genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  171  of  226  ( 27023 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54709130--54709239	26	4.2	24	66	24	60	43	0	3	51	1.25
54725192--54725287	11	9.4	11	69	22	57	58	0	3	38	1.14
54725159--54725287	39	3.1	40	85	8	152	60	0	2	37	1.10
54725225--54725295	30	2.4	28	80	17	74	59	0	2	38	1.12
54728300--54728335	11	3.2	11	92	4	54	38	16	13	30	1.88
54729211--54729240	13	2.2	14	94	5	53	33	0	16	50	1.46
54732923--54733136	45	4.8	45	85	0	248	32	18	17	30	1.95
54736634--54736802	87	1.9	87	90	0	266	29	14	14	42	1.85
54737181--54737232	22	2.3	22	75	21	54	57	0	7	34	1.27
54738972--54739030	18	3.3	18	85	0	91	30	8	20	40	1.82
54739947--54740024	36	2.1	36	97	2	147	32	33	12	21	1.91
54741970--54742002	17	1.9	17	100	0	66	36	12	24	27	1.91
54743638--54743676	21	1.9	20	84	5	51	51	23	5	20	1.67
54744294--54744392	35	2.8	35	82	0	108	39	31	15	14	1.87
54747323--54747401	41	2.0	40	82	12	99	70	8	5	15	1.29
54747612--54747670	30	2.0	30	90	6	93	67	1	1	28	1.10
54747633--54747678	24	1.9	24	82	8	58	65	4	2	28	1.23
54757681--54757830	52	2.7	57	82	12	161	42	0	4	52	1.25
54757753--54757841	26	3.4	25	74	7	88	44	1	3	50	1.25
54758726--54758780	21	2.6	21	75	11	67	50	3	0	45	1.19
54759807--54759847	18	2.2	19	86	4	57	53	4	4	36	1.44
54759912--54759941	15	2.0	15	93	0	51	36	36	0	26	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54762473--54762501	10	2.7	11	94	5	51	79	0	20	0	0.74
54762470--54762501	16	2.0	16	93	0	55	78	0	21	0	0.76
54768878--54769017	70	2.0	70	97	0	262	45	19	11	24	1.83
54773913--54773943	2	15.5	2	93	0	53	48	0	48	3	1.17
54776510--54776743	130	1.8	130	99	0	459	33	11	16	38	1.85
54777803--54777861	25	2.4	25	97	0	109	28	10	18	42	1.83
54778064--54778126	32	2.0	32	100	0	126	41	12	9	36	1.76
54778243--54778427	64	2.9	64	91	3	300	50	8	9	31	1.64
54782016--54782126	44	2.6	41	79	18	136	36	31	3	28	1.75
54782029--54782121	44	2.1	46	91	4	154	36	30	4	29	1.77
54782016--54782126	46	2.6	42	78	15	131	36	31	3	28	1.75
54784789--54784882	49	1.9	49	93	0	161	26	25	6	41	1.79
54784949--54784974	7	3.7	7	100	0	52	15	42	11	30	1.82
54786142--54786184	18	2.3	19	92	4	70	20	25	0	53	1.46
54793187--54793238	11	4.7	11	73	0	50	26	50	13	9	1.72
54798091--54798126	18	1.9	19	94	5	65	72	8	13	5	1.27
54800930--54800979	24	2.1	24	92	0	82	38	2	20	40	1.64
54804146--54804181	17	2.1	18	89	5	56	55	25	0	19	1.43
54807016--54807052	19	1.9	19	89	10	58	29	5	0	64	1.15
54809197--54809449	112	2.2	112	81	4	296	27	22	24	25	2.00
54809350--54809594	72	3.4	73	93	3	415	26	20	25	27	1.99
54809770--54809796	14	1.9	14	100	0	54	25	0	37	37	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54809820--54809863	23	2.0	22	86	4	61	18	0	50	31	1.47
54809843--54809875	14	2.4	14	90	10	50	24	0	45	30	1.53
54810062--54810096	15	2.4	15	90	4	54	20	0	40	40	1.52
54809895--54810577	285	2.3	289	85	8	870	29	2	26	41	1.69
54810349--54810395	14	3.3	15	88	8	71	25	0	34	40	1.56
54810411--54810439	15	1.9	15	100	0	58	13	0	51	34	1.42
54810852--54811121	138	2.0	137	92	2	452	44	14	14	25	1.84
54811111--54811255	77	1.9	77	84	2	193	44	8	16	30	1.77
54810990--54811416	219	1.9	223	84	7	578	44	11	16	28	1.82
54814904--54814955	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
54814849--54815186	116	2.9	119	92	4	594	41	2	6	49	1.42
54815149--54815190	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
54815140--54815181	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
54815392--54815424	16	2.1	16	100	0	66	33	36	0	30	1.58
54816676--54816732	29	2.0	29	85	0	78	26	14	15	43	1.85
54818079--54818117	21	2.0	21	85	10	55	28	5	5	61	1.39
54818459--54818498	21	1.9	21	94	0	71	27	5	27	40	1.77
54819768--54819948	43	4.3	43	85	4	233	27	18	30	23	1.98
54819768--54819942	86	2.1	84	91	2	278	27	18	30	22	1.98
54826571--54826622	26	2.0	26	100	0	104	15	26	23	34	1.94
54828040--54828069	15	1.9	16	93	6	53	73	0	6	20	1.05
54828420--54828465	20	2.3	20	85	7	58	23	15	19	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54830716--54830763	20	2.4	20	92	0	78	25	33	16	25	1.96
54830715--54830765	10	5.1	10	77	15	52	25	31	15	27	1.96
54834050--54834149	23	4.3	23	76	9	87	18	15	26	41	1.89
54839230--54839265	18	2.0	18	100	0	72	61	11	0	27	1.30
54841145--54841254	23	4.7	23	80	7	107	40	18	13	28	1.88
54841260--54841293	15	2.3	15	89	0	50	73	5	0	20	1.04
54843804--54843858	24	2.3	24	90	3	85	49	12	16	21	1.79
54851427--54851515	10	9.0	10	68	18	53	58	4	1	35	1.26
54851425--54851473	21	2.3	22	75	10	57	63	2	2	32	1.17
54866572--54866605	13	2.8	12	86	8	50	73	14	11	0	1.10
54868446--54868478	17	2.0	17	94	5	59	72	15	0	12	1.12
54870660--54870686	14	1.9	14	100	0	54	33	0	7	59	1.25
54870739--54870788	25	2.0	25	84	0	64	42	16	2	40	1.59
54875863--54875912	25	2.0	25	88	0	73	48	4	24	24	1.68
54879226--54879255	14	2.1	14	100	0	60	46	0	20	33	1.51
54879412--54879511	48	2.1	48	94	0	173	22	19	15	44	1.87
54881003--54881084	28	2.9	28	79	1	83	39	21	24	14	1.91
54881043--54881119	28	2.7	27	76	7	73	33	22	29	14	1.93
54883551--54883668	43	2.7	43	80	7	132	20	19	27	32	1.97
54885575--54885615	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
54886525--54886595	29	2.4	29	85	2	97	43	19	25	11	1.84
54886525--54886629	29	3.6	29	76	3	95	40	21	24	13	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54886610--54886676	18	3.7	18	90	4	100	35	19	26	17	1.94
54886610--54886679	36	1.9	36	91	5	115	35	20	25	18	1.95
54898584--54898651	18	3.8	18	68	14	59	64	4	7	23	1.37
54898982--54899022	17	2.3	19	83	8	59	58	9	14	17	1.62
54898966--54899021	17	3.2	16	85	10	58	55	12	12	19	1.68
54909237--54909311	38	2.0	38	84	5	98	16	14	30	38	1.88
54909298--54909326	15	1.9	15	100	0	58	10	13	34	41	1.79
54909327--54909393	16	3.8	16	71	21	62	14	28	31	25	1.95
54909310--54909398	38	2.3	38	92	0	151	13	23	32	30	1.93
54909335--54909397	22	3.1	22	63	32	59	12	26	34	25	1.92
54909233--54909398	91	1.8	91	84	0	224	15	19	31	33	1.93
54909634--54909666	12	2.8	12	100	0	66	42	0	0	57	0.98
54909998--54910576	287	2.0	287	97	0	1095	28	11	18	42	1.84
54912385--54912494	54	2.1	53	85	1	148	23	25	30	20	1.99
54912395--54912517	53	2.3	54	83	4	151	25	26	30	18	1.98
54916455--54916498	22	2.0	22	100	0	88	36	13	9	40	1.76
54921051--54921117	23	2.9	23	80	6	73	11	13	23	50	1.75
54926500--54926545	24	2.0	23	83	12	58	54	2	0	43	1.12
54932659--54932690	12	2.6	13	85	14	50	56	6	0	37	1.25
54934398--54934493	49	1.9	50	93	2	167	33	25	13	28	1.93
54935323--54935659	33	9.7	33	67	23	126	33	27	18	20	1.96
54935324--54935533	76	2.8	76	86	3	307	32	27	18	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54935510--54935559	26	1.9	26	100	0	100	28	32	24	16	1.96
54935435--54935664	101	2.3	102	97	0	435	33	29	17	19	1.95
54937819--54937850	12	2.6	13	85	14	50	56	6	0	37	1.25
54938720--54938804	37	2.3	37	91	0	134	34	1	28	36	1.65
54941350--54941379	14	2.1	15	93	6	53	40	6	13	40	1.71
54942157--54942198	12	3.5	12	81	12	59	26	23	42	7	1.80
54942147--54942200	24	2.2	24	100	0	108	25	22	44	7	1.79
54944889--54944998	42	2.6	42	79	4	132	23	23	30	22	1.99
54948534--54948578	23	2.0	23	82	8	56	31	2	26	40	1.68
54951311--54951384	24	3.1	24	86	0	103	22	33	27	16	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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