genome.fa.s113.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167938.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_20, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19866354

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   

This is table  32  of  100  ( 11964 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8929775--8929818	21	2.1	21	87	8	63	43	11	9	36	1.72
8930140--8930182	21	2.0	21	81	9	50	23	6	2	67	1.27
8931198--8931231	12	2.8	12	90	0	59	52	20	8	17	1.71
8931517--8931678	86	1.9	87	89	3	256	38	18	6	35	1.77
8936542--8936630	27	3.3	27	68	13	65	39	12	3	44	1.59
8936597--8936863	59	4.6	58	79	6	299	37	12	3	46	1.59
8936540--8936862	60	5.6	57	78	7	289	37	12	3	46	1.59
8938315--8938381	30	2.3	30	94	2	118	26	8	41	22	1.83
8939615--8939765	2	75.5	2	100	0	302	0	0	49	50	1.00
8940334--8940406	37	2.0	37	97	0	137	50	10	4	34	1.57
8945059--8945308	125	2.0	125	96	0	455	51	18	12	17	1.76
8947430--8947528	51	1.9	51	97	0	189	41	16	16	26	1.88
8947566--8947600	18	1.9	18	100	0	70	51	8	5	34	1.56
8954338--8954366	15	2.0	15	93	6	51	48	0	0	51	1.00
8955245--8955321	35	2.2	35	83	0	91	38	6	18	36	1.76
8960158--8960234	26	3.0	26	70	14	77	42	5	10	41	1.61
8960367--8960400	13	2.6	13	85	0	50	52	20	2	23	1.60
8959739--8960464	364	2.0	369	86	3	1020	40	11	11	36	1.77
8962809--8962851	21	2.0	21	86	0	59	27	9	20	41	1.83
8971915--8972050	68	2.0	68	98	0	263	34	10	9	45	1.71
8972155--8972339	48	3.8	49	75	9	157	28	15	4	51	1.64
8972174--8972339	49	3.4	48	82	8	203	28	15	4	51	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8972177--8972362	96	1.9	95	86	7	261	30	13	4	51	1.61
8972175--8972371	48	4.1	47	76	11	161	29	14	4	51	1.61
8972620--8972656	19	1.9	19	94	0	65	29	2	0	67	1.04
8976167--8976206	7	5.6	7	84	3	53	75	0	0	25	0.81
8976171--8976206	14	2.6	14	100	0	72	77	0	0	22	0.76
8976161--8976205	21	2.1	21	87	4	63	75	0	0	24	0.80
8976198--8976412	118	1.8	118	87	6	319	45	6	13	34	1.69
8976198--8976415	58	3.7	60	88	7	306	44	6	12	35	1.69
8981239--8981301	8	7.6	8	73	19	58	73	0	15	11	1.10
8981256--8981297	9	4.3	10	79	14	52	76	0	16	7	1.00
8981249--8981289	19	2.2	18	91	4	64	78	0	14	7	0.96
8981249--8981301	17	3.0	17	86	5	70	73	0	16	9	1.08
8982714--8982819	43	2.5	42	80	10	124	35	12	17	33	1.88
8983092--8983249	41	3.8	41	80	5	176	24	15	18	41	1.89
8983224--8983271	23	2.0	24	92	4	80	20	16	20	41	1.90
8983187--8983314	64	2.0	65	90	1	204	27	14	19	38	1.91
8983157--8983356	106	1.9	107	91	1	330	26	16	20	38	1.92
8983248--8983612	42	8.8	41	86	4	475	25	15	21	37	1.93
8983248--8983612	83	4.4	83	84	5	470	25	15	21	37	1.93
8983631--8983681	5	10.6	5	82	16	54	84	9	3	1	0.83
8983631--8983684	19	2.8	19	86	10	67	85	9	3	1	0.80
8983631--8983681	24	2.1	24	89	7	77	84	9	3	1	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8986272--8986658	58	6.7	58	81	13	437	43	5	11	38	1.66
8986465--8986658	60	3.3	60	81	9	220	44	5	11	37	1.65
8993335--8993408	23	3.1	23	73	22	55	36	2	8	52	1.45
8999876--8999904	14	2.1	14	100	0	58	20	13	20	44	1.85
9000595--9000620	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
9000902--9000957	24	2.3	24	78	6	60	25	1	3	69	1.14
9002139--9002181	18	2.2	20	92	8	72	51	0	2	46	1.13
9004222--9004251	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
9006428--9006667	122	2.0	121	85	4	322	40	7	0	51	1.36
9008218--9008251	12	2.8	12	86	4	50	11	11	0	76	1.02
9008288--9008332	22	2.0	22	83	8	56	33	4	0	62	1.15
9009422--9009480	25	2.4	25	78	13	59	33	1	5	59	1.29
9009442--9009502	24	2.6	24	82	7	72	39	0	1	59	1.08
9009464--9009533	36	1.9	36	82	5	88	34	1	2	61	1.20
9012076--9012143	27	2.5	27	86	9	86	52	0	2	44	1.16
9017683--9017713	14	2.1	15	94	5	55	48	0	9	41	1.36
9017679--9017726	24	2.0	24	88	11	73	45	0	6	47	1.27
9017751--9017794	22	2.0	23	86	13	65	52	0	9	38	1.33
9017845--9017897	23	2.3	23	81	12	63	41	0	1	56	1.10
9018593--9018635	21	2.2	19	87	8	59	51	0	0	48	1.00
9019995--9020037	5	8.6	5	82	10	52	0	0	18	81	0.69
9019995--9020037	14	2.9	15	82	10	52	0	0	18	81	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9022028--9022071	22	2.0	23	90	4	72	59	4	6	29	1.44
9022181--9022498	28	11.2	28	70	20	139	56	1	1	40	1.20
9022298--9022331	6	5.5	6	86	6	50	55	0	0	44	0.99
9022300--9022397	50	2.0	47	73	21	62	57	2	0	40	1.10
9022295--9022381	23	3.7	23	80	10	88	57	2	0	40	1.11
9022321--9022401	23	3.5	23	81	8	85	58	2	0	39	1.12
9022295--9022541	58	4.5	56	70	16	153	57	2	2	38	1.22
9022181--9022540	13	27.8	13	68	23	160	56	1	2	39	1.23
9022482--9022551	36	2.0	35	85	2	95	60	1	5	32	1.29
9022509--9022555	19	2.2	23	85	14	66	63	0	6	29	1.19
9022572--9022639	19	3.6	20	79	11	65	44	0	0	55	0.99
9022569--9022638	18	3.8	19	70	22	51	42	0	0	57	0.99
9022590--9022693	16	6.6	16	71	21	69	49	0	0	50	1.00
9022631--9022701	25	2.8	25	89	8	108	49	0	0	50	1.00
9022631--9022701	9	8.2	9	72	20	62	49	0	0	50	1.00
9022631--9022701	26	2.8	26	91	4	110	49	0	0	50	1.00
9030904--9030934	15	2.1	15	93	0	53	41	19	9	29	1.83
9031382--9031439	24	2.4	25	85	8	75	36	15	5	43	1.69
9031392--9031465	35	2.1	34	90	2	112	39	14	4	41	1.65
9031425--9031552	48	2.6	48	88	1	193	37	17	5	39	1.73
9031434--9031559	24	5.3	24	86	3	166	36	15	4	42	1.69
9032034--9032185	79	1.9	79	89	2	234	32	24	7	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9032785--9032834	24	2.0	24	92	3	82	10	22	0	68	1.19
9032785--9032855	24	2.7	25	85	12	81	9	19	0	70	1.15
9035745--9035903	13	13.4	12	67	20	50	55	3	0	40	1.23
9035755--9035802	13	3.6	13	78	15	53	56	4	0	39	1.19
9035740--9035804	15	4.5	15	76	18	66	56	3	0	40	1.15
9035755--9035805	12	3.9	13	76	16	52	54	3	0	41	1.19
9035857--9036033	13	12.6	14	67	22	63	55	3	1	38	1.28
9035836--9035907	36	2.0	35	89	2	108	58	4	0	37	1.18
9035854--9035923	23	2.8	23	73	18	61	58	2	0	38	1.13
9035958--9036055	18	5.8	16	70	23	60	57	2	4	36	1.30
9035962--9036054	13	6.9	13	70	23	59	55	2	4	37	1.31
9035996--9036065	36	2.0	35	88	2	104	58	0	5	35	1.22
9036086--9036155	18	3.8	18	72	16	56	45	1	0	52	1.09
9036101--9036180	18	4.9	15	71	19	54	47	2	0	50	1.14
9036103--9036169	18	3.9	18	79	14	79	47	0	0	52	1.00
9036095--9036179	16	5.1	16	72	13	57	48	3	0	48	1.18
9036151--9036214	26	2.5	26	80	9	78	48	4	0	46	1.23
9042595--9042688	45	2.1	44	84	3	118	19	9	8	62	1.50
9044069--9044093	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
9044850--9044896	24	2.0	24	91	4	78	40	12	4	42	1.63
9044864--9044935	35	2.1	35	91	0	117	43	13	4	38	1.64
9044899--9045022	24	5.2	24	88	3	196	38	16	5	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9045143--9045206	23	2.8	23	82	0	74	34	14	4	46	1.65
9046271--9046329	14	4.0	14	73	23	50	10	16	0	72	1.10
9049230--9049277	13	3.6	13	78	15	53	56	4	0	39	1.19
9049230--9049280	12	3.9	13	76	16	52	54	3	0	41	1.19
9049202--9049505	15	20.9	15	68	19	112	56	3	1	37	1.29
9049344--9049390	23	2.1	22	92	4	76	59	2	0	38	1.09
9049454--9049528	13	5.9	13	73	16	59	56	2	4	37	1.32
9049309--9049528	36	6.2	35	72	18	143	56	3	2	37	1.31
9049470--9049539	36	2.0	35	88	2	104	58	0	5	35	1.22
9049560--9049642	19	4.8	18	75	12	68	46	0	0	53	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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