genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4490--4533	23	1.9	23	85	0	61	25	15	4	54	1.60
12173--12204	16	2.0	16	100	0	64	12	0	0	87	0.54
17884--18065	46	4.0	46	94	0	319	36	9	26	27	1.87
18497--18556	29	2.1	29	100	0	120	48	3	16	31	1.63
23969--24021	16	3.2	16	94	5	97	24	0	37	37	1.56
24239--24742	121	4.2	121	96	0	902	48	5	2	43	1.40
29001--29031	14	2.2	14	100	0	62	45	29	6	19	1.75
32553--32641	27	3.3	27	79	0	88	21	22	28	28	1.99
32792--32816	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
33662--33745	12	7.9	11	71	20	54	69	0	29	1	0.97
33662--33722	21	3.0	21	85	4	81	73	0	24	1	0.92
38935--39022	41	2.2	40	89	2	131	27	15	21	35	1.94
42843--42888	20	2.3	21	85	7	60	41	0	6	52	1.27
44552--44781	101	2.3	100	87	3	336	31	15	23	29	1.95
44621--44775	33	4.7	33	71	8	118	29	14	24	30	1.95
47293--47429	40	3.4	40	74	7	118	40	16	21	20	1.91
48397--48439	17	2.5	17	92	3	68	55	2	4	37	1.33
48572--48780	104	2.0	104	99	0	409	32	19	13	34	1.91
54178--54227	12	3.9	13	77	12	59	60	2	0	38	1.09
64616--64681	32	2.1	32	100	0	132	22	15	18	43	1.87
67637--67683	22	2.1	22	88	0	67	51	6	17	25	1.69
68332--68427	47	2.0	48	88	8	142	32	21	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76934--77280	171	2.0	171	98	0	676	30	19	16	34	1.93
80011--80051	20	2.0	21	85	4	57	53	7	4	34	1.50
87433--87459	14	1.9	14	100	0	54	0	14	25	59	1.36
89921--90077	48	3.4	45	79	7	163	41	18	13	26	1.87
89897--90385	23	20.7	24	73	11	246	41	17	13	26	1.87
89969--90396	23	18.2	23	73	10	328	42	17	13	26	1.86
89947--90284	95	3.6	95	88	4	461	42	18	13	25	1.87
89966--90403	70	6.2	71	82	5	383	42	16	13	26	1.86
89969--90354	95	4.1	94	86	4	381	43	17	13	25	1.86
90082--90403	141	2.3	143	88	4	472	42	16	13	26	1.86
90082--90405	48	6.8	49	71	13	201	42	16	13	27	1.86
91127--91224	28	3.5	28	85	2	126	31	23	12	32	1.91
92314--92342	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
99267--99324	23	2.5	23	77	5	55	43	6	10	39	1.66
120633--120685	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
129220--129255	19	1.9	18	88	5	54	69	0	8	22	1.15
134848--134925	22	3.5	22	85	0	111	29	25	14	30	1.94
135357--135398	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
137031--137113	41	2.0	41	97	0	157	19	7	13	60	1.56
142458--142482	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
149472--149607	59	2.3	57	81	10	143	41	14	16	27	1.87
149472--149606	60	2.3	58	81	12	152	40	14	16	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155292--155378	6	14.5	6	87	0	129	3	31	29	35	1.74
155292--155378	36	2.4	36	98	0	165	3	31	29	35	1.74
157836--157865	6	5.0	6	100	0	60	16	16	50	16	1.79
163628--163661	17	2.0	17	88	0	50	50	5	14	29	1.67
165851--165917	34	1.9	35	84	3	91	44	13	8	32	1.75
167250--167300	24	2.1	24	92	0	84	23	25	13	37	1.92
167264--167328	24	2.6	26	83	9	82	20	24	18	36	1.94
178080--178125	15	3.1	15	70	17	51	54	13	8	23	1.66
181292--181339	2	23.5	2	95	4	87	50	2	0	47	1.12
182093--182124	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
182368--182450	43	1.9	43	90	4	132	31	30	19	19	1.96
183829--183853	7	3.6	7	100	0	50	44	0	28	28	1.55
186148--186226	34	2.3	34	91	0	122	35	12	10	41	1.77
186403--186493	23	4.0	23	78	5	96	34	17	27	20	1.95
191584--191646	30	2.1	30	93	0	108	57	14	3	25	1.52
213830--213868	19	2.1	19	95	0	69	30	10	38	20	1.86
215343--215368	4	6.5	4	100	0	52	26	0	46	26	1.53
229567--229604	18	2.1	18	90	0	58	42	2	10	44	1.52
230320--230380	27	2.4	25	87	12	90	42	9	0	47	1.36
230422--230473	27	1.9	27	96	0	95	25	23	32	19	1.97
230929--231093	82	2.0	82	98	0	321	45	10	6	38	1.63
231145--231240	19	5.2	19	81	5	124	48	0	13	37	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231145--231240	37	2.6	37	98	0	183	48	0	13	37	1.43
232478--232603	22	5.3	24	79	10	127	38	20	24	16	1.93
232534--232610	25	3.0	26	77	9	79	36	22	23	18	1.95
235839--235899	26	2.3	28	88	11	101	52	0	6	40	1.27
254794--254828	6	5.7	6	90	6	52	20	11	68	0	1.20
268614--268640	13	2.1	13	100	0	54	40	0	0	59	0.98
269886--270020	70	1.9	71	92	4	229	48	11	0	39	1.45
269917--269974	25	2.3	25	90	0	89	43	13	1	41	1.55
269917--270017	25	4.2	25	69	14	88	46	11	0	40	1.47
270163--270207	21	2.1	21	84	8	56	8	24	31	35	1.86
271700--271798	23	4.3	23	93	0	162	31	27	21	20	1.98
273831--273868	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
274590--274645	25	2.3	25	80	14	64	60	3	1	33	1.24
274817--274893	11	6.9	11	78	19	72	42	1	31	24	1.63
274817--274893	22	3.5	22	83	16	97	42	1	31	24	1.63
274817--274892	33	2.3	35	84	9	104	42	1	31	25	1.63
281824--281848	7	3.6	7	100	0	50	0	12	24	64	1.27
282566--282607	21	2.0	21	95	0	75	42	11	21	23	1.86
295147--295180	6	5.7	6	100	0	68	32	50	0	17	1.47
296214--296252	19	2.1	19	90	0	60	48	12	10	28	1.74
296202--296266	33	1.9	34	87	3	96	44	12	9	33	1.74
296236--296275	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
302824--302923	48	2.1	49	96	1	184	18	32	10	40	1.83
314503--314558	17	3.4	16	78	11	60	41	0	1	57	1.09
314503--314557	5	11.2	5	74	18	53	40	0	1	58	1.09
314504--314559	27	2.0	29	86	6	80	42	0	1	55	1.10
316032--316060	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
317377--317421	24	1.9	23	86	4	63	42	6	35	15	1.73
317481--317529	24	2.1	22	85	14	64	38	2	4	55	1.31
317785--317830	16	2.9	16	86	0	65	26	30	2	41	1.68
318761--318785	8	3.1	8	100	0	50	40	12	36	12	1.79
319818--320042	123	1.8	123	92	0	378	28	15	22	33	1.94
323577--323756	55	3.2	54	88	4	229	46	4	12	37	1.62
323750--324058	29	10.7	29	80	9	371	24	0	30	45	1.53
323750--324058	59	5.3	58	83	7	362	24	0	30	45	1.53
323755--324058	88	3.5	87	84	7	379	23	0	30	45	1.53
323959--324043	25	3.2	26	79	19	95	22	0	31	45	1.52
324001--324062	25	2.6	24	89	5	90	22	0	29	48	1.51
324102--324214	36	3.2	36	61	16	90	44	17	5	32	1.71
324061--324242	71	2.6	71	99	0	355	43	15	3	36	1.64
324132--324338	96	2.2	96	99	0	405	43	16	2	37	1.61
327673--327838	50	3.3	50	88	0	251	19	31	23	25	1.98
327813--327862	24	2.1	24	100	0	100	16	34	20	30	1.94
327763--327912	74	2.0	74	98	0	291	18	33	21	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
327837--327939	50	2.1	50	98	0	197	19	31	21	28	1.97
327713--327939	124	1.8	124	94	0	400	18	32	22	26	1.97
328034--328064	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
328277--328334	30	1.9	31	85	3	82	34	20	1	43	1.62
329355--329478	51	2.4	51	85	5	171	45	0	22	30	1.58
329454--329493	11	3.6	11	86	6	55	47	0	32	20	1.50
329850--330053	101	2.0	102	91	2	331	36	10	3	49	1.55
340467--340793	163	2.0	163	99	0	645	41	21	8	29	1.82
343269--343312	21	2.0	23	86	8	65	56	2	0	40	1.11
346571--346770	95	2.1	95	78	4	217	42	5	15	37	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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