genome.fa.s168.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167993.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_25, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  17943224

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   

This is table  14  of  100  ( 11983 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2717658--2717759	53	1.9	53	90	4	161	30	11	3	53	1.55
2724329--2724475	62	2.5	58	84	8	172	36	14	8	40	1.77
2727396--2727484	45	2.0	44	84	2	115	42	20	14	22	1.88
2727488--2727543	28	2.0	28	92	0	94	32	33	10	23	1.89
2727516--2727603	42	2.1	42	83	6	108	40	23	10	25	1.86
2728168--2728208	22	1.9	21	95	5	73	34	19	9	36	1.85
2728640--2728763	63	2.0	63	90	0	194	30	23	8	37	1.85
2729458--2729552	11	9.3	11	71	23	50	6	15	0	77	0.95
2736250--2736279	10	2.9	10	95	5	51	80	3	0	16	0.85
2738531--2738573	22	2.0	22	100	0	86	34	4	27	32	1.78
2739260--2739325	34	2.0	33	82	14	82	72	6	0	21	1.05
2739699--2739866	88	1.9	88	82	0	210	39	16	19	23	1.91
2739854--2739918	23	2.9	23	81	6	80	27	26	23	23	2.00
2740052--2740095	22	2.0	22	86	8	63	31	20	22	25	1.98
2739936--2740212	110	2.5	110	84	1	358	36	17	22	23	1.94
2740162--2740228	22	3.0	22	88	2	89	29	16	25	28	1.97
2740052--2740337	132	2.2	132	83	3	353	37	16	21	24	1.94
2740198--2740435	109	2.2	109	83	5	293	41	17	18	23	1.90
2740379--2740490	55	2.0	55	98	0	215	36	16	18	27	1.93
2740458--2740501	22	2.0	22	90	0	70	34	15	20	29	1.94
2740498--2740663	87	1.9	87	83	1	215	42	18	18	20	1.90
2740684--2741256	122	4.7	121	92	0	849	36	14	15	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2743049--2743094	22	2.1	21	84	4	56	6	6	2	84	0.84
2748751--2748793	22	1.9	23	85	4	61	48	9	0	41	1.35
2749923--2749973	19	2.5	19	84	12	57	23	3	1	70	1.14
2750266--2750981	105	6.9	102	89	3	970	47	12	17	22	1.82
2750266--2750981	207	3.5	207	90	2	1030	47	12	17	22	1.82
2750976--2751202	109	2.1	109	81	4	262	49	13	16	20	1.79
2752216--2752240	9	2.8	9	100	0	50	0	0	8	92	0.40
2758890--2758918	12	2.5	12	94	5	51	31	0	0	68	0.89
2760486--2760754	94	2.9	94	88	1	423	35	23	13	27	1.92
2760486--2761090	46	12.9	46	76	11	489	36	23	13	27	1.92
2760734--2760774	20	2.0	20	100	0	82	36	24	19	19	1.95
2760496--2761090	94	6.3	90	71	17	351	35	23	12	27	1.92
2760688--2760895	67	3.0	66	84	11	249	36	25	14	24	1.93
2760808--2760869	29	2.1	29	96	0	115	40	22	9	27	1.85
2760761--2760915	74	2.1	77	92	3	262	37	24	11	26	1.90
2760837--2761088	91	2.7	93	83	11	325	36	24	12	26	1.91
2765225--2765266	20	2.2	19	83	8	50	69	2	16	11	1.29
2771982--2772030	7	7.0	7	79	9	55	10	4	4	81	0.95
2772747--2772775	12	2.5	12	94	5	51	31	0	0	68	0.89
2773407--2773449	18	2.4	18	88	0	59	20	23	23	32	1.98
2774356--2774396	8	5.9	7	86	13	50	87	0	2	9	0.62
2774356--2774395	20	2.0	20	90	9	64	90	0	2	7	0.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2780027--2780069	22	1.9	23	85	4	61	48	9	0	41	1.35
2780179--2780225	13	3.6	13	88	0	76	6	12	42	38	1.69
2780179--2780234	26	2.2	26	96	0	103	8	16	39	35	1.80
2780191--2780240	13	3.8	13	83	0	55	12	18	36	34	1.87
2780723--2780782	22	2.7	23	82	14	72	11	8	8	71	1.30
2781134--2781183	15	3.3	15	78	15	57	4	2	12	82	0.90
2781142--2781196	23	2.3	23	84	9	67	7	1	12	78	1.04
2781134--2781200	11	6.3	10	75	14	55	7	1	11	79	1.00
2783728--2783757	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
2784251--2784287	14	2.6	14	95	0	65	21	35	27	16	1.94
2784697--2784747	26	2.0	26	92	0	84	23	7	27	41	1.82
2784802--2784835	11	3.1	11	95	0	59	8	2	55	32	1.45
2784937--2784983	21	2.3	21	82	10	53	40	0	0	59	0.97
2784972--2785030	3	19.7	3	89	0	91	38	0	0	61	0.96
2787721--2787754	17	2.0	17	94	0	59	14	0	2	82	0.79
2793502--2793539	2	19.5	2	83	5	51	47	0	5	47	1.24
2794798--2794851	14	3.7	14	78	9	54	16	0	31	51	1.45
2794827--2794859	14	2.3	15	89	5	50	9	0	36	54	1.32
2795155--2795199	22	2.0	21	83	8	54	35	4	4	55	1.40
2796266--2796303	17	2.4	17	86	8	53	5	7	5	81	0.98
2796266--2796307	16	2.7	15	85	7	57	4	7	7	80	1.00
2796314--2796372	15	3.9	15	74	17	50	44	1	0	54	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2796596--2796781	87	2.1	87	95	2	329	39	17	22	21	1.92
2796679--2797029	109	3.2	110	88	2	483	38	19	21	21	1.94
2796980--2797088	22	5.0	22	76	10	89	30	20	21	28	1.98
2797017--2797095	21	3.6	23	79	10	92	27	20	21	30	1.98
2796767--2797312	284	1.9	284	87	2	801	35	19	21	23	1.96
2797052--2797422	109	3.4	109	86	3	480	36	19	21	23	1.95
2797269--2797312	22	2.0	23	91	8	74	29	27	20	22	1.99
2796683--2797466	393	2.0	395	87	3	1152	36	19	21	22	1.95
2797378--2797466	22	4.0	22	85	2	115	26	22	24	25	2.00
2799350--2799406	11	5.0	11	78	6	60	3	8	1	85	0.77
2799352--2799414	30	2.1	30	91	5	101	3	6	3	87	0.74
2799352--2799414	10	6.2	10	83	7	74	3	6	3	87	0.74
2799352--2799414	1	63.0	1	75	0	54	3	6	3	87	0.74
2801625--2801702	33	2.4	33	95	0	138	16	29	12	41	1.86
2806015--2806065	14	3.4	14	77	17	50	13	0	37	49	1.43
2806058--2806110	15	3.5	15	84	2	70	16	0	35	47	1.48
2806062--2806127	31	2.2	31	83	8	82	22	1	28	46	1.61
2807091--2807123	13	2.8	12	90	9	50	0	9	0	90	0.44
2807601--2807638	17	2.1	19	85	9	53	5	7	5	81	0.98
2807633--2807689	29	1.9	28	82	10	69	38	0	0	61	0.96
2807639--2807700	15	3.9	15	75	12	52	43	1	0	54	1.09
2810045--2810082	18	2.1	18	90	5	58	68	2	0	28	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2810044--2810082	19	2.0	20	90	9	64	69	2	0	28	1.02
2811022--2811084	29	2.1	29	82	5	72	34	3	1	60	1.22
2812345--2812636	148	2.0	148	99	0	575	27	23	21	27	1.99
2814248--2814304	18	3.2	18	74	18	64	28	3	3	64	1.26
2814336--2814418	45	2.0	44	84	13	113	34	12	0	53	1.38
2815823--2815870	8	5.9	8	76	13	53	22	0	4	72	1.01
2816867--2816949	9	9.2	9	80	10	80	74	1	1	22	0.95
2816952--2816981	13	2.3	13	100	0	60	73	6	0	20	1.05
2817197--2817302	39	2.7	39	85	7	135	45	13	16	24	1.83
2817284--2817319	17	2.1	17	100	0	72	55	11	11	22	1.66
2817250--2817359	57	1.9	56	85	5	150	45	11	16	26	1.82
2817307--2817366	20	3.1	19	68	17	59	41	11	18	28	1.85
2817301--2817400	40	2.5	40	86	1	139	42	13	20	25	1.87
2818398--2818450	11	4.8	10	77	20	52	7	5	1	84	0.82
2818390--2818450	28	2.2	28	82	11	72	8	6	1	83	0.87
2826113--2826144	16	2.0	16	93	0	55	6	0	9	84	0.78
2827086--2827175	3	30.7	3	75	8	69	72	2	2	23	1.07
2827083--2827200	6	18.5	6	73	17	60	72	2	1	23	1.07
2827082--2827183	33	2.9	34	78	12	100	71	2	1	23	1.10
2827992--2828103	35	3.1	35	80	11	125	52	10	2	33	1.50
2828006--2828416	82	5.2	80	71	15	238	55	8	3	31	1.49
2828028--2828178	62	2.4	60	81	6	151	57	7	1	32	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2828201--2828425	41	5.5	40	75	11	204	56	10	4	29	1.51
2828120--2828264	73	2.0	73	84	2	193	54	7	4	33	1.50
2828030--2828430	21	20.0	20	67	14	121	55	9	3	31	1.49
2828875--2828901	12	2.2	12	100	0	54	29	0	0	70	0.88
2829079--2829121	19	2.3	19	88	8	61	74	2	0	23	0.93
2829294--2829408	59	2.0	59	88	5	173	51	20	18	9	1.74
2830283--2830385	53	1.9	53	86	3	145	32	11	1	54	1.48
2831940--2831976	2	18.5	2	88	0	56	45	2	2	48	1.30
2840013--2840042	15	1.9	16	93	6	53	13	0	0	86	0.57
2840036--2840095	21	2.9	20	82	5	66	40	0	0	60	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100