genome.fa.s168.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167993.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_25, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  17943224

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   

This is table  1  of  100  ( 11983 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184--6201	181	33.8	180	74	8	3322	40	8	9	41	1.68
488--807	169	1.9	168	82	5	405	42	8	8	40	1.65
1076--1391	162	1.9	162	79	1	346	40	8	11	39	1.72
1239--6183	361	13.8	358	74	8	3222	40	8	10	41	1.68
2621--2653	15	2.2	15	94	0	57	39	0	6	54	1.25
6349--11806	181	30.4	180	75	9	3560	41	9	7	40	1.67
6349--15558	362	25.4	360	71	11	4345	41	9	8	40	1.68
7930--15558	181	42.0	180	70	11	2972	41	9	7	40	1.68
6349--17563	902	12.4	895	70	12	4686	41	9	8	40	1.67
10991--11694	182	4.0	169	75	10	495	42	8	7	41	1.63
11815--14090	180	12.6	181	76	5	1711	42	10	7	39	1.68
13825--13866	21	2.0	20	86	13	59	38	11	0	50	1.40
15184--15240	18	3.2	18	75	14	55	38	12	7	42	1.70
15401--15671	146	1.9	146	80	6	325	42	9	7	40	1.65
15048--16062	510	2.0	499	80	9	1150	41	9	7	41	1.65
16529--16584	24	2.4	23	69	16	60	55	0	1	42	1.10
15836--16960	351	3.1	354	78	8	811	42	9	7	40	1.67
15547--17558	532	3.7	528	77	8	1558	41	9	8	40	1.67
15555--17563	182	11.2	179	74	10	1296	41	9	8	40	1.67
17624--19034	181	7.9	180	76	7	1088	41	7	9	41	1.66
19105--19157	7	7.6	7	83	8	63	18	0	1	79	0.83
19100--19152	12	4.7	11	81	11	63	18	0	1	79	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19103--19158	21	2.7	20	86	8	76	17	0	1	80	0.80
19119--19159	16	2.7	15	78	21	50	19	0	0	80	0.71
19171--19314	4	36.2	4	71	15	61	31	2	2	63	1.23
19120--19314	7	27.3	7	68	20	70	28	4	2	65	1.22
19176--19314	10	15.4	9	71	18	71	31	2	2	63	1.21
19247--19326	22	3.7	21	81	6	90	35	5	1	58	1.28
19677--19732	12	4.8	12	75	14	55	32	1	16	50	1.55
19677--19711	11	3.1	11	91	4	52	31	0	14	54	1.40
19679--19723	23	2.0	23	82	8	56	31	2	13	53	1.52
20198--20254	17	3.5	16	79	13	55	26	0	5	68	1.11
20259--20325	17	4.0	16	76	16	57	14	5	1	77	1.03
20339--20724	174	2.2	174	86	4	530	41	7	14	35	1.75
20338--20724	58	6.7	59	84	7	481	42	7	14	35	1.75
20338--20724	117	3.3	116	86	6	543	42	7	14	35	1.75
27187--27227	20	2.0	20	90	0	64	39	12	24	24	1.89
31147--31195	16	3.1	16	85	5	64	75	0	16	8	1.03
32080--32416	41	8.1	41	86	5	412	25	15	21	38	1.92
32603--32669	7	9.8	6	80	15	53	22	1	1	74	0.98
32602--32669	14	4.9	13	76	18	66	22	1	1	75	0.97
32604--32668	20	3.2	19	76	21	69	23	1	1	73	1.00
32603--32698	42	2.2	44	81	9	108	21	5	2	70	1.17
32674--32828	14	10.5	14	70	22	52	30	3	1	63	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32682--32832	4	37.5	4	73	15	82	30	3	1	64	1.21
32632--32832	42	4.8	41	72	16	135	28	4	1	65	1.21
32674--32831	10	14.9	11	70	20	70	30	3	1	63	1.22
33714--33769	24	2.4	22	85	8	67	25	1	0	73	0.93
33727--33780	24	2.2	24	83	6	65	29	0	1	68	1.00
33790--33868	6	12.7	6	73	17	63	15	5	1	78	0.99
33791--33868	5	14.8	5	75	16	61	15	5	1	78	0.99
33790--33868	11	6.9	11	80	10	79	15	5	1	78	0.99
33886--34274	58	6.7	57	82	6	426	41	7	14	36	1.74
33873--34274	117	3.4	114	81	8	445	42	7	14	36	1.73
34186--34275	29	3.2	27	65	21	67	37	5	16	40	1.72
34753--35706	181	5.2	182	75	9	737	41	8	9	40	1.68
35960--36255	157	1.9	158	80	3	346	40	6	10	42	1.65
36095--36741	180	3.6	178	80	5	685	40	8	9	41	1.67
36496--36983	243	2.0	244	81	4	565	42	9	9	39	1.70
36731--46611	181	54.6	181	70	11	3589	40	8	9	41	1.68
36307--37145	424	2.0	424	83	2	1058	41	8	9	40	1.69
36748--41233	718	6.2	716	74	9	1808	40	8	9	41	1.68
39288--39605	165	1.9	166	83	3	408	37	8	10	43	1.70
41988--42575	324	1.8	325	82	4	776	39	7	7	44	1.62
42628--42660	17	2.0	17	88	5	50	48	0	12	39	1.40
41652--42966	686	1.9	681	81	5	1566	40	7	9	42	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42297--48294	360	16.8	358	73	9	3556	40	8	9	41	1.67
42297--48294	541	11.2	538	74	9	3307	40	8	9	41	1.67
45917--46241	169	1.9	170	86	5	462	40	6	9	43	1.61
46456--46484	11	2.6	11	100	0	58	34	0	0	65	0.93
46677--48294	180	9.0	181	75	7	1196	41	7	9	42	1.65
49040--52881	181	21.0	181	70	11	1284	42	8	7	41	1.66
49124--50000	360	2.4	362	79	5	896	41	8	8	40	1.67
49932--49964	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
49829--50301	249	1.9	249	82	2	592	41	8	7	41	1.65
50898--50930	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
53249--54177	358	2.6	346	77	10	783	42	9	7	40	1.64
53106--54174	181	6.0	175	74	9	656	41	9	7	40	1.66
53134--54187	532	2.0	530	79	7	1123	41	9	7	40	1.66
54232--55399	181	6.5	180	75	9	797	41	8	8	41	1.65
54313--55464	360	3.2	351	76	8	891	42	8	8	40	1.66
55501--55540	18	2.2	18	86	4	53	60	0	5	35	1.19
55322--55573	131	1.9	131	85	1	344	45	8	7	37	1.64
55526--59451	181	21.9	180	75	7	2761	41	9	8	40	1.66
57482--59451	180	11.0	179	76	8	1433	42	8	8	41	1.65
55532--59451	533	7.3	529	76	8	2381	41	9	8	40	1.66
59326--59376	18	2.9	18	68	14	52	39	3	9	47	1.55
59711--59753	19	2.2	19	88	12	61	39	6	6	46	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60435--64249	181	21.2	180	75	8	2329	41	9	8	40	1.67
61363--61395	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
62173--62951	353	2.2	354	77	10	786	43	9	8	38	1.67
63964--64566	325	1.9	325	82	4	777	43	6	8	40	1.61
64259--64956	181	3.9	180	78	5	696	42	8	8	40	1.66
64295--64986	357	1.9	360	81	5	828	42	8	8	40	1.66
65282--66068	182	4.4	176	75	9	667	43	10	7	39	1.66
65956--66191	123	1.9	123	83	0	301	38	12	5	43	1.65
66081--68120	180	11.3	180	75	5	1237	41	10	8	40	1.69
66106--68120	723	2.8	712	79	7	1933	41	10	8	40	1.69
66079--67717	543	3.0	533	77	6	1555	41	10	7	40	1.68
66148--68116	362	5.5	356	74	9	1090	41	9	8	39	1.69
67988--68260	144	1.9	144	87	4	399	44	8	9	38	1.67
69256--69699	176	2.5	180	78	7	494	40	9	7	42	1.66
69714--70348	180	3.5	180	80	6	676	41	9	8	40	1.67
69714--70348	181	3.5	179	80	8	694	41	9	8	40	1.67
71811--71866	24	2.4	24	78	3	60	37	1	0	60	1.07
71630--73956	181	12.8	180	73	8	1236	41	7	8	41	1.66
71947--72687	384	1.9	385	81	1	887	40	7	9	41	1.67
72580--72927	180	1.9	181	83	5	454	41	8	7	41	1.64
72581--73892	361	3.6	358	74	10	812	40	8	8	42	1.65
73965--75305	181	7.6	178	76	8	1067	40	8	10	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74257--74590	169	2.0	168	83	8	428	40	8	9	41	1.68
74445--74494	24	2.1	24	85	3	66	40	0	2	58	1.10
75347--76702	181	7.5	181	79	6	1372	41	8	9	41	1.67
75349--78283	362	8.2	360	78	8	2411	40	8	9	41	1.68
76555--76874	164	1.9	165	81	6	391	41	6	8	43	1.61
75347--80975	543	10.6	525	75	11	2683	40	8	9	41	1.68
77339--78210	181	4.9	180	74	11	547	39	8	9	42	1.68
78293--80993	181	15.1	180	76	7	1986	40	8	9	41	1.68
81133--83038	181	10.7	179	74	11	660	43	10	7	39	1.67
81738--82069	175	1.9	179	80	5	395	43	8	8	40	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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