genome.fa.s168.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167993.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_25, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  17943224

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   

This is table  48  of  100  ( 11983 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8733152--8733263	26	4.4	24	72	17	59	59	5	0	33	1.26
8739492--8739532	2	20.5	2	89	0	64	4	0	46	48	1.23
8742321--8742400	36	2.2	37	84	6	110	48	7	5	38	1.53
8745063--8745136	37	2.0	38	84	7	98	50	8	8	33	1.62
8745732--8745760	13	2.2	13	100	0	58	41	20	0	37	1.53
8747645--8747715	29	2.4	30	88	4	108	54	1	0	43	1.08
8748569--8748630	30	2.1	30	100	0	124	35	14	9	40	1.79
8750984--8751044	28	2.3	26	82	5	68	60	0	3	36	1.13
8752892--8752939	21	2.4	19	83	13	53	68	0	6	25	1.12
8753085--8753109	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
8755407--8755453	21	2.2	22	81	11	62	38	0	2	59	1.09
8757544--8757581	14	2.7	14	88	8	51	47	0	0	52	1.00
8775017--8775107	30	3.0	30	77	6	78	41	23	19	15	1.89
8778703--8778734	15	2.1	15	100	0	64	37	34	6	21	1.79
8786228--8786281	27	2.1	27	86	6	76	64	1	0	33	1.04
8786249--8786308	22	2.7	21	75	10	57	63	0	5	31	1.16
8787202--8787260	17	3.3	18	83	7	75	49	0	0	50	1.00
8787265--8787320	28	2.0	28	83	13	71	48	1	0	50	1.11
8787673--8787735	27	2.4	26	81	10	83	52	1	0	46	1.10
8789793--8789847	26	2.2	25	96	3	101	34	25	3	36	1.74
8792116--8792142	12	2.2	12	100	0	54	70	0	0	29	0.88
8792096--8792146	16	3.4	16	74	23	56	56	0	1	41	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8793913--8793968	27	2.1	27	100	0	112	32	14	17	35	1.90
8796681--8796736	25	2.2	25	87	0	76	37	3	14	44	1.62
8801442--8801497	19	2.9	19	82	7	78	55	3	1	39	1.28
8801474--8801550	37	2.1	36	83	7	93	62	3	2	31	1.27
8801526--8801576	26	2.0	25	85	11	68	60	1	1	35	1.19
8801538--8801636	19	5.3	19	72	13	80	63	4	1	31	1.19
8801512--8801639	27	5.0	24	69	22	66	60	3	2	33	1.28
8801531--8801638	29	3.9	28	76	13	89	62	3	1	32	1.24
8801540--8801638	18	5.3	18	72	15	60	62	4	1	32	1.20
8801756--8801808	10	5.7	9	79	20	56	56	5	0	37	1.23
8801773--8801808	17	2.1	17	89	5	54	55	5	0	38	1.23
8801822--8801905	18	4.6	17	73	15	71	65	1	3	29	1.17
8801838--8801898	17	3.5	17	72	20	54	68	0	3	27	1.05
8801859--8801933	27	2.8	26	72	13	71	64	2	1	32	1.16
8802064--8802101	18	2.1	18	85	9	51	44	0	2	52	1.14
8808342--8808384	21	2.0	21	82	8	52	30	11	9	48	1.71
8813507--8813545	4	9.8	4	94	0	69	0	28	23	48	1.51
8816111--8816285	94	1.9	94	82	2	226	36	16	21	26	1.94
8818914--8818959	18	2.5	19	78	7	58	67	0	0	32	0.91
8824407--8824448	16	2.7	15	82	17	50	26	0	2	71	0.98
8824403--8824448	19	2.4	19	85	10	58	26	0	2	71	0.97
8824420--8824491	34	2.2	33	85	7	92	29	2	0	68	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8832435--8832467	16	2.1	16	100	0	66	45	0	12	42	1.41
8843359--8845323	358	5.5	356	82	3	2110	37	11	14	36	1.83
8843359--8845323	715	2.8	709	85	3	2471	37	11	14	36	1.83
8853136--8853178	22	2.0	22	81	4	52	55	20	11	11	1.66
8863572--8863602	16	1.9	16	93	0	53	41	22	0	35	1.54
8864263--8864307	18	2.5	18	82	7	56	2	40	4	53	1.33
8867196--8867230	12	2.9	12	91	0	52	60	0	0	40	0.97
8869813--8869875	27	2.3	28	81	10	69	49	1	1	47	1.20
8881974--8882020	24	2.0	24	82	0	58	36	6	10	46	1.64
8882472--8882496	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
8883698--8883746	25	2.0	25	87	0	71	22	28	20	28	1.98
8885245--8885283	20	2.0	20	85	5	53	35	7	10	46	1.67
8892600--8892667	32	2.1	32	91	0	109	33	11	14	39	1.83
8892653--8892779	68	1.9	68	86	3	184	36	5	14	43	1.69
8893305--8893339	15	2.3	15	90	0	52	17	5	11	65	1.43
8894086--8894121	18	2.0	18	88	0	54	50	5	11	33	1.61
8895074--8895145	29	2.4	30	79	6	76	40	6	0	52	1.28
8900499--8900546	23	2.1	25	81	14	59	33	8	12	45	1.72
8908314--8908519	109	1.9	109	90	0	331	37	14	9	38	1.79
8910646--8910695	26	1.9	26	84	8	66	78	4	2	16	1.00
8911974--8912022	26	1.9	26	91	4	82	38	2	8	51	1.43
8912006--8912039	16	2.1	16	88	0	50	35	0	2	61	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8917221--8917642	59	7.1	59	79	8	408	38	11	6	43	1.67
8917221--8917642	118	3.5	117	84	7	503	38	11	6	43	1.67
8917639--8917727	5	17.8	5	77	13	87	77	0	4	17	0.93
8917639--8917728	6	15.7	6	75	14	59	77	0	4	17	0.92
8918152--8918209	30	1.9	30	86	6	82	74	0	6	18	1.04
8918108--8918223	23	5.3	22	70	18	80	68	0	6	23	1.18
8919622--8919697	35	2.1	35	83	7	100	23	63	1	11	1.36
8920030--8920066	18	2.0	19	89	5	58	8	10	8	72	1.27
8920170--8920267	51	1.9	51	89	4	153	21	21	13	43	1.86
8924387--8925920	534	2.9	534	98	0	2951	36	19	13	29	1.90
8925521--8926315	398	2.0	398	97	0	1518	38	17	12	31	1.87
8928912--8928945	13	2.5	14	90	4	52	64	14	2	17	1.40
8929181--8929211	14	2.2	14	94	0	53	0	9	0	90	0.46
8931376--8931419	14	3.1	14	80	6	54	54	11	4	29	1.56
8931624--8931674	10	4.9	10	77	13	50	80	3	1	13	0.94
8931624--8931670	22	2.1	22	96	0	85	80	4	2	12	0.94
8932923--8932958	3	11.7	3	88	5	54	69	0	0	30	0.89
8934406--8934456	12	4.2	12	84	0	66	64	11	3	19	1.41
8934406--8934456	18	2.8	18	84	0	66	64	11	3	19	1.41
8938619--8938665	25	2.0	24	87	8	69	57	6	0	36	1.24
8940300--8940479	64	2.8	65	77	5	170	28	15	15	40	1.88
8943095--8943124	14	2.1	14	93	0	51	70	10	6	13	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8945025--8945064	16	2.3	18	87	8	57	42	0	5	52	1.23
8945593--8945652	27	2.2	27	78	0	66	48	5	0	46	1.24
8949084--8949116	14	2.4	14	90	5	50	75	0	3	21	0.93
8949086--8949127	22	2.0	21	90	4	66	76	0	7	16	1.00
8949811--8949847	11	3.3	12	92	7	53	43	0	0	56	0.99
8951155--8951224	12	5.6	12	76	8	68	8	4	2	84	0.85
8951148--8951225	32	2.4	32	80	16	81	8	3	3	83	0.89
8951177--8951223	18	2.5	20	82	10	71	8	6	0	85	0.75
8952280--8952309	12	2.4	12	94	5	51	0	6	3	90	0.56
8952936--8953028	42	2.2	42	92	3	150	25	5	3	65	1.29
8952946--8953044	42	2.4	41	85	6	112	24	6	3	66	1.28
8955249--8955286	13	2.9	13	92	7	60	0	5	2	92	0.47
8955257--8955295	11	3.6	11	86	3	53	2	5	0	92	0.46
8955256--8955295	10	3.6	11	90	10	64	2	5	0	92	0.45
8955256--8955295	21	1.9	21	94	0	71	2	5	0	92	0.45
8955256--8955286	1	31.0	1	93	0	53	0	3	0	96	0.21
8955256--8955324	7	9.4	7	79	16	52	10	2	1	85	0.76
8955259--8955318	8	7.6	8	81	7	61	10	3	1	85	0.79
8955676--8955716	16	2.8	14	88	7	55	17	2	0	80	0.82
8955676--8955720	14	3.1	14	81	12	54	20	2	0	77	0.87
8957663--8957705	21	2.0	21	86	9	59	51	2	2	44	1.27
8957908--8957991	43	2.0	43	90	0	132	32	21	19	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8958225--8958254	14	2.1	14	93	0	51	43	0	3	53	1.17
8963222--8963258	15	2.3	16	90	9	58	89	0	8	2	0.58
8964722--8964766	18	2.4	19	88	7	65	4	15	0	80	0.87
8964721--8964767	19	2.4	20	82	13	62	4	14	0	80	0.85
8964719--8964826	41	2.8	38	75	20	91	6	18	0	75	1.02
8964752--8964836	31	2.9	29	81	16	88	8	20	0	71	1.10
8964778--8964838	31	2.0	31	90	6	97	8	21	0	70	1.13
8969788--8969884	51	1.9	51	84	0	131	48	6	17	27	1.71
8971298--8971354	26	2.2	25	81	12	62	40	7	5	47	1.53
8972165--8972287	6	20.5	6	73	17	60	73	3	2	20	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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