genome.fa.s113.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167938.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_20, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19866354

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--2393	180	13.4	179	75	7	1818	40	8	9	40	1.69
1--2393	181	13.4	179	75	8	1772	40	8	9	40	1.69
807--2413	182	9.0	181	76	6	1282	40	8	9	41	1.68
26--2393	709	3.3	704	76	7	2141	40	8	9	40	1.69
2291--2513	120	1.9	119	86	2	322	45	7	13	33	1.72
3313--3641	180	1.8	181	82	4	423	43	9	6	40	1.62
5467--5776	168	1.8	169	81	9	382	41	10	6	42	1.63
5637--6535	178	5.0	178	74	10	572	41	10	8	40	1.69
6592--6893	159	1.9	159	80	10	350	40	8	10	41	1.69
6721--11783	181	28.3	181	74	8	3212	40	10	8	40	1.70
6721--24309	538	32.5	535	69	12	5597	41	9	8	40	1.68
6721--11783	357	14.1	357	73	9	2203	40	10	8	40	1.70
8624--8928	165	1.8	168	81	7	379	43	10	5	40	1.63
9236--11487	719	3.1	715	77	6	1770	40	10	8	39	1.70
11645--11931	153	1.9	154	80	3	346	38	11	8	41	1.73
12064--12125	27	2.3	27	91	2	108	40	6	9	43	1.63
12117--12177	29	2.1	29	96	3	115	42	3	9	44	1.54
12336--22431	180	56.4	179	74	8	5750	41	9	8	40	1.68
18192--22433	179	23.6	179	73	9	2405	41	9	8	40	1.67
22357--22513	82	1.9	82	86	2	226	40	8	6	44	1.60
22439--23811	181	7.6	180	76	7	975	41	9	8	40	1.66
22447--24179	341	4.9	356	75	9	1087	42	9	7	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23889--24309	181	2.3	179	82	6	501	43	9	7	38	1.67
24439--25094	361	1.8	361	80	5	797	39	10	8	40	1.70
24324--25101	181	4.3	178	77	6	672	39	11	8	40	1.71
24847--25387	286	1.9	286	82	6	684	38	10	8	42	1.69
25878--25922	20	2.3	18	85	11	54	31	8	11	48	1.69
25982--27849	180	10.5	178	71	13	433	41	9	8	40	1.67
26696--28642	357	5.5	356	76	9	1300	42	9	8	40	1.67
27244--27277	17	2.0	17	88	0	50	35	8	0	55	1.31
26573--28766	177	12.3	177	75	10	1420	41	9	8	40	1.67
28173--28762	183	3.3	178	79	9	603	41	10	9	39	1.71
28997--29041	14	3.1	15	84	12	58	84	0	11	4	0.76
30157--30204	22	2.2	22	81	7	53	37	12	20	29	1.90
30718--31051	41	8.1	41	89	2	472	24	17	21	35	1.95
30718--31051	83	4.0	81	88	3	461	24	17	21	35	1.95
30718--31051	124	2.7	124	87	3	469	24	17	21	35	1.95
31058--31087	8	3.8	8	100	0	60	90	10	0	0	0.47
31099--31339	127	1.9	129	91	3	398	46	11	16	25	1.80
31302--31340	14	2.7	14	88	4	51	76	5	12	5	1.11
31503--31559	22	2.6	22	83	5	71	17	7	1	73	1.14
33515--33558	5	8.8	5	81	18	56	18	0	0	81	0.68
33501--33548	21	2.3	21	85	7	62	18	2	2	77	0.97
33512--33560	9	5.6	9	75	4	55	16	0	0	83	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33512--33559	20	2.4	19	86	13	69	16	0	0	83	0.65
33567--33795	59	3.9	56	80	8	253	43	7	13	35	1.72
33645--33736	27	3.2	27	68	19	78	45	5	10	38	1.62
34551--48282	181	75.6	179	69	12	3380	40	8	9	41	1.68
34551--36666	180	11.8	181	75	7	847	40	8	9	42	1.67
34587--36666	540	3.9	538	75	6	1708	40	8	9	42	1.67
37244--37276	18	1.9	17	88	11	50	48	3	6	42	1.43
37140--41470	360	12.1	357	74	10	1874	40	7	9	42	1.67
36797--88619	719	71.8	714	69	13	12873	40	8	9	41	1.68
36798--48282	181	63.7	181	73	9	5987	40	8	9	41	1.68
41459--41491	16	2.1	16	88	11	50	33	9	6	51	1.58
41516--42343	358	2.3	358	79	5	858	40	7	8	43	1.63
43721--53891	181	56.8	178	73	10	784	40	8	9	41	1.69
44525--52380	181	43.9	167	69	16	1344	39	8	10	41	1.69
48326--53919	181	31.2	180	75	6	3610	40	8	9	41	1.69
48325--53919	361	15.6	359	74	8	3677	40	8	9	41	1.69
53123--53165	23	1.9	23	85	4	61	34	2	2	60	1.22
53801--54069	135	2.0	130	80	9	294	40	10	7	40	1.69
53931--54708	180	4.4	178	75	6	608	40	8	8	42	1.67
55547--55640	46	2.0	46	97	0	179	34	13	12	39	1.83
55593--59218	181	20.1	181	75	8	2475	39	8	9	42	1.68
55593--59246	357	10.1	356	75	8	2454	39	8	9	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58886--58918	17	1.9	17	100	0	66	48	3	6	42	1.43
58903--59246	182	1.9	182	80	5	408	37	7	12	42	1.70
59245--60789	180	8.7	179	75	10	1051	40	7	10	41	1.67
59274--62640	361	9.5	358	72	11	1337	40	8	10	41	1.68
60280--60609	164	2.0	164	83	1	419	42	7	7	42	1.62
60445--60859	181	2.3	182	77	6	423	39	7	9	43	1.66
60883--61850	181	5.4	175	76	9	685	40	8	10	40	1.69
60883--62654	179	9.9	179	74	7	1191	40	8	10	40	1.69
62796--63298	180	2.8	177	77	9	466	39	6	9	44	1.63
63384--64157	191	4.3	178	79	9	708	40	7	9	42	1.65
64360--80959	181	91.3	180	68	13	3727	39	8	10	41	1.69
64474--70405	539	11.0	537	73	10	1941	40	8	9	41	1.68
65782--70405	361	12.9	357	73	10	2726	40	8	9	41	1.68
70272--70556	147	1.9	147	79	6	317	41	7	11	40	1.68
70512--86703	540	30.0	540	71	11	4235	39	8	10	41	1.69
73761--73941	94	1.9	94	82	2	229	37	8	11	41	1.73
73865--80959	181	39.6	181	73	8	3976	39	8	10	41	1.69
74105--88602	899	16.3	878	71	12	3725	40	8	9	41	1.68
74105--86703	181	70.5	179	72	9	1973	40	8	10	41	1.69
76562--76594	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
73852--88684	718	20.8	711	71	11	5605	40	8	9	41	1.68
77335--77774	169	2.5	169	78	8	404	38	7	10	43	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73928--86665	540	23.8	538	74	9	6784	40	8	10	41	1.69
78267--80714	180	13.7	175	72	10	760	40	8	9	41	1.68
81147--81246	46	2.2	46	80	7	105	46	8	12	34	1.70
81296--86728	181	30.5	181	74	8	3647	40	8	10	41	1.69
83160--83211	18	2.9	18	72	13	54	44	5	11	38	1.65
84709--85007	166	1.8	162	80	8	363	37	9	12	40	1.76
85541--85585	19	2.4	19	82	17	58	33	2	2	62	1.20
81296--86663	535	10.0	530	74	10	2038	40	8	10	41	1.68
86615--86866	139	1.8	136	83	5	328	42	7	9	41	1.64
86827--88602	181	9.9	179	73	9	742	41	8	9	41	1.66
86833--88618	357	5.0	360	74	9	883	41	8	9	41	1.67
88745--89683	181	5.2	180	77	4	813	41	8	9	40	1.68
89707--89746	21	2.0	20	85	9	55	47	2	0	50	1.14
89165--89834	362	1.9	360	79	3	763	41	7	9	41	1.65
90743--91531	169	4.7	164	74	11	469	41	7	7	42	1.63
91713--92595	180	4.9	180	80	5	867	40	7	9	42	1.66
91765--92595	361	2.3	359	81	5	912	40	7	9	42	1.65
92612--94130	181	8.4	178	72	11	575	39	8	9	42	1.67
93107--93151	18	2.5	18	85	0	63	40	11	8	40	1.72
93125--94094	181	5.5	176	73	12	681	38	8	10	43	1.69
93125--94130	526	1.9	534	83	5	1279	38	7	10	43	1.68
93421--94075	356	1.8	358	82	5	842	38	8	10	42	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94129--95519	181	7.7	180	72	9	878	42	9	7	39	1.67
95391--95831	146	3.0	145	80	6	491	41	10	8	39	1.70
96937--97182	139	1.8	132	81	7	296	45	8	8	36	1.65
97076--102154	181	28.5	174	73	11	1558	42	9	7	40	1.67
97047--99366	181	12.9	181	77	5	1899	42	9	8	39	1.68
99138--99185	16	2.7	18	81	12	55	41	10	2	45	1.50
97047--102154	360	14.3	362	75	7	3755	42	9	7	40	1.67
99381--102142	181	15.5	181	76	8	2063	42	9	7	40	1.66
97047--102154	539	9.6	540	75	9	3214	42	9	7	40	1.67
105689--105723	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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