genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58988237--58988347	7	15.7	7	74	9	73	49	28	1	19	1.59
58988567--58988631	28	2.2	29	91	5	105	50	3	4	41	1.38
58988874--58988980	39	2.7	40	80	2	126	23	21	17	37	1.94
58995111--58995563	9	52.6	9	69	18	163	31	1	17	48	1.58
58995142--58995563	25	17.0	25	71	18	230	31	1	17	49	1.58
58995157--58995537	16	22.9	16	70	17	182	30	1	17	49	1.57
58995238--58995362	7	16.7	7	75	21	103	28	0	16	53	1.49
58995272--58995418	21	6.3	23	72	19	81	30	0	16	53	1.43
58995286--58995407	37	3.5	37	76	22	156	31	0	16	52	1.44
58995249--58995418	65	2.5	67	90	7	272	30	0	17	51	1.49
58995777--58995810	17	2.0	17	94	0	59	55	0	0	44	0.99
58995806--58995894	18	4.8	18	79	14	101	43	1	11	43	1.47
58995799--58995876	39	2.0	41	94	5	142	46	0	10	43	1.37
58995811--58995903	22	4.4	22	66	21	65	44	1	12	41	1.50
58995804--58995898	39	2.4	39	81	18	117	44	1	11	43	1.47
58995886--58996059	47	3.8	47	77	11	218	44	3	14	37	1.63
58998597--58998634	18	2.1	18	95	0	67	31	50	0	18	1.47
58998883--58998909	14	1.9	14	100	0	54	44	0	14	40	1.46
58998897--58998958	31	2.0	31	90	9	99	43	0	8	48	1.32
58999995--59000431	114	3.8	112	79	8	434	26	26	22	24	2.00
58999998--59000431	228	1.9	228	80	6	513	26	26	23	24	2.00
59002003--59002046	18	2.4	18	80	0	52	50	9	20	20	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59002600--59002823	41	5.4	40	81	3	187	25	20	24	29	1.99
59002593--59002749	82	1.9	83	85	3	219	29	19	21	29	1.97
59002830--59002875	20	2.4	19	85	7	58	26	4	4	65	1.30
59003231--59003263	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
59003510--59003552	21	2.0	21	86	0	59	20	0	39	39	1.53
59003914--59003946	4	8.2	4	93	0	57	75	0	0	24	0.80
59004536--59004585	23	2.2	23	85	0	64	22	54	2	22	1.55
59004785--59004834	23	2.1	23	88	3	73	64	18	4	14	1.44
59008447--59008527	42	1.9	42	87	0	117	25	16	25	32	1.96
59010507--59010619	27	3.8	29	83	11	140	24	0	2	72	0.97
59010500--59010619	57	2.1	58	85	7	163	24	0	4	71	1.03
59010509--59010619	11	9.9	11	72	20	72	25	0	2	72	0.98
59010500--59010648	59	2.5	59	79	9	169	26	0	4	69	1.06
59010599--59010660	14	4.5	14	80	9	67	32	0	1	66	1.02
59018781--59018808	14	2.0	14	100	0	56	35	21	7	35	1.81
59018951--59019002	18	2.8	19	77	11	54	44	0	0	55	0.99
59018945--59019007	28	2.2	29	83	11	76	49	0	0	50	1.00
59020971--59021093	50	2.5	50	80	2	142	30	24	25	20	1.99
59021365--59021403	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
59025379--59025427	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
59025637--59025814	50	3.6	50	75	5	155	21	25	23	29	1.99
59032966--59033011	20	2.3	20	92	0	74	28	4	15	52	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59036256--59036301	20	2.3	21	85	11	69	26	4	15	54	1.59
59036661--59036808	27	5.5	27	84	6	167	42	20	18	18	1.89
59036951--59037026	26	2.9	27	72	3	66	18	21	21	39	1.93
59037670--59037712	20	2.2	20	100	0	86	46	13	16	23	1.83
59038939--59038993	24	2.3	24	80	0	65	25	12	9	52	1.68
59042499--59042591	25	3.9	23	74	19	66	66	2	3	27	1.18
59042819--59042854	15	2.3	16	90	4	56	69	0	2	27	1.02
59047726--59047762	16	2.4	17	82	17	53	32	5	24	37	1.78
59058492--59058564	20	3.7	19	74	5	74	32	6	19	41	1.78
59059087--59059161	9	8.4	9	79	16	77	68	0	1	30	0.98
59059088--59059142	10	5.7	10	85	14	80	70	0	1	27	0.97
59059088--59059161	17	4.1	17	80	14	78	68	0	1	29	0.97
59059085--59059228	18	8.1	17	74	16	73	61	1	1	35	1.13
59059142--59059231	37	2.6	34	80	18	96	57	2	1	38	1.18
59059187--59059235	9	5.6	9	81	13	57	61	2	0	36	1.08
59059179--59059236	18	3.2	19	69	18	52	62	1	0	36	1.06
59059214--59059269	23	2.6	21	75	25	55	62	3	0	33	1.12
59059304--59059356	19	2.8	20	77	11	58	66	0	1	32	1.03
59059294--59059371	29	2.7	29	78	9	95	62	2	2	32	1.22
59059954--59060012	28	2.1	29	81	12	70	38	0	3	57	1.15
59059976--59060028	10	5.5	10	83	16	60	33	0	3	62	1.13
59059947--59060035	10	9.2	10	75	20	59	38	0	3	58	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59060018--59060070	28	2.0	25	82	17	63	41	1	0	56	1.10
59060018--59060070	27	2.0	28	85	10	76	41	1	0	56	1.10
59060017--59060146	29	4.6	27	67	22	72	36	3	2	57	1.27
59060052--59060117	29	2.3	29	82	10	73	33	3	4	59	1.33
59063337--59063361	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
59068522--59068586	20	3.2	20	77	16	64	60	4	1	33	1.27
59068544--59068592	22	2.3	20	82	6	62	57	4	0	38	1.18
59070243--59070470	44	5.2	42	70	7	145	27	23	21	27	1.99
59070262--59070535	87	3.1	87	94	0	476	25	25	21	26	2.00
59070314--59070535	43	5.1	43	70	6	187	24	26	23	25	2.00
59070267--59070508	44	5.5	44	74	5	231	26	25	21	26	1.99
59070466--59071002	88	6.1	88	87	1	716	21	24	27	27	1.99
59070466--59071002	265	2.0	264	87	0	768	21	24	27	27	1.99
59077188--59077221	10	3.1	11	87	12	52	55	0	0	44	0.99
59077508--59077557	21	2.4	20	83	6	64	56	0	0	44	0.99
59088566--59088632	27	2.5	27	87	0	98	41	19	19	19	1.90
59092098--59092140	2	21.5	2	95	0	77	48	0	2	48	1.14
59099580--59099666	43	2.0	43	90	0	138	25	18	12	43	1.85
59101871--59101932	30	2.1	30	93	0	106	29	16	8	46	1.75
59108115--59108406	144	2.0	144	93	0	494	32	26	17	23	1.97
59119329--59119376	20	2.4	20	89	0	69	35	6	0	58	1.23
59127452--59127505	4	13.5	4	75	21	51	68	0	1	29	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59127454--59127505	7	7.1	7	75	16	52	69	0	1	28	0.99
59129728--59129776	16	3.1	15	80	13	55	77	2	0	20	0.87
59135904--59135960	17	3.3	17	72	2	51	77	7	7	8	1.13
59138210--59138528	131	2.4	131	88	0	460	31	22	22	24	1.98
59138514--59138934	216	1.9	216	92	0	707	28	19	26	26	1.99
59138856--59139004	44	3.4	43	80	9	156	25	24	26	22	2.00
59139581--59139613	16	2.1	16	94	5	59	75	0	0	24	0.80
59161862--59162240	195	1.9	197	84	3	505	31	10	17	40	1.83
59165850--59165940	37	2.4	37	82	12	105	43	3	3	49	1.35
59165995--59166027	17	1.9	17	93	0	57	45	3	0	51	1.16
59166116--59166341	110	2.0	110	96	0	416	42	8	16	32	1.79
59166700--59166755	20	2.9	19	94	5	103	58	0	3	37	1.15
59173131--59173186	25	2.2	25	83	0	67	21	19	21	37	1.94
59176536--59176571	11	3.2	11	88	7	54	33	0	8	58	1.28
59180170--59180277	54	2.0	54	94	1	191	48	14	14	22	1.81
59180997--59181028	14	2.3	15	89	10	50	34	0	0	65	0.93
59183847--59183877	16	2.0	16	93	6	55	45	0	9	45	1.36
59189115--59189166	26	2.0	27	85	11	72	0	32	1	65	1.04
59189368--59189418	13	3.9	13	77	10	59	58	3	0	37	1.16
59193723--59193771	20	2.5	20	83	6	66	69	4	0	26	1.06
59194028--59194065	13	3.2	12	85	7	51	36	2	0	60	1.11
59194024--59194072	13	3.9	13	77	17	50	34	2	0	63	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59195787--59195814	6	4.7	6	100	0	56	14	17	14	53	1.73
59201245--59201282	19	2.1	18	85	14	51	36	2	5	55	1.37
59201891--59201954	26	2.5	26	82	5	67	64	9	4	21	1.42
59205995--59206047	24	2.2	25	83	10	65	37	20	15	26	1.92
59215501--59215540	19	2.1	19	86	9	55	82	5	12	0	0.82
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59222499--59222556	4	14.5	4	77	15	50	18	3	1	75	1.03
59222499--59222556	9	6.7	9	80	7	66	18	3	1	75	1.03
59223880--59223925	16	2.9	16	84	15	60	78	0	0	21	0.76
59223880--59223927	20	2.4	19	86	10	69	79	0	0	20	0.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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