genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59470144--59470475	51	6.6	50	82	5	373	28	15	26	29	1.96
59470601--59470832	41	5.6	41	93	0	392	21	19	31	27	1.97
59470964--59470988	11	2.3	11	100	0	50	44	0	8	48	1.32
59471223--59471262	14	2.8	14	88	3	53	32	0	32	35	1.58
59471218--59471273	21	2.6	21	82	2	67	32	1	28	37	1.68
59471282--59471326	21	2.1	21	83	0	54	28	2	35	33	1.70
59471356--59471477	61	2.0	63	91	3	203	29	0	24	45	1.59
59476026--59476072	20	2.4	19	79	13	51	59	4	0	36	1.17
59476114--59476210	43	2.3	43	76	7	99	23	16	27	31	1.96
59476194--59476237	22	2.0	22	86	0	61	34	20	27	18	1.96
59476216--59476372	43	3.8	43	76	12	143	25	19	28	26	1.99
59476301--59476370	35	2.0	35	88	0	104	24	21	30	24	1.99
59483968--59484254	51	5.7	50	80	2	247	28	15	25	31	1.96
59483985--59484260	102	2.7	102	82	2	315	29	14	25	30	1.95
59484025--59484254	50	4.6	50	80	3	228	30	14	23	31	1.94
59485628--59485814	25	7.5	24	72	12	119	36	23	14	24	1.93
59485611--59485815	75	2.7	75	81	4	227	36	23	14	25	1.93
59485652--59485783	50	2.6	50	79	2	140	39	25	13	21	1.90
59489878--59489922	21	2.1	21	83	0	54	2	40	17	40	1.62
59492152--59492223	25	3.0	25	79	4	76	37	20	20	20	1.95
59492320--59492372	25	2.2	24	86	10	72	39	24	18	16	1.91
59499474--59499529	25	2.2	25	96	0	103	44	3	30	21	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59499623--59499738	42	2.8	40	69	20	94	22	17	18	42	1.89
59501951--59501980	6	5.0	6	91	0	51	80	0	0	20	0.72
59503121--59503166	23	2.0	23	83	8	58	6	10	50	32	1.63
59505945--59506179	73	3.2	74	67	13	196	25	13	23	37	1.91
59505946--59506358	147	2.8	147	81	6	421	27	14	21	37	1.92
59506619--59506663	19	2.4	19	84	0	63	33	46	2	17	1.61
59506765--59506789	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
59513635--59513700	21	3.1	21	84	0	87	36	19	42	1	1.61
59514134--59514226	42	2.2	43	86	1	125	27	18	23	30	1.98
59514147--59514494	42	8.2	42	85	5	411	25	20	21	32	1.98
59514571--59514613	22	2.0	22	85	0	59	51	27	11	9	1.69
59515445--59515470	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
59516734--59516801	27	2.5	26	81	9	66	20	23	33	22	1.97
59516852--59516979	10	13.3	10	72	17	69	68	0	29	1	0.99
59516852--59516964	4	27.0	4	72	22	58	69	0	28	1	0.98
59516853--59516964	23	4.7	23	74	20	97	70	0	27	1	0.97
59516852--59516964	37	3.1	36	75	18	117	69	0	28	1	0.98
59516943--59516996	16	3.6	15	78	7	56	62	0	37	0	0.95
59516885--59516981	50	1.9	50	91	2	158	69	0	29	1	0.96
59519980--59520004	11	2.3	11	100	0	50	32	8	16	44	1.76
59523122--59523162	3	13.7	3	100	0	82	68	31	0	0	0.90
59523292--59523316	13	1.9	13	100	0	50	0	28	0	72	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59523302--59523327	8	3.2	8	100	0	52	0	23	0	76	0.78
59523417--59523505	27	3.3	27	80	12	110	22	31	23	22	1.98
59524248--59524519	43	6.3	43	86	5	325	31	23	22	22	1.98
59524830--59524883	21	2.6	21	90	0	81	9	42	14	33	1.78
59524855--59525032	87	2.0	87	86	4	243	12	30	17	39	1.87
59533247--59533576	9	38.8	9	72	13	270	31	2	20	45	1.64
59533238--59533337	25	4.0	25	81	10	96	34	4	20	42	1.70
59533238--59533337	51	2.0	50	84	2	128	34	4	20	42	1.70
59533306--59533508	59	3.6	58	81	12	224	30	2	20	45	1.66
59533369--59533563	43	4.8	42	77	13	156	30	1	21	47	1.57
59533247--59533576	34	9.7	36	74	11	270	31	2	20	45	1.64
59533741--59533787	20	2.3	20	82	10	60	55	2	2	40	1.24
59535718--59535744	11	2.5	11	100	0	54	55	0	18	25	1.43
59536626--59536662	18	2.1	18	89	0	56	54	13	0	32	1.40
59537939--59537976	15	2.5	15	86	0	58	36	42	0	21	1.53
59538500--59538819	41	7.8	40	78	3	298	35	23	24	16	1.95
59538500--59538818	82	3.9	82	86	0	370	35	23	24	16	1.95
59538458--59538819	123	2.9	122	82	4	379	34	23	25	16	1.95
59539400--59539544	72	2.0	70	97	2	272	46	2	24	26	1.66
59542982--59543015	14	2.5	14	95	4	61	50	35	0	14	1.44
59553230--59553344	38	3.0	39	87	2	160	34	8	12	44	1.73
59553236--59553356	39	3.1	37	78	5	125	34	9	10	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59561045--59561076	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
59562023--59562426	207	2.0	206	89	1	621	34	12	20	32	1.91
59579234--59579276	18	2.4	18	84	0	50	39	13	20	25	1.90
59579164--59579292	30	4.3	29	79	8	136	36	15	20	27	1.93
59579169--59579292	60	2.1	60	84	3	160	35	15	20	29	1.93
59579402--59579452	22	2.3	21	83	9	66	37	21	23	17	1.94
59581404--59581432	15	1.9	15	100	0	58	48	0	31	20	1.50
59583874--59583932	30	1.9	31	93	3	102	18	44	0	37	1.50
59583877--59583943	30	2.2	30	81	7	73	19	50	1	28	1.56
59589936--59590354	210	2.0	210	100	0	838	20	24	15	39	1.91
59595923--59596003	19	4.2	20	72	19	66	32	19	24	23	1.98
59597650--59597686	19	1.9	19	94	0	65	59	5	5	29	1.42
59597675--59597716	21	2.0	21	85	0	57	57	2	4	35	1.33
59598110--59598223	19	5.9	19	71	5	68	28	6	5	60	1.42
59602371--59602397	11	2.5	11	100	0	54	74	11	0	14	1.08
59606757--59606819	11	5.6	11	76	16	58	31	1	3	63	1.19
59607501--59607557	22	2.6	22	80	5	62	14	26	19	40	1.89
59607538--59607586	22	2.2	23	78	10	57	18	30	16	34	1.93
59628938--59629088	43	3.5	43	80	3	160	29	24	17	28	1.97
59630158--59630184	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
59634715--59634850	41	3.2	41	80	9	148	52	0	10	36	1.41
59641470--59641591	43	2.9	43	80	11	128	27	25	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59648997--59649108	33	3.2	36	80	11	121	33	26	10	28	1.90
59656550--59656661	33	3.2	36	80	11	121	33	26	10	28	1.90
59656854--59657063	41	5.1	41	92	0	348	22	27	20	28	1.99
59657291--59657339	21	2.5	20	90	6	73	44	12	2	40	1.53
59673026--59673120	26	3.7	26	97	1	174	35	21	8	34	1.83
59673028--59673143	52	2.2	52	87	1	162	32	20	10	36	1.87
59677656--59677759	29	3.6	28	80	10	104	26	24	18	30	1.98
59677935--59678040	53	2.0	53	85	3	142	29	23	12	34	1.91
59682029--59682054	13	2.0	13	100	0	52	7	7	0	84	0.77
59681818--59682189	170	2.2	166	91	5	594	17	18	4	59	1.55
59682853--59682929	29	2.6	29	85	8	93	44	10	14	31	1.79
59683109--59683156	22	2.0	23	84	11	62	54	4	2	39	1.32
59689304--59689354	26	2.0	26	92	0	84	17	25	33	23	1.96
59689333--59689559	43	5.4	43	78	7	234	22	17	25	35	1.95
59689333--59689559	42	5.4	42	78	6	235	22	17	25	35	1.95
59689330--59689567	85	2.8	84	88	1	332	22	18	25	34	1.96
59691865--59691897	16	2.1	16	100	0	66	18	0	12	69	1.18
59691854--59691941	47	1.9	46	84	11	119	31	0	7	60	1.26
59691970--59692010	20	2.0	20	85	0	55	21	4	4	68	1.28
59692354--59692392	16	2.4	16	91	0	60	56	7	0	35	1.28
59692462--59692503	16	2.6	16	88	0	57	42	7	4	45	1.52
59692844--59693663	154	5.3	153	90	3	1213	52	8	9	29	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59701446--59701478	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
59702617--59702646	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
59702681--59702725	11	3.9	11	80	11	54	57	4	2	35	1.31
59704455--59704504	25	2.0	25	84	0	64	78	4	4	14	1.05
59704681--59704719	21	1.9	20	84	5	51	69	0	5	25	1.09
59708184--59708223	3	13.3	3	89	0	62	32	40	27	0	1.57
59714957--59714989	12	2.8	12	90	4	50	6	18	33	42	1.75
59717512--59717536	13	1.9	13	100	0	50	72	4	8	16	1.24
59717858--59717890	12	2.8	12	95	0	57	18	15	9	57	1.63
59718114--59718157	6	7.2	6	84	5	61	40	0	59	0	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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