--16300114	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16300971--16301023	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
16301735--16302236	158	3.2	155	73	10	442	20	27	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16302941--16302993	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16303019--16303468	159	2.8	158	78	4	415	19	27	28	23	1.99
16302967--16303468	158	3.2	156	76	3	486	20	27	28	23	1.99
16304050--16304352	159	1.9	159	80	4	360	19	27	30	22	1.98
16304335--16304385	26	2.0	26	84	7	68	27	27	17	27	1.98
16305057--16305109	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
16305083--16305586	158	3.2	158	77	7	470	21	27	27	23	1.99
16305170--16305586	159	2.6	159	76	7	418	20	28	26	24	1.99
16305558--16305610	26	2.0	26	82	7	63	28	24	16	30	1.97
16306292--16306344	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
16306361--16306819	159	2.9	159	77	1	402	19	27	29	23	1.98
16306793--16306845	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
16307402--16307703	159	1.9	159	79	5	342	19	27	30	22	1.98
16307678--16307729	26	2.0	27	88	3	79	26	25	19	28	1.98
16308408--16308460	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
16308436--16308933	158	3.2	157	74	8	481	20	26	29	24	1.99
16308910--16308959	26	1.9	26	88	8	75	28	28	14	30	1.95
16309669--16310168	157	3.2	156	72	8	454	19	25	30	25	1.98
16310142--16310193	26	2.0	26	88	7	79	30	21	15	32	1.94
16311749--16311801	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16311775--16312276	159	3.2	158	77	6	487	19	26	29	24	1.99
16312250--16312302	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16312993--16313813	159	5.2	158	73	6	588	20	27	29	23	1.99
16313002--16313815	318	2.6	314	83	3	1015	19	27	29	23	1.98
16313788--16313840	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
16313984--16314036	26	2.0	26	82	7	63	28	24	20	26	1.99
16315683--16315735	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16316299--16316351	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
16317054--16317469	159	2.6	158	76	7	401	20	26	30	21	1.98
16317523--16317574	26	2.0	26	96	0	95	28	23	19	28	1.98
16317099--16318612	524	2.9	517	80	6	1572	20	27	29	23	1.99
16318402--16318909	159	3.2	157	78	5	576	17	26	32	24	1.97
16318679--16319299	341	1.8	341	82	3	791	19	25	28	27	1.99
16320864--16320922	27	2.2	27	81	6	66	54	6	13	25	1.64
16321387--16321816	184	2.3	183	80	4	497	22	24	29	24	1.99
16321941--16321993	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
16322586--16323032	184	2.4	186	82	3	499	19	28	28	23	1.98
16323187--16323239	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
16324389--16324441	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
16325124--16325176	26	2.0	26	89	7	81	32	26	15	26	1.95
16325467--16325519	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16326185--16326237	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
16326687--16326737	26	2.0	26	96	0	93	27	27	19	25	1.99
16327033--16327107	26	2.9	26	92	4	125	24	24	18	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16327212--16327264	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
16327238--16327738	159	3.2	156	73	8	449	19	26	29	24	1.98
16327557--16327921	183	2.0	183	81	3	430	21	27	27	23	1.99
16327189--16328788	499	3.2	494	81	5	1730	21	26	27	23	1.99
16328212--16328263	26	2.0	25	85	3	68	30	21	19	28	1.97
16328725--16328776	26	2.0	26	88	7	79	30	23	17	28	1.97
16328934--16328986	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16328960--16329302	159	2.2	156	78	6	361	20	27	27	23	1.99
16329275--16329334	26	2.4	26	83	5	79	26	28	21	23	1.99
16330948--16331000	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
16332246--16332298	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16332760--16332812	26	2.0	26	85	0	70	30	26	18	24	1.98
16333800--16333852	26	2.0	26	96	0	97	30	24	16	28	1.97
16333984--16334036	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16333771--16334221	184	2.5	184	86	1	618	21	28	26	23	1.99
16334168--16334220	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16340524--16340576	26	2.0	26	86	13	74	28	24	20	26	1.99
16341062--16341114	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16341811--16342312	158	3.2	154	75	7	461	20	26	28	24	1.99
16343044--16343545	158	3.2	155	75	7	454	20	25	28	24	1.99
16344230--16344279	26	1.9	26	88	8	75	26	26	18	30	1.98
16344725--16344777	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16344935--16344987	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16346340--16346391	26	2.0	25	85	3	68	30	19	19	30	1.96
16347051--16347103	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
16347176--16347580	158	2.6	158	75	7	390	17	28	29	24	1.97
16347552--16347604	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
16347395--16347947	184	3.0	184	82	2	628	19	26	30	23	1.98
16347736--16347788	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16348079--16348131	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
16349742--16349794	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16349533--16349953	184	2.3	187	80	5	487	21	24	26	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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