genome.fa.s168.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167993.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_25, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  17943224

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   

This is table  43  of  100  ( 11983 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8024912--8025007	26	3.7	25	80	10	113	28	6	1	64	1.24
8025819--8025867	7	7.0	7	88	11	66	14	2	0	83	0.73
8025819--8025859	20	2.0	20	90	9	66	14	2	0	82	0.76
8025824--8025859	6	5.7	6	93	6	54	13	0	0	86	0.58
8025882--8026388	60	8.3	59	78	12	440	47	5	8	38	1.57
8026144--8026387	133	1.8	133	87	5	368	48	4	8	38	1.56
8026509--8026551	5	8.8	5	87	5	61	16	0	2	81	0.79
8043200--8043226	8	3.4	8	100	0	54	66	0	0	33	0.92
8043236--8043280	16	2.9	15	83	9	54	66	0	0	33	0.92
8043746--8043856	49	2.3	46	76	14	105	70	4	4	20	1.23
8044744--8044901	82	1.9	83	88	5	241	41	6	5	47	1.51
8044773--8044893	41	3.0	41	67	21	99	42	4	4	47	1.46
8045777--8045807	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
8046379--8046408	12	2.5	12	94	0	51	80	3	0	16	0.85
8049762--8049805	21	2.0	22	86	4	63	47	0	6	45	1.29
8061007--8061044	18	2.1	18	90	0	58	26	2	23	47	1.65
8063067--8063137	30	2.3	31	85	2	99	35	16	21	26	1.95
8063416--8063520	52	2.0	52	85	7	142	43	5	19	31	1.74
8065077--8065126	15	3.4	15	68	15	50	32	8	0	60	1.26
8065080--8065138	29	2.0	29	100	0	118	33	6	0	59	1.24
8069801--8069854	22	2.4	22	78	3	63	7	5	7	79	1.05
8070527--8070559	15	2.2	15	94	0	57	15	6	0	78	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8081743--8082835	308	3.5	308	93	1	1832	34	14	20	30	1.92
8082525--8083632	347	3.2	347	89	1	1709	34	15	20	30	1.93
8093626--8093670	23	2.0	23	95	0	81	28	4	11	55	1.54
8093679--8093706	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8096936--8096991	27	2.1	27	96	0	103	35	10	1	51	1.47
8100848--8100893	19	2.3	19	85	7	56	17	8	10	63	1.51
8100927--8100966	22	1.9	20	85	10	53	65	0	35	0	0.93
8101836--8102044	53	3.9	53	75	8	181	49	8	13	28	1.71
8108422--8108463	23	1.9	21	85	9	57	66	0	33	0	0.92
8108782--8109152	202	1.8	203	83	6	493	47	6	11	35	1.65
8109328--8109536	53	3.9	53	75	8	181	49	8	13	28	1.71
8110547--8110607	18	3.4	18	71	24	56	24	19	4	50	1.67
8110574--8110629	23	2.5	23	88	2	78	25	19	5	50	1.69
8112589--8112639	23	2.4	21	84	12	61	25	5	21	47	1.73
8113547--8113654	37	3.1	35	80	17	118	75	0	13	10	1.03
8113551--8113670	19	6.7	18	73	20	92	75	0	15	9	1.03
8113615--8113670	21	2.7	20	86	5	67	76	0	16	7	0.99
8113625--8113670	20	2.2	21	88	3	67	78	0	15	6	0.95
8113623--8113688	21	3.3	19	74	20	55	72	0	19	7	1.08
8114999--8115090	30	3.1	30	84	3	123	41	13	11	33	1.81
8115531--8116201	41	16.3	42	84	3	785	23	11	19	44	1.83
8115531--8116201	165	4.1	165	83	4	802	23	11	19	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8116810--8116854	21	2.2	21	88	4	65	6	13	20	60	1.55
8119093--8119121	13	2.3	13	94	5	51	3	13	62	20	1.46
8119190--8119231	19	2.2	19	86	0	57	16	0	9	73	1.08
8119683--8119712	13	2.3	13	94	0	51	46	16	6	30	1.73
8119647--8119761	60	1.9	62	92	3	198	36	25	11	26	1.90
8119609--8119808	109	1.8	109	93	4	350	35	26	11	27	1.91
8119707--8120180	47	10.0	49	87	8	687	35	26	11	26	1.91
8119696--8120181	48	10.3	48	86	9	671	35	26	11	26	1.91
8119696--8120181	95	5.1	96	90	5	701	35	26	11	26	1.91
8130794--8130851	16	3.6	16	77	15	57	15	1	3	79	0.95
8130864--8131256	59	6.6	59	83	5	490	44	8	12	33	1.74
8132601--8132647	11	4.1	11	77	17	51	34	0	12	53	1.39
8133686--8133887	110	1.8	112	84	6	277	50	6	14	28	1.67
8134925--8134980	23	2.5	23	88	8	80	26	21	5	46	1.73
8137455--8137511	13	4.2	13	78	10	53	82	1	10	5	0.90
8137882--8138041	9	16.5	10	75	18	128	76	0	15	8	1.00
8137884--8137971	19	4.7	19	91	4	135	80	0	9	10	0.90
8137914--8138035	26	4.6	26	76	18	101	76	0	17	6	0.99
8137886--8138038	37	4.0	40	77	12	135	76	0	15	8	1.01
8137987--8138035	21	2.3	22	82	10	66	77	0	18	4	0.92
8137883--8138033	19	7.9	18	76	12	92	78	0	13	7	0.96
8139381--8139524	30	5.1	30	70	15	108	38	13	13	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8139419--8139522	51	2.0	52	90	5	167	42	13	11	32	1.80
8139458--8139520	31	2.0	31	84	0	81	39	12	11	36	1.79
8139919--8140554	41	15.4	41	83	3	679	23	11	19	44	1.83
8139912--8140547	247	2.6	246	85	4	818	23	11	20	44	1.83
8141161--8141204	21	2.1	21	87	4	63	13	11	18	56	1.66
8141806--8141843	8	4.8	8	84	9	51	78	0	2	18	0.86
8143749--8143787	18	2.3	16	86	8	51	41	0	15	43	1.46
8144149--8144249	40	2.6	39	83	10	129	37	1	6	53	1.39
8145711--8145744	13	2.6	13	100	0	68	14	8	55	20	1.65
8161780--8161849	35	2.0	35	91	0	113	35	12	11	40	1.80
8165336--8165382	23	2.1	23	92	4	78	31	8	10	48	1.68
8171766--8171855	44	2.0	45	81	10	105	51	1	1	46	1.15
8172225--8172351	60	2.1	60	85	4	168	35	18	18	27	1.94
8173179--8173248	16	4.4	16	72	13	63	48	10	5	35	1.60
8173469--8173553	42	2.0	42	86	4	118	29	27	12	30	1.93
8176368--8176400	16	2.1	16	94	0	57	60	3	0	36	1.12
8184024--8184120	46	2.1	47	88	3	142	57	7	10	24	1.57
8187095--8187129	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
8187585--8187627	11	4.3	10	80	19	54	11	9	0	79	0.95
8187585--8187635	19	2.7	19	87	3	77	9	11	0	78	0.97
8187631--8187674	18	2.4	18	81	7	54	34	2	0	63	1.07
8187820--8187865	24	1.9	24	83	16	60	36	2	0	60	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8189624--8189683	28	2.1	29	81	9	70	48	0	0	51	1.00
8190580--8190614	15	2.2	16	90	5	54	37	0	0	62	0.95
8192576--8192611	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
8200454--8200496	20	2.2	20	84	8	54	58	4	6	30	1.45
8200674--8200781	53	2.0	53	89	0	162	34	8	29	27	1.86
8201557--8202296	236	3.1	234	82	1	870	33	9	11	45	1.73
8203438--8203488	17	2.9	17	82	5	57	78	5	1	13	1.02
8204163--8204189	14	1.9	14	100	0	54	14	0	0	85	0.61
8204346--8204981	41	15.5	41	83	2	677	46	17	14	22	1.84
8204963--8204995	17	1.9	17	93	0	57	57	6	12	24	1.57
8204928--8205036	58	1.9	57	84	5	148	54	14	11	19	1.71
8204887--8205075	98	1.9	99	87	5	276	52	15	11	20	1.74
8205531--8205658	25	5.5	24	74	15	124	37	10	10	40	1.76
8205537--8205800	46	6.0	46	75	10	237	37	13	10	38	1.79
8205535--8205642	21	4.7	22	72	13	76	37	11	10	41	1.74
8205579--8205739	81	2.0	81	87	0	232	36	13	11	39	1.80
8205689--8205768	21	3.7	21	70	15	72	37	13	7	41	1.73
8205537--8205784	127	2.0	127	86	3	347	37	12	10	38	1.79
8205660--8205800	45	3.1	46	82	7	171	36	15	9	38	1.80
8206183--8206338	79	2.0	79	79	2	170	30	20	10	38	1.86
8206933--8207011	4	20.0	4	76	21	53	6	16	0	77	0.97
8206928--8206998	26	2.6	27	76	14	74	8	14	0	77	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8206939--8206990	18	2.9	17	80	11	59	9	11	0	78	0.95
8206932--8206998	19	3.7	18	80	15	84	7	13	0	79	0.94
8206948--8207011	16	4.1	15	77	18	60	6	15	0	78	0.95
8207369--8207398	15	2.1	14	93	6	51	3	6	0	90	0.56
8211699--8211755	10	5.6	10	75	8	53	77	10	0	12	1.00
8212092--8212128	20	1.9	20	88	5	58	54	16	16	13	1.72
8212892--8212940	21	2.4	20	77	12	55	16	2	12	69	1.28
8214540--8214579	2	20.0	2	89	0	62	45	0	0	55	0.99
8224790--8224862	36	2.0	36	100	0	146	35	10	24	28	1.90
8227584--8227674	46	1.9	47	84	8	123	59	8	6	25	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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