genome.fa.s168.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167993.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_25, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  17943224

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
781314--781363	25	2.0	25	88	7	75	78	0	6	16	0.95
781315--781365	19	2.6	19	90	6	75	80	0	5	13	0.89
781464--781700	121	2.0	121	90	1	377	30	28	10	30	1.91
781872--781913	13	3.5	13	81	12	54	66	14	2	16	1.35
781872--781916	12	3.8	12	80	13	58	62	15	2	20	1.43
782300--782339	18	2.2	18	86	13	55	82	0	17	0	0.67
782300--782340	19	2.2	19	86	8	57	82	0	17	0	0.66
782300--782341	10	4.3	10	78	6	50	83	0	16	0	0.65
782855--783600	89	8.4	90	78	4	694	42	16	23	18	1.89
782855--783600	177	4.2	178	81	3	772	42	16	23	18	1.89
782911--783600	266	2.6	266	82	3	818	42	15	22	18	1.89
786396--786438	21	2.0	21	82	8	52	30	2	2	65	1.18
795257--795284	9	3.1	9	100	0	56	32	21	10	35	1.88
795453--795787	51	6.6	50	83	6	338	28	12	21	37	1.90
796012--796052	17	2.3	19	91	8	68	75	9	4	9	1.17
796020--796060	18	2.3	18	87	8	57	75	14	2	7	1.12
796993--797039	24	2.0	24	86	0	67	27	0	6	65	1.16
797090--797123	12	2.7	13	86	9	52	73	0	2	23	0.97
804869--804916	19	2.4	19	89	6	69	79	0	6	14	0.92
804880--804922	20	2.2	20	83	8	52	79	0	11	9	0.95
805263--805287	13	1.9	13	100	0	50	56	20	8	16	1.65
805312--805359	11	4.2	11	81	7	60	56	25	0	18	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805307--805355	22	2.2	21	85	10	62	63	22	0	14	1.30
805762--805802	11	4.0	10	84	15	57	85	0	14	0	0.60
805770--805808	9	4.1	9	84	12	51	84	0	12	2	0.72
805762--805808	20	2.3	20	89	7	69	82	0	14	2	0.75
805759--805800	16	2.7	16	82	10	52	83	0	16	0	0.65
805807--805853	3	15.7	3	95	0	85	65	0	2	31	1.04
806086--806121	2	18.0	2	88	0	54	50	0	0	50	1.00
806121--806157	2	18.5	2	94	0	65	0	0	45	54	1.00
811042--811088	23	2.0	23	83	0	58	42	8	10	38	1.70
812223--812255	16	2.0	17	94	5	59	48	0	3	48	1.17
812075--812426	58	6.1	58	82	7	355	38	12	6	42	1.69
812127--812404	115	2.4	115	84	4	364	38	12	5	43	1.66
812435--812480	5	8.4	5	86	13	56	78	0	4	17	0.91
812434--812477	6	7.7	6	89	5	56	79	0	4	15	0.89
812437--812486	12	4.4	11	80	14	57	74	0	8	18	1.06
812516--812580	3	21.7	3	92	6	105	69	0	1	29	0.98
812503--812589	24	3.6	23	83	14	104	68	0	3	27	1.05
812974--813005	11	2.9	11	90	0	55	43	9	9	37	1.69
813314--813369	13	3.9	14	78	17	53	71	3	0	25	1.02
825205--825243	15	2.5	16	83	4	53	53	17	0	28	1.44
833512--833855	119	2.8	119	82	7	395	32	14	15	37	1.88
833512--833879	128	3.0	118	81	7	414	32	15	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
833831--833893	22	2.9	22	80	7	65	33	25	15	25	1.95
833853--834312	110	4.2	112	79	6	435	23	21	16	39	1.92
833853--834312	218	2.1	219	78	7	479	23	21	16	39	1.92
834200--834388	87	2.2	87	82	2	220	21	19	16	41	1.90
834094--834508	197	2.1	196	82	2	492	23	20	16	40	1.91
833988--834607	306	2.0	306	80	6	693	23	20	16	40	1.92
834304--834736	219	2.0	218	81	5	507	24	18	16	40	1.90
834597--834639	22	2.0	22	90	0	68	32	25	13	27	1.94
834706--834794	22	4.0	22	84	5	108	28	23	16	31	1.96
834291--834737	109	4.1	109	80	4	461	23	19	16	40	1.91
834700--834788	45	2.0	45	88	4	135	26	24	17	30	1.98
834723--835035	132	2.4	132	85	5	386	23	22	17	35	1.95
834590--834926	154	2.2	155	85	3	457	24	21	17	36	1.94
834860--834915	23	2.5	23	94	2	96	28	28	17	25	1.98
834876--835226	110	3.2	109	83	3	420	23	20	18	37	1.94
834876--835226	109	3.2	108	81	4	402	23	20	18	37	1.94
835438--835500	15	4.3	15	74	13	51	55	1	0	42	1.09
835429--835467	21	1.9	20	89	5	60	48	0	2	48	1.15
835504--835561	17	3.4	16	79	9	62	82	1	5	10	0.89
835504--835561	25	2.3	27	82	17	79	82	1	5	10	0.89
835506--835554	26	1.9	26	88	12	75	83	2	6	8	0.87
835586--835648	23	2.8	23	88	4	94	20	58	11	9	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
835585--835649	12	5.7	12	71	21	59	20	56	13	9	1.64
838878--839022	52	2.8	52	83	4	175	48	6	17	26	1.72
841939--841976	19	2.0	20	89	5	60	34	21	13	31	1.91
842386--842447	28	2.2	27	81	13	72	11	0	12	75	1.04
842672--842696	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
847620--847645	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
849620--849668	24	2.0	24	100	0	98	30	20	4	44	1.70
852952--852987	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
853193--853247	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
853502--853575	24	3.1	24	74	11	64	40	8	1	50	1.41
853788--853844	21	2.5	22	83	11	71	61	1	0	36	1.07
856140--856166	13	2.1	13	100	0	54	29	7	0	62	1.22
860005--860059	26	2.1	26	82	0	65	50	3	9	36	1.51
863599--863691	38	2.4	38	96	1	168	22	30	19	27	1.98
864619--864681	15	4.2	16	74	11	55	53	1	0	44	1.10
866153--866189	15	2.5	15	90	0	65	54	24	0	21	1.45
866156--866193	15	2.5	15	91	4	58	55	23	0	21	1.44
869976--870024	25	2.0	25	95	0	89	44	16	10	28	1.80
872742--872787	9	5.1	9	86	7	67	84	4	0	10	0.75
874477--874572	41	2.3	41	85	3	131	36	19	12	31	1.89
874504--874581	41	1.9	41	92	5	131	35	20	15	28	1.93
874980--875440	110	4.2	109	80	3	426	24	20	15	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
875200--875243	22	2.0	22	86	0	61	27	15	18	38	1.91
875331--875527	87	2.2	88	83	2	236	21	19	17	40	1.91
875419--875978	109	5.1	109	76	8	541	24	21	16	38	1.93
875832--875875	22	2.0	22	86	0	61	31	25	13	29	1.94
875419--875971	219	2.5	215	86	3	725	24	21	16	38	1.93
875939--876019	22	3.6	22	80	3	99	28	24	19	27	1.99
875934--876028	22	4.2	22	71	4	73	29	22	17	30	1.97
876088--876155	23	3.0	23	85	10	95	26	26	19	27	1.99
876095--876161	22	3.0	22	85	10	91	28	26	16	28	1.97
875967--876271	132	2.3	131	84	4	380	21	23	19	35	1.96
876228--876271	22	2.0	22	90	0	70	25	25	20	29	1.99
876111--876463	110	3.2	110	84	1	449	22	21	18	37	1.94
876360--876529	88	1.9	88	81	2	207	24	20	15	39	1.91
876673--876735	15	4.2	16	74	11	55	53	1	0	44	1.10
877737--877761	12	2.1	12	100	0	50	16	0	8	76	1.02
877760--877816	18	3.1	19	71	19	57	26	0	3	70	1.03
878215--878251	15	2.5	15	90	0	65	54	24	0	21	1.45
878218--878255	15	2.5	15	91	4	58	55	23	0	21	1.44
879628--879695	25	2.7	25	81	4	84	42	7	27	22	1.80
880061--880217	52	3.0	50	82	7	179	45	8	19	26	1.80
887925--887952	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
893225--893264	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
893751--893824	24	3.1	24	74	11	64	40	8	1	50	1.41
894049--894106	21	2.8	21	84	7	75	63	1	0	34	1.04
895207--895236	1	30.0	1	100	0	60	100	0	0	0	0.00
900145--900190	24	1.9	24	82	8	58	10	28	19	41	1.85
910537--910584	9	5.2	9	78	12	53	25	4	0	70	1.04
910540--910572	16	2.1	16	88	11	50	27	6	0	66	1.15
911510--911588	23	3.5	22	73	21	65	73	2	2	21	1.07
912100--912148	20	2.6	19	87	9	73	12	0	10	77	0.99
912475--912534	15	4.2	13	82	16	50	75	0	3	21	0.95
912510--912534	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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