genome.fa.s168.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167993.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_25, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  17943224

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7612007--7612057	22	2.5	20	83	6	57	27	0	3	68	1.07
7612631--7612849	49	4.5	48	81	9	241	35	21	15	27	1.94
7612678--7612849	94	1.8	94	90	3	276	34	22	15	27	1.95
7612631--7612860	50	4.8	48	80	11	247	34	21	15	28	1.94
7624948--7625006	22	2.5	25	74	17	63	38	3	0	57	1.15
7629083--7629122	20	2.0	20	95	0	71	32	15	17	35	1.91
7644465--7644695	36	6.3	35	70	14	128	24	14	6	54	1.65
7644465--7644700	74	3.2	75	76	7	214	24	14	6	54	1.64
7644481--7644817	74	4.6	73	73	14	187	25	14	8	51	1.69
7644496--7644733	110	2.2	108	83	10	295	26	14	6	52	1.66
7644548--7644862	36	8.5	36	68	12	109	25	15	8	50	1.72
7645650--7645674	13	1.9	13	100	0	50	8	0	28	64	1.22
7645779--7645834	27	2.1	26	90	3	85	19	0	19	60	1.36
7645735--7645857	60	2.0	60	84	3	158	22	0	17	59	1.38
7646010--7646661	335	1.9	338	91	4	1061	34	3	12	49	1.57
7648053--7648148	19	5.0	19	76	11	81	46	18	9	25	1.79
7648077--7648148	29	2.5	29	76	10	76	47	20	9	22	1.79
7648116--7648153	19	2.0	19	94	0	67	50	15	7	26	1.72
7649874--7649935	17	3.7	17	79	10	74	29	0	19	51	1.47
7650453--7650512	15	3.3	19	73	20	56	28	1	21	48	1.60
7657864--7658171	152	2.0	154	84	6	403	40	8	5	45	1.58
7658614--7658665	23	2.2	24	83	12	65	57	3	1	36	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7661120--7661223	22	4.7	22	77	4	75	50	4	5	39	1.48
7661118--7661444	44	7.5	44	68	9	150	51	5	8	34	1.55
7661257--7661286	14	2.1	15	93	6	53	63	6	0	30	1.20
7661254--7661314	22	2.8	22	85	5	79	60	6	3	29	1.38
7661382--7661444	22	2.9	22	82	0	81	50	4	9	34	1.56
7661384--7661444	11	5.5	11	72	0	50	52	4	8	34	1.53
7661807--7662011	44	4.7	44	77	5	166	51	5	7	35	1.54
7661835--7662159	22	14.8	22	72	7	110	48	5	9	35	1.60
7661826--7662006	66	2.7	65	82	5	193	49	5	8	36	1.57
7662183--7662235	22	2.4	22	75	15	63	52	13	9	24	1.69
7662304--7662446	22	6.5	22	76	4	110	42	4	11	40	1.63
7662450--7662549	22	4.5	22	81	5	112	50	11	2	37	1.49
7662445--7662596	44	3.5	44	80	6	137	45	9	4	40	1.57
7662514--7662628	22	5.2	22	78	6	108	43	5	8	42	1.58
7662492--7662637	66	2.2	66	78	11	156	44	5	8	41	1.59
7662513--7662630	44	2.7	44	81	3	130	44	5	8	41	1.59
7662880--7662968	45	2.0	46	84	2	117	46	6	10	37	1.64
7662880--7662958	22	3.5	22	81	3	95	46	6	10	36	1.63
7663035--7663090	22	2.6	21	83	5	76	39	5	12	42	1.65
7663115--7663166	22	2.4	22	86	0	68	46	5	5	42	1.51
7663134--7663197	22	2.9	22	79	4	58	48	7	7	35	1.61
7663337--7663386	22	2.3	22	82	6	66	44	2	10	44	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7663372--7663404	17	1.9	17	93	0	57	54	6	9	30	1.56
7663448--7663505	22	2.5	23	83	5	64	43	3	8	44	1.51
7663473--7663531	24	2.5	22	79	15	57	45	5	11	37	1.63
7666391--7666466	36	2.2	35	92	4	127	26	21	9	43	1.82
7673996--7674037	18	2.3	18	88	8	59	35	2	2	59	1.23
7674209--7674252	8	5.5	8	81	8	54	56	4	0	38	1.20
7678343--7678441	51	1.9	51	85	4	137	27	14	7	51	1.67
7676940--7679433	932	2.7	925	83	5	2881	33	22	8	35	1.85
7681900--7681986	20	4.1	21	75	17	74	52	9	3	34	1.50
7681906--7681976	21	3.3	20	80	9	70	50	11	4	33	1.57
7686891--7686921	16	1.9	16	93	0	53	29	0	3	67	1.06
7686909--7686969	7	8.9	7	75	10	54	18	0	3	78	0.88
7686934--7686966	15	2.3	14	94	5	57	18	0	3	78	0.87
7686915--7686967	13	3.9	13	80	9	61	18	0	3	77	0.92
7687791--7687842	23	2.3	21	76	23	52	34	0	3	61	1.14
7697110--7697144	15	2.2	15	90	10	52	45	0	5	48	1.26
7697258--7697308	23	2.4	22	84	12	70	52	1	0	45	1.12
7701346--7701389	19	2.2	20	88	4	63	45	4	0	50	1.22
7703135--7703198	24	2.7	23	80	9	67	39	10	4	45	1.60
7703263--7703295	17	1.9	17	93	0	57	30	9	6	54	1.56
7703280--7703337	22	2.6	22	71	10	55	43	8	5	43	1.57
7703448--7703497	22	2.3	22	78	0	55	30	12	14	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7703501--7703569	22	3.1	22	78	0	75	43	7	5	43	1.56
7703582--7703633	22	2.4	22	86	0	68	44	11	5	38	1.65
7703710--7703788	22	3.5	22	81	3	95	36	10	6	46	1.63
7703700--7703788	45	2.0	46	84	2	117	37	10	6	46	1.64
7703700--7703795	22	4.3	22	78	4	93	38	10	6	44	1.64
7704074--7704153	22	3.6	22	82	0	106	42	6	6	45	1.54
7704037--7704154	44	2.7	45	81	4	132	41	8	5	44	1.59
7704071--7704222	22	6.9	22	76	6	105	40	4	9	45	1.57
7704071--7704222	44	3.5	44	80	6	137	40	4	9	45	1.57
7704030--7704175	66	2.2	66	78	11	156	41	8	5	44	1.59
7704221--7704360	22	6.4	22	79	3	111	40	12	4	42	1.62
7704219--7704362	44	3.3	44	74	9	125	40	12	4	42	1.62
7704439--7704481	22	2.0	22	86	4	61	27	6	13	51	1.67
7704604--7704672	22	3.2	21	72	13	59	34	10	7	47	1.65
7704662--7704790	22	5.8	21	74	7	96	37	8	3	50	1.49
7704684--7704833	44	3.4	44	81	6	133	38	9	4	48	1.54
7704709--7704833	46	2.8	44	81	8	137	38	11	4	45	1.61
7704710--7704833	22	5.6	22	75	8	99	38	11	4	45	1.61
7705223--7705547	22	14.9	22	69	12	116	34	9	4	51	1.54
7705381--7705410	14	2.1	15	93	6	53	30	0	6	63	1.20
7705223--7705501	44	6.4	44	70	9	140	33	9	4	52	1.54
7705326--7705511	66	2.8	66	73	4	169	34	8	4	52	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7708449--7708495	24	2.0	24	87	8	69	40	0	4	55	1.19
7709793--7709818	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
7713755--7714091	184	1.8	185	86	7	490	36	14	7	41	1.74
7713755--7714102	61	5.8	57	75	12	252	35	13	7	43	1.73
7713754--7714101	119	2.9	116	81	10	385	35	14	7	42	1.73
7714112--7714191	28	2.8	29	75	19	71	70	2	2	25	1.13
7714117--7714206	11	8.4	11	67	17	55	74	2	1	22	0.99
7722100--7722225	42	3.0	42	65	13	114	34	14	7	44	1.72
7722243--7722420	5	35.8	5	72	18	83	74	2	3	18	1.09
7722242--7722324	31	2.7	30	85	7	96	77	1	7	14	1.04
7722243--7722421	17	10.6	16	69	22	100	74	2	3	18	1.09
7722362--7722405	4	10.5	4	80	9	52	75	2	0	22	0.92
7722244--7722419	8	18.9	9	67	25	59	74	2	3	18	1.10
7722239--7722416	23	7.6	23	73	16	93	74	2	4	18	1.12
7722665--7722708	15	2.9	16	80	10	56	0	54	0	45	0.99
7723278--7723317	11	3.5	12	75	25	50	62	5	5	27	1.37
7723256--7723317	22	2.9	21	86	11	74	66	4	4	24	1.31
7723411--7723513	6	16.5	6	73	16	77	75	1	2	19	1.02
7723411--7723513	13	8.2	12	73	17	77	75	1	2	19	1.02
7723433--7723492	30	2.0	30	87	6	86	80	0	1	18	0.80
7723411--7723513	31	3.3	31	80	9	95	75	1	2	19	1.02
7723456--7723522	13	5.2	12	78	7	62	79	1	2	16	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7724540--7724615	39	1.9	39	91	0	125	30	13	22	34	1.92
7738362--7738449	44	2.0	44	84	0	113	46	7	13	31	1.72
7742496--7742575	10	7.7	10	78	10	63	80	0	17	2	0.83
7742489--7742576	19	4.8	18	74	19	67	80	0	15	3	0.84
7742490--7742574	36	2.4	36	77	11	86	80	0	16	3	0.86
7743303--7743469	63	2.7	63	80	8	171	36	9	25	28	1.87
7743870--7744073	45	4.5	46	90	2	313	37	9	15	37	1.80
7743870--7744073	91	2.2	91	89	1	320	37	9	15	37	1.80
7744069--7744123	28	2.0	28	85	0	74	38	5	16	40	1.72
7744147--7744184	20	1.9	20	88	0	58	42	13	18	26	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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