genome.fa.s113.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167938.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_20, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19866354

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   

This is table  9  of  100  ( 11964 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2287964--2288057	18	5.2	18	70	20	70	56	1	1	41	1.13
2287970--2288072	21	5.0	21	72	13	90	55	0	0	42	1.13
2288008--2288074	23	3.0	23	82	8	84	53	1	0	44	1.09
2287987--2288074	15	5.9	15	73	16	67	54	1	1	43	1.15
2288109--2288147	19	2.1	19	85	9	53	48	2	0	48	1.15
2288137--2288200	16	3.9	16	74	10	58	45	0	1	53	1.10
2288163--2288234	25	2.8	26	87	4	103	45	0	1	52	1.09
2288360--2288389	14	2.1	14	93	0	51	43	0	0	56	0.99
2292563--2292609	25	1.9	25	83	12	62	65	4	2	27	1.22
2292791--2292824	3	11.3	3	100	0	68	64	0	35	0	0.94
2293611--2293661	22	2.3	23	82	3	59	54	0	3	41	1.19
2298604--2298649	15	3.1	14	87	6	56	82	2	6	8	0.91
2298603--2298649	21	2.2	21	81	7	60	80	4	6	8	1.00
2299000--2299036	7	5.1	7	90	6	56	83	0	2	13	0.74
2298990--2299031	14	2.9	14	89	3	57	78	0	9	11	0.96
2300628--2300657	4	7.5	4	92	0	51	23	3	0	73	0.98
2300930--2301038	49	2.2	49	80	6	123	58	8	7	25	1.53
2301020--2301054	14	2.5	14	90	0	52	74	0	2	22	0.95
2301636--2301706	36	1.9	38	88	5	110	50	4	0	45	1.21
2301697--2301749	27	2.0	26	82	10	63	33	3	1	60	1.26
2302810--2302875	31	2.1	31	97	0	123	50	0	4	45	1.22
2304404--2304428	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2307301--2307354	26	2.1	25	83	10	65	59	0	5	35	1.21
2310986--2311033	21	2.3	21	92	3	80	56	8	14	20	1.64
2316152--2316220	15	4.5	15	77	12	68	57	4	34	2	1.33
2316152--2316211	15	3.8	16	79	12	70	56	5	35	3	1.37
2318177--2318225	20	2.5	19	76	3	53	61	0	0	38	0.96
2318344--2318378	14	2.4	14	90	4	52	42	0	8	48	1.33
2318558--2318653	30	3.4	28	73	24	94	55	1	0	43	1.06
2318599--2318654	8	7.5	8	76	15	57	53	1	0	44	1.11
2318558--2318644	29	2.9	31	83	12	103	54	1	0	44	1.07
2318604--2318654	23	2.3	23	93	6	88	54	0	0	45	0.99
2318563--2318646	19	4.3	19	69	20	66	53	1	0	45	1.08
2318617--2318660	23	1.9	23	90	0	70	61	0	0	38	0.96
2318618--2318667	9	4.9	10	73	22	50	64	0	0	36	0.94
2318681--2318726	19	2.4	19	85	7	58	43	2	0	54	1.12
2318746--2318804	25	2.3	26	88	11	88	54	0	0	45	0.99
2318739--2318803	25	2.8	22	78	15	67	52	0	0	47	1.00
2318879--2318929	23	2.1	25	85	7	70	52	5	0	41	1.25
2319664--2319688	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2320968--2320994	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2324536--2324575	20	2.0	21	85	9	57	60	2	2	35	1.24
2325159--2325224	31	2.1	31	91	0	105	50	3	3	43	1.33
2325204--2325244	20	2.0	21	85	4	57	48	0	2	48	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2325934--2325973	20	2.0	21	85	5	55	65	2	2	30	1.19
2327076--2327116	18	2.3	18	86	0	55	39	12	4	43	1.63
2327176--2327237	23	2.7	24	76	18	69	50	0	8	41	1.32
2327646--2327720	32	2.4	32	84	2	89	44	1	1	53	1.17
2330615--2330648	16	2.1	17	88	5	52	67	0	8	23	1.18
2330789--2330845	28	2.0	30	82	6	73	54	1	5	38	1.33
2330737--2331327	232	2.6	229	83	7	725	43	3	10	42	1.56
2331445--2331508	33	2.0	31	85	11	85	48	0	1	50	1.10
2331611--2331642	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
2354244--2354276	8	4.1	8	85	14	50	87	0	12	0	0.53
2354244--2354276	15	2.1	16	94	5	59	87	0	12	0	0.53
2359845--2359880	18	2.0	18	100	0	72	33	11	33	22	1.89
2367132--2367221	45	2.0	45	97	0	171	31	16	15	36	1.90
2367145--2367217	22	3.3	22	64	11	58	34	15	16	34	1.90
2380258--2380750	252	2.0	246	89	5	764	30	19	21	27	1.98
2389366--2389416	25	2.0	25	100	0	102	19	29	19	31	1.97
2397212--2397252	6	6.8	6	88	0	64	17	34	2	46	1.61
2401628--2401661	14	2.3	15	90	10	52	32	0	5	61	1.20
2401619--2401673	26	2.3	23	78	9	56	34	1	5	58	1.32
2406326--2406381	23	2.3	26	75	12	64	0	8	19	71	1.12
2418520--2418601	43	1.9	43	94	0	146	31	12	15	40	1.85
2420278--2420311	10	3.4	10	91	0	50	2	8	5	82	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2422335--2422592	141	1.8	142	93	2	448	24	13	21	40	1.89
2432371--2432418	23	2.1	23	88	0	69	50	2	2	45	1.25
2432767--2432814	22	2.1	23	85	11	64	37	0	0	62	0.95
2434788--2434829	21	2.0	21	85	0	57	57	21	0	21	1.41
2453556--2453594	12	3.2	12	89	10	53	61	0	0	38	0.96
2458357--2458401	22	2.0	22	87	8	65	51	6	0	42	1.28
2460325--2460702	189	2.0	189	99	0	747	24	14	21	40	1.90
2464844--2464910	35	1.9	34	82	8	82	47	0	7	44	1.31
2464962--2465010	18	2.6	21	72	24	54	57	0	0	42	0.99
2473037--2473070	17	2.1	16	88	5	50	47	5	0	47	1.26
2478698--2478739	21	2.0	22	85	4	59	35	0	0	64	0.94
2478710--2478753	22	2.0	23	86	4	63	31	0	0	68	0.90
2481512--2481551	21	1.9	21	89	0	62	12	5	5	77	1.09
2481957--2482017	28	2.2	28	80	11	72	39	8	1	50	1.42
2481972--2482195	109	2.1	109	100	0	448	46	6	5	41	1.53
2489256--2489297	8	5.4	8	83	11	52	61	2	0	35	1.09
2490510--2490561	28	2.0	26	88	11	79	34	3	3	57	1.35
2503010--2503036	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2513924--2513949	7	3.7	7	100	0	52	46	0	0	53	1.00
2537774--2537803	2	15.0	2	92	0	51	53	0	46	0	1.00
2537912--2537982	28	2.4	29	81	9	81	47	0	2	49	1.16
2538001--2538082	18	4.9	18	71	19	70	56	1	0	42	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2538016--2538078	31	2.2	30	86	11	87	55	1	0	42	1.09
2538047--2538112	26	2.5	26	80	2	69	50	1	0	48	1.10
2546244--2546271	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2552799--2552845	18	2.7	17	77	6	58	48	0	2	48	1.13
2557407--2557463	18	3.1	18	75	10	53	38	0	3	57	1.16
2557401--2557495	31	3.1	31	74	15	81	47	0	2	50	1.13
2557889--2557950	16	3.8	16	77	10	63	59	0	0	40	0.97
2557894--2557950	8	6.8	9	77	16	52	61	0	0	38	0.96
2557897--2557952	12	4.8	12	80	8	62	58	0	0	41	0.98
2563059--2563114	24	2.3	25	84	9	80	30	39	16	14	1.88
2565592--2565653	28	2.2	29	83	13	76	41	1	1	54	1.19
2566395--2566482	42	2.0	45	80	8	103	57	0	0	42	0.98
2588339--2588383	21	2.1	22	88	12	67	57	2	2	37	1.23
2588344--2588409	26	2.5	27	83	14	84	56	1	4	37	1.29
2588485--2588528	19	2.3	19	84	7	63	54	2	4	38	1.33
2588661--2588707	24	1.9	25	86	4	69	44	8	4	42	1.54
2591477--2591518	21	2.0	20	90	4	66	42	0	0	57	0.99
2591470--2591519	20	2.7	18	82	17	66	48	0	0	52	1.00
2591506--2591549	16	2.7	16	82	3	52	61	0	0	38	0.96
2591485--2591558	30	2.5	29	76	8	78	56	0	0	43	0.99
2596894--2596932	19	2.1	18	85	4	51	30	0	7	61	1.24
2597195--2597228	15	2.2	16	89	5	52	23	0	0	76	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2597207--2597247	12	3.6	12	80	6	50	29	2	2	65	1.18
2602678--2602721	5	9.6	5	76	18	51	65	0	0	34	0.93
2602669--2602717	13	3.8	13	86	2	64	65	0	0	34	0.93
2602669--2602726	23	2.4	25	85	5	84	63	0	0	36	0.94
2602713--2602822	30	3.1	37	67	18	108	50	0	0	48	1.07
2602722--2602762	21	2.0	21	85	4	57	56	0	0	43	0.99
2604179--2604211	16	2.1	16	88	11	50	27	0	3	69	1.03
2607150--2607196	5	9.6	5	88	4	51	0	87	0	12	0.55
2618871--2618903	16	2.0	17	88	5	50	75	0	6	18	1.00
2623052--2623097	2	23.0	2	100	0	92	50	0	50	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          97   98   99   100