genome.fa.s168.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167993.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_25, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  17943224

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   

This is table  83  of  100  ( 11983 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14834132--14834181	26	1.9	26	100	0	100	30	22	16	32	1.95
14837229--14837267	13	3.0	13	84	0	51	79	10	0	10	0.94
14837912--14837978	16	4.2	16	72	11	57	20	1	2	74	1.03
14838089--14838114	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
14838387--14838496	16	6.8	16	80	4	114	48	32	1	17	1.58
14838388--14838508	64	1.9	65	84	1	163	46	32	2	19	1.63
14838565--14838612	14	3.3	14	80	11	51	52	25	2	20	1.58
14838540--14838657	30	4.0	30	74	7	91	48	29	0	21	1.56
14838621--14838672	13	3.7	13	73	16	50	50	28	0	21	1.49
14838660--14838713	23	2.3	23	83	0	63	40	20	3	35	1.70
14842665--14842690	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
14843436--14843477	14	2.9	14	89	3	66	90	0	2	7	0.53
14843436--14843485	1	50.0	1	79	0	55	90	0	4	6	0.57
14844507--14844536	15	2.0	15	93	0	51	20	30	13	36	1.90
14844743--14844783	18	2.3	18	86	0	55	24	24	14	36	1.93
14844875--14844979	41	2.6	41	87	3	140	36	19	15	29	1.92
14845254--14845421	88	1.9	88	88	2	257	20	21	17	40	1.91
14845459--14845643	87	2.1	87	88	2	273	22	21	18	37	1.94
14845633--14845676	22	2.0	22	86	8	63	29	27	15	27	1.96
14845546--14845762	109	2.0	109	86	3	303	21	20	19	38	1.93
14845431--14846106	196	3.4	194	81	6	763	22	20	17	38	1.93
14845655--14845815	87	1.9	87	82	2	207	19	19	19	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14845742--14845954	109	1.9	110	83	6	272	23	21	16	38	1.93
14846175--14846377	109	1.9	109	82	2	255	23	23	10	43	1.84
14846415--14846765	68	5.1	68	63	4	211	23	18	11	46	1.82
14846387--14846834	137	3.3	137	97	0	824	22	19	11	45	1.82
14846798--14846868	34	2.1	34	83	0	88	16	21	12	49	1.79
14846387--14846894	274	1.9	272	86	4	709	23	18	11	46	1.82
14846677--14847646	171	5.7	171	82	2	1101	21	19	13	45	1.84
14846678--14847652	341	2.9	340	88	2	1418	21	19	13	45	1.84
14847139--14847209	34	2.1	34	84	5	90	14	22	14	49	1.78
14849584--14849677	16	6.0	16	79	8	95	46	32	1	19	1.57
14849587--14849677	30	2.9	31	78	6	94	48	32	1	17	1.55
14849724--14849766	22	2.0	22	81	9	52	48	27	2	20	1.62
14849746--14849854	29	3.6	30	76	12	91	48	29	0	21	1.56
14849720--14849848	58	2.2	58	81	9	147	48	30	0	20	1.56
14849727--14849849	29	4.3	27	75	12	86	47	31	0	20	1.56
14858427--14859669	355	3.5	354	86	3	1597	36	15	12	36	1.85
14866748--14866776	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
14867829--14869427	560	2.8	566	87	5	2234	41	11	6	41	1.65
14871537--14871582	22	2.1	22	100	0	92	47	13	21	17	1.81
14872357--14872423	23	3.1	23	79	12	63	71	0	1	26	0.94
14874884--14874912	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
14875395--14875611	117	1.9	117	87	3	321	41	15	23	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14875413--14875742	178	1.8	179	83	3	432	43	13	23	19	1.86
14875416--14875781	178	2.1	179	81	3	416	44	13	22	19	1.85
14875745--14876057	89	3.5	87	81	5	360	41	15	24	18	1.89
14875733--14876057	178	1.8	178	85	4	458	41	15	24	19	1.89
14887051--14887075	13	1.9	13	100	0	50	32	0	8	60	1.26
14887063--14887141	41	1.9	39	85	7	104	29	6	6	58	1.48
14888086--14888121	3	11.7	3	88	5	54	63	2	0	33	1.08
14888483--14888535	15	3.5	15	77	12	63	66	0	5	28	1.15
14888483--14888530	18	2.7	18	78	12	53	68	0	4	27	1.07
14888900--14889009	15	7.2	15	76	8	114	50	21	2	24	1.61
14888877--14889009	31	4.4	31	82	5	139	51	21	2	24	1.60
14888900--14889009	46	2.4	45	83	7	141	50	21	2	24	1.61
14889029--14889076	23	2.2	21	82	10	60	52	29	0	18	1.46
14889034--14889084	22	2.3	23	93	3	86	52	29	0	17	1.45
14889059--14889091	14	2.3	15	89	5	50	57	27	0	15	1.38
14889059--14889111	15	3.5	15	82	7	54	54	24	0	20	1.44
14888938--14889100	22	7.3	22	69	8	69	50	25	1	22	1.56
14896206--14896232	11	2.5	11	100	0	54	77	7	0	14	0.97
14897296--14897325	15	2.0	15	93	0	51	20	30	13	36	1.90
14897687--14897732	22	2.1	22	83	0	56	34	23	13	28	1.92
14897692--14897942	132	1.9	132	83	3	326	24	18	15	41	1.90
14897887--14898085	88	2.3	88	87	1	274	20	18	17	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14897937--14898118	88	2.1	88	86	0	247	20	20	18	40	1.91
14898110--14898156	22	2.1	22	84	0	58	34	21	12	31	1.91
14898034--14898413	132	2.9	130	79	6	417	25	20	15	38	1.92
14898286--14898633	110	3.2	108	83	4	380	26	20	14	39	1.90
14898483--14898526	22	2.0	22	82	8	54	29	25	15	29	1.96
14898795--14898896	36	2.8	35	85	7	123	16	20	16	46	1.85
14899702--14900492	263	3.0	265	96	1	1457	41	18	16	23	1.90
14901368--14901451	15	5.7	15	75	9	75	52	28	0	19	1.46
14901391--14901459	29	2.4	29	82	0	84	50	33	0	15	1.45
14901399--14901458	14	4.2	14	81	8	68	50	35	0	15	1.44
14901472--14901504	15	2.2	15	94	0	57	57	27	0	15	1.38
14901510--14901553	15	2.9	15	82	3	52	54	22	0	22	1.45
14901516--14901559	16	2.8	16	82	3	54	56	20	0	22	1.42
14909128--14909183	18	3.1	18	73	0	58	0	21	1	76	0.87
14909124--14909167	13	3.5	12	78	9	52	0	15	2	81	0.78
14909124--14909173	24	2.1	24	85	10	68	0	16	2	82	0.77
14918870--14918910	18	2.3	18	91	0	64	36	17	17	29	1.92
14919526--14919603	38	2.1	38	95	0	138	44	15	14	25	1.84
14922202--14922630	49	8.8	49	79	6	381	30	10	20	38	1.86
14922202--14922585	49	7.8	49	80	7	384	30	10	20	37	1.87
14922202--14922630	98	4.4	98	81	4	465	30	10	20	38	1.86
14922869--14922903	10	3.7	9	85	14	52	0	14	0	85	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14922871--14922914	20	2.3	20	84	7	56	2	15	2	79	0.93
14922869--14922928	29	2.1	29	81	6	68	1	21	1	75	0.99
14923178--14923229	19	2.7	19	85	5	61	51	11	7	28	1.65
14925892--14925964	24	2.9	25	82	12	78	43	2	0	53	1.15
14925934--14926007	27	2.9	27	69	19	68	52	0	0	47	1.00
14926109--14926168	30	2.1	28	81	6	66	35	5	0	60	1.19
14926935--14926976	15	2.8	15	82	10	59	38	0	0	61	0.96
14926935--14926977	13	3.0	14	86	10	52	39	0	0	60	0.97
14927025--14927085	32	1.9	31	87	9	88	49	0	1	49	1.10
14932414--14932456	20	2.0	21	86	8	61	51	0	0	48	1.00
14932886--14932926	20	2.0	20	86	9	57	58	0	2	39	1.11
14940173--14940211	18	2.2	18	86	13	55	48	0	0	51	1.00
14943283--14943316	10	3.4	10	83	0	50	26	17	8	47	1.77
14943497--14943535	15	2.4	18	76	24	50	61	5	17	15	1.51
14946996--14947039	22	2.0	22	95	0	79	38	6	9	45	1.63
14950052--14950085	17	2.0	17	88	0	50	41	2	20	35	1.68
14950507--14950654	40	3.7	40	84	0	179	39	12	17	30	1.86
14951113--14951160	24	2.0	24	91	0	78	31	18	22	27	1.97
14954919--14954944	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
14962235--14962272	16	2.3	17	86	9	60	57	5	7	28	1.49
14962244--14962277	16	2.1	16	94	0	59	61	5	5	26	1.42
14962820--14962864	12	3.8	12	81	0	54	35	0	13	51	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14964216--14964256	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
14965997--14966161	60	2.7	60	81	10	185	50	2	11	35	1.52
14965880--14966162	60	4.8	57	71	10	171	45	3	13	37	1.61
14966192--14966285	49	1.9	48	93	2	161	50	5	11	32	1.62
14966216--14966448	75	3.3	68	70	19	172	51	6	6	34	1.55
14966115--14966358	124	2.0	126	89	3	377	48	5	10	35	1.61
14966397--14966447	24	2.2	23	86	6	68	49	7	3	39	1.51
14976972--14977012	19	2.2	19	86	0	55	48	4	21	24	1.69
14977779--14978217	86	5.1	86	79	4	384	19	17	16	46	1.84
14977783--14978220	172	2.5	172	78	4	445	19	17	16	46	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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