genome.fa.s168.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167993.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_25, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  17943224

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   

This is table  12  of  100  ( 11983 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2295817--2295852	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
2300255--2300311	23	2.6	21	72	8	51	45	3	0	50	1.18
2300670--2300703	13	2.6	13	80	0	50	17	5	0	76	0.98
2307453--2307492	16	2.5	16	79	0	53	77	7	7	7	1.13
2310352--2310395	12	3.8	11	85	8	61	38	2	11	47	1.52
2315361--2315418	4	14.5	4	92	0	71	0	55	1	43	1.10
2316147--2316398	120	2.1	120	98	0	486	24	19	15	41	1.89
2323783--2323938	52	3.0	52	83	3	172	28	19	7	45	1.76
2324237--2324290	25	2.1	26	83	10	67	22	33	3	40	1.71
2324270--2324361	25	3.8	24	73	4	85	19	33	8	38	1.83
2324860--2324983	52	2.5	50	81	6	160	29	20	8	41	1.81
2324860--2325013	52	3.0	52	81	8	156	27	20	7	44	1.79
2328321--2328418	26	3.6	27	73	18	71	41	2	1	55	1.18
2330996--2331037	19	2.2	19	91	8	68	71	0	0	28	0.86
2342394--2342424	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2353476--2353537	31	2.0	31	90	0	97	30	27	16	25	1.96
2362311--2362417	34	3.1	34	79	0	124	21	20	17	40	1.92
2369544--2369577	14	2.4	14	100	0	68	58	5	0	35	1.22
2373475--2373507	16	2.1	16	94	0	57	42	15	0	42	1.46
2379877--2379930	27	1.9	27	82	14	65	35	3	16	44	1.66
2385852--2385898	22	2.1	22	88	7	69	44	0	2	53	1.12
2392846--2392890	20	2.3	20	85	11	58	35	2	13	48	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2397436--2397482	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
2401843--2401887	20	2.3	20	85	11	58	35	2	13	48	1.54
2406544--2406578	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2411916--2412147	117	2.0	117	95	0	419	29	18	15	36	1.92
2413660--2413684	12	2.1	12	100	0	50	60	16	16	8	1.58
2416079--2416185	30	3.7	29	82	8	121	39	2	3	54	1.33
2416225--2416287	29	2.2	29	85	0	81	55	4	3	36	1.37
2416679--2416712	11	3.1	11	86	0	50	47	14	8	29	1.75
2424953--2425008	2	28.5	2	85	3	78	48	3	1	46	1.30
2437302--2437376	6	12.5	6	89	0	78	50	10	0	38	1.37
2437306--2437376	4	17.8	4	88	0	79	50	9	0	39	1.36
2442551--2442690	70	2.0	70	83	5	176	27	16	20	35	1.94
2452450--2452485	17	2.2	17	90	5	56	41	5	5	47	1.50
2455448--2455562	33	3.3	33	68	19	97	46	2	0	50	1.21
2456472--2456513	19	2.3	18	88	8	66	33	0	0	66	0.92
2466805--2466834	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2476512--2476572	30	2.0	30	96	0	113	18	6	27	47	1.73
2477371--2477407	19	1.9	19	94	0	65	59	8	16	16	1.59
2478416--2478467	19	2.8	18	78	13	61	11	3	7	76	1.12
2478416--2478461	13	3.7	13	80	8	51	13	2	6	78	1.04
2478986--2479020	18	1.9	18	88	0	52	54	8	0	37	1.31
2480399--2480437	19	2.1	19	85	0	51	23	25	10	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2480743--2480798	25	2.3	23	82	8	67	32	0	1	66	1.03
2480855--2480911	30	1.9	30	85	0	78	52	1	0	45	1.11
2485139--2485181	22	2.0	22	86	13	63	51	0	2	46	1.13
2487408--2487474	32	2.1	32	86	5	91	47	1	7	43	1.40
2489801--2489852	19	2.7	20	75	3	52	53	0	5	40	1.25
2491657--2491691	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
2518258--2518312	23	2.4	24	78	6	60	45	3	3	47	1.38
2525970--2526050	21	3.8	22	75	16	64	69	20	0	9	1.17
2527025--2527128	35	3.0	33	72	13	93	41	2	16	39	1.63
2527027--2527130	34	3.0	35	75	9	106	41	3	16	38	1.66
2531967--2531998	17	1.9	17	93	6	57	34	0	6	59	1.23
2536382--2536554	86	2.0	86	90	0	274	32	12	15	39	1.84
2537187--2537217	15	2.0	16	93	6	55	64	0	0	35	0.94
2537772--2537844	33	2.2	34	80	11	80	68	4	5	21	1.27
2538092--2538145	21	2.5	22	82	8	67	46	1	5	46	1.37
2538977--2539010	17	2.1	16	88	5	50	44	0	0	55	0.99
2539051--2539121	33	2.2	33	86	0	97	28	7	12	52	1.65
2539306--2539332	10	2.7	10	100	0	54	44	0	0	55	0.99
2539899--2539970	33	2.2	33	92	0	117	48	1	4	45	1.30
2541718--2542124	217	1.9	216	83	4	539	57	6	8	27	1.53
2542107--2542152	20	2.3	20	81	7	58	58	6	2	32	1.36
2542196--2542249	21	2.5	22	79	8	58	40	3	5	50	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2543674--2543939	30	9.1	27	68	18	115	22	0	27	49	1.55
2543709--2543795	28	3.0	29	70	13	79	19	0	28	51	1.47
2543673--2543822	58	2.6	58	84	1	201	22	0	25	51	1.53
2543738--2543925	88	2.1	88	80	4	211	22	1	27	48	1.57
2544022--2544078	14	4.0	14	75	4	51	28	1	22	47	1.61
2544008--2544072	29	2.3	28	78	2	76	27	1	23	47	1.60
2544412--2544458	19	2.5	18	80	10	58	23	4	0	72	1.02
2545518--2545555	10	3.7	10	92	3	58	23	10	42	23	1.85
2545618--2545664	18	2.6	19	83	9	55	29	0	0	70	0.88
2550248--2550334	33	2.7	33	80	3	97	47	4	5	42	1.48
2555920--2555944	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2557629--2557655	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
2559117--2559147	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
2559747--2560040	144	2.0	144	99	0	579	48	4	4	42	1.43
2559782--2560098	144	2.2	141	86	4	386	49	4	4	41	1.44
2560559--2560585	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2562372--2562412	20	2.0	20	85	9	55	73	0	4	21	1.02
2562391--2562419	13	2.1	14	93	6	51	68	0	6	24	1.13
2563294--2563332	10	3.9	10	82	0	51	48	0	2	48	1.15
2563879--2564009	63	2.1	63	100	0	262	35	4	29	29	1.78
2564476--2564580	50	2.1	50	82	3	122	36	10	34	19	1.86
2567772--2567811	18	2.2	19	86	4	55	15	10	7	67	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2568191--2568281	24	3.8	24	81	8	87	16	0	8	74	1.05
2568199--2568233	15	2.2	16	90	5	54	11	0	11	77	1.00
2568189--2568242	8	6.4	9	83	14	55	11	0	11	77	0.99
2568190--2568262	32	2.3	32	81	11	87	13	0	9	76	1.01
2569108--2570932	509	3.5	507	89	6	2458	44	11	5	38	1.64
2575761--2575816	16	3.5	16	73	7	51	62	1	1	33	1.16
2579922--2579978	30	1.9	30	92	7	98	56	1	8	33	1.41
2580804--2580914	8	13.4	8	75	11	89	51	20	0	27	1.54
2580785--2580901	25	4.7	25	71	11	71	47	23	1	27	1.61
2580834--2580914	17	4.8	17	80	8	94	48	22	1	28	1.58
2580778--2580914	50	2.7	49	81	7	150	50	21	1	27	1.57
2581085--2581149	29	2.2	28	83	5	76	52	27	1	18	1.54
2581122--2581185	15	4.3	15	70	4	58	53	23	1	21	1.55
2581085--2581170	29	3.0	28	79	3	73	51	25	2	20	1.60
2582415--2582448	15	2.3	15	90	5	52	26	11	0	61	1.30
2585292--2585324	14	2.4	14	90	10	50	66	0	0	33	0.92
2584170--2587624	506	6.7	510	90	5	5080	43	11	5	38	1.66
2586914--2586982	32	2.1	32	86	5	93	52	4	1	42	1.30
2586929--2586991	32	1.9	33	83	3	83	55	1	1	41	1.19
2590737--2590799	26	2.4	26	84	5	74	15	0	6	77	0.96
2590749--2590802	20	2.7	20	77	16	58	20	0	7	72	1.08
2591066--2591538	48	9.8	49	82	5	475	38	20	10	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2601098--2601481	190	2.0	190	95	1	698	32	17	14	35	1.91
2602302--2602345	23	1.9	23	86	9	63	11	0	13	75	1.06
2603739--2603773	18	1.9	18	88	0	52	28	2	2	65	1.21
2604624--2604667	21	2.1	21	86	0	61	13	9	6	70	1.33
2605051--2605134	24	3.5	24	80	9	82	17	0	8	73	1.07
2605052--2605086	15	2.2	16	90	5	54	11	0	11	77	1.00
2605051--2605113	16	3.9	16	76	14	58	15	0	9	74	1.06
2605961--2610344	998	4.3	1019	93	3	7430	44	11	5	39	1.63
2605961--2610344	508	8.7	508	92	3	7198	44	11	5	39	1.63
2609451--2609513	32	2.0	32	84	6	83	53	4	0	41	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100