genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24542136--24542175	16	2.4	18	80	16	50	72	7	0	20	1.08
24542362--24542401	21	2.0	20	85	5	53	17	7	5	70	1.30
24547843--24547904	31	2.0	31	93	0	106	35	19	24	20	1.96
24559211--24559242	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
24563415--24563523	52	2.1	53	89	3	166	44	23	0	31	1.60
24563524--24563560	3	12.7	3	94	5	67	35	0	0	64	0.94
24571003--24571064	29	2.1	31	81	6	74	37	1	14	46	1.54
24580988--24581033	23	2.0	24	83	12	60	39	0	8	52	1.33
24582114--24582149	15	2.4	15	90	0	54	33	13	0	52	1.41
24582654--24582736	37	2.4	34	77	16	82	55	3	2	38	1.30
24584607--24584704	43	2.3	43	89	0	151	21	26	29	22	1.99
24586945--24586986	21	2.0	21	85	0	57	54	14	2	28	1.52
24590023--24590053	14	2.2	14	100	0	62	35	12	32	19	1.90
24591409--24591441	11	3.1	11	95	4	59	45	0	0	54	0.99
24591408--24591468	16	3.3	19	70	27	58	45	0	0	54	1.00
24591400--24591456	15	3.3	15	71	28	51	45	0	0	54	0.99
24591427--24591562	47	3.0	46	66	21	108	46	3	2	47	1.35
24591594--24592011	120	3.5	120	93	1	703	42	2	5	49	1.40
24591728--24591773	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
24591968--24592009	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
24591959--24592000	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
24599528--24599601	34	2.2	32	81	6	85	54	8	2	35	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24604891--24604922	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
24605692--24605746	5	11.2	5	74	18	53	58	1	0	40	1.09
24605690--24605742	27	2.0	25	89	7	79	54	1	0	43	1.11
24608762--24608812	24	2.1	25	85	3	68	56	29	5	7	1.51
24610393--24610437	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
24610673--24610719	21	2.3	20	78	10	51	23	17	12	46	1.82
24612269--24612327	30	2.0	30	82	0	73	47	8	0	44	1.33
24612630--24612659	15	2.0	15	100	0	60	33	0	0	66	0.92
24612923--24613306	135	2.8	135	91	0	590	34	8	12	44	1.72
24620929--24620971	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
24628718--24628817	51	2.0	50	84	2	128	52	1	9	38	1.40
24628771--24628849	34	2.3	33	85	8	97	55	1	6	36	1.33
24646532--24646657	37	3.2	39	78	7	148	34	24	15	24	1.95
24653505--24653538	14	2.4	15	90	9	54	58	14	0	26	1.36
24661490--24661631	42	3.3	43	88	4	198	28	23	22	25	1.99
24662145--24662193	12	4.3	12	70	15	50	2	40	20	36	1.64
24662157--24662219	21	3.0	21	90	0	90	3	42	20	33	1.68
24664779--24665064	9	33.4	9	73	13	187	29	2	19	49	1.61
24664779--24664950	25	6.8	25	88	1	245	29	1	21	47	1.61
24664779--24665041	16	15.4	16	73	14	113	28	2	19	49	1.60
24664983--24665054	19	3.7	19	71	17	58	29	2	18	50	1.61
24665151--24665212	21	3.0	21	70	23	51	48	4	4	41	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24666635--24666674	15	2.7	15	88	0	62	35	2	45	17	1.62
24666652--24666724	23	3.1	23	77	13	78	39	1	39	19	1.60
24668246--24669015	115	6.8	113	80	7	810	26	22	19	31	1.98
24668244--24669033	228	3.5	228	82	7	930	26	22	19	31	1.98
24668246--24669053	343	2.4	341	80	8	926	25	22	19	31	1.98
24675734--24675799	33	2.0	33	100	0	132	39	9	12	39	1.74
24681442--24681491	24	2.1	23	89	10	75	0	32	2	66	1.03
24683845--24683892	25	1.9	25	86	0	69	54	12	10	22	1.68
24688195--24688238	16	2.8	16	82	10	54	68	2	2	27	1.14
24692251--24692304	20	2.7	20	88	5	83	35	12	11	40	1.79
24692360--24692479	36	3.3	36	77	7	109	43	12	18	25	1.85
24692372--24692476	17	5.8	17	70	12	75	41	12	17	28	1.85
24692635--24692667	15	2.1	16	88	5	50	51	9	15	24	1.72
24693074--24693119	19	2.4	19	85	0	56	8	23	41	26	1.83
24693287--24693336	3	16.0	3	80	15	57	0	36	0	64	0.94
24693287--24693333	10	4.6	10	84	5	67	0	36	0	63	0.94
24693647--24693726	30	2.7	30	90	1	117	40	5	23	31	1.76
24699854--24699891	20	1.9	20	94	0	67	63	0	0	36	0.95
24699876--24699910	17	2.0	18	88	5	54	54	2	5	37	1.39
24700479--24700512	7	4.9	7	100	0	68	73	0	0	26	0.83
24708121--24708155	17	2.1	17	100	0	70	11	28	0	60	1.32
24720099--24720204	54	2.0	54	90	3	169	30	25	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24720264--24720337	36	2.1	36	94	0	130	35	14	27	22	1.94
24728779--24728828	4	12.5	4	91	0	82	24	4	26	46	1.70
24728779--24728830	20	2.6	20	100	0	104	25	5	25	44	1.76
24735509--24735559	24	2.1	24	82	7	59	62	0	3	33	1.13
24736871--24736910	21	1.9	21	89	0	62	37	2	0	60	1.11
24736870--24736928	22	2.8	21	80	14	59	40	1	3	54	1.27
24737382--24737431	15	3.3	15	75	10	57	12	64	4	20	1.43
24737442--24737680	132	1.8	132	87	3	356	19	51	11	17	1.74
24737574--24737624	24	2.1	24	96	0	93	23	43	15	17	1.88
24737640--24737697	18	3.2	18	77	0	62	15	63	10	10	1.51
24737715--24737764	24	2.1	24	84	0	64	24	46	16	14	1.83
24741813--24741864	25	2.1	25	96	0	95	44	13	5	36	1.68
24743395--24743513	63	1.9	63	84	3	159	22	18	30	28	1.97
24744658--24744690	16	2.0	17	88	5	50	39	3	0	57	1.14
24749581--24750411	132	6.3	132	93	0	1322	24	25	20	29	1.99
24757192--24757226	14	2.5	14	90	0	61	40	17	8	34	1.80
24767583--24767617	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
24779221--24779245	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
24782593--24782646	26	2.1	26	100	0	108	22	7	7	62	1.46
24783149--24783221	26	3.0	25	77	15	71	58	0	10	30	1.32
24783223--24783261	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
24799287--24799328	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24800320--24800372	22	2.4	22	90	0	79	7	49	28	15	1.71
24800332--24800375	11	4.0	11	100	0	88	9	45	27	18	1.79
24801900--24801931	16	2.0	16	100	0	64	37	0	6	56	1.25
24801880--24801926	21	2.3	20	80	16	53	38	2	4	55	1.31
24806369--24806403	12	2.9	12	91	0	52	40	0	0	60	0.97
24809588--24809636	25	2.0	25	91	0	80	34	14	24	26	1.94
24809653--24809731	24	3.3	24	73	19	76	34	21	26	17	1.96
24810548--24810674	52	2.6	45	77	16	130	26	23	14	34	1.94
24810531--24810660	52	2.5	52	96	0	233	26	24	14	33	1.94
24812705--24812763	24	2.4	24	82	2	64	35	18	27	18	1.94
24813431--24813471	21	2.0	21	85	0	55	39	7	2	51	1.43
24822308--24822348	19	2.2	19	91	4	66	31	0	0	68	0.90
24823397--24823441	20	2.2	20	88	7	65	62	6	0	31	1.21
24829803--24830054	126	2.0	126	97	0	477	33	26	10	29	1.90
24832075--24832173	47	2.1	48	82	1	119	18	14	32	35	1.90
24832723--24832804	25	3.4	25	76	5	89	19	24	18	37	1.94
24833713--24833770	28	2.0	29	83	9	75	32	0	3	63	1.11
24833860--24833888	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
24837350--24837394	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
24851316--24851360	21	2.1	22	84	8	58	46	0	0	53	1.00
24851650--24851698	21	2.3	21	82	6	64	46	4	6	42	1.47
24851732--24851771	20	2.0	21	85	5	55	37	20	12	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24853738--24853806	3	23.0	3	100	0	138	66	0	0	33	0.92
24855325--24855379	27	2.0	27	86	6	76	72	1	25	0	0.94
24855349--24855394	17	2.6	17	78	21	58	69	0	30	0	0.89
24855362--24855394	14	2.3	15	85	15	52	69	0	30	0	0.88
24855325--24855379	5	10.2	5	79	13	56	72	1	25	0	0.94
24857113--24857294	9	19.4	9	66	18	61	62	4	3	29	1.34
24860938--24860974	16	2.4	15	86	8	56	29	0	5	64	1.15
24861261--24861285	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
24865364--24865405	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
24870103--24870138	18	1.9	18	88	5	54	50	5	2	41	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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