genome.fa.s168.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167993.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_25, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  17943224

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   

This is table  15  of  100  ( 11983 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2840056--2840112	21	2.8	21	86	5	73	43	1	0	54	1.10
2840426--2840494	23	3.0	23	87	6	88	28	23	23	24	1.99
2840364--2840603	133	1.8	133	85	0	345	36	17	21	24	1.94
2840452--2840714	110	2.4	109	85	3	339	37	16	21	23	1.93
2840663--2840729	22	3.0	22	84	2	71	31	17	23	26	1.97
2840254--2840839	243	2.4	243	81	2	676	38	17	20	24	1.93
2840566--2840935	133	2.8	130	83	3	472	39	16	20	23	1.92
2840669--2840735	23	3.0	23	86	2	82	31	19	23	25	1.98
2840810--2840869	23	2.6	22	92	2	93	33	21	21	23	1.97
2840850--2841035	86	2.1	87	82	1	221	40	18	18	22	1.92
2841014--2841057	22	2.0	22	86	0	61	34	18	20	27	1.96
2841123--2841174	22	2.3	23	83	6	70	36	21	17	25	1.94
2841233--2841275	22	2.0	21	90	4	68	23	16	30	30	1.96
2840937--2841280	110	3.2	105	80	5	355	39	19	20	20	1.93
2841259--2841552	122	2.4	120	89	2	453	33	17	15	33	1.91
2841353--2841758	206	2.0	205	88	2	609	35	16	16	31	1.91
2841559--2841797	122	2.0	122	89	0	370	37	14	15	32	1.88
2843607--2843651	9	4.9	9	86	10	56	2	4	4	88	0.67
2843618--2843650	17	1.9	17	93	0	57	3	0	6	90	0.52
2843598--2843652	19	2.7	21	78	18	62	3	3	5	87	0.75
2849028--2849056	5	5.8	5	100	0	58	62	0	0	37	0.96
2849698--2849738	22	1.9	22	85	5	57	31	2	2	63	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2851588--2851622	16	2.2	16	94	0	61	14	0	0	85	0.59
2851608--2851662	22	2.5	24	77	17	73	36	0	0	63	0.95
2853954--2853991	18	2.1	18	90	5	58	68	2	0	28	1.03
2853953--2853991	19	2.0	20	90	9	64	69	2	0	28	1.02
2855958--2856041	41	2.0	41	97	0	159	34	29	14	21	1.93
2857430--2857488	19	3.0	20	69	18	61	30	0	3	66	1.08
2858776--2858844	35	2.0	35	88	0	102	49	10	2	37	1.52
2858812--2859208	41	9.9	40	72	15	250	55	8	4	31	1.50
2858856--2859078	114	2.0	113	84	2	295	54	7	4	34	1.48
2858903--2859047	73	2.0	73	84	2	193	54	7	4	33	1.50
2858814--2859213	20	20.0	20	66	14	110	55	8	4	31	1.49
2859807--2859840	17	2.0	17	94	0	59	14	0	2	82	0.79
2859868--2859909	19	2.2	19	87	8	59	76	0	0	23	0.79
2860080--2860198	59	2.0	59	91	1	195	52	20	17	9	1.71
2867929--2868322	209	1.9	208	82	7	503	34	14	6	44	1.71
2869437--2869501	14	4.4	15	86	7	89	12	0	6	81	0.86
2869437--2869522	42	2.1	40	82	8	102	13	0	8	77	0.97
2869437--2869520	14	6.0	13	74	13	60	14	0	8	77	0.99
2869505--2869549	20	2.3	20	84	3	56	22	4	6	66	1.33
2869485--2869555	13	5.5	13	74	21	60	19	2	8	69	1.28
2869485--2869549	21	3.3	19	78	6	58	20	3	9	67	1.32
2869723--2870956	49	24.9	50	70	15	503	36	21	13	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2870173--2870550	48	8.0	48	77	13	303	36	22	12	28	1.91
2870003--2870323	170	1.9	168	86	6	454	37	21	12	28	1.90
2870173--2870904	93	7.6	93	74	16	427	36	22	13	27	1.91
2870173--2870961	141	5.5	141	75	15	547	36	22	13	27	1.91
2870944--2870992	25	2.0	25	100	0	98	38	16	16	28	1.90
2874647--2874968	58	5.6	57	82	6	407	36	13	6	43	1.71
2874647--2874968	117	2.8	116	92	2	524	36	13	6	43	1.71
2874987--2875046	5	11.8	5	74	22	54	78	0	5	16	0.92
2875424--2875505	32	2.5	32	80	11	87	71	2	6	19	1.18
2875447--2875491	15	2.8	16	83	16	58	73	2	8	15	1.18
2875538--2875585	6	7.7	6	77	9	51	75	0	2	22	0.91
2875460--2875582	24	4.9	24	72	13	79	70	0	6	21	1.15
2875517--2875585	32	2.2	30	87	5	93	72	0	2	24	0.98
2876617--2876997	209	1.8	208	83	8	506	35	14	7	42	1.73
2877054--2877078	10	2.5	10	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2878185--2878284	11	8.3	12	73	23	61	16	2	10	72	1.21
2878192--2878286	14	6.6	13	72	18	55	15	1	10	72	1.17
2878217--2878285	13	5.2	13	77	8	68	18	1	10	69	1.24
2878456--2879620	48	23.9	49	79	10	1100	37	21	13	27	1.91
2878449--2879620	99	12.0	98	79	10	1113	37	21	13	27	1.91
2879535--2879693	82	1.9	83	87	3	232	37	22	13	27	1.91
2879609--2879739	48	2.8	46	82	4	181	38	25	10	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2880479--2880523	9	4.8	10	84	13	51	8	11	0	80	0.92
2880479--2880520	18	2.3	18	95	0	75	7	9	0	83	0.81
2883374--2883447	11	6.2	12	80	14	75	18	0	1	79	0.80
2883374--2883444	6	11.7	6	77	15	67	19	0	1	78	0.82
2883373--2883446	16	4.5	16	75	16	71	20	0	1	78	0.83
2883397--2883556	28	5.8	28	66	20	68	26	4	1	66	1.20
2883373--2883482	24	4.8	23	77	19	90	21	1	2	73	1.05
2883553--2883633	22	3.8	21	77	18	78	25	4	4	64	1.34
2883644--2883677	9	3.8	9	92	0	59	8	0	5	85	0.75
2883644--2883678	18	1.9	18	100	0	70	8	0	5	85	0.73
2884523--2884624	25	4.2	24	75	15	88	21	2	1	73	1.06
2884567--2884635	25	2.8	24	85	10	86	17	4	0	78	0.91
2884521--2884626	34	3.1	34	80	12	110	20	2	1	74	1.04
2884517--2884632	16	7.6	15	70	16	69	20	2	1	75	1.02
2884517--2884635	24	4.9	23	72	13	80	21	2	1	74	1.02
2884654--2884805	59	2.6	58	78	9	175	42	6	12	38	1.69
2887456--2887561	54	2.0	54	88	0	158	42	15	21	20	1.89
2895279--2895344	14	4.1	16	75	16	66	77	1	10	10	1.07
2895278--2895326	9	5.6	9	85	4	73	79	2	10	8	1.01
2895315--2895344	7	4.3	7	91	0	51	76	0	10	13	1.01
2895288--2895351	24	2.7	24	79	15	80	78	1	9	10	1.04
2896320--2896578	42	6.1	42	89	4	371	25	16	21	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2896621--2896800	43	4.1	43	89	1	252	22	13	18	45	1.85
2896412--2896838	231	1.8	233	83	7	571	29	13	17	38	1.88
2896989--2897092	7	16.0	6	74	19	61	23	0	1	74	0.98
2896990--2897090	13	8.3	12	72	16	68	22	0	1	74	0.98
2897004--2897106	17	6.4	16	72	20	58	26	1	0	70	1.03
2897008--2897055	11	4.1	11	81	10	51	25	0	0	75	0.81
2896989--2897055	22	3.0	22	85	12	75	22	0	1	76	0.87
2897003--2897111	31	3.5	30	73	19	82	26	1	0	70	1.03
2897018--2897102	6	12.4	7	74	20	74	25	2	1	70	1.06
2897023--2897141	41	2.9	39	76	15	123	26	4	0	68	1.14
2897008--2897153	20	6.9	21	68	22	58	26	4	0	68	1.12
2897095--2897212	22	5.4	21	73	16	71	31	5	0	61	1.25
2897161--2897241	22	3.8	21	77	18	78	25	4	4	64	1.34
2897253--2897287	18	1.9	18	100	0	70	14	0	5	80	0.89
2898122--2898147	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2898114--2898243	12	10.5	12	69	24	67	23	1	3	71	1.09
2898114--2898243	6	19.9	7	72	17	54	23	1	3	71	1.09
2898177--2898240	6	10.8	6	74	15	62	17	3	1	78	0.96
2898179--2898240	24	2.7	23	80	11	81	16	3	1	79	0.95
2898177--2898250	18	4.4	16	75	23	64	17	2	1	78	0.94
2898113--2898249	8	14.9	9	70	19	56	23	1	2	72	1.07
2898276--2898546	60	4.6	58	81	11	316	41	7	13	38	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2906804--2907206	209	1.9	207	83	7	512	34	12	6	46	1.69
2907893--2907939	19	2.4	20	85	3	60	12	14	6	65	1.44
2908329--2908388	11	5.9	10	73	9	50	21	0	5	73	1.02
2908332--2908360	11	2.5	12	94	5	51	24	0	0	75	0.80
2908313--2908389	14	5.6	14	70	11	61	19	0	6	74	1.04
2911014--2911053	19	2.1	20	90	9	66	67	2	0	30	1.04
2911975--2912020	23	2.0	23	84	12	60	52	2	6	39	1.40
2912072--2912109	13	3.2	12	85	10	51	28	7	2	60	1.38
2912054--2912117	25	2.5	24	76	16	58	35	4	1	57	1.29
2914834--2915274	219	2.0	219	100	0	882	33	18	14	33	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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